Στην τοποθεσία «Πετρερά», 1,5 περίπου χιλιόμετρο στα βόρεια του χωριού Μαραθόβουνος, ανασκάφηκε μικρή τρίκλιτη βασιλική που προφανώς χρησίμευε σαν εκκλησία του αγροτικού συνοικισμού που εκτείνεται ολόγυρά της. Η βασιλική είχε νάρθηκα και αίθριο στα δυτικά όπως οι πιο πολλές βασιλικές της Κύπρου. Είχε εσωτερικές διαστάσεις 21X14 μ. χωρίς την αψίδα και το αίθριο. Η βασιλική είχε μόνο μια αψίδα, στο μέσο του ανατολικού τοίχου. Η αψίδα ήταν και εσωτερικά και εξωτερικά ημικυκλική. Είχε χορδή 6,30 μ. και βέλος 3,10 μ. Τα κλίτη της βασιλικής χωρίζονταν με δυο πεσσοστοιχίες που είχαν πέντε πεσσούς η κάθε μια. Οι πεσσοστοιχίες κατέληγαν στον ανατολικό τοίχο σε ημικίονα. Τόσο οι πεσσοί όσο και ο ημικίονας ήσαν κτισμένοι με ακατέργαστους λίθους και γύψο, και ήσαν επενδυμένοι με στρώμα γύψου. Οι βάσεις και τα επίκρανα των πεσσών και το κιονόκρανο του ημικίονα ήσαν επίσης κατασκευασμένα με γύψο. Οι βάσεις ήσαν ιωνικού τύπου και το κιονόκρανο του ημικίονα κορινθιακού ρυθμού, όπως και στη βασιλική της Αγγελόκτιστης στο Κίτι και τη μικρή βασιλική κοντά στην Καλαβασό. Οι πεσσοί ενώνονταν με τόξα επενδυμένα με γύψο. Το μέσο κλίτος είχε πλάτος 6,60 μ. και τα πλάγια κλίτη 3,20 μ. το βόρειο και 3 μ. το νότιο. Τα πλάγια κλίτη χωρίζονταν από το μέσο κλίτος με θωράκια τα οποία στερεώνονταν στους πεσσούς και σε πεσσίσκο στο μέσο των διαστύλων. Αυτό φαίνεται από τις εγκοπές που υπάρχουν στην ανατολική και τη δυτική πλευρά των πεσσών και σε μισοκατεστραμμένο πεσσίσκο που βρέθηκε στο μέσο περίπου δυο βάσεων του βόρειου στυλοβάτη. Τα θωράκια ήσαν λίθινα διακοσμημένα με σταυρούς, κύκλους, ρόδακες και ανθέμια. Δυο από τα θωράκια που σώθηκαν σε καλή κατάσταση βρίσκονται σήμερα στο Μεσαιωνικό Μουσείο της Κύπρου στο κάστρο της Λεμεσού. Βρέθηκαν όμως και κομμάτια θωρακίων διάτρητα, φολιδωτά και δικτυωτά. Το βήμα της βασιλικής εκτεινόταν στο μέσο κλίτος μέχρι το μέσο του δεύτερου από τα ανατολικά διαστύλου σε σχήμα Π. Στο μέσο της δυτικής πλευράς υπήρχε θύρα πλάτους 0,90 μ. Μικρή θύρα υπήρχε και στη βόρεια πλευρά του περιτειχίσματος του βήματος. Το ανατολικό άκρο του βόρειου κλίτους χωριζόταν από το υπόλοιπο κλίτος με δυο θωράκια, τμήματα των οποίων βρέθηκαν στη θέση τους. Λόγω λαθραίας ανασκαφής καταστράφηκε το ανατολικό τμήμα του νότιου κλίτους και έτσι δεν είναι γνωστό αν χωριζόταν με παρόμοιο τρόπο. Φαίνεται όμως ότι το ανατολικό τμήμα του νότιου κλίτους χωριζόταν με τόξο. Υπάρχει η γνώμη ότι το ανατολικό τμήμα του νότιου κλίτους αποτελούσε «μαρτυρικό παρεκκλήσι» κατά συριακή επίδραση κι ότι το ανατολικό άκρο του βόρειου κλίτους είναι παστοφόριο. Τέτοιο παρεκκλήσι, μόνο στη βασιλική του Αποστόλου Βαρνάβα, κοντά στη Σαλαμίνα, υπάρχει στην Κύπρο και ίσως και στη βασιλική της Παναγίας στην Αφέντρικα του Ριζοκαρπάσου. Διάφορα ευρήματα στο ανατολικό άκρο του νότιου κλίτους της βασιλικής του Μαραθοβούνου υποστηρίζουν την άποψη αυτή.
Ο νάρθηκας της βασιλικής του Μαραθοβούνου είναι ορθογώνιος, διαστάσεων 3,50X14 μ. Το αίθριο της βασιλικής δεν έχει ανασκαφεί. Το δάπεδο τόσο του νάρθηκα όσο και του κυρίως ναού καλυπτόταν με γυψομάρμαρα.
Στ’ ανατολικά της βασιλικής, και σε απόσταση 25 μ., βρέθηκε μικρό κτίσμα με εσωτερικές διαστάσεις 9X4,30 μ. χωρίς την ημικυκλική, εσωτερικά, αψίδα που είναι εγγεγραμμένη σε ευθύ ανατολικό τοίχο. Η αψίδα έχει χορδή 2 μ. και βέλος 1 μ. Εσωτερικά κοντά στην αψίδα διαμορφώνεται σε σταυρό. Σε απόσταση 1,40 μ. από τον ανατολικό τοίχο και προσκολλημένη στον νότιο τοίχο βρέθηκε βάση κολόνας. Άλλη βάση κολόνας βρέθηκε 1 μ. δυτικότερα, και δίπλα απ’ αυτή, κατά μήκος του νότιου τοίχου, κολόνα από ασβεστόλιθο μήκους 2 μ. Ίσως παρόμοιες βάσεις και κολόνες υπάρχουν και στο βόρειο τοίχο που δεν έχει ερευνηθεί. Η εσωτερική διάρθρωση του κτίσματος αυτού, που αργότερα μετατράπηκε σε τρίκλιτο παρεκκλήσι, οδήγησε στο συμπέρασμα ότι πρόκειται, στην αρχική του μορφή, για βαπτιστήριο. Το δάπεδο του βαπτιστηρίου βρισκόταν κατά τρεις βαθμίδες πιο χαμηλά από την επιφάνεια του εδάφους και ήταν καλυμμένο με τετραγωνισμένες πλάκες κρυσταλλικής γύψου.