Τμήμα που υπάγεται στο υπουργείο Συγκοινωνιών και Έργων, και είναι υπεύθυνο για την αποτελεσματική εφαρμογή της περί εμπορικής ναυτιλίας νομοθεσίας και των διεθνών ναυτιλιακών συμβάσεων στις οποίες η Κύπρος είναι συμβαλλόμενο μέρος. Ιδρύθηκε το 1977 και τα κεντρικά του γραφεία βρίσκονται στη Λεμεσό.
Αναλυτικότερα, οι αρμοδιότητες του Τμήματος είναι οι ακόλουθες:
-Νηολογήσεις πλοίων, μικρών σκαφών και συναφείς πράξεις.
-Έλεγχος των κυπριακών πλοίων όσον αφορά την ασφάλεια, την πρόληψη ρύπανσης, τα προσόντα των ναυτικών και τις συνθήκες διαβίωσης και εργασίας τους.
-Επιθεώρηση αλλοδαπών πλοίων σε κυπριακά λιμάνια (Έλεγχος Κράτους Λιμένα) σαν συμβαλλόμενο μέρος με το Μνημόνιο των Παρισίων για τον έλεγχο των Πλοίων (Paris Memorandum of Understanding).
-Έλεγχος και πιστοποίηση ακτοπλοϊκών επιβατικών και ταχύπλοων σκαφών.
-Εκπαίδευση ναυτικών και έκδοση πιστοποιητικών ναυτικής ικανότητας.
-Συνεχής εκσυγχρονισμός της περί εμπορικής ναυτιλίας νομοθεσίας και εναρμόνιση με την Ευρωπαϊκή Ένωση.
-Φορολογία πλοίων και εταιρειών παροχής υπηρεσιών πλοιοδιαχείρισης.
-Ανάπτυξη και προβολή της Κύπρου ως ναυτιλιακού κέντρου και διεθνούς νηολογίου.
-Διεθνείς σχέσεις, συμμετοχή σε διεθνείς οργανισμούς, σύναψη διμερών συμφωνιών και συνεργασία με ναυτιλιακές αρχές άλλων χωρών.
Βλέπε επίσης λήμμα ναυτιλία κυπριακή.