Ένας από τους πρώτους έξι Κυπρίους ευρωβουλευτές που εξελέγησαν το 2004, με την είσοδο της Κύπρου στην Ευρωπαϊκή Ένωση. Γεννήθηκε στη Λεμεσό το 1954. Σπούδασε ιατρική, ιατροδικαστική και άλλες σχετικές επιστήμες στα Πανεπιστήμια Λονδίνου, Κέιμπριτζ, Γλασκώβης και Ελλάδας. Εργάστηκε στην Κύπρο ως ιατροδικαστής από το 1994, ενώ είχε και ιατροδικαστική εμπλοκή σε υποθέσεις σε διάφορες άλλες χώρες.
Το 1996 εξελέγη βουλευτής του Δημοκρατικού Κόμματος και επανεξελέγη το 2001. Διετέλεσε κοσμήτορας της Βουλής και μέλος διαφόρων κοινοβουλευτικών επιτροπών, καθώς και της κοινοβουλευτικής ομάδας στη Διακοινοβουλευτική Ένωση και τη Μεικτή Κοινοβουλευτική Επιτροπή Κύπρου-Ευρωπαϊκής Ένωσης. Από τον Μάιο του 2003 εκπροσώπησε την Κύπρο στο Ευρωκοινοβούλιο ως παρατηρητής. Τον Ιούνιο του 2004 εξελέγη ως ένας των έξι συνολικά Κυπρίων ευρωβουλευτών. Στη θέση αυτή υπηρέτησε για μια θητεία. Στις ευρωεκλογές του 2009 κατήλθε ως ανεξάρτητος υποψήφιος, εξασφάλισε όμως μόνο 2.697 ψήφους (ποσοστό 0,88 %). Κατήλθε επίσης ως υποψήφιος στις προεδρικές εκλογές του Φεβρουαρίου 2008. Πήρε 3.460 ψήφους (ποσοστό 0,77 %).
Ο Μάριος Ματσάκης βρέθηκε αρκετές φορές στο επίκεντρο της δημοσιότητας, λόγω της ανάμειξής του σε ενέργειες που στρέφονταν κατά των βρετανικών βάσεων, ή είχαν σχέση με τις κατεχόμενες περιοχές. Τον Απρίλιο του 1998 συνελήφθη από τις αρχές των βάσεων όταν επεχείρησε να εισέλθει σε δικαστήριο των βάσεων, όπου αναμενόταν να δικαστεί ένας Ελληνοκύπριος για «αμελές οδήγημα και διατάραξη της ειρήνης».
Τον Ιούλιο του 2001 συνελήφθη από αστυνομικούς των βρετανικών βάσεων όταν κατάφερε να εισέλθει, χωρίς να γίνει αντιληπτός, στον περιφραγμένο χώρο όπου γίνονταν οι εργασίες για την ανέγερση νέας κεραίας στη βάση Ακρωτηρίου, σε οικολογικά ευαίσθητη περιοχή. Ακολούθησαν σοβαρά επεισόδια από 1.000 περίπου Ελληνοκύπριους που διαμαρτύρονταν για τη σύλληψη του βουλευτή. Κατά τα επεισόδια τραυματίστηκαν 30 αστυνομικοί των βάσεων και καταστράφηκαν πολλά αστυνομικά και ιδιωτικά αυτοκίνητα. Ο Μ. Ματσάκης αφέθηκε τελικά ελεύθερος.
Νέα σύλληψη του βουλευτή από τις αρχές των βάσεων έγινε τον Απρίλιο του 2007, όταν μαζί με άλλους οκτώ ευρωβουλευτές της Επιτροπής Περιβάλλοντος, Υγείας και Ασφάλειας των Τροφίμων του Ερωπαϊκού Κοινοβουλίου εισήλθε στην περιοχή της βάσης Ακρωτηρίου, για εξέταση του θέματος της εγκατάστασης βρετανικής γιγαντοκεραίας. Η σύλληψη του Μ. Ματσάκη έγινε καθώς εκκρεμούσαν εναντίον του δυο εντάλματα σύλληψης που αφορούσαν «πρόκληση κακόβουλης ζημιάς» και αναγραφή συνθημάτων, περιστατικά που σημειώθηκαν ένα χρόνο προηγουμένως στις βρετανικές βάσεις. Ο ευρωβουλευτής κατήλθε σε απεργία πείνας και δύο μέρες αργότερα αφέθηκε ελεύθερος και μεταφέρθηκε στο νοσοκομείο Λάρνακας.
Ο Μάριος Ματσάκης συνελήφθη και από τις κατοχικές αρχές, στις 31 Δεκεμβρίου 2005, όταν προσπάθησε να εισέλθει στα κατεχόμενα για «φιλοφρονητική επίσκεψη» στον Μεχμέτ Αλί Ταλάτ. Τον Ματσάκη συνόδευε μια ευρωβουλευτής από την Πολωνία και κοσμήτωρ του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου, η Γενοβέφα Γκράβοτσκα. Ο Κύπριος ευρωβουλευτής συνελήφθη στο οδόφραγμα του Λήδρα Πάλας, γιατί, όπως του αναφέρθηκε, ήταν καταζητούμενος, επειδή είχε αφαιρέσει την τουρκική σημαία από αφύλακτο φυλάκιο στην περιοχή Λουρουτζίνας, την 1η Νοεμβρίου 2005. Λίγες μέρες πριν από τη σύλληψή του, ο Ματσάκης είχε παραδώσει τη σημαία στις Βρυξέλλες, για να επιστραφεί στους Τούρκους. Αφέθηκε ελεύθερος στις 2 Ιανουαρίου 2006.