Η εκκλησία του Προφήτη Ηλία βρίσκεται στην περιοχή Ονίσια, στα βόρεια της εκκλησίας του Αγίου Γεωργίου στα ριζά των απότομων βράχων που βρίσκονται εκεί. Αποτελείται από ένα φυσικό σπήλαιο ακανόνιστου σχήματος με μια τετράγωνη, σχεδόν, κτιστή είσοδο 2,52 Χ 2,42 μ. που καλύπτεται από μια οξυκόρυφη χαμηλωμένη καμάρα της οποίας το μέγιστο ύψος από το δάπεδο είναι 2,82 μ. Στον νότιο τοίχο του κτιστού τμήματος της εκκλησίας ευρίσκετο η θύρα, το πλάτος της οποίας δεν μπορεί να καθορισθεί διότι το δυτικό τμήμα του νότιου τοίχου έχει καταστραφεί. Στη βόρεια πλευρά του κτισμένου τμήματος της εκκλησίας ήταν η είσοδος του φυσικού σπηλαίου. Στο πάχος του ανατολικού τοίχου υπήρχε ημικυκλική αχιβάδα πλάτους 0,43 μ. και μέγιστου ύψους 0,56 μ. Το εσωτερικό της εκκλησίας καλύπτεται από ασβεστοκονίαμα στο οποίο διασώζονται υπολείμματα τοιχογραφιών. Η χρονολόγηση της εκκλησίας αυτής είναι δύσκολη, αν κρίνει όμως κανείς από την κεραμική που βρίσκεται σκόρπια εκεί πρέπει να χρονολογηθεί στον 14ο-15ο αιώνα.