Αρχιεπίσκοπος Κύπρου κατά τον 17ο αιώνα (περίοδος Τουρκοκρατίας) και συγκεκριμένα από τον Ιούνιο του 1641 — οπότε είχε διαδεχθεί τον αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο Α΄ — μέχρι το 1674. Πιο πριν, από το 1636, είχε διατελέσει ηγούμενος του μοναστηριού της Παναγίας Κύκκου. Ως ηγούμενος Κύκκου μαρτυρείται από επιγραφή επί σταυρού και από άλλη πάνω από την είσοδο του ναού της Αγίας Μονής.
Σύμφωνα προς μια άποψη (Χάκκεττ), μεταξύ των αρχιεπισκόπων Χριστοδούλου Α΄ και Νικηφόρου υφίστατο κενό 30 χρόνων, θεωρώντας ότι μεταξύ αυτών πιθανώς υπήρξε και άλλος αρχιεπίσκοπος. Πιστεύεται όμως ότι κενό δεν υπήρξε κι ότι ο Νικηφόρος διετέλεσε πράγματι αρχιεπίσκοπος Κύπρου για το μεγάλο διάστημα των 33 περίπου χρόνων (βλέπε αιτιολογία στο έργο του Λ. Φιλίππου Ἡ Ἐκκλησία Κύπρου ἐπί Τουρκοκρατίας, Λευκωσία, 1975, σσ. 56-57).
Διάφορα σημαντικά γεγονότα διαδραματίστηκαν κατά την περίοδο της αρχιεπισκοπείας του Νικηφόρου. Το πρώτο απ’ αυτά ήταν η διευθέτηση των διαφορών που υφίσταντο, με την επέμβαση και του Οικουμενικού Πατριαρχείου, μεταξύ του αρχιεπισκόπου και των επισκόπων της Κύπρου. Όπως παρατηρεί ο H.T.F. Duckworth (The Church of Cyprus, London, 1900, p. 53), υπήρξε προσπάθεια εκ μέρους των επισκόπων να μειώσουν την υπεροχή του αρχιεπισκόπου Κύπρου έναντί τους και να μεταβάλουν σε τίτλο κενό τα πρωτεία του, μη αναγνωρίζοντας αυτόν ως τον πρώτο εκκλησιαστικό ηγέτη και μη υπακούοντάς τον.
Αρχικά ο αρχιεπίσκοπος ανεχόταν την κατάσταση αυτή, λόγω μετριοφροσύνης κατά μια άποψη, ή ίσως λόγω αδυναμίας. Όταν όμως τα πράγματα είχαν οξυνθεί, απευθύνθηκε στο οικουμενικό πατριαρχείο της Κωνσταντινουπόλεως. Ο τότε πατριάρχης Ιωαννίκιος κάλεσε ευρεία σύνοδο, στην οποία εκτός των συνοδικών μητροπολιτών του πατριαρχείου μετείχαν και άλλοι «φιλόθεοι Χριστιανοί» και «χρησιμώτατοι ἄρχοντες». Τις αποφάσεις της συνόδου γνωστοποίησε στην Κύπρο ο πατριάρχης Ιωαννίκιος με μακροσκελή και πολύ αυστηρή επιστολή του, το 1651. Η αυστηρότητα του ύφους «ἥρμοζε προκειμένου περί ἐπιτιμήσεως φιλοδόξων ἀρχιερέων, μή πειθαρχούντων εἰς τήν προϊσταμένην των Ἀρχήν» (Λ. Φιλίππου, ό.π.π., σ. 58˙ βλέπε επίσης, στο ίδιο έργο, σσ. 58-62 το πλήρες κείμενο του πατριαρχικού γράμματος, που περιλαμβάνεται και στο έργο του Φιλίππου Γεωργίου Εἰδήσεις Ἱστορικαί περί τῆς Ἐκκλησίας τῆς Κύπρου, Αθήνα, 1870).
Ο αρχιεπίσκοπος Νικηφόρος είναι γνωστός και από διάφορα έργα που έκαμε, σχετικά με ανέγερση/ανακαίνιση εκκλησιών. Σύμφωνα και προς επιγραφή πάνω από τη δυτική είσοδο της εκκλησίας, ο αρχιεπίσκοπος Νικηφόρος θεμελίωσε στις 30 Απριλίου 1662 την εκκλησία του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στη Λευκωσία (σημερινός καθεδρικός ναός, δίπλα στο κτίριο της Αρχιεπισκοπής). Πιθανότατα η εκκλησία συμπληρώθηκε μέσα στον επόμενο χρόνο, δηλαδή πριν από τον θάνατο του αρχιεπισκόπου Νικηφόρου. Στην ίδια περιοχή βρισκόταν πιο πριν το μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη του Πίπη* που αναφέρεται από τον 14ο αιώνα και που φαίνεται ότι ήταν ήδη παρηκμασμένο επί Νικηφόρου. Τότε δεν είχε μεταφερθεί ακόμη εκεί η έδρα του αρχιεπισκόπου, ο δε Νικηφόρος διέμενε μάλλον στο μοναστήρι του Αρχαγγέλου κοντά στη Λακατάμια.
Το μοναστήρι του Αρχαγγέλου αναφέρεται ότι είχε επίσης ανοικοδομηθεί εκ βάθρων από τον αρχιεπίσκοπο Νικηφόρο, σύμφωνα προς τις ενδείξεις, κι είχε αφιερωθεί απ’ αυτόν στην Αρχιεπισκοπή, όπως αναφέρεται σε έγγραφο του αρχιεπισκόπου Ιακώβου Β΄ ο οποίος και το είχε πωλήσει στο μοναστήρι του Κύκκου το 1713. Δεν είναι γνωστό εάν και άλλοι Κύπριοι αρχιεπίσκοποι, πριν και μετά τον Νικηφόρο, διέμεναν στο μοναστήρι του Αρχαγγέλου Λακατάμιας. Είναι όμως βέβαιο ότι χρησίμευσε ως έδρα του Νικηφόρου, που διέμενε συνεπώς έξω από την (κλεισμένη σε τείχη) πρωτεύουσα Λευκωσία. Εξάλλου, φαίνεται ότι στο μοναστήρι αυτό πραγματοποιήθηκε η μείζων σύνοδος κατά των Καλβινιστών που είχε συγκληθεί από τον Νικηφόρο το 1668. Επίσης από το μοναστήρι αυτό ο Νικηφόρος απέστειλε τη γνωστή επιστολή του, του 1668, προς τον δούκα της Σαβοΐας για απελευθέρωση της Κύπρου από τους Τούρκους.
Η κυπριακή σύνοδος του 1668 (που σύμφωνα προς άλλη άποψη είχε πραγματοποιηθεί στην εκκλησία του Τρυπιώτη στη Λευκωσία), αποδεικνύει ενεργό συμμετοχή της Εκκλησίας της Κύπρου σε σημαντικά θέματα που απασχολούσαν όλες τις Ορθόδοξες Εκκλησίες τότε, όπως το ζήτημα της καλβινιστικής διδασκαλίας και θεωρίας που επί πατριαρχείας του οικουμενικού πατριάρχη Κυρίλλου του Λουκάρεως (1620-1638) είχε συγκλονίσει την Ορθοδοξία. Οι Καλβινιστές, μεταξύ άλλων: θεωρούσαν τον άρτο και τον οίνο ως απλά σύμβολα του αίματος και του σώματος του Χριστού κι αρνούντο τη λατρευτική τους υπόσταση˙ επίσης δεν αναγνώριζαν ως μυστήριο την ιερωσύνη˙ ακόμη, δεν παραδέχονταν ως μυστήριο το χρίσμα (άγιο μύρο)˙ δίδασκαν ακόμη ότι η νηστεία μπορούσε να γίνεται οποτεδήποτε˙ ετάσσοντο επίσης κατά του μοναχισμού, κατά της προσκύνησης των εικόνων, κατά της τελέσεως μνημοσύνων κλπ.
Για τις πιο πάνω θέσεις γνωμάτευσε και η σύνοδος της Κυπριακής Εκκλησίας που, εκτός από τον αρχιεπίσκοπο Νικηφόρον, απαρτιζόταν κι από τους επισκόπους Πάφου Μακάριον, Κυρηνείας Νικηφόρον, Λεμεσού Γεράσιμον, τον θεολόγο Ιλαρίωνα Κιγάλαν (διάδοχο του Νικηφόρου στον αρχιεπισκοπικό θρόνο της Κύπρου), τους εξάρχους Αμμοχώστου, Αρσινόης, Κουρίου και Σολέας, ηγουμένους μοναστηριών κι άλλους αξιωματούχους κληρικούς καθώς και ιερείς. Η συμμετοχή και κατωτέρων κληρικών, όπως οι ιερείς, μαρτυρείται και σε άλλες παρόμοιες συνόδους άλλων Ορθοδόξων Εκκλησιών. Η Κυπριακή Εκκλησία, δια της συνόδου του 1668, αντέκρουσε μία προς μία τις πιο πάνω αναφερόμενες καλβινιστικές θέσεις.
Ένα άλλο γεγονός που συνέβη επί αρχιεπισκοπείας του Νικηφόρου, ήταν η εξορία στην Κύπρο του καθαιρεμένου οικουμενικού πατριάρχη Παρθενίου Δ΄, το 1672. Λίγα μόνο χρόνια πιο πριν, το 1655, είχε εξοριστεί στην Κύπρο κι άλλος οικουμενικός πατριάρχης, ο Κύριλλος ο από Τυρνόβου. Όμως με τον Παρθένιο Δ΄ ο αρχιεπίσκοπος Νικηφόρος δεν δίστασε να έλθει σε επικοινωνία και επαφή στην Κύπρο, πράγμα που θεωρήθηκε σοβαρότατο παράπτωμα. Μάλιστα τέτοιο, ώστε ο Νικηφόρος εκλήθη εσπευσμένα στην Κωνσταντινούπολη (αν και προχωρημένης πλέον ηλικίας) για να απολογηθεί ενώπιον της ιεράς συνόδου του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Πράγματι, ο Νικηφόρος πήγε το 1672 στην Κωνσταντινούπολη, όπου κι απολογήθηκε κι όπου με δυσκολία κατόρθωσε ν’ αποφύγει τις εναντίον του κυρώσεις. Αξίζει ωστόσο να σημειωθεί ότι ο καθαιρεθείς πατριάρχης Παρθένιος μετά από τέσσερα χρόνια ανήλθε ξανά στον οικουμενικό θρόνο (για τέταρτη φορά).
Κατά τη διάρκεια της παραμονής του αρχιεπισκόπου Νικηφόρου στην Κωνσταντινούπολη συζητήθηκε στο Οικουμενικό Πατριαρχείο αίτηση των μοναχών του μοναστηριού Κύκκου κι εξεδόθη πατριαρχικό σιγιλλιώδες γράμμα (Δεκέμβριος του 1672) που προσυπεγράφη και από τον Κύπριο αρχιεπίσκοπο. Με αυτό αναγνωρίζονταν τα προνόμια του μοναστηριού, ως βασιλικού και σταυροπηγιακού.
Ο Νικηφόρος επανήλθε στην Κύπρο το 1673. Τον επόμενο χρόνο παραιτήθηκε του αξιώματός του και απεσύρθη.
Όπως ελέχθη και πιο πάνω, ο αρχιεπίσκοπος Νικηφόρος είναι γνωστός και από επιστολή του προς τον δούκα της Σαβοΐας Κάρολο Β', με την οποία τον καλούσε να αναλάβει αγώνα για απελευθέρωση της Κύπρου από τον τουρκικό ζυγό. Η προσέγγιση του Κυπρίου ιεράρχη προς τον δούκα της Σαβοΐας έγινε μέσω απεσταλμένου του, του Αμμοχωστιανού εμπόρου Λοΐζου Μπάρρη (Louis de Barrie ή και Luici de Barie, όπως αναφέρεται). Η προσπάθεια αυτή, όπως κι αρκετές άλλες πιο πριν προς το δουκάτο της Σαβοΐας, απέτυχε (βλέπε λήμμα Σαβοΐα και Κύπρος).
Ο αρχιμανδρίτης Κυπριανός αναφέρει τον Νικηφόρο στην Χρονολογική Ἱστορία του, ως ένα των Κυπρίων αρχιεπισκόπων που είχαν μεταβεί στην Κωνσταντινούπολη κατά καιρούς στην περίοδο της Τουρκοκρατίας, με σκοπό να επιτύχουν καλύτερες συνθήκες για τον υπόδουλο Ελληνισμό της Κύπρου. Δεν είναι γνωστό εάν ο Νικηφόρος είχε πάει στην Κωνσταντινούπολη γι’ αυτό τον σκοπό, πέραν από τη μετάβασή του το 1672 για ν’ απολογηθεί στο πατριαρχείο. Επί ημερών του, πάντως, η Κύπρος υπέφερε και από την τυραννία του δραγομάνου Μαρκουλλή. Ο Μαρκουλλής* κατέλαβε το αξίωμα του δραγομάνου αφού βοηθήθηκε από Κυπρίους εμπόρους και ίσως κι από την Εκκλησία της Κύπρου και τον ίδιο τον Νικηφόρο όταν βρισκόταν φυλακισμένος στην Κωνσταντινούπολη με κατηγορία για καταχρήσεις. Με τη βοήθεια και ισχυρών παραγόντων στην Κωνσταντινούπολη, όχι μόνο απέφυγε την περαιτέρω τιμωρία, όχι μόνο αποφυλακίστηκε, αλλά έγινε και δραγομάνος της Κύπρου. Όταν μάλιστα έφθασε στο νησί, τον Οκτώβριο του 1669, τον υποδέχθηκαν οι αγάδες και ο αρχιεπίσκοπος. Πολύ σύντομα όμως απεδείχθη πόσο απάνθρωπος και σκληρός ήταν, κι οι ίδιοι που συνέτειναν στην άνοδό του στο αξίωμα του δραγομάνου — περιλαμβανομένου και του αρχιεπισκόπου Νικηφόρου — άρχισαν τώρα να εργάζονται για την εκδίωξή του και την απαλλαγή του νησιού από αυτόν. Ωστόσο το τέλος του Μαρκουλλή (αναφέρεται ότι σκοτώθηκε από Γενιτσάρους) τοποθετείται στα τέλη του 1675 ή τις αρχές του 1676 ή λίγο αργότερα, δηλαδή σε σύντομο σχετικά διάστημα μετά την παραίτηση του Νικηφόρου από το αξίωμα του αρχιεπισκόπου.