Κυπριακής καταγωγής ιερωμένος. Γεννήθηκε στην κωμόπολη Σύλλειο του Ικονίου της Μικράς Ασίας το 1862 από πατέρα Κύπριο, ο οποίος καταγόταν από τη Λεμίθου, και μητέρα Μικρασιάτισσα. Το 1872 μετέβη στα Ιεροσόλυμα όπου ετέθη υπό την προστασία των Κυπρίων συγγενών του, Σπυρίδωνος Ευθυμίου (1839-1921), μετέπειτα πατριάρχη Αντιοχείας, και Επιφάνιου Ματτέου (1837-1908), μετέπειτα αρχιεπισκόπου Ιορδάνου. Εκεί φοίτησε αρχικά στα εκπαιδευτήρια που ήσαν υπό τον έλεγχο του πατριαρχείου και στη συνέχεια γράφτηκε στη Θεολογική Σχολή του Σταυρού από όπου αποφοίτησε το 1888. Στο μεταξύ, το 1884, χειροτονήθηκε διάκονος και εντάχθηκε στην αγιοταφική αδελφότητα.
Το 1891 ο Νεκτάριος ακολούθησε τον Σπυρίδωνα στη Δαμασκό ως αρχιδιάκονος του Αντιοχικού θρόνου. Ένα χρόνο αργότερα εξελέγη μητροπολίτης Χαλεπίου και εγκαταστάθηκε στην ομώνυμη πόλη. Κατά τη διάρκεια της αρχιερατείας του ο Νεκτάριος άσκησε φιλεκπαιδευτική πολιτική και μερίμνησε για τη διάδοση των γραμμάτων και την ανέγερση σχολείων και εκκλησιών. Για την όλη δράση του το Ελληνικό κράτος τον τίμησε με το ανώτατο παράσημο του Ταξιάρχη.
Την περίοδο αυτή κορυφώθηκε στη Συρία η δράση της Ρωσικής Παλαιστινιακής Εταιρείας που επεδίωκε την αύξηση της πολιτικής και εκκλησιαστικής επιρροής της Ρωσίας στον χώρο της Μέσης Ανατολής. Παράλληλα η ρωσική διπλωματία με την αντίστοιχη πολιτική του «Πανσλαβισμού», που εφαρμοζόταν στα Βαλκάνια, επεδίωκε την πλήρη κυριαρχία της Ρωσίας στις χώρες της Ανατολικής Μεσογείου.
Στον χώρο του πατριαρχείου Αντιοχείας η πολιτική αυτή εκδηλώθηκε με την καλλιέργεια του αραβικού εθνικισμού ανάμεσα στους Ορθόδοξους της περιοχής με τελικό στόχο την αντικατάσταση των ελληνόφωνων ιεραρχών από φιλορώσους αραβόφωνους κληρικούς. Τελικά ο πατριάρχης Σπυρίδων υπέβαλε στα 1898 παραίτηση και απομακρύνθηκε από τη Συρία, ο δε Νεκτάριος εξορίστηκε από την τουρκική κυβέρνηση — που υπέκυψε στις πιέσεις της ρωσικής διπλωματίας — σε ένα απομακρυσμένο χωριό της επαρχίας Χαλεπίου. Δύο χρόνια αργότερα η εξορία του τερματίστηκε και αναχώρησε για την Κωνσταντινούπολη, όπου παρέμεινε μέχρι το 1904, όταν κατέφυγε στην Αίγυπτο και εντάχθηκε στους κληρικούς που υπηρετούσαν στο πατριαρχείο Αλεξανδρείας.
Το 1909 η Ιερά Σύνοδος του πατριαρχείου εξέλεξε τον Νεκτάριο μητροπολίτη Μέμφιδος με έδρα την Ηλιούπολη του Καΐρου. Το ίδιο έτος επισκέφθηκε την Κύπρο ως επικεφαλής αντιπροσωπείας για την επίλυση του αρχιεπισκοπικού ζητήματος. Ο Νεκτάριος προήδρευσε στις 8 Απριλίου 1909 της εκλογικής συνέλευσης που επέφερε την οριστική λύση του ζητήματος και την ανάδειξη του μητροπολίτη Κιτίου Κυρίλλου στον αρχιεπισκοπικό θρόνο.
Ο Νεκτάριος έζησε την υπόλοιπη ζωή του στην Αίγυπτο, όπου και διακρίθηκε για τη φιλεκπαιδευτική του πολιτική. Για τον λόγο αυτό τιμήθηκε από την αιγυπτιακή κυβέρνηση με το παράσημο του Μεϊζητιέ Γ' τάξεως. Πέθανε το 1924.