Ο σχηματισμός της αλυκής της Λεμεσού είναι το αποτέλεσμα μιας πολύ ενδιαφέρουσας γεωμορφολογικής διεργασίας. Στην περιοχή ανάμεσα στα ακρωτήρια Ζευγάρι και Γάτα υπήρχε αρχικά ένα νησάκι, ενώ πολύ πιο ψηλά από τη σημερινή αλυκή της Λεμεσού βρισκόταν η παλαιά ακτογραμμή. Στη συνέχεια, από τα στόμια των ποταμών Κούρη και Γαρύλλη άρχισαν να δημιουργούνται δυο ανεξάρτητα υψώματα από άμμο και χαλίκια. Σταδιακά τα υψώματα αυτά, με τη βοήθεια των κυμάτων και των ρευμάτων, επεκτάθηκαν και ενώθηκαν με το νησάκι στα νότια. Με την πάροδο του χρόνου το κενό μεταξύ των δυο υψωμάτων καλύφθηκε με επιπρόσθετες αποθέσεις άμμου και χαλικιών, με την εξαίρεση της λίμνης η οποία περιορίστηκε στη σημερινή της έκταση.
Η παρουσία νερού στη λίμνη κατά τους χειμερινούς μήνες οφείλεται στη διείσδυση θαλάσσιου νερού μέσω των υδροπερατών αποθέσεων που βρίσκονται μεταξύ της θάλασσας και της αλυκής. Τα καλοκαίρια, λόγω της υψηλής θερμοκρασίας, το νερό της λίμνης εξατμίζεται και η λίμνη αποξηραίνεται. Κατά τις εποχές που η αλυκή δεν είναι ξερή, αποτελεί σημαντικότατο βιότοπο που χρησιμοποιείται από πολυάριθμα μικρά και μεγάλα υδρόβια και παρυδάτια πουλιά, όπως διάφορα είδη γλάρων και αγριόπαπιων, τα φλαμίγκος και πολλά άλλα. Από τους σπανιότερους επισκέπτες της αλυκής είναι οι κύκνοι.
Τα προσχωσιγενή εδάφη γύρω από την αλυκή είναι αλμυρά και ελώδη και επομένως ακατάλληλα για γεωργική εκμετάλλευση. Ωστόσο λίγο βορειότερα και (σε μικρότερη έκταση) νοτιότερα απαντώνται πλούσια άγρια βλάστηση αλλά και εκτεταμένες φυτείες εσπεριδοειδών και αμπελιών. Το μεγάλο αγρόκτημα του Φασουριού με τις αμπελοφυτείες και τους κήπους των εσπεριδοειδών του, βρίσκεται σε μικρή απόσταση στα βορειοδυτικά της λίμνης.
Μεσαιωνικοί αλλά και νεότεροι ακόμη χάρτες της Κύπρου δείχνουν την αλυκή να είναι ενωμένη με στενό άνοιγμα με τη θάλασσα από την πλευρά του κόλπου της Λεμεσού. Ωστόσο η αλυκή είχε σχηματισθεί και αρχίσει ν' αποδίδει από τα Μεσαιωνικά χρόνια, οπότε το αλάτι αποτελούσε σημαντικό εμπορεύσιμο είδος. Κατά την περίοδο της Βενετοκρατίας, για παράδειγμα, οι δυο αλυκές της Κύπρου ήσαν σημαντικές πηγές εσόδων. Εντούτοις το αλάτι που παραγόταν στην αλυκή της Λεμεσού εθεωρείτο κατώτερης ποιότητος από το αλάτι που παραγόταν στην αλυκή της Λάρνακας. Για το λόγο αυτό η συλλογή άλατος από την αλυκή της Λεμεσού είχε τερματιστεί νωρίτερα από τη συλλογή άλατος από την αλυκή της Λάρνακας.
Κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας και εκείνη της Βενετοκρατίας αλλά και αργότερα, το αλάτι ήταν πολύτιμο προϊόν επειδή εχρησιμοποιείτο κυρίως στη διατήρηση τροφίμων για στρατούς που εξεστράτευαν και για τα καράβια στα θαλασσινά τους ταξίδια. Έτσι, το αλάτι της Κύπρου αποτελούσε πηγή σοβαρού εισοδήματος για τις αρχές, οι οποίες και ήλεγχαν πλήρως την παραγωγή και εμπορία του. Όμως κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας η αλυκή της Λεμεσού δεν ήταν λίμνη αλλά λιμνοθάλασσα, με στόμιο ένωσής της με τη θάλασσα στα ανατολικά, και δεν είναι βέβαιο ότι παραγόταν σ’ αυτήν αλάτι.
Ο ιστορικός του 16ου αιώνα Φλώριος Βουστρώνιος σημειώνει ότι κατά την αναδιανομή των φέουδων στην οποία προέβη ο βασιλιάς της Κύπρου Ιάκωβος Β΄ μετά την άνοδό του στο θρόνο το 1460, παραχώρησε σε ένα των ευγενών, τον Πέτρο Ποδοκάταρο, 4 χωριά αλλά «και τη λίμνη της Λεμεσού» (e lago de Limisso) μαζί με την γύρω της περιοχή. Πιθανώς θα επρόκειτο για την αλυκή της Λεμεσού, της οποίας η παραχώρηση στον Πέτρο Ποδοκάταρο σήμαινε σημαντικό για τον ίδιο εισόδημα. Αλλά ίσως ως «λίμνη της Λεμεσού» να εννοείτο η περιοχή των λιμναζόντων υδάτων που σχηματίζουν τον σημαντικό υγροβιότοπο του Φασουρίου.
Αλλού, ο Φλώριος αναφέρεται στην αλυκή, τότε λιμνοθάλασσα, γράφοντας ότι «κοντά στη Λεμεσό υπάρχει λίμνη η οποία πάντοτε αφθονεί σε ψάρια, ειδικά [του είδους] dorade, που είναι το καλύτερο ψάρι που μπορεί να βρει κάποιος σε ολόκληρο το νησί της Κύπρου...» Μέχρι, δηλαδή, και τον 16ο αιώνα, οπότε έγραφε ο Φλώριος Βουστρώνιος, δεν φαίνεται να παραγόταν αλάτι στη λίμνη. Όμως εχρησιμοποιείτο ως μεγάλο ιχθυοτροφείο, με τη διοχέτευση σ’ αυτήν, μέσω καναλιού, θαλασσινού νερού. Το αναφερόμενο είδος ψαριών dorade (στον ενικό dorada) ήταν η τσιπούρα (Sparus auratus).
Κατά την Αρχαιότητα και για μεγάλο χρονικό διάστημα στη συνέχεια, η αλυκή της Λεμεσού δεν ήταν λίμνη αλλά κλειστός και βαθύς κόλπος, όπως εξάλλου φαίνεται και σε πολλούς παλαιούς χάρτες της Κύπρου. Στον «Σταδιασμόν», σύγγραμμα άγνωστου γεωγράφου του 4ου αιώνα, αναφέρεται ως ύφορμος, δηλαδή αγκυροβόλιο. Ο Άντρος Παυλίδης διατύπωσε την εισήγηση ότι ο κόλπος αυτός δυνατό να είχε χρησιμοποιηθεί για κάποιο διάστημα και ως επίνειο της πόλης του Κουρίου, αλλά και ως λιμάνι των αρχαίων οικισμών της περιοχής του Ακρωτηρίου (περιοδικό «Πολιτιστική Κύπρος», αρ. 11, Νοέμβριος, 1997).
Τουλάχιστον κατά την περίοδο της Βενετοκρατίας, αν όχι και ενωρίτερα, η λιμνοθάλασσα χρησιμοποιείτο ως τεράστιο ιχθυοτροφείο. Μεταξύ άλλων, ο Γάλλος επισκέπτης Σεϊνιούρ ντε Βιλλαμόντ (1589) δίνει σχετική μαρτυρία γράφοντας ότι το ιχθυοτροφείο ήταν «κυκλικού σχήματος με περιφέρεια περίπου 2 λεύγες ή 6 ιταλικά μίλια. Υπάρχει μικρό στόμιο από όπου εισέρχεται θαλασσινό νερό μαζί με ψάρια. Για να πιάσουν τα ψάρια κλείνουν την είσοδο και την ανοίγουν πάλι για να εισέλθουν άλλα...»
Για τη λειτουργία της λίμνης ως μεγάλου ιχθυοτροφείου ομιλεί και ο επισκέπτης Κορνέλιους Βαν Μπρουν (1683), ενώ λίγο αργότερα ο Ρίτσαρντ Πόκοκ (1738) και πιο ύστερα ο Αλεξάντερ Ντράμμοντ (1745/1750) κάνουν λόγο καθαρά για ύπαρξη μόνο αλυκής. Ο επισκέπτης Μιχαήλ ντε Βεζέν (1780/1790) γράφει ότι τότε η ετήσια παραγωγή αλατιού από την αλυκή της Λεμεσού ανερχόταν στους 15.000 αραμπάδες (αμάξια) των 1.000 οκάδων ο κάθε ένας, έναντι 10.000 αραμπάδων που έδινε η αλυκή της Λάρνακας, της οποίας όμως το αλάτι ήταν πολύ καλύτερης ποιότητας. Η παραγωγή μειώθηκε σημαντικά σε μισό περίπου αιώνα, αφού ο επισκέπτης Γουίλλιαμ Τέρνερ (1815) γράφει ότι οι δύο αλυκές, Λάρνακας και Λεμεσού, έδιναν ετησίως μόνο 4.500 αραμπάδες των 1.000 οκάδων, η δε τιμή τους ήταν 10 έως 15 παράδες ανά αραμπά.