Η οικογένεια των Παλαιολόγων κατάγεται από το Ναύπλιο, της οποίας μέλη πολέμησαν κατά των Τούρκων σε διάφορα μέρη τον 15ο και τον 16ο αιώνα, και της οποίας μέλη έδρασαν και στην Κύπρο όπου, μεταξύ άλλων, πολέμησαν κατά των Τούρκων το 1570. Σύμφωνα προς τα υπάρχοντα στοιχεία, τα μέλη της οικογένειας αυτής κατάγονταν από τον Ανδρόνικο Παλαιολόγο, του οποίου τα ανδραγαθήματα μαρτυρούνται σε βενετικό επίσημο έγγραφο, με ημερομηνία 27 Αυγούστου 1454, του τότε αρχηγού των ναυτικών δυνάμεων της Βενετίας Λορεντάν. Η ημερομηνία του εγγράφου αυτού σημαίνει ότι είχε συνταχθεί μόλις λίγο περισσότερο από ένα χρόνο μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης (29 Μαΐου 1453) και πριν ακόμη παραδοθεί στους Τούρκους ο Μυστράς (1460), τον οποίο κατείχε η οικογένεια των Παλαιολόγων.
Από τη μεγάλη και ισχυρή μεσαιωνική οικογένεια των Παλαιολόγων προήλθε η ομώνυμη δυναστεία των Βυζαντινών αυτοκρατόρων που κυβέρνησε το Βυζάντιο από το 1261 μέχρι την άλωση της Κωνσταντινουπόλεως το 1453. Ιδρυτής της δυναστείας ήταν ο αυτοκράτορας Μιχαήλ Η΄ Παλαιολόγος (1261-1282). Ακολούθησαν κατά σειράν οι αυτοκράτορες: Ανδρόνικος Β΄ Παλαιολόγος (1282-1328), Ανδρόνικος Γ΄ Παλαιολόγος (1328-1341), Ιωάννης Η΄ Παλαιολόγος (1341-1391), Μανουήλ Β΄ Παλαιολόγος (1391-1425), Ιωάννης Η΄ Παλαιολόγος (1425-1448) και Κωνσταντίνος IB΄ Παλαιολόγος (1449-1453), ο τελευταίος αυτοκράτορας του Βυζαντίου. Μερικά μέλη της ίδιας οικογένειας συγκυβέρνησαν κατά καιρούς με μερικούς από τους πιο πάνω αυτοκράτορες, όπως ο Ανδρόνικος Δ΄ (1366-1370) και ο Ιωάννης Ζ΄ (1390).
Άλλα εξέχοντα μέλη της οικογένειας των Παλαιολόγων είχαν διακριθεί ως στρατιωτικοί. Άλλοι διετέλεσαν δεσπότες διαφόρων περιοχών, όπως του Μοριά (Πελοποννήσου) με έδρα το Μυστρά. Κλάδος της οικογένειας κυβέρνησε την μαρκιονία του Μομφερράτου από το 1306 μέχρι το 1534, με ιδρυτή της δυναστείας αυτής το Θεόδωρο Παλαιολόγο.
Τον Ιούλιο του 1261 οι δυνάμεις του ιδρυτή της δυναστείας αυτοκράτορα Μιχαήλ Η΄ Παλαιολόγου κυρίευσαν με έφοδο την Κωνσταντινούπολη μ’ επικεφαλής το στρατηγό Αλέξιο Στρατηγόπουλο, κι εξεδίωξαν τους Λατίνους που την κατείχαν από το 1204 και για 57 χρόνια, ενώ ο εγκάθετος Λατίνος αυτοκράτορας Βαλδουίνος Β΄ βρισκόταν φυγάς στην Ευρώπη, απ’ όπου προσπαθούσε να βρει κάποια βοήθεια. Έτσι άρχισε η δυναστεία των Παλαιολόγων. Αμέσως μετά την εκδίωξη των Λατίνων από την Κωνσταντινούπολη, γεννήθηκαν ελπίδες αλλά και προσδοκίες στους Κυπρίους ότι ο αυτοκράτορας Μιχαήλ Παλαιολόγος θα δρούσε και προς την κατεύθυνση της εκδίωξης των Λατίνων και από την Κύπρο. Ήδη ήταν η εποχή των σκληρών διωγμών των Ορθοδόξων Ελλήνων της Κύπρου από τους Λατίνους, με κορυφαίο γεγονός τον μαρτυρικό θάνατο των δεκατριών μοναχών της Καντάρας* το 1231. Το 1260 είχε, εξ άλλου, εκδοθεί η περίφημη Βούλλα* Σύπρια (Κυπριακή Διάταξη) του πάπα Αλεξάνδρου Δ΄.
Ενθαρρυνθείς από τις επιτυχίες του κατά των Λατίνων, ο αυτοκράτορας Μιχαήλ είχε γνωσθεί ότι σχεδίαζε επίθεση κατά των Βενετών που κατείχαν την Κρήτη, μάλιστα δε βοηθούμενος και από τους Γενουάτες, ανταγωνιστές και αντιπάλους των Βενετών. Φαίνεται δε ότι είχαν γίνει και κάποιες σκέψεις για αιφνιδιαστική επίθεση των Βυζαντινών κατά των Φράγκων στην Κύπρο, με εκμετάλλευση και της αγανακτήσεως των ιδίων των Κυπρίων και προθυμίας τους να εξεγερθούν κατά των Φράγκων. Τέτοιες πληροφορίες είχε στις αρχές του 1263 ο πάπας Ουρβανός Δ΄ που από το Ορβιέτο όπου διέμενε, έστειλε καταθορυβημένος προειδοποιητικές επιστολές στον αντιβασιλιά και τους βαρώνους της Κύπρου (Mas Latrie, vol II, p. 69, επιστολή του πάπα Ουρβανού ημερομηνίας 12.1.1263). Βασιλιάς της Κύπρου ήταν τότε ο Ούγος Β΄, επειδή όμως ήταν ανήλικος, ασκούσε καθήκοντα αντιβασιλέως ο ξάδελφός του και διάδοχός του στον θρόνο Ούγος Γ΄. Ακολούθησε και δεύτερη επιστολή του πάπα Ουρβανού, ημερομηνίας 23.1.1263, με την οποία παραπονιόταν ότι η ανοχή που είχε επιδειχθεί προς τους Έλληνες της Κύπρου τους είχε αποθρασύνει προς εξέγερση.
Δεν υπάρχουν σαφή στοιχεία για την αναφερόμενη προσπάθεια του Μιχαήλ Η΄ Παλαιολόγου να επιτεθεί στην Κύπρο, ούτε και για την όλη στάση των Κυπρίων προς αυτή την κατεύθυνση. Τελικά τέτοιο εγχείρημα δεν ανελήφθη από το Βυζαντινό αυτοκράτορα. Ωστόσο το όλο επεισόδιο, όπως συνάγεται από τις επιστολές του πάπα Ουρβανού, φανερώνει την προσήλωση και την πίστη των υποδούλων τότε Ελλήνων της Κύπρου προς την αυτοκρατορία.
Καθ’ όλη την περίοδο κατά την οποία η Βυζαντινή αυτοκρατορία κυβερνήθηκε από τους Παλαιολόγους, δηλαδή από το 1261 μέχρι το 1453, η Κύπρος δεν ανήκε στον βυζαντινό κόσμο. Αποκομμένη ήδη από το 1191 από τον κορμό της αυτοκρατορίας, ήταν οργανωμένη σε ανεξάρτητο βασίλειο (περίοδος Φραγκοκρατίας, 1192-1489), υπό την δυναστεία των Λουζινιανών. Όμως ιδιαίτερα στενή σχέση με την οικογένεια των Παλαιολόγων αναπτύχθηκε επί ημερών του βασιλιά της Κύπρου Ιωάννη Β΄ (1432-1458) που συνέπεσε με τα τελευταία χρόνια ζωής του Βυζαντίου. Η σχέση αυτή αναπτύχθηκε εξ αιτίας των δυο γάμων του Κυπρίου βασιλιά που και τις δυο φορές νυμφεύθηκε γυναίκες της οικογένειας των Παλαιολόγων. Πρώτη του σύζυγος ήταν η Μήδεια η Μομφερρατική, γόνος του κλάδου των Παλαιολόγων του Μομφερράτου. Μετά το θάνατό της, ο Ιωάννης Β΄ παντρεύτηκε, για δεύτερη φορά, την Ελένη Παλαιολογίνα. Η Ελένη ήταν κόρη του δεσπότου του Μορέως Θεοδώρου Β΄ Παλαιολόγου (από μητέρα Ιταλίδα) και ανεψιά του τελευταίου Βυζαντινού αυτοκράτορα Κωνσταντίνου IB΄ Παλαιολόγου. Παντρεύτηκε το βασιλιά της Κύπρου Ιωάννη Β΄ το Φεβρουάριο του 1441 κι έγινε έτσι βασίλισσα της Κύπρου μέχρι τον θάνατό της το 1458. Επί των ημερών της αλώθηκε η Κωνσταντινούπολη από τους Τούρκους (1453).
Η Ελένη Παλαιολογίνα, ιδιαίτερα δυναμική προσωπικότητα —αν και πάντοτε ασθενική όπως γράφει ο Γεώργιος Βουστρώνιος — ήταν εκείνη που επαναπρόβαλε και προώθησε στο νησί τον Ελληνισμό και την Ορθοδοξία. Δυο έννοιες που βρίσκονταν σε κίνδυνο στην Κύπρο κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας, εξ αιτίας των διώξεων των ξένων κατακτητών. Η παρουσία της Ελένης Παλαιολογίνας στον θρόνο της Κύπρου στα μέσα του 15ου αιώνα, όχι μόνο επαναπρόβαλε και τόνωσε την ελληνικότητα του νησιού αλλά και έμμεσα το επανένωσε με το Βυζάντιο που όμως περνούσε τις τελευταίες του δραματικές στιγμές πλέον. Η άλωση της Κωνσταντινουπόλεως το 1453, που σήμαινε και την οριστική διάλυση της Βυζαντινής αυτοκρατορίας, προκάλεσε μεγάλη θλίψη στην Ελένη Παλαιολογίνα στην Κύπρο. Η παρουσία της όμως στον θρόνο του νησιού οδήγησε πολλούς πρόσφυγες από την Κωνσταντινούπολη να έλθουν στην Κύπρο όπου βοηθήθηκαν κι εγκαταστάθηκαν. Μεταξύ αυτών ήσαν και μοναχοί, λόγιοι και άλλοι, που η άφιξή τους στην Κύπρο τόνωσε ακόμη περισσότερο τον ελληνικό υπόδουλο πληθυσμό. Φυσικά Έλληνες και Ελληνίδες από το Μυστρά είχαν συνοδεύσει την Ελένη στην Κύπρο όταν είχε έλθει για να γίνει βασίλισσα του νησιού, κι είχαν κι αυτοί εγκατασταθεί στο νησί συμβάλλοντας σημαντικότατα στην ενίσχυση του ελληνικού κόμματος το οποίο κατόρθωσε έτσι ν’ αντιμετωπίσει επιτυχέστερα τους Λατίνους. Η παρουσία της Ελένης Παλαιολογίνας στον θρόνο της Κύπρου θα μπορούσε να ήταν ακόμη πιο ευεργετική εάν η αυτοκρατορία δεν αντιμετώπιζε τα τόσα σοβαρά της προβλήματα και δεν αλωνόταν από τους Τούρκους.
Μια άλλη επαφή μεταξύ Κύπρου και Κωνσταντινουπόλεως επί Παλαιολόγων μαρτυρείται επί ημερών του βασιλιά της Κύπρου Πέτρου Β΄ (1369-1382) και του αυτοκράτορα Ιωάννη Ε΄ Παλαιολόγου, του επονομαζόμενου Καλογιάννη (1341-1391). Σύμφωνα προς τα Χρονικά (βλέπε Λ. Μαχαιρά, Χρονικόν παρ. 344, 346-349) τον Νοέμβριο του 1372 έφθασαν στην Κύπρο απεσταλμένοι του αυτοκράτορα Ιωάννη Ε΄ που πρότειναν συνοικέσιο, και συγκεκριμένα τον γάμο του Κυπρίου βασιλιά Πέτρου Β΄ με τη μοναχοκόρη του αυτοκράτορα. Στο συνοικέσιο αυτό είχε αναμειχθεί και μια θεία του βασιλιά της Κύπρου, που είχε μάλιστα έλθει γι’ αυτό τον σκοπό στο νησί και που σχετιζόταν στενότατα με την αυτοκρατορία. Επρόκειτο για την Μαργαρίτα Λουζινιανή, αδελφή του βασιλιά της Κύπρου Πέτρου Α΄ (1359-1369) πατέρα του Πέτρου Β΄, κόρη του βασιλιά της Κύπρου Ούγου Δ΄ (1324-1359). Η Μαργαρίτα αυτή είχε παντρευτεί τον τότε δεσπότη του Μορέως Μανουήλ Καντακουζηνόν.
Τελικά ο γάμος αυτός δεν έγινε επειδή η πρόταση του αυτοκράτορα της Κωνσταντινουπόλεως απερρίφθη από την Αυλή της Κύπρου. Η απόρριψη της προτάσεως έγινε αφ’ ενός επειδή οι Λατίνοι δεν ευνοούσαν το γάμο του Πέτρου Β΄ με μια Ορθόδοξη και μάλιστα κόρη του αυτοκράτορα του Βυζαντίου γιατί θ’ αυξανόταν έτσι η επιρροή των Βυζαντινών στο νησί, κι αφ’ ετέρου επειδή ισχυρές οικογένειες της μεσαιωνικής Κύπρου (ντε Μόρφου, ντε Νόρες) προσπαθούσαν να παντρέψουν δικές τους κόρες με το βασιλιά της Κύπρου. Τελικά ο Πέτρος Β΄ νυμφεύθηκε την Βαλεντίνα, ανεψιά του Μπερναμπώ, δούκα του Μιλάνου.
Ένα παρόμοιο συνοικέσιο, που επίσης απέτυχε, είχε προταθεί στα 1471, όπως αναφέρει ο Γεώργιος Βουστρώνιος. Συγκεκριμένα ο τότε δεσπότης του Μορέως Θωμάς Παλαιολόγος είχε συζητήσει στη Ρώμη με εκπροσώπους του βασιλείου της Κύπρου την προοπτική γάμου του βασιλιά της Κύπρου Ιακώβου Β΄ (1460-1473) με την Ζωή Παλαιολογίνα. Η Ζωή αυτή ήταν κόρη του Θωμά Παλαιολόγου. Το συνοικέσιο αυτό, που για δικούς του πολιτικούς λόγους ευνοούσε ο πάπας, απερρίφθη από τον Ιάκωβο Β΄ επειδή ο πάπας δεν τον αναγνώριζε ως νόμιμο κληρονόμο του θρόνου της Κύπρου, αλλά κι εξ αιτίας των Βενετών, που προωθούσαν τον γάμο του Ιακώβου Β΄ με τη Βενετσιάνα Αικατερίνη Κορνάρο.
Κατά τα χρόνια της δυναστείας των Παλαιολόγων, η Κύπρος διατηρούσε πνευματικές και εκκλησιαστικές σχέσεις με την αυτοκρατορία. Μάλιστα σε μια περίπτωση, μεταξύ του 1406 και του 1412, είχε γίνει και μια μυστική προσπάθεια για ένωση της Εκκλησίας της Κύπρου με το Οικουμενικό Πατριαρχείο της Κωνσταντινουπόλεως που απέτυχε. Για τις εκκλησιαστικές σχέσεις βλέπε στο λήμμα Εκκλησία Κύπρου, όπου και ιδιαίτερη αναφορά στη δραστηριότητα στο νησί της Ελένης Παλαιολογίνας. Οι εκκλησιαστικές και πνευματικές σχέσεις της Κύπρου με το Βυζάντιο, στα χρόνια των Παλαιολόγων, αντικατοπτρίζονται και στην εκκλησιαστική ζωγραφική της Κύπρου αυτή την εποχή, που είναι επηρεασμένη από την αντίστοιχη βυζαντινή (υστεροβυζαντινή ή και παλαιολόγεια τέχνη, όπως λέγεται, της περιόδου από το 1261 οπότε η Κωνσταντινούπολη είχε απελευθερωθεί από τους Φράγκους κι είχε αρχίσει η δυναστεία των Παλαιολόγων, μέχρι το 1453). Βλέπε για το θέμα αυτό αναφορά στο λήμμα βυζαντινή τέχνη.