Η βασιλική της Παναγίας Λιμενιώτισσας βρίσκεται στην Κάτω Πάφο, κοντά στο λιμανάκι. Τμήματα της βασιλικής βρίσκονται κάτω από τον δρόμο που περνά στα βόρειά της και σε κτήματα, που δεν είχαν απαλλοτριωθεί, στα δυτικά και στα νότια. Το νοτιοανατολικό τμήμα της βασιλικής, περιλαμβανομένου και τμήματος του νότιου στυλοβάτη, καταστράφηκε το 1938 όταν ο ιδιοκτήτης παρακείμενου οικοπέδου ισοπέδωσε τον χώρο για να κτίσει καφεστιατόριο και κατοικία.
Η βασιλική της Λιμενιώτισσας είναι τρίκλιτη και έχει συνολικό μήκος 45 μ. και πλάτος 19 μ., μη συμπεριλαμβανομένων των διαδρόμων κατά μήκος του νοτίου και του βορείου κλίτους. Ο κυρίως ναός διαιρείτο με δυο σειρές κoλόvες στημένες σε χαμηλούς στυλοβάτες που είχαν μήκος 28,10μ. και κατέληγε στα ανατολικά σε αψίδα ημικυκλική εσωτερικά και πεντάπλευρη εξωτερικά. Η αψίδα έχει χορδή 6,28 μ. και βέλος 3 μ.
Οι τοίχοι της βασιλικής είχαν πάχος 0,70 μ. και ήσαν κτισμένοι με ακανόνιστους ή αδρά πελεκημένους πωρόλιθους που συγκρατούνταν με γύψο. Μόνο η αψίδα που είχε πάχος 1,50 μ. ήταν κτισμένη με πελεκητούς πωρόλιθους. Οι στυλοβάτες είχαν πλάτος 0,80 μ. και ήσαν κτισμένοι με μικρούς σχετικά πωρόλιθους. Μόνο στη θέση της κάθε κολόνας υπήρχαν μεγάλοι πωρόλιθοι, όσο το πλάτος του στυλοβάτη. Πάνω σ' αυτούς τους πωρόλιθους ήσαν τοποθετημένες οι βάσεις των κολόνων. Οι κιονοστοιχίες της βασιλικής κατέληγαν στα δυτικά σε ημικίονες που εφάπτονταν του δυτικού τοίχου. Τμήμα του δυτικού ημικίονα του βόρειου στυλοβάτη της βασιλικής έχει σωθεί. Ο ημικίονας αυτός ήταν από πωρόλιθο. Από πωρόλιθο ήταν και η βάση του ημικίονα που έπαθε πολλή φθορά από πυρκαγιά. Η ανεύρεση όμως μιας μαρμάρινης κολόνας, στο μέσο της βασιλικής, κοντά στον νότιο στυλοβάτη, ύψους 2,80 μ. και διαμέτρου κατά την βάση 0,54 μ., όπως και πολλών κομματιών άλλων μαρμάρινων κολόνων, φανερώνει ότι οι κιονοστοιχίες ήσαν από μαρμάρινες κολόνες που είχαν μαρμάρινες βάσεις και μαρμάρινα κιονόκρανα που καταστράφηκαν τον Μεσαίωνα και στα νεότερα χρόνια.
Ο κυρίως ναός επικοινωνούσε στα δυτικά με νάρθηκα πλάτους 4,5 μ. περίπου που εκτεινόταν αρχικά σ' όλο το πλάτος του κυρίως ναού, ενώ αργότερα, τουλάχιστον, επεκτάθηκε και πέραν του βόρειου και του νότιου τοίχου της βασιλικής. Η επικοινωνία του κυρίως ναού με τον νάρθηκα γινόταν με τρεις θύρες. Στα δυτικά του νάρθηκα υπήρχε εξωνάρθηκας πλάτους 5 μ. Είναι άγνωστο αν υπήρχε αίθριο, γιατί λόγω μεταγενέστερων κτισμάτων ο χώρος έχει παραμορφωθεί τελείως. Στο βόρειο άκρο του νάρθηκα υπάρχουν υπολείμματα κτιστής κλίμακος που πιθανότατα οδηγούσε σε υπερώα. Την ύπαρξη των υπερώων μαρτυρεί και η ανεύρεση μικρότερων κιόνων εντός του κυρίως ναού και του νάρθηκα.
Τα δάπεδα της βασιλικής ήταν καλυμμένα με μωσαϊκό δάπεδο και μαρμαροθέτημα. Το μεγαλύτερο μέρος του μωσαϊκού δαπέδου καταστράφηκε από μεταγενέστερους τάφους. Δυστυχώς η έλλειψη επιγραφών, οστράκων, αγγείων ή νομισμάτων στους τάφους αυτούς καθιστά αδύνατη τη χρονολόγησή τους. Τα πλάγια κλίτη ήσαν καλυμμένα με μωσαϊκό δάπεδο, ενώ το μέσο κλίτος ήταν καλυμμένο με μαρμαροθέτημα. Οι τοίχοι της βασιλικής ήσαν επενδυμένοι με πλάκες άσπρου μαρμάρου μέχρις ορισμένου ύψους. Τα κατώτερα τμήματα της ορθομαρμάρωσης αυτής βρέθηκαν στο δυτικό τμήμα του νότιου κλίτους της βασιλικής.
Κατά την ανασκαφή βρέθηκαν τεμάχια μαρμάρινων θωρακίων, κιονόκρανων, μαρμάρινης πλάκας τράπεζας διακοσμημένης με στεφάνι δάφνης που περικλείει σταυρό, πεσσίσκος τέμπλου διακοσμημένος με βλαστό αμπέλου που φυτρώνει από κάνθαρο.
Η βασιλική κτίσθηκε τον 5ο αιώνα και καταστράφηκε πιθανότατα το 653 κατά τη δεύτερη αραβική επιδρομή εναντίον της Κύπρου κατά την οποία κατελήφθη η Πάφος και καταστράφηκε. Η βίαιη καταστροφή της βασιλικής φαίνεται όχι μόνο από την καταστροφή των αρχιτεκτονικών μελών αλλά και την πυρκαγιά που απανθράκωσε δάπεδα και τοίχους. Μετά την καταστροφή ο χώρος χρησιμοποιήθηκε από τους Άραβες για διάφορους άλλους σκοπούς, όπως δείχνουν τα διάφορα κτίσματα και οι αραβικές επιγραφές τόσο στις τρεις κολόνες που σώθηκαν όσο και στο δάπεδο ενός δωματίου στα βόρεια της βασιλικής. Μετά την αποχώρηση της αραβικής δύναμης που εγκαταστάθηκε στην Πάφο το 680, και ίσως στις αρχές του 8ου αιώνα, κτίσθηκε στον χώρο της βασιλικής άλλη, μικρότερων διαστάσεων τρίκλιτη βασιλική, που καλυπτόνταν με κτιστούς θόλους όπως δείχνει η επιμελέστερη τοιχοδομία και το πάχος των τοίχων. Τα κλίτη της βασιλικής αυτής χωρίζονταν με τοξοστοιχίες που έβαιναν σε ισχυρούς κτιστούς πεσσούς. Η δεύτερη αυτή βασιλική καταστράφηκε από σεισμό λίγο μετά το 1159. Η καταστροφή της βασιλικής από τον σεισμό αναφέρεται από τον άγιο Νεόφυτο στην ομιλία του Περί σεισμῶν διαφόρων καί ζήτησις περί τούτων καί περί Θεοῦ κηδεμονίας. Ύστερα από την καταστροφή της δεύτερης αυτής βασιλικής κτίσθηκε στο μέσο κλίτος μικρό παρεκκλήσι. Για τον σκοπό αυτό εντοιχίσθηκαν τα τόξα των δυο τοξοστοιχιών που χώριζαν τα κλίτη και κτίσθηκε εγκάρσιος τοίχος στο μέσο περίπου του μέσου κλίτους. Ο χώρος μεταξύ του βόρειου τοίχου του παρεκκλησίου αυτού και του βόρειου τοίχου της δεύτερης βασιλικής στεγάσθηκε με δοκίδες και σανίδες. Κατά την ανασκαφή βρέθηκαν κονιορτοποιημένες οι δοκίδες και οι σανίδες και τα καρφιά που είχαν χρησιμοποιηθεί για τη στερέωση των σανίδων στις δοκίδες, πάνω στο δάπεδο. Το παρεκκλήσι αυτό σωζόταν μέχρι τα τελευταία χρόνια της Τουρκοκρατίας.