Υπό τους Βυζαντινούς η Κύπρος βρέθηκε μετά τον διαχωρισμό της Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας σε ανατολική και σε δυτική. Το νησί υπήχθη στο ανατολικό Ρωμαϊκό κράτος, αυτό που με έδρα την Κωνσταντινούπολη εξελίχθηκε στη Βυζαντινή αυτοκρατορία.
Για την πόλη της Πάφου η εξέλιξη αυτή είχε δυσμενή αποτελέσματα, βασικά επειδή σύντομα έχασε τον τίτλο της μητροπόλεως και όλα τα ωφελήματα που συνεπαγόταν. Αφού, σύμφωνα προς κάποιες αναφορές, πρωτεύουσα της Κύπρου (έδρα των δουκών) είχε γίνει για λίγο η Αμαθούς, τελικά πρωτεύουσα του νησιού είχε γίνει η Σαλαμίς-Κωνσταντία. Η Αμαθούς πιθανώς είχε γίνει έδρα της διοικήσεως για σύντομο χρόνο, όταν τόσο η Πάφος όσο και η Σαλαμίς είχαν πληγεί από ισχυρούς και ιδιαίτερα καταστροφικούς σεισμούς. Σύντομα, πάντως, πρωτεύουσα έγινε η Σαλαμίς-Κωνσταντία, που βρισκόταν πλησιέστερα προς τα άλλα εδάφη της αυτοκρατορίας (Μικρά Ασία, Συρία). Διοικητικά, εξ άλλου, η Κύπρος είχε υπαχθεί στην επαρχία της Ανατολής που είχε έδρα της την Αντιόχεια, πλησιέστερα προς την οποία βρισκόταν η Σαλαμίς παρά η Πάφος.
Εκτός από την απώλεια του τίτλου και των ωφελημάτων της ως πρωτεύουσας, η Πάφος επλήγη, στα μέσα του 4ου μ.Χ. αιώνα, από καταστροφικούς σεισμούς που προκάλεσαν στην πόλη εκτεταμένες καταστροφές. Ο άγιος Ιερώνυμος, που επεσκέφθη την Πάφο το 366 μ.Χ., γράφει ότι είχε βρει την πόλη ερειπωμένη. Φαίνεται όμως ότι εξακολουθούσε να διατηρεί την οικονομική ευρωστία της, γιατί σύντομα άρχισε ν’ ανοικοδομείται. Κι όχι μόνο ν’ ανοικοδομείται, αλλά ν’ αποκτά και καινούργια σημαντικά οικοδομήματα, όπως χριστιανικές βασιλικές. Εκείνη της Αγίας Κυριακής, για παράδειγμα, γνωστής και ως Χρυσοπολίτισσας, που τα ερείπιά της έχουν ανασκαφεί στην Κάτω Πάφο, ήταν μια από τις μεγαλύτερες αν όχι η μεγαλύτερη στην Κύπρο. Η οικοδόμηση τέτοιου κτιρίου, που ήταν και λαμπρά διακοσμημένο, φανερώνει ότι, παρά τις καταστροφές, η Πάφος μπόρεσε ν’ αντεπεξέλθει στις δυσκολίες και να ξαναβρεί σύντομα την οικονομική της ευμάρεια. Είναι, επίσης, γνωστό ότι ανοικοδομήθηκαν και τα άλλα λαμπρά κτίρια της πόλης κι επιδιορθώθηκαν τα δάπεδά τους με τα πασίγνωστα σήμερα ψηφιδωτά.
Ωστόσο την πάρα πέρα ανοδική πορεία της πόλης ανέκοψαν βίαια οι αραβικές επιδρομές, ιδίως δε οι πρώτες, των μέσων του 7ου μ.Χ. αιώνα. Η πόλη επλήγη καίρια από τις επιδρομές και φαίνεται ότι είχε υποστεί και φοβερές λεηλασίες, όπως εξ άλλου και το Κούριον και αυτή η πρωτεύουσα Κωνσταντία και πολλοί άλλοι παραθαλάσσιοι οικισμοί της Κύπρου. Εν τούτοις, αν και η Κωνσταντία, το Κούριον και πολλοί άλλοι παραθαλάσσιοι οικισμοί εγκαταλείφθηκαν πλέον οριστικά εξ αιτίας των αραβικών επιδρομών και δεν ξανακτίστηκαν, η πόλη της Πάφου κατόρθωσε και πάλι να επιβιώσει, όμως χωρίς να αποκτήσει ξανά τη λαμπρότητα και την αίγλη της.
Στην Πάφο οι Βυζαντινοί έκτισαν φρούριο, που προφανώς προοριζόταν να διαδραματίσει ρόλο στην άμυνα της πόλης κατά των Αράβων. Η πόλη όμως κατελήφθη από τους Άραβες και κατά τα μέσα του 7ου αιώνα μαρτυρείται η εγκατάσταση στην Πάφο αραβικής φρουράς από 12.000 άνδρες, πιθανώς και των οικογενειών τους. Μαζί με το ισχυρό αυτό στρατιωτικό σώμα φαίνεται ότι είχαν μεταφερθεί εκεί και τεχνίτες που χρησιμοποιήθηκαν κυρίως για τη ναυπήγηση στόλου με τη ξυλεία των δασών του Τροόδους. Ήταν, πράγματι, η εποχή κατά την οποία οι Άραβες συνειδητοποίησαν ότι βασικής σημασίας για τις ποικίλες διεκδικήσεις τους ήταν η κατασκευή και χρησιμοποίηση ισχυρού πολεμικού στόλου.
Σύντομα όμως (στα 680/1) η φρουρά των 12.000 Αράβων απεσύρθη από την Πάφο, στο πλαίσιο συνθήκης μεταξύ Βυζαντινών και Αράβων. Ως αντάλλαγμα για την αποχώρηση της αραβικής φρουράς από την Πάφο φαίνεται ότι οι Βυζαντινοί απέσυραν από τον Λίβανο ίσο αριθμό Μαρδαϊτών απελατών εκ των οποίων αρκετοί εγκαταστάθηκαν και στην Κύπρο, ιδίως στην περιοχή της Μόρφου όπου διέδωσαν και τη λατρεία του προστάτη τους αγίου Μάμα.
Ακολούθησε ένα καθεστώς «ουδετερότητας» της Κύπρου, που ωστόσο συνέχισε να ταλαντεύεται μεταξύ Βυζαντινών και Αράβων έως το 963/4, οπότε ο αυτοκράτορας Νικηφόρος Φωκάς, δια του στρατηγού του Νικήτα Χαλκούτζη απάλλαξε οριστικά την Κύπρο από την αραβική απειλή και την επανένταξε στη Βυζαντινή αυτοκρατορία.
» Βλέπε λήμμα: Αραβικές επιδρομές
Η Πάφος δεν ήταν πλέον ιδιαίτερα σημαντική πόλη, αλλά όχι και πλήρως παρακμασμένη. Εξακολουθούσε να χρησιμοποιείται το λιμάνι της πόλης (απ’ όπου γνωρίζουμε ότι δοκίμασε ν’ αναχωρήσει για τη Μικρά Ασία κι ο άγιος Νεόφυτος), εκεί υπήρχε και φρουρά, υφίστατο δε και κάστρο (στο οποίο ο άγιος Νεόφυτος είχε κρατηθεί για λίγο). Όμως τα περισσότερα και σημαντικότερα των οικοδομημάτων της πόλης (όπως για παράδειγμα οι λαμπρές βασιλικές της) κείτονταν σε ερείπια. Έτσι, το τέλος των Βυζαντινών χρόνων βρήκε την Πάφο να έχει ήδη χάσει τον παλαιό λαμπρό της χαρακτήρα. Φοβούμενοι τις αραβικές επιδρομές οι κάτοικοι της πόλης — ή τουλάχιστον πολλοί από αυτούς — δεν είχαν τη θέληση να αρχίσουν ξανά μια νέα ανοικοδόμηση της τόσο κοντά στη θάλασσα και αποσύρθηκαν προς τα ενδότερα του νησιού. Ίσως από τότε είχε ιδρυθεί ο οικισμός στην κορφή του επιβλητικού λόφου, που πρόσφερε κάποιες καλύτερες δυνατότητες άμυνας, δηλαδή ο οικισμός που αποτελεί τη σημερινή πόλη της Πάφου.
Πηγή: