Η εκκλησία των Αγίων Αποστόλων είναι κτισμένη στο βορειοδυτικό άκρο του χωριού Πέρα Χωριό σε χαμηλό ύψωμα, που δεσπόζει, στ' αριστερά, του νέου αυτοκινητόδρομου Λευκωσίας - Λεμεσού. Ολόγυρα από την εκκλησία είναι το κοιμητήριο του χωριού. Η εκκλησία είναι του τύπου του μονόκλιτου με τρούλλο και έχει εξωτερικές διαστάσεις, χωρίς την ημικυκλική αψίδα, 7,67 μ. μήκος και 5,60 μ. πλάτος. Οι τοίχοι της εκκλησίας έχουν πάχος 0,68 μ. και είναι κτισμένοι με ακατέργαστους μαλακούς ασβεστόλιθους. Στις γωνιές και τα αετώματα χρησιμοποιήθηκαν πελεκητοί πωρόλιθοι ενώ στα τόξα χρησιμοποιήθηκαν και τούβλα. Ο ναός είχε από την αρχή πιθανότατα τρεις θύρες, στο μέσο του δυτικού, του νότιου και του βόρειου τοίχου. Ο δυτικός τοίχος είχε καταρρεύσει και ξανακτιστεί σε νεότερα χρόνια χωρίς θύρα, ενώ η βόρεια κι η νότια θύρα του ναού είχαν διαπλατυνθεί. Το 1959 το Τμήμα Αρχαιοτήτων επανέφερε το ναό στην αρχική του κατάσταση. Πάνω από τη νότια και τη βόρεια θύρα υπάρχουν τόξα πεταλόμορφα. Πάνω από την βόρεια θύρα τυφλό τόξο και πάνω από τη νότια φεγγίτης.
Ο τρούλλος του ναού δεν έχει τύμπανο και κατά συνέπεια ούτε παράθυρα, είναι απλό φουρνικό, όπως ο τρούλλος του νάρθηκα του ναού της Ασίνου και του νάρθηκα του ναού του Αγίου Νικολάου της Στέγης. Στο κέντρο του τρούλλου διαγράφεται ιδιαίτερη ημισφαιρική κοιλότητα όπως και στον τρούλλο του καθολικού του μοναστηριού του Αγίου Ιωάννη του Λαμπαδιστή στον Καλοπαναγιώτη, στο ναό της Αγ. Αναστασίας στα Πολεμίδια και στο ναό του Τιμίου Σταυρού στο Πελένδρι.
Τα μικρά παράθυρα κάτω από τα αετώματα του ναού εντοιχίσθηκαν προτού ο ναός διακοσμηθεί με τοιχογραφίες κι έτσι το μόνο φως που φωτίζει το ναό προέρχεται από τις θύρες και τα τρία μικρά παράθυρα της αψίδας.
Στην ιδιαίτερη ημισφαιρική κοιλότητα στην κορυφή του τρούλλου είναι ζωγραφισμένος ο Παντοκράτορας. Στο υπόλοιπο τμήμα του τρούλλου, και δεξιά και αριστερά από τη Θεοτόκο όρθια σε στάση δέησης στο ανατολικό τμήμα του τρούλλου, υπάρχουν δυο ομάδες από πέντε αγγέλους η κάθε μια, που εικονίζονται σε στάση δέησης. Όπως όλες οι τοιχογραφίες του ναού έτσι και οι τοιχογραφίες του τρούλλου έχουν πάθει μεγάλη καταστροφή. Από τη Θεοτόκο σώζεται μόνο το δεξί χέρι και τμήμα του φωτοστεφάνου της, ενώ από τους δέκα αγγέλους δυο μόνο σώζονται σχεδόν ακέραιοι. Στα δυο ανατολικά σφαιρικά τρίγωνα του τρούλλου εικονίζεται ο Ευαγγελισμός της Θεοτόκου ενώ στα δυο δυτικά σφαιρικά τρίγωνα ένα εξαπτέρυγο (στο βορειοδυτικό σφαιρικό τρίγωνο) και ένα τετράμορφο (στο νοτιοδυτικό).
Στην αψίδα η εικονογράφηση χωρίζεται σε τρεις ζώνες. Στο τεταρτοσφαίριο της αψίδας εικονίζεται η Θεοτόκος όρθια με τα χέρια υψωμένα σε δέηση και το Χριστό σε στηθάριο ανάμεσα στους αποστόλους Πέτρο και Παύλο στους οποίους είναι αφιερωμένος ο ναός. Στη μέση εικονίζεται η Κοινωνία των Αποστόλων, στο βόρειο ήμισυ η Μετάδοσις(του Αρτου) και στο νότιο ήμισυ η Μετάληψις (του Οίνου). Στην κατώτερη ζώνη εικονίζονται σε στάση μετωπική οι ιεράρχες Λάζαρος, Γρηγόριος ο Θεολόγος, Χρυσόστομος, Βασίλειος, Νικόλαος και Αθανάσιος. Κάτω από τα παράθυρα της αψίδας εικονίζονται σε μετάλλια ο απόστολος Βαρνάβας και ο άγιος Επιφάνιος.
Στην καμάρα πάνω από το βήμα εικονίζεται, όπως συνήθως, η Ανάληψις, ενώ στο βόρειο και νότιο τοίχο εικονίζονται ιεράρχες. Στο τύμπανο του ανατολικού τυφλού τόξου του νότιου τοίχου εικονίζεται ο άγιος Ηρακλείδιος και πιο ψηλά σε μετάλλιο ίσως ο άγιος Ιωάννης ο Λαμπαδιστής και στη βόρεια όψη της ανατολικής παραστάδος του νότιου τοίχου, δυτικότερα, ο Συμεών ο Στυλίτης. Στην αντίστοιχη θέση στο βόρειο τυφλό τόξο εικονίζονται ο άγιος Μακεδόνιος και ο άγιος Σπυρίδων σε μετάλλιο. Στην ανατολική πλευρά του νότιου τυφλού τόξου εικονίζεται ο Λέων πάπας Ρώμης και στην αντίστοιχη κατεστραμμένη αδιάγνωστος άγιος. Απέναντι στο μεν νότιο τόξο εικονίζεται ο άγιος Κύριλλος Αλεξανδρείας, στο δε βόρειο κατεστραμμένος και αδιάγνωστος.
Πάνω από το ανατολικό τυφλό τόξο του νότιου τοίχου, όπως και πάνω από το αντίστοιχο τυφλό τόξο του βόρειου τοίχου, εικονίζονται δυο μετάλλια. Καλύτερα διατηρούνται τα μετάλλια στο νότιο τοίχο. Στο ένα εικονίζεται ο Αβραάμ και κατά συνέπεια και στα άλλα τρία θα εικονίζονταν πατριάρχες της Παλαιάς Διαθήκης.
Το τύμπανο του νότιου τόξου που στηρίζει τον τρούλλο είναι ζωγραφισμένο με την Γέννηση του Χριστού. Κάτω από τη σκηνή της Γέννησης εικονίζονται η Υπαπαντή του Χριστού, που είναι τοιχογραφία του 15ου αιώνα, και η Βάπτιση του Χριστού. Απέναντι στο τύμπανο που κλείει το βόρειο τόξο που στηρίζει τον τρούλλο εικονίζετο η Ανάσταση του Χριστού που έχει σχεδόν καταστραφεί τελείως και πιο κάτω η Κοίμηση της Θεοτόκου.
Στη δυτική καμάρα πιθανότατα εικονίζετο η Πεντηκοστή που όμως έχει καταστραφεί σχεδόν τελείως.
Στη δυτική όψη της βόρειας παραστάδος του εικονοστασίου εικονίζεται η Θεοτόκος Παράκληση ενώ στη δυτική όψη της νότιας παραστάδος του εικονοστασίου ο άγιος Ιωάννης ο Πρόδρομος που μαζί με τον Παντοκράτορα στον τρούλλο αποτελούν τη Δέηση.
Αρχικά στα εσωρράχια του βόρειου και του νότιου τόξου που στηρίζουν τον τρούλλο εικονίζονταν 22 μετάλλια με τις μορφές αγίων. Σήμερα διατηρούνται μόνο έξι στο δυτικό ήμισυ του νότιου τόξου. Τεσσάρων διατηρούνται τα ονόματα: Ευστράτιος, Μηνάς, Ερμογένης και Εύγραφος. Σε άλλα σημεία του νότιου και του βόρειου τοίχου διατηρούνται κομμάτια από τοιχογραφίες, κυρίως της δευτέρας περιόδου, του 15ου δηλ. αιώνα. Ξεχωρίζουν οι απόστολοι Πέτρος και Παύλος στο νότιο τοίχο κάτω από την τοιχογραφία της Βάπτισης με ένα μετάλλιο με τον Χριστό ανάμεσά τους.
Ο ζωγράφος που ζωγράφισε τις αρχικές τοιχογραφίες του ναού των Αγίων Αποστόλων στο Πέρα Χωριό ήταν ένας από τους ικανότερους και σημαντικότερους ζωγράφους της εποχής του. Τολμηρός, γρήγορος, έδιδε στις μορφές, ιδιαίτερα στην Ανάληψη, ζωηρές κινήσεις με συστροφές του σώματος τολμηρές που φθάνουν στην υπερβολή. Η ικανότητά του διακρίνεται ιδιαίτερα στα προσχέδια των τοιχογραφιών που φαίνονται ιδιαίτερα στην αψίδα, μετά τον απολεπισμό των τοιχογραφιών. Η ταχύτητα δεν εμπόδισε το σταθερό χέρι του εξαίρετου αυτού ζωγράφου να αποδώσει με λίγες γραμμές και πινελιές ολοκληρωμένες τις μορφές, έτσι που εύκολα μπορεί κανένας να ξεγελαστεί και να τις θεωρήσει σαν ολοκληρωμένη ζωγραφική. Η εικονογραφία και η τεχνοτροπία των τοιχογραφιών του ναού των Αγίων Αποστόλων στο Πέρα Χωριό τοποθετούν τις τοιχογραφίες στο τελευταίο τέταρτο του 12ου αιώνα.