Επίσκοπος Κυρηνείας από τον Οκτώβριο του 1791 μέχρι και το 1816. Ο Ευγένιος, μαζί με τον επίσκοπο Πάφου Χρύσανθο, αναμείχθηκε στο όλο ζήτημα της αναγκαστικής παραιτήσεως και εξορίας του γηραιού αρχιεπισκόπου Κύπρου Χρυσάνθου και του ανεψιού του, επισκόπου Κιτίου Χρύσανθου, καθώς και της αναρριχήσεως στον αρχιεπισκοπικό θρόνο του οικονόμου της Αρχιεπισκοπής Κυπριανού, του μετέπειτα εθνομάρτυρος αρχιεπισκόπου Κύπρου.
Με παρασκηνιακές ενέργειες στην Κωνσταντινούπολη, εκπρόσωποι της ομάδας που υποστήριζε την άνοδο του Κυπριανού στον αρχιεπισκοπικό θρόνο πέτυχαν την έκδοση σουλτανικού διατάγματος για εξορία του αρχιεπισκόπου Χρύσανθου και του Κιτίου Χρυσάνθου, οι οποίοι πράγματι εξορίστηκαν στη Χαλκίδα της Εύβοιας τον Ιούνιο του 1810. Αμέσως μετά ο Κυρηνείας Ευγένιος και ο Πάφου Χρύσανθος, απηύθυναν επιστολή προς τον αρχιεπίσκοπο Σιναίου Κωνστάντιο, που βρισκόταν την εποχή αυτή στη Λάρνακα, με την οποία τον πληροφορούσαν ότι είχαν εκλέξει τον μεν Κυπριανό ως αρχιεπίσκοπο Κύπρου, τον δε Μελέτιο ως επίσκοπο Κιτίου. Επειδή όμως η διαδοχή δεν έγινε τυπικά, τον καλούσαν να έλθει στη Λευκωσία και να συσκεφθεί μαζί τους. Ταυτόχρονα, οι Ευγένιος και Χρύσανθος απέστειλαν επιστολή στον οικουμενικό πατριάρχη Ιερεμία Γ΄, στις 28.6.1810, πληροφορώντας τον για την εξορία του ανίκανου (λόγω ηλικίας) αρχιεπισκόπου Χρυσάνθου και του ανεψιού του, για τον διορισμό με σουλτανικό φιρμάνι του Κυπριανού ως αρχιεπισκόπου και του Μελετίου ως επισκόπου Κιτίου (των οποίων τις αρετές εκθείασαν) και, τέλος, ζητώντας από τον πατριάρχη την έγκριση για κανονική ενθρόνιση των Κυπριανού και Μελετίου επειδή οι προκάτοχοί τους είχαν εξοριστεί χωρίς να έχουν υποβάλει τις παραιτήσεις τους. Τις επιστολές προς τον Σιναίου Κωνστάντιο και τον πατριάρχη υπέγραψαν, εκτός από τον Ευγένιο και τον Χρύσανθο, και άλλοι κληρικοί ενοριών της Λευκωσίας, καθώς και πρόκριτοι λαϊκοί που υποστήριζαν τον Κυπριανό.
Ο Κωνστάντιος αρνήθηκε να συνεργαστεί με τους υποστηρικτές του Κυπριανού και με επιστολή του ημερομηνίας 2.7.1810 από τη Λάρνακα, πληροφόρησε τον Ευγένιο και τον Χρύσανθο ότι δεν μπορούσε να ήταν έγκυρη η εκλογή και ενθρόνιση των Κυπριανού και Μελετίου εφόσον οι προκάτοχοί τους δεν είχαν παραιτηθεί και εφόσον δεν υπήρχε εκκλησιαστική απόφαση που να κήρυσσε κενούς τους θρόνους των.
Τα πράγματα οδηγούντο σε αδιέξοδο που θα ελύετο ίσως δυναμικά από την ισχυρή παράταξη του Κυπριανού. Τον Σεπτέμβριο όμως του 1810 ο εξόριστος στην Εύβοια αρχιεπίσκοπος Χρύσανθος πέθανε, οπότε ο αρχιεπισκοπικός θρόνος περιήλθε κανονικά σε κατάσταση χηρείας. Ο Σιναίου συγκατετέθη τότε και χειροτόνησε τον Κυπριανό αρχιεπίσκοπο Κύπρου, όχι όμως και τον Μελέτιο επίσκοπο Κιτίου. Τον Μελέτιο χειροτόνησε ο Κυπριανός μετά τη δική του χειροτονία.
Δεν είναι ξεκαθαρισμένο εάν ο Ευγένιος Κυρηνείας και ο Χρύσανθος Πάφου ανήκαν πραγματικά στην ισχυρή παράταξη του Κυπριανού ή εάν είχαν εξαναγκαστεί να τον υποστηρίξουν.
Στο ιδρυτικό έγγραφο του αρχιεπισκόπου Κυπριανού, αναφέρεται ότι η ιδρυθείσα από τον ίδιο Ελληνική Σχολή της Λευκωσίας (αργότερα Παγκύπριο Γυμνάσιο) ανηγέρθη σε παξέν (=περιβόλι) ανατολικά του κτιρίου της Αρχιεπισκοπής στη Λευκωσία, ο οποίος παξές ανήκε στο μοναστήρι του Μαχαιρά στο οποίο τον είχε δωρήσει ὁ συνάδελφος ἡμῶν ἃγιος Κυρηνείας κύρ Ευγένιος.