Λόγιος και σημαντικός εκπαιδευτικός του 19ου αιώνα. Γεννήθηκε στα τέλη του 18ου αιώνα στη Λάρνακα και πέθανε το 1861. Πατέρας του ήταν ο Μικέλλης, πρόξενος στην Κύπρο της Ρωσίας. Σε ηλικία 7 χρόνων, ο Ονούφριος Μικελλίδης εστάλη στην Κωνσταντινούπολη, κοντά στον θείο του μητροπολίτη Νικομηδείας Αθανάσιο. Εκεί μπόρεσε να μορφωθεί, φοιτώντας στη Μεγάλη του Γένους Σχολή όπου, μεταξύ άλλων, διδάχθηκε από τον διευθυντή της, Σαμουήλ* τον Κύπριο. Μάλιστα μετά την αποφοίτησή του παρέμεινε για λίγο ακόμη στην Κωνσταντινούπολη, όπου εργάστηκε ως δάσκαλος στη Σχολή και βοηθός του γηραιού Σαμουήλ.
Στην Κωνσταντινούπολη νυμφεύθηκε την Αννίκκα, θυγατέρα του μεγάλου δραγομάνου της Κύπρου Χατζηγεωργάκη Κορνέσιου*. Επέστρεψε με την οικογένειά του στην Κύπρο το 1830.
Μετά την επιστροφή του στο νησί, ανέλαβε τη διεύθυνση της Ελληνικής* Σχολής Λευκωσίας. Η Σχολή αυτή (αργότερα Παγκύπριο Γυμνάσιο), που είχε ιδρυθεί από τον αρχιεπίσκοπο Κυπριανό το 1811, είχε λειτουργήσει μέχρι το 1821, οπότε έκλεισε εξαιτίας των εκτεταμένων σφαγών. Αργότερα, ο αρχιεπίσκοπος Πανάρετος επαναλειτούργησε τη Σχολή, το 1830, οπότε κάλεσε και τον Ονούφριο Μικελλίδη να έλθει στην Κύπρο για ν' αναλάβει τη διεύθυνσή της.
Διευθυντής της Σχολής αλλά και δάσκαλος σ' αυτήν, εργάστηκε ο Μικελλίδης για μια δεκαετία, δηλαδή μέχρι το 1840 οπότε απεσύρθη. Διάδοχός του στη διεύθυνση της Σχολής διορίστηκε ο Λεόντιος (1840-1845), μετά δε απ' αυτόν ανέλαβε ο Ιωάννης Παυλίδης, γαμβρός του Ονούφριου Μικελλίδη.
Το 1855 ο Μικελλίδης επανήλθε στην Ελληνική Σχολή ως διευθυντής της, μέχρι το θάνατό του το 1861.