Μέσα στα πλαίσια των αρχών της αποτελεσματικής διακυβέρνησης ενός οργανισμού, ο ρόλος μιας ανεξάρτητης δραστηριότητας εσωτερικού ελέγχου καθίσταται πολύ σημαντικός. Η Κυπριακή Δημοκρατία, αναγνωρίζοντας την αναγκαιότητα αυτή κατά τις διαπραγματεύσεις με την Ευρωπαϊκή Ένωση για την εναρμόνιση της κυπριακής νομοθεσίας με το κοινοτικό κεκτημένο, θέσπισε νομοθεσία τον Ιούλιο του 2003 με βάση την οποία ιδρύθηκε η ανεξάρτητη Υπηρεσία Εσωτερικού Ελέγχου.
Της Υπηρεσίας προΐσταται ο Έφορος Εσωτερικού Ελέγχου, ο οποίος διορίστηκε το Σεπτέμβριο του 2003 με απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου για εξαετή θητεία. Ο Έφορος υποβάλλει στο Συμβούλιο Εσωτερικού Ελέγχου ετήσια έκθεση για τις δραστηριότητες της Υπηρεσίας. Το Συμβούλιο, που συστάθηκε στα πλαίσια της σχετικής νομοθεσίας, αποτελείται από πέντε μέλη και προεδρεύεται από τον Υπουργό Οικονομικών. Αρμοδιότητα του Συμβουλίου είναι να παρακολουθεί τα αποτελέσματα της εργασίας της Υπηρεσίας και να εισηγείται στο Υπουργικό Συμβούλιο τα κατάλληλα μέτρα για την ενδυνάμωση του εσωτερικού ελέγχου στο δημόσιo τομέα.
Αποστολή της Υπηρεσίας είναι η βελτίωση των συστημάτων διαχείρισης και ελέγχου των διαφόρων υπηρεσιών του κράτους και η διασφάλιση της οικονομικής, αποδοτικής και αποτελεσματικής διαχείρισης των πόρων του Κρατικού Προϋπολογισμού και των κονδυλίων της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
Ρόλος της Υπηρεσίας είναι να συμβουλεύει τους Γενικούς Διευθυντές των Υπουργείων και τους Διευθυντές των Τμημάτων για την εφαρμογή των κατάλληλων διαδικασιών, έτσι ώστε η λειτουργία της δημόσιας υπηρεσίας να γίνεται πιο παραγωγική και να είναι προσανατολισμένη σε αποτελέσματα, διασφαλίζοντας την ορθή διαχείριση και εξοικονόμηση του δημόσιου χρήματος.
Απώτερος στόχος της Υπηρεσίας είναι η διασφάλιση της παροχής στον πολίτη υψηλής ποιότητας υπηρεσιών από το κράτος με το χαμηλότερο οικονομικό κόστος, σε περιβάλλον όπου διασφαλίζονται οι αρχές της νομιμότητας, της χρηστής διοίκησης και της ορθολογικής οικονομικής διαχείρισης.