Η εκκλησία του Αγίου Λαζάρου στη Λάρνακα είναι μια από τις τρεις εκκλησίες με τρεις τρούλλους που υπάρχουν στην Κύπρο. Οι τρεις αυτές εκκλησίες (η ερειπωμένη εκκλησία που κτίσθηκε στο διάδρομο που οδηγεί από τη βασιλική του Αγίου Επιφανίου στο βαπτιστήριό της, η εκκλησία του Αποστόλου Βαρνάβα και αυτή του Αγίου Λαζάρου) διαφέρουν από τις άλλες πολύτρουλλες εκκλησίες της Κύπρου και τυπολογικά και μορφολογικά. Ενώ δηλαδή οι άλλες πολύτρουλλες εκκλησίες (Αγία Παρασκευή Γεροσκήπου, Άγιοι Βαρνάβας και Ιλαρίων Περιστερώνας) ανήκουν στον τύπο της καμαροσκέπαστης βασιλικής, οι τρεις αυτές εκκλησίες αποτελούν ιδιαίτερο τύπο. Στον τύπο αυτό συνδυάζονται τρεις συνεπτυγμένοι εγγεγραμμένοι σταυροειδείς με τρούλλο. Από τον καθένα δηλαδή εγγεγραμμένο σταυροειδή λείπει μια από τις κατά τον κατά μήκος άξονα καμάρες.
Η εκκλησία του Αγίου Λαζάρου έχει εσωτερικό μήκος 31,50 μ. περιλαμβανομένης και της κεντρικής αψίδας και πλάτος 14,50 μ. Κτίσθηκε στα ερείπια παλαιότερου κτιρίου, η μορφή του οποίου δεν είναι εξακριβωμένη. Το παλαιότερο αυτό κτίριο είχε κτισθεί σε ελληνιστικό-ρωμαϊκό νεκροταφείο στο οποίο, όπως πιστεύεται, είχε ταφεί και ο άγιος Λάζαρος. Ανασκαφές που έγιναν έφεραν στο φως πολλούς κτιστούς κιβωτιόσχημους τάφους και σαρκοφάγους, μερικοί από τους οποίους φαίνονται στην κρύπτη της εκκλησίας. Η αρχική μορφή της εκκλησίας έχει αλλοιωθεί σημαντικά από τις επεμβάσεις που έγιναν σε μεταγενέστερα χρόνια. Έτσι οι τρούλλοι έχουν καταστραφεί πιθανότατα από σεισμό και δεν ξανακτίσθηκαν. Είναι άγνωστο πότε καταστράφηκαν.
Το 1474, ο επισκέπτης Αλεσσάντρο Ρινουντσίνι από την Φλωρεντία γράφει ότι είδε τότε την εκκλησία να ήταν μεν μισοερειπωμένη αλλά να της απομένουν ακόμη οι τρεις της τρούλλοι. Ο επισκέπτης αυτός προσθέτει ότι «τώρα οι άπιστοι κάτοικοι αυτής της χώρας την μετέτρεψαν [=την εκκλησία] σε στάβλο για τα γαϊδούρια και τους χοίρους τους».
Με τον όρο «άπιστοι» προφανώς εννοούσε τους Έλληνες Κυπρίους που ήσαν Ορθόδοξοι και όχι Καθολικοί, εφόσον τότε, το 1474, δεν υπήρχαν ακόμη Μουσουλμάνοι κάτοικοι στην Κύπρο. Βεβαίως «στάβλος» δεν ήταν δυνατό να μετατρεπόταν ο ναός, αλλά ο επισκέπτης θα είδε ζώα στο προαύλιο και στα γύρω υποστατικά.
Ο γνωστός περιηγητής του 17ου αιώνα Πιέτρο ντελλα Βάλλε, που είχε επισκεφθεί την Κύπρο το 1625, μας δίνει επίσης μαρτυρία ότι τότε οι τρεις τρούλλοι του ναού εξακολουθούσαν να υπάρχουν.
Άρα, η καταστροφή των τριών τρούλλων θα πρέπει να είχε γίνει κάπου μεταξύ του 1625 (που υπήρχαν ακόμη) και του 1734 (οπότε, σύμφωνα προς τη μαρτυρία του Μπάρσκυ, οι τρούλλοι δεν υφίσταντο). Ωστόσο στο διάστημα αυτού του αιώνα (από το 1625 μέχρι το 1734) δεν μαρτυρείται να είχε συμβεί οποιοσδήποτε μεγάλος σεισμός στην Κύπρο, και ιδίως στη Λάρνακα, μάλιστα τόσο ισχυρός ώστε να μην κατέστρεφε έναν ή δύο τρούλλους, αλλά να κατέστρεφε ολοκληρωτικά και τους τρεις, χωρίς όμως να προκαλέσει άλλες σοβαρές καταστροφές στον ναό. Έτσι, νομίζουμε ότι η καταστροφή των τριών τρούλλων από σεισμό, είναι μία πολύ απομακρυσμένη πιθανότητα που μάλλον θα πρέπει να αποκλεισθεί.
Η μόνη, συνεπώς, άλλη εξήγηση που μένει, είναι ότι οι τρεις τρούλλοι του ναού αφαιρέθηκαν σκόπιμα. Θεωρούμε πολύ πιθανό οι τρούλλοι να αφαιρέθηκαν ύστερα από εντολή κάποιου Τούρκου κυβερνήτη ή άλλου αξιωματούχου, για να μην δεσπόζουν της πόλης και να μην «επισκιάζουν», τους μιναρέδες που στο μεταξύ (μετά την Οθωμανική κατάκτηση του 1570)είχαν ανεγερθεί. Είναι γνωστό ότι, κατά την περίοδο της Οθωμανικής κατοχής, οι Τούρκοι δεν επέτρεπαν την ανέγερση καμπαναριών στους χριστιανικούς ναούς, γι' αυτό και σε όλες τις παλαιές εκκλησίες της Κύπρου τα καμπαναριά είναι νεότερα κτίσματα.
Κατά τον ίδιο τρόπο, η επιβλητικότητα των τρούλλων του ναού φαίνεται ότι είχε και αυτή ενοχλήσει τους Τούρκους, που διέταξαν την καταστροφή τους. Γι’ αυτό εξ άλλου οι τρούλλοι είναι ως σήμερα ομοιόμορφα «κομμένοι» από τη βάση τους.
Το 1734 όταν επισκέφθηκε και σχεδίασε την εκκλησία ο Ρώσος μοναχός Βασίλι Μπάρσκυ, ήσαν ήδη κατεστραμμένοι. Η τοιχοδομία έχει αλλοιωθεί σημαντικά, ιδιαίτερα οι εξωτερικές όψεις της εκκλησίας είτε λόγω προσθηκών είτε λόγω ανακατασκευής των ανοιγμάτων. Στη νότια πλευρά προστέθηκε ανοικτή στοά που καλύπτει τον νότιο τοίχο. Για τη στήριξη των 7 σταυροθολίων της στοάς προστέθηκε στον νότιο τοίχο της εκκλησίας τοίχος 45 εκ. που κάλυψε τελείως την αρχική του όψη. Επεμβάσεις έγιναν κατά καιρούς και στον βόρειο τοίχο με αποτέλεσμα να αλλοιωθεί η όψη του. Μικρότερες επεμβάσεις έγιναν και στον δυτικό τοίχο.
Η εκκλησία καταλήγει σε τρεις αψίδες στ’ ανατολικά. Η κεντρική αψίδα είναι πεντάπλευρη εξωτερικά και ημικυκλική εσωτερικά. Έχει χορδή 4,50 μ. και βέλος 2,90 μ. Η βόρεια και η νότια αψίδα είναι τρίπλευρες εξωτερικά και ημικυκλικές εσωτερικά. Η βόρεια αψίδα έχει χορδή 2,65 μ. και βέλος 1,30 μ. και η νότια αψίδα χορδή 2,50 και βέλος 1,35 μ.
Μετά την πυρκαγιά που ξέσπασε το Μάιο του 1970 και είχε σαν αποτέλεσμα τη μερική καταστροφή του εικονοστασίου, άρχισε συστηματική έρευνα της εκκλησίας που είχε σαν αποτέλεσμα την ανεύρεση στοιχείων που βοηθούν στην αρχική αποκατάσταση των όψεων και των αναλογιών της. Μετά την αφαίρεση των σοβάδων που κάλυπταν τους πεσσούς, τους τοίχους και τους θόλους της εκκλησίας, βρέθηκαν τα αρχικά παράθυρα. Αυτά είναι στενόμακρα και φθάνουν σε μικρή απόσταση από το δάπεδο (1,10 μ.). Το πλάτος των παραθύρων αυτών κυμαίνεται από 0,80 έως 1,30 μ. και το ύψος τους από 3,80 έως 4,15 μ. Δεύτερη σειρά παραθύρων που υφίσταται μέχρι σήμερα, υπάρχει ψηλότερα στους τοίχους πάνω από τ’ αρχικά παράθυρα. Η μορφή αυτή των παραθύρων θυμίζει μεσοβυζαντινές εκκλησίες της Κωνσταντινουπόλεως, ενώ είναι τελείως άγνωστη στην Κύπρο. Βρέθηκαν επίσης στον δυτικό τοίχο τα υπολείμματα δυο θυρών που οδηγούσαν στο νοτιοδυτικό και το βορειοδυτικό διαμέρισμα της εκκλησίας, όπως στην εκκλησία του Αποστόλου Βαρνάβα κοντά στη Σαλαμίνα και τις καμαροσκέπαστες βασιλικές της Αφέντρικας Ριζοκαρπάσου. Η σημερινή θύρα στο μέσο του δυτικού τοίχου είναι η αρχική είσοδος, αλλά διευρυμένη. Οι θύρες που υπάρχουν στο μέσο του βόρειου και του νότιου τοίχου ανοίχθηκαν κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας. Κατά την περίοδο αυτή, και πιθανότατα τον 17ο αιώνα, ανοίχθηκαν και τα υφιστάμενα σήμερα παράθυρα με τα χαμηλωμένα τόξα στον βόρειο και τον νότιο τοίχο της εκκλησίας όπως φανερώνει η μορφή τους.
Η έρευνα που έγινε στο εσωτερικό της εκκλησίας απέδειξε ότι κάτω από το νεότερο δάπεδο που ήταν στο επίπεδο περίπου της αυλής υπήρχαν τρία άλλα παλαιότερα δάπεδα. Το ένα σε βάθος 0,40 μ., το άλλο 0,70 μ. και το αρχικό δάπεδο σε βάθος 0,85 μ. κάτω από το νεότερο. Τα δάπεδα αυτά που αποτελούνταν από γυψομάρμαρα πολύ κατεστραμμένα, είχαν διαταραχθεί από νεότερες επεμβάσεις. Το αρχικό δάπεδο, αποτελείτο από πολύχρωμα πλακίδια μαρμάρου σε σχήμα ορθογώνιο, τετράγωνο, ρομβοειδές ή τριγωνικό και σώθηκε μόνο στις τοξωτές διόδους των πεσσών της εκκλησίας. Η αφαίρεση των μεταγενεστέρων επιχώσεων από το εσωτερικό είχε σαν αποτέλεσμα και την αποκατάσταση των εσωτερικών αναλογιών της εκκλησίας. Κατά την κατασκευή αποστραγγιστικών αυλάκων κατά μήκος των τοίχων του ναού δεν βρέθηκαν ενδείξεις ότι αρχικά η εκκλησία ήταν σταυρόσχημη όπως υποστήριξε ο Ν. Κυριαζής.
Η εκκλησία πολύ πιθανόν να ήταν διακοσμημένη με τοιχογραφίες. Δυστυχώς επανειλημμένες φυσικές καταστροφές αλλά και επεμβάσεις είχαν σαν αποτέλεσμα την ολοκληρωτική καταστροφή των τοιχογραφιών της εκκλησίας. Καταστράφηκαν ακόμη τα υπολείμματα τοιχογραφιών που αναφέρει ο Ν. Κυριαζής ότι βρέθηκαν τον Αύγουστο του 1933.
Ακριβής χρονολόγηση της εκκλησίας δεν είναι εύκολη. Γενικά πιστεύεται ότι κτίσθηκε γύρω στο 900 με τη βοήθεια του αυτοκράτορα Λέοντος Στ΄ του Σοφού, σαν αντάλλαγμα για τη μεταφορά των λειψάνων του αγίου Λαζάρου στην Κωνσταντινούπολη.
Η ανοικτή στοά που κτίσθηκε στη νότια πλευρά της εκκλησίας πρέπει να χρονολογείται στα τελευταία χρόνια της Φραγκοκρατίας. Αυτό φανερώνει η μορφή των πεσσών με τους τρεις ημικίονες που είναι προσκολλημένοι σ’ αυτούς, η μορφή των τόξων και των σταυροθολίων.
Το καμπαναριό της εκκλησίας κτίσθηκε το 1857.
Η λεγόμενη σαρκοφάγος του αγίου Λαζάρου δεν έχει οποιαδήποτε επιγραφή. Πιθανότατα είναι των Ελληνιστικών χρόνων. Αντίθετα, άλλη σαρκοφάγος που βρέθηκε βορειότερα τοποθετημένη με κατεύθυνση Β-Ν, κάτω από την Αγία Τράπεζα, φέρει την επιγραφή ΦΙΛΙΟΥ. Σ’ αυτή δηλαδή είχε ενταφιασθεί κάποιος με το όνομα ΦΙΛΙΟΣ. Το όνομα αυτό είναι κύριο και απαντάται στην Ελληνιστική και Ρωμαϊκή περίοδο στην Κύπρο.
Στην εκκλησία του Αγίου Λαζάρου διασώζεται ξυλόγλυπτος άμβωνας του 1731 και ξυλόγλυπτο εικονοστάσιο που κατασκευάσθηκε μεταξύ 1773-1781. Μερικές από τις εικόνες του εικονοστασίου είναι έργα του ζωγράφου Μιχαήλ Προσκυνητού από τη Μαραθάσα κατά τα τελευταία χρόνια του 18ου αιώνα. Ο Μιχαήλ Προσκυνητής που είχε συνεργασθεί με τον Μιχαήλ τον Θεσσαλονικέα, υπήρξε μακροβιότατος και εξακολουθούσε να ζωγραφίζει μέχρι την ηλικία των 98 ετών. Στην εκκλησία όμως υπάρχουν πολύ παλαιότερες εικόνες. Η πιο σημαντική είναι εικόνα του αγίου Λαζάρου, τοποθετημένη σήμερα στον βόρειο τοίχο της εκκλησίας κοντά στο εικονοστάσιο που χρονολογείται στα μέσα του 16ου αιώνα. Νεότερη (17ος αιώνας) είναι η Έγερση του Λαζάρου. Αρκετά καλή είναι και η εικόνα του έφιππου αγίου Γεωργίου (1717) έργο του Ιακώβου Μόσκου του Κρητός.