Κύριλλος Λούκαρις
Οικουμενικός πατριάρχης από το 1620 μέχρι το 1638 οπότε δολοφονήθηκε. Κατά το διάστημα αυτό ανήλθε στον πατριαρχικό θρόνο πέντε συνολικά φορές κι άλλες τόσες εκθρονίστηκε μέχρι την εκτέλεσή του με στραγγαλισμό από Γενιτσάρους στις 27 Ιουνίου 1638. Η καταγωγή του ήταν από την Ήπειρο αλλά γεννήθηκε στο Ηράκλειο Κρήτης το 1572. Υπήρξε μαθητής του Μελετίου Βλαστού πριν μεταβεί στην Ιταλία για περαιτέρω σπουδές που τις ολοκλήρωσε το 1593. Σε ηλικία 21 χρόνων ενεδύθη το μοναχικό σχήμα, αφού εκλήθη να υπηρετήσει κοντά στον πατριάρχη Αλεξανδρείας Μελέτιο Πηγά. Ο τελευταίος του ανέθεσε διάφορες αποστολές στη Ρωσία και στην Πολωνία όπου η Ορθοδοξία εκτοπιζόταν από τον Καθολικισμό. Το 1601 διαδέχθηκε στον πατριαρχικό θρόνο Αλεξανδρείας τον Μελέτιο Πηγά που είχε πεθάνει και το 1606 ασχολήθηκε με την επίλυση προβλημάτων της Κυπριακής Εκκλησίας. Το 1611 πήγε στην Κωνσταντινούπολη για να ενισχύσει την Ορθοδοξία που κι εκεί επλήττετο από τη μεγάλη διαμάχη Καθολικών και Προτεσταντών. Το 1612 έγινε «επιτηρητής» του οικουμενικού θρόνου, ευρισκόμενος όμως στο κέντρο μιας άγριας διαμάχης και συκοφαντούμενος συνεχώς. Πήγε στη συνέχεια στη Βλαχία κι επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη το 1615. Οι μετακινήσεις του σχετίζονταν με τις αδιάκοπες ανησυχίες του για την τύχη της Ορθοδοξίας που κινδύνευε από τις μεγάλης εκτάσεως επιθέσεις του Καθολικισμού. Τον Νοέμβριο του 1620 εξελέγη οικουμενικός πατριάρχης και από το νέο του αξίωμα συνέχισε τον αγώνα του υπέρ της Ορθόδοξης Εκκλησίας. Τον Απρίλιο του 1623 εκθρονίστηκε, αλλά λίγους μήνες αργότερα επανήλθε στον πατριαρχικό θρόνο, οπότε η Λατινική Εκκλησία του πρότεινε εκεχειρία την οποία δεν αποδέχτηκε. Τότε ο πόλεμος των Δυτικών κατά του Λουκάρεως είχε ενταθεί κι έγινε πολυμέτωπος. Ο σουλτάνος αναγκάστηκε να τον εκθρονίσει άλλες τρεις φορές, αλλά και ν' αποδεχθεί την επαναφορά του. Την πέμπτη φορά τον απήγαγαν, αλλά κατόρθωσε να σωθεί. Τελικά οι Λατίνοι τον κατηγόρησαν στον σουλτάνο ότι ήταν υποκινητής επαναστάσεως, με αποτέλεσμα να δολοφονηθεί. Μετά τον στραγγαλισμό του, οι Γενίτσαροι πέταξαν το πτώμα του στη θάλασσα.
Με την Κύπρο ο Κύριλλος Λούκαρις συνδέθηκε στενότερα το 1606, οπότε τον Ιανουάριο του χρόνου αυτού ήλθε στο νησί όπου παρέμεινε για λίγους μήνες. Η αποστολή του στην Κύπρο σχετιζόταν προς σοβαρή αναταραχή στους κόλπους της Κυπριακής Εκκλησίας εξαιτίας της διαμάχης μεταξύ του καθαιρεθέντος το 1600 αρχιεπισκόπου Κύπρου Αθανασίου Α' και του διαδόχου του Βενιαμίν. Ο δεύτερος αναγκάστηκε σε παραίτηση το 1604, οπότε ακολούθησε περίοδος σοβαροτέρων ανωμαλιών στις οποίες αναμείχθηκαν και οι επίσκοποι του νησιού, ιδίως ο Πάφου Λεόντιος και ο Ταμασέων Ιάκωβος τους οποίους ο Λούκαρις ονόμασε ταῖς ἀληθείαις ἐχθρούς, τῆς Ἐκκλησίας ἐξολοθρευτάς, τῆς ἱερωσύνης καταφρονητάς και τους απέδωσε και άλλους ακόμη βαρείς χαρακτηρισμούς. Κατηγόρησε επίσης ο Λούκαρις και τον επίσκοπο Αμμοχώστου Μωυσή.
Η αναστάτωση στους κόλπους της Κυπριακής Εκκλησίας ήταν τόσο σοβαρή — σημειώθηκαν ακόμη κι εγκλήματα — ώστε οι Κύπριοι ζήτησαν τη βοήθεια του σοφού πατριάρχη Κυρίλλου Λουκάρεως (βλέπε και λήμμα Αμμόχωστος). Ο Λούκαρις ήλθε τότε στην Κύπρο όπου κήρυξε πέντε τουλάχιστον φορές, από τις 15 Ιανουαρίου μέχρι τις 18 Απριλίου του 1606, όπως προκύπτει από αναφορά του ιδίου σε μια από τις σωζόμενες επιστολές του που κατά καιρούς έστειλε στο νησί αργότερα. Από άλλα κείμενα αναφορών του, προκύπτει ότι ο Λούκαρις βρήκε ένοχους τόσο τον αρχιεπίσκοπο Αθανάσιο όσο και τον αρχιεπίσκοπο Βενιαμίν για την αναταραχή. Με ενέργειές του η τάξη τελικά αποκαταστάθηκε και εξελέγη νέος αρχιεπίσκοπος ο Χριστόδουλος, τον οποίο και χειροτόνησε ο ίδιος ο Λούκαρις. Εξαιτίας ασθένειάς του όμως, ο Λούκαρις παρέμεινε για λίγο ακόμη στην Κύπρο πριν επιστρέψει στην Αλεξάνδρεια.
Η επέμβαση του Κυρίλλου Λουκάρεως στα εκκλησιαστικά πράγματα της Κύπρου φαίνεται ότι είχε γίνει χωρίς προγενέστερη γνώση του πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως που εξέφρασε δυσαρέσκεια, γι' αυτό κι ο Λούκαρις αναγκάστηκε ν' αποστείλει προς αυτό μακροσκελή δικαιολογητική επιστολή στην οποία, μεταξύ άλλων, αναφέρει ότι η επέμβασή του στην Κύπρο ήταν ἀγάπης ἔργον κι ότι τίποτε το αξιόμεμπτο δεν υπήρχε στην πρωτοβουλία του.
Αργότερα, ως οικουμενικός πατριάρχης, ο Κύριλλος Λούκαρις εξακολούθησε, παρά τον σκληρό αγώνα που διεξήγε ενάντια στους ισχυρούς αντιπάλους του, να διατηρεί επαφές με την Κυπριακή Εκκλησία. Μεταξύ άλλων, εξέδωσε το 1631 σιγιλλιώδες γράμμα διά του οποίου αναγνωριζόταν ως σταυροπηγιακό και ασύδοτο και ανενόχλητο το μοναστήρι του Αγίου Νεοφύτου στην Πάφο.
Ο αγώνας των Ιησουιτών, Προτεσταντών και άλλων δυτικών ιεραποστόλων να προσηλυτίσουν τους Ορθοδόξους της Ανατολής, ήταν το σοβαρότερο πρόβλημα που δυναμικά αντιμετώπισε ως πατριάρχης Αλεξανδρείας και Κωνσταντινουπόλεως αργότερα, ο Κύριλλος Λούκαρις, επί ημερών του οποίου η διαμάχη της Δυτικής με την Ανατολική Εκκλησία μετετράπη σε λυσσαλέο πόλεμο, του οποίου θύμα υπήρξε κι ο ίδιος ο Λούκαρις. Υπήρξε, βέβαια, και σοβαρός αντίκτυπος στην Κύπρο. Επί ημερών του κυκλοφόρησε στην Κωνσταντινούπολη κι ευρύτατα μια Ὁμολογία τῆς Χριστιανικῆς Πίστεως που απηχούσε δήθεν την διδασκαλία της Ορθόδοξης Εκκλησίας και που είχε αποδοθεί στον ίδιο τον Λούκαρι. Στην πραγματικότητα η Ὁμολογία αυτή ήταν καλβινίζουσα. Μετά τη θανάτωση του Κυρίλλου Λουκάρεως συνήλθε αμέσως μετά (1638) στην Κωνσταντινούπολη τοπική σύνοδος που ασχολήθηκε με το ζήτημα των Καλβινιστών. Μια δεύτερη σύνοδος συνήλθε στο Ιάσιον το 1642. Οι Καλβινιστές συνέχισαν όμως να διαδίδουν ότι η Ὁμολογία ήταν γνήσιο έργο του Λουκάρεως, πράγμα που εξακολούθησε να έχει ευρεία απήχηση στην Κύπρο. Η Κυπριακή Εκκλησία συγκρότησε τότε τοπική σύνοδο στις 8 Απριλίου 1668 κι ασχολήθηκε επίσης με το θέμα, επί αρχιεπισκοπείας Νικηφόρου.