Ίσαυρος, αυτοκράτορας της Κωνσταντινουπόλεως από το 474 μέχρι το 491 μ.Χ. οπότε πέθανε. Στον θρόνο διαδέχθηκε τον Λέοντα Α', ως συναυτοκράτορας μαζί με τον ανήλικο (7χρονο) γιο του Λέοντα που πέθανε όμως τον ίδιο χρόνο, οπότε ο Ζήνων παρέμεινε μονοκράτορας. Παρά το ότι αντιμετώπισε πολλές συνωμοσίες και αντιδράσεις, ο Ζήνων κατόρθωσε να παραμείνει στον θρόνο, αν και τον έχασε για σύντομο διάστημα μεταξύ 475 και 476. Σημαντικό ιστορικό γεγονός που συνέβη επί ημερών του Ζήνωνος, ήταν η κατάλυση του δυτικού Ρωμαϊκού κράτους (τέλη του 476). Στην Ανατολή, το κυριότερο ζήτημα που απασχόλησε την αυτοκρατορία ήταν θρησκευτικό, με την εξάπλωση της αιρέσεως του Μονοφυσιτισμού. Ο πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως Ακάκιος, στην προσπάθειά του να συμφιλιώσει τους Μονοφυσίτες με τους Ορθοδόξους, συνέταξε το λεγόμενο Ἑνωτικόν, που ήταν αυτοκρατορική εγκύκλιος την οποία ο Ζήνων εξέδωσε το 482. Η πράξη όμως αυτή αντί να κατευνάσει, όξυνε περισσότερο τα θρησκευτικά πάθη, πίσω από τα οποία κρύβονταν και χωριστικές αντιθέσεις προς την κεντρική κρατική και εκκλησιαστική εξουσία της Κωνσταντινουπόλεως, αφού στην όλη διαμάχη μετείχαν οι πληθυσμοί των περισσοτέρων επαρχιών (Αιγύπτου, Συρίας, Παλαιστίνης, Μικράς Ασίας).
Μετά το θάνατο του Ζήνωνος, το 491, η σύζυγός του Αριάδνη παντρεύτηκε τον γηραιό αυλικό Αναστάσιο, ο οποίος έγινε έτσι αυτοκράτορας αφού ο Ζήνων δεν είχε αφήσει απογόνους.
Η κυριότερη σχέση του Ζήνωνος με την Κύπρο, η οποία αποτελούσε τμήμα της αυτοκρατορίας, είναι επίσης θρησκευτική και συνδέεται άμεσα με την Κυπριακή Εκκλησία: Ο πατριάρχης Αντιοχείας Πέτρος Γναφεύς*, γνωστός Μονοφυσίτης και φίλος του επίσης μονοφυσιτίζοντος Ζήνωνος, ήγειρε κατά την εποχή αυτή αξιώσεις επί της Κυπριακής Εκκλησίας, επιδιώκοντας τον έλεγχό της με το επιχείρημα ότι η Κύπρος είχε δεχθεί τον Χριστιανισμό από την Αντιόχεια. Τότε, σύμφωνα προς την κυπριακή εκκλησιαστική παράδοση, ο αρχιεπίσκοπος Κύπρου Ανθέμιος βρήκε, ύστερα από όραμα, στην Κύπρο το λείψανο του αποστόλου Βαρνάβα και μαζί μ' αυτό και το Κατά Ματθαῖον ή κατ' άλλη εκδοχή το Κατά Μάρκον Εὐαγγέλιον. Τα πολύτιμα αυτά ευρήματα μετέφερε ο Ανθέμιος στην Κωνσταντινούπολη, όπου και τα δώρισε στον Ζήνωνα, αποδεικνύοντάς του έτσι ότι η Κυπριακή Εκκλησία ήταν αποστολική, είχε δηλαδή ιδρυθεί από απόστολο (τον Βαρνάβα) και καταρρίπτοντας ταυτόχρονα τα επιχειρήματα του Πέτρου Γναφέως. Επομένως η Εκκλησία της Κύπρου εδικαιούτο να έχει πλήρη αυτονομία, την οποία ο Ζήνων χορήγησε. Για την ακρίβεια, ο Ζήνων επικύρωσε απλώς το αυτοκέφαλον της Κυπριακής Εκκλησίας, το οποίο είχε αναγνωριστεί πιο πριν, και συγκεκριμένα στην Γ' Οικουμενική Σύνοδο της Εφέσου, το 431.
Παράλληλα, ο Ζήνων χορήγησε στον Ανθέμιο και ειδικά προνόμια που έδιναν συμβολικό νόημα στην αυτονομία της Κυπριακής Εκκλησίας. Τα προνόμια αυτά, που οι Κύπριοι αρχιεπίσκοποι διατηρούν μέχρι σήμερα, είναι:
α) Ο αρχιεπίσκοπος Κύπρου υπογράφει με κόκκινο μελάνι (κιννάβαριν) όπως και ο αυτοκράτορας.
β) Ο αρχιεπίσκοπος Κύπρου φέρει κατά τις τελετές πορφυρούν μανδύα, όπως και ο αυτοκράτορας.
γ) Ο αρχιεπίσκοπος Κύπρου φέρει κατά τις τελετές αυτοκρατορικό σκήπτρο αντί ποιμαντορική ράβδο.
Μερικοί νεότεροι επιστήμονες θεωρούν ως μυθικά τα προνόμια αυτά και δεν δέχονται ότι πράγματι είχαν παραχωρηθεί από τον Ζήνωνα (βλέπε λήμμα Ανθέμιος). Ωστόσο επέζησαν και διατηρήθηκαν μέσα στους αιώνες και απεδείχθησαν μάλιστα πολύ σημαντικά γιατί σε ένα μεγάλο βαθμό σ' αυτά στηρίχθηκαν κι αναπτύχθηκαν οι κοσμικές εξουσίες που κατά καιρούς και κατά διάφορους τρόπους ασκήθηκαν από Κυπρίους αρχιεπισκόπους. Μόνοι οι προκαθήμενοι της Κυπριακής Εκκλησίας από όλους τους αρχηγούς των Εκκλησιών είχαν και διατήρησαν τα προνόμια αυτά.
Περίεργο θεωρείται το πώς ο Ζήνων δέχθηκε ανεπιφύλακτα τις απόψεις του Ανθεμίου, δυσαρεστώντας μάλιστα τον πατριάρχη Αντιοχείας Πέτρο Γναφέα. Ίσως θα πρέπει να δεχθούμε ότι ο αυτοκράτορας είχε πράγματι εντυπωσιαστεί από το «θαύμα» της ανεύρεσης του λειψάνου και του ευαγγελίου. Πιθανώς να είχε ακόμη επηρεαστεί από τον πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Ακάκιο, ο οποίος είχε ίσως υποστηρίξει τον Ανθέμιο. Ακόμη, πιθανώς η εκχώρηση των προνομίων στον Ανθέμιο και η επικύρωση του αυτοκεφάλου της Κυπριακής Εκκλησίας να έγιναν μετά τον θάνατο του Γναφέως, το τέλος του 488.
Πέραν από την επικύρωση του αυτοκεφάλου και την εκχώρηοη των προνομίων, ο αυτοκράτορας Ζήνων έκαμε και δωρεά στον Ανθέμιο με την οποία ο τελευταίος έκτισε βασιλική, μοναστήρι, υδραγωγείο, στοές, ξενώνες και άλλα οικοδομήματα στον χώρο όπου, κατά την παράδοση, και ο ίδιος ο Βαρνάβας είχε ανεγείρει παρόμοια κτίσματα.