Κατά της ζωής του Μακαρίου έγιναν διάφορες απόπειρες, ενώ είχαν σχεδιαστεί ακόμη περισσότερες. Όλες είχαν ως στόχο τον παραμερισμό του από την εξουσία.
Κατά του ελικοπτέρου
Στις 8 Μαρτίου 1970 στον περίβολο της Αρχιεπισκοπής στη Λευκωσία έγινε δολοφονική απόπειρα εναντίον του Μακαρίου, ο οποίος επέβαινε ελικοπτέρου, που θα τον μετέφερε στην ιερά Μονή Μαχαιρά για το ετήσιο μνημόσυνο του ήρωα της ΕΟΚΑ Γρηγόρη Αυξεντίου.
Μόλις το ελικόπτερο απογειώθηκε, χτυπήθηκε από ομάδα ενόπλων που καραδοκούσαν στην ταράτσα του Παγκυπρίου Γυμνασίου, που βρίσκεται ακριβώς απέναντι από την Αρχιεπισκοπή.
Ο Μακάριος δεν έπαθε τίποτε, αλλά τραυματίστηκε σοβαρά ο Έλληνας ταγματάρχης Ζαχαρίας Παπαδογιάννης, χειριστής του ελικοπτέρου, ο οποίος κατόρθωσε να το προσγειώσει σε οικόπεδο κοντά στην Αρχιεπισκοπή. (Βίντεο Ψηφιακός Ηρόδοτος -Αρχείο ΡΙΚ)
Ήταν το πρώτο καλά οργανωμένο σχέδιο δολοφονίας του Μακαρίου, που είχε τεθεί σε εφαρμογή, όχι όμως και το πρώτο που είχε εκπονηθεί. Της απόπειρας ακολούθησαν δραματικά γεγονότα. Για την απόπειρα δολοφονίας κατηγορήθηκαν τέσσερα άτομα: Αδάμος Χαρίτωνος, Αντώνης Γεναγρίτης, Αντώνης Σολομώντος, Γιώργος Ταλιαδώρος. Μετά από ένα κύκλο ανακρίσεων, οι υποψίες στράφηκαν εναντίον του Πολύκαρπου Γιωρκάτζη ως εμπνευστή της απόπειρας....
Ο Γιωρκάτζης προσπάθησε να εγκαταλείψει την Κύπρο, αλλά συνελήφθηκε στο αεροδρόμιο Λευκωσίας, λίγο προτού αναχωρήσει για Βηρυτό. Σε λίγες μέρες και συγκεκριμένα το βράδυ της 15ης του Μάρτη του 1970 δολοφονήθηκε από αγνώστους σε ερημική τοποθεσία λίγο έξω από τη Λευκωσία.
Αποκαλύφτηκε ότι είχε πάει στο σημείο εκείνο για να συναντηθεί μυστικά με τον Έλληνα στρατιωτικό, Δημήτριο Παπαποστόλου, όργανο της ελληνικής χούντας στην Κύπρο και των σκοτεινών μυστικών υπηρεσιών του εξωτερικού.
Βόμβα στις 7 Οκτωβρίου 1973
Κατά τη διάρκεια περιοδείας του στην Αμμόχωστο τοποθετήθηκε βόμβα θαμμένη στη μέση του δρόμου, κοντά στο χωριό Άγιος Σέργιος της επαρχίας Αμμοχώστου, απ’ όπου θα περνούσε το προεδρικό αυτοκίνητο.
Ο πυροδοτικός μηχανισμός βρισκόταν σε αρκετή απόσταση ασφαλείας, στα χωράφια, ο δε δράστης περίμενε απλώς την κατάλληλη στιγμή για να προκαλέσει την έκρηξη. Όμως, λόγω μη ακριβούς υπολογισμού των δεδομένων (όπως λ.χ. η ταχύτητα του προεδρικού αυτοκινήτου) η βόμβα είχε πυροδοτηθεί δευτερόλεπτα πριν το αυτοκίνητο του Μακαρίου βρεθεί στο κατάλληλο σημείο.
Η βόμβα άνοιξε μεν έναν κρατήρα στο οδόστρωμα, αλλά το προεδρικό αυτοκίνητο δεν επλήγη, ούτε και άλλο αυτοκίνητο της προεδρικής συνοδείας, και κανείς δεν είχε τραυματιστεί. Ο Μακάριος είχε σωθεί την τελευταία στιγμή, για άλλη μια φορά. Την ευθύνη της απόπειρας ανέλαβε η ΕΟΚΑ Β.
15 Ιουνίου 1974
Η τρίτη απόπειρα κατά τη ζωής του Μακαρίου εκδηλώθηκε κατά τη διάρκεια του Πραξικοπήματος της Ελληνικής Χούντας το πρωί της 15ης Ιουλίου 1974. Τα τανκς εισέβαλαν στον περίβολο του Προεδρικού Μεγάρου και μονάδες καταδρομών συγκρούστηκαν με την Προεδρική Φρουρά. Τελικά ο Αρχιεπίσκοπος κατόρθωσε να διαφύγει σύμφωνα με μαρτυρίες, χρησιμοποιώντας μια έξοδο του Προεδρικού προς τον ποταμό Πεδιαίο. Στη συνέχεια με κάποια μέλη της Φρουράς του διέφυγε στο Τρόοδος και στη συνέχεια στην Πάφο όπου εκφώνησε διάγγελμα καλώντας τον Κυπριακό Λαό να αντισταθεί. Στη συνέχεια μέσω Βρετανικών Βάσεων μετέβη στο Λονδίνο.