Η δωρεά των εταιρειών που ανήκαν στο Μποδοσάκη-Αθανασιάδη (π.χ. ΚΕΟ) έγινε το 1960 ως βοήθεια για οικονομική ενίσχυση της Ελληνοκυπριακής κοινότητας, και σύμφωνα με τον κ. Πασχαλίδη, παρά την απόφαση των δωρητών δεν συστάθηκε ποτέ το «προνοούμενο ίδρυμα» που θα αναλάμβανε την εποπτεία και τη διοίκηση του Συγκροτήματος της ΕΜΕ και που θα αντιπροσώπευε τα συμφέροντα της Ελληνοκυπριακής κοινότητας. Όπως υποστηρίζει ο κ. Πασχαλίδης, αντί η Αρχιεπισκοπή να ιδρύσει το ίδρυμα, επιχείρησε σταδιακά να θέσει υπό τον άμεσο έλεγχό της την ΕΜΕ, διορίζοντας άτομα του περιβάλλοντος του νυν Αρχιεπισκόπου στο ΔΣ του Συγκροτήματος και επιχειρώντας το Δεκέμβριο του 1996 να παρουσιαστεί ως ο άμεσος ιδιοκτήτης της Εταιρείας, αντί ο μέσω της Ελληνικής Κοινότητας μέτοχος στην ΕΜΕ.
Το Φεβρουάριο του 1997, και εν μέσω συζητήσεων για πώληση ποσοστού της Τσιμεντοποιίας Βασιλικού στην Κυπριακή Εταιρεία Τσιμέντων του
Στ. Γαλαταριώτη, ο κ. Πασχαλίδης υπέβαλε την παραίτησή του και απεχώρησε από την εταιρεία μετά από 35 χρόνια. Σήμερα επαναφέρει την πρότασή του για σύσταση του προνοούμενου – από την τότε συμφωνία – ιδρύματος για την προστασία των συμφερόντων της Ελληνικής Κοινότητας. «Κατά τη γνώμη μου το Ίδρυμα πρέπει να είναι ολιγομελές αποτελούμενο από ολίγους εγνωσμένης αξίας και ηθικής Κυπρίους και προεδρευόμενο από τον εκάστοτε Αρχιεπίσκοπο Κύπρου», τόνισε ο κ. Πασχαλίδης.
Όσον αφορά το ΔΣ της ΕΜΕ και των εργασιών του, αυτές πρέπει να διοικούνται από «εγνωσμένου κύρους ανθρώπους και όχι άτομα προσκείμενα είτε προς ορισμένους Ιεράρχες ή παράγοντες της Πολιτείας», επισήμανε ο κ. Πασχαλίδης αφήνοντας αιχμές κατά του υφιστάμενου τρόπου διοίκησης του Συγκροτήματος. «Οτιδήποτε άλλο γίνει, δηλαδή εάν συνεχισθεί η παρούσα κατάστασις, θα συνεχισθεί η αντικανονικότης, η παρατυπία και η παρανομία που ισχύει αυτήν την στιγμή», ισχυρίστηκε ο πρώην πρόεδρος της ΕΜΕ, «και δεν πρέπει η Ελληνική Κοινότητα να επιτρέψει σε κανέναν αντικανονικά, παράτυπα και παράνομα να οικειοποιηθεί και να σφετερισθεί την περιουσία της». Ο κ. Πασχαλίδης κάλεσε την πολιτεία και την εκκλησία αναλογισθούν τις ευθύνες τους και να πράξουν αναλόγως «γιατί διαφορετικά ούτε Συγκρότημα Κοινοτικό θα υπάρχει και θα έχει εξανεμισθεί και η περιουσία του λαού».
Απαντώντας σε σχετική ερώτηση ο κ. Πασχαλίδης επεσήμανε ότι ο κάθε Έλληνας της Κύπρου μπορεί να διεκδικήσει δικαστικά τα δικαιώματα που απορρέουν από την αρχική συμφωνία, χωρίς να αποκλείει να το πράξει και ο ίδιος.
Ερωτηθείς γιατί επανέφερε τώρα το θέμα, ο παραιτηθείς προ εξαετίας πρόεδρος της ΕΜΕ, είπε ότι «βλέπει να διολισθαίνει το θέμα γιατί κάποιοι θεωρούν αμπελοχώραφο τους την ΕΜΕ». Πρέπει να τεθεί τέρμα στην προσπάθεια οικειοποίησης της περιουσίας της Ελληνικής Κοινότητας της Κύπρου, κατέληξε ο κ. Πασχαλίδης.
Η ΕΜΕΠερί τα τέλη Οκτωβρίου 2003 στην ετήσια συνέλευση της ΕΜΕ μείωθηκε ο αριθμός των διοικητικών συμβούλων από έντεκα σε επτά, εκ των οποίων η πλειοψηφία συνδέεται με την Εκκλησία της Κύπρου.
Σύμφωνα με την Ετήσια Έκθεση της ΕΜΕ για το 2000 (στις 29.10.2003 εγκρίθηκε η αντίστοιχη έκθεση του 2001) το Συγκρότημα παρουσίασε πωλήσεις ύψους £64 εκ. και καθαρά κέρδη £11 εκ., τα πλείστα εκ των οποίων προέρχονται από τις δημόσιες εταιρείες ΚΕΟ και Τσιμεντοποιία Βασιλικού. Η ΕΜΕ ελέγχει επίσης την Εταιρεία Γύψου και Σανίδων, την Αγ. Παντελεήμων (Αχέρα) Κτηματική, και τη Hellenic Technical Enterprises. Έχει επίσης σημαντικό μερίδιο στην Allied Fertilizers Ltd (15%), στην Eastern Mediterranean Minerals (50%) και στη Hellenic Copper Mines (31%).