Υπηρεσία που υπάγεται στο υπουργείο Οικονομικών. Της υπηρεσίας προΐσταται ο γενικός λογιστής, ο οποίος διορίζεται από τον πρόεδρο της Δημοκρατίας.
Αποστολή του Γενικού Λογιστηρίου είναι η επίβλεψη και εποπτεία της συνταγματικής, νόμιμης και υπεύθυνης διαχείρισης των χρηματοοικονομικών λειτουργιών του Δημοσίου, υποστηρίζοντας τη διαδικασία λήψης αποφάσεων και διασφαλίζοντας την αποτελεσματική εφαρμογή της οικονομικής και δημοσιονομικής πολιτικής.
Πρωταρχικές αρμοδιότητες και ευθύνες του Γενικού Λογιστηρίου είναι:
1) Η διατήρηση ενός αξιόπιστου λογιστικού συστήματος, με σκοπό τη διασφάλιση ορθολογικής δημοσιονομικής και οικονομικής διαχείρισης.
2) Η έγκαιρη και ορθή πληρωμή όλων των υποχρεώσεων του Κράτους.
3) Η τήρηση του κρατικού μισθολογίου και η έγκαιρη και ορθή καταβολή των αποδοχών και των συνταξιοδοτικών ωφελημάτων των Αξιωματούχων της Δημοκρατίας, των κρατικών υπαλλήλων και του ωρομίσθιου κυβερνητικού προσωπικού.
4) Η ανάπτυξη των συστημάτων ελέγχου με στόχο την παροχή αξιόπιστων πληροφοριών που να υποστηρίζουν την αποτελεσματική οικονομική διαχείριση των πόρων του Δημοσίου.
5) Η χρηματοοικονομική διαχείριση συγκεκριμένων πόρων που παραχωρούν στη Δημοκρατία η Ευρωπαϊκή Ένωση, οι χώρες του Ευρωπαϊκού Οικονομικού Χώρου (ΕΟΧ), η Νορβηγία ξεχωριστά, και η Ελβετία.
6) Η διασφάλιση ενός υγιούς, αποτελεσματικού και αποδοτικού συστήματος δημόσιων συμβάσεων στην Κύπρο σύμφωνα με τις αρχές της διαφάνειας και της ίσης μεταχείρισης, που να συνάδει με το κοινοτικό κεκτημένο.