Επίσκοπος Κιτίου από το 1910 μέχρι το 1917. Διαδέχθηκε στον θρόνο Κιτίου τον Κύριλλο (γνωστό ως Κυριλλάτσο) που έγινε αρχιεπίσκοπος. Του Μεταξάκη διάδοχος ήταν ο επίσκοπος Νικόδημος Μυλωνάς.
Πρόκειται για τον μετέπειτα οικουμενικό πατριάρχη Μελέτιον Δ΄, που υπηρέτησε και ως πατριάρχης Αλεξανδρείας. Γεννήθηκε στο Λασίθι της Κρήτης στις 21 Σεπτεμβρίου 1871 και πέθανε στην Αλεξάνδρεια στις 28 Ιουλίου 1935. Το κοσμικό του όνομα ήταν Εμμανουήλ. Διδάχθηκε τα πρώτα γράμματα στο χωριό του. Το 1889 πήγε στα Ιεροσόλυμα, κοντά σε ένα θείο του εφημέριο εκεί, όπου φοίτησε στη Σχολή του Παναγίου Τάφου.
Χειροτονήθηκε λίγο αργότερα διάκονος και υπηρέτησε υπό τον πατριάρχη Αντιοχείας Σπυρίδωνα. Το 1893 επέστρεψε στα Ιεροσόλυμα όπου συνέχισε τις σπουδές του για 7 χρόνια, μέχρι το 1900. Τότε διορίστηκε γραμματέας του πατριάρχη Ιεροσολύμων Δαμιανού και 3 χρόνια αργότερα εξελέγη αρχιγραμματέας του πατριαρχείου, αξίωμα σημαντικότατο. Περιόδευσε τους Αγίους Τόπους και ανέπτυξε αξιόλογη εκκλησιαστική δραστηριότητα που περιελάμβανε και την ίδρυση πολλών σχολείων, την οργάνωση του πατριαρχικού τυπογραφείου και την έκδοση (1904) του γνωστού περιοδικού Νέα Σιών.
Από τη θέση του αρχιγραμματέα του πατριαρχείου Ιεροσολύμων, ο Μελέτιος Μεταξάκης εξετέλεσε διάφορες αποστολές σε άλλες Εκκλησίες, όπως εκείνη της Αλεξάνδρειας, ενώ ταξίδεψε, για εκκλησιαστικά ζητήματα, στην Κωνσταντινούπολη, στην Αυστρία, στη Ρωσία και αλλού. Το 1907 ήλθε στην Κύπρο όπου εργάστηκε με σκοπό να βοηθήσει στην εξεύρεση λύσης στο σοβαρό και παρατεινόμενο αρχιεπισκοπικό ζήτημα. Στην Κύπρο βρισκόταν τότε, για τον ίδιο σκοπό, ο πατριάρχης Αλεξανδρείας Φώτιος, με τον οποίο συνεργάστηκε. Μεταξύ άλλων, αποφασίστηκε να εκδοθούν τα χριστιανικά έντυπα Ἐκκλησιαστικός Φάρος και Πάνταινος.
Το 1910 εξελέγη στην Κύπρο επίσκοπος Κιτίου. Στο αξίωμα αυτό υπηρέτησε μέχρι το 1917. Τον επόμενο χρόνο εξελέγη αρχιεπίσκοπος Αθηνών. Στο σύντομο διάστημα κατά το οποίο υπηρέτησε στο αξίωμα αυτό, έθεσε τις βάσεις της αναδιοργάνωσης της Εκκλησίας της Ελλάδος και έκαμε διάφορα κοινωφελή έργα. Για πολιτικούς λόγους αντικαταστάθηκε το 1920. Πήγε τότε στην Αμερική όπου ανέπτυξε σημαντική δραστηριότητα και, μεταξύ άλλων, οργάνωσε την Αρχιεπισκοπή Βορείου και Νοτίου Αμερικής. Ενώ βρισκόταν στις Ηνωμένες Πολιτείες, εξελέγη οικουμενικός πατριάρχης στις 25 Νοεμβρίου 1921 και ενθρονίστηκε στην Κωνσταντινούπολη στις 24 Ιανουαρίου 1922. Στο αυτό αξίωμα υπηρέτησε 15 μόνο μήνες, γιατί μετά την επικράτηση στην Τουρκία του Κεμάλ Ατατούρκ, αναγκάστηκε να παραιτηθεί. Πήγε για λίγο στο Άγιον Όρος και ύστερα απεσύρθη στην πατρίδα του Κρήτη. Ενώ βρισκόταν εκεί, εξελέγη το 1924 πατριάρχης Αλεξανδρείας. Και στην Αλεξάνδρεια επιτέλεσε σημαντικό έργο, αναδιοργανώνοντας το πατριαρχείο, ιδρύοντας σχολεία και ευαγή ιδρύματα, ρυθμίζοντας τις σχέσεις του πατριαρχείου με τις ελληνικές κοινότητες, ιδρύοντας μητροπόλεις κλπ. Έγραψε επίσης πολλά άρθρα και μελέτες εκκλησιαστικού - θεολογικού περιεχομένου, που δημοσιεύθηκαν κατά καιρούς σε χριστιανικά έντυπα. Ως πατριάρχης Αλεξανδρείας υπηρέτησε μέχρι τον θάνατό του στις 28 Ιουλίου 1935. Ο Μελέτιος Μεταξάκης υπήρξε μια από τις πιο σημαντικές προσωπικότητες της Ανατολικής (Ορθόδοξης) Εκκλησίας.
Επίσκοπος Κιτίου ο Μελέτιος Μεταξάκης εξελέγη μετά τη ρύθμιση του γνωστού αρχιεπισκοπικού ζητήματος που είχε διχάσει τον λαό του νησιού και τον είχε κρατήσει σε διαρκή αναταραχή για μια ολόκληρη δεκαετία. Τότε, με την εκλογή ως αρχιεπισκόπου του ενός από τους δύο αντιπάλους Κυρίλλους, του Κυρίλλου Β΄, ως τότε επισκόπου Κιτίου, και της συμφιλιώσεώς του με τον Κυρηνείας Κύριλλο (μετέπειτα αρχιεπίσκοπο Κύριλλο Γ΄), η Εκκλησία της Κύπρου μπόρεσε να αναδιοργανωθεί. Προς κατευνασμό των παθών, στους δυο κενούς θρόνους (Κιτίου και Πάφου) εξελέγησαν ως επίσκοποι δυο «εξωκλιματικοί», δηλαδή δυο μη Κύπριοι, που δεν είχαν αναμειχθεί στην πολύχρονη διαμάχη. Επίσκοπος Πάφου εξελέγη ο Ιάκωβος Αντζουλάτος και επίσκοπος Κιτίου εξελέγη ο Μελέτιος Μεταξάκης.
Ως επίσκοπος Κιτίου, στα 8 χρόνια που υπηρέτησε στην Κύπρο, ο Μελέτιος Μεταξάκης ανέπτυξε αξιόλογη δραστηριότητα τόσο στον εκκλησιαστικό όσο και στον κοινωνικό τομέα γενικότερα. Μεταξύ άλλων, εργάστηκε για την επικράτηση ειρήνης στους κόλπους της Εκκλησίας της Κύπρου, της οποίας και συνέταξε τον καταστατικό χάρτη. Ίδρυσε επίσης το περιοδικό Ἐκκλησιαστικός Κῆρυξ (1911). Προώθησε επίσης την εκπαίδευση και ίδρυσε το Παγκύπριο Ιεροδιδασκαλείο (1910) και άλλα εκπαιδευτήρια στη Λάρνακα και αλλού. Το 1912-13 απουσίασε από την Κύπρο, γιατί πήγε στην Ελλάδα όπου προσέφερε τις υπηρεσίες του για επίλυση θεμάτων των επαρχιών του Οικουμενικού Πατριαρχείου που είχαν προσαρτηθεί τότε (Βαλκανικοί πόλεμοι) στην Ελλάδα, στη Βουλγαρία και στη Σερβία. Εργάστηκε επίσης για ζητήματα του Αγίου Όρους το 1913-14.