Κόρη του βασιλιά της Κύπρου Ιωάννη Β΄ (1432 - 1458) και της Ελληνίδας συζύγου του και βασίλισσας της Κύπρου Ελένης Παλαιολογίνας. Αδελφή της μετέπειτα βασίλισσας της Κύπρου Καρλόττας (1458 -1460). Η Κλεοπάτρα ήταν πρωτότοκη, συνεπώς διάδοχος του θρόνου, αλλά πέθανε σε μικρή ηλικία.