Μυθολογικό ον με ανδρική και γυναικεία υπόσταση ταυτόχρονα, που γεννήθηκε από τον δεσμό της θεάς Αφροδίτης με τον θεό Ερμή, των οποίων εξάλλου τα ονόματα σχηματίζουν μαζί το δικό του. Πιστεύεται ότι η προέλευσή του είναι ανατολική που έφθασε στην Κύπρο μέσω της Συρίας και από την Κύπρο διαδόθηκε και στην Ελλάδα. Αρχικά τη διπλή φύση συγκέντρωνε η ίδια η Αφροδίτη, που λατρευόταν και ως Αφρόδιτος (ο).
Κατά τον Οβίδιο (Μεταμορφώσεις, IV, 285 κ.ε.) ο Ερμαφρόδιτος έμοιαζε το ίδιο και στους δυο γονείς, την Αφροδίτη και τον Ερμή. Στην Καρία, η νύμφη Σαλμακίδα ερωτεύθηκε παράφορα τον ωραίο Ερμαφρόδιτο, που τον αγκάλιασε και παρακάλεσε τους θεούς να ενώσουν για πάντα τα σώματά τους. Πραγματικά, τα κορμιά του Ερμαφρόδιτου και της Σαλμακίδος ενώθηκαν, σχηματίζοντας ένα σώμα που είχε τα χαρακτηριστικά και των δυο φύλων.
Ο τύπος του Ερμαφρόδιτου απεδόθη από πολλούς καλλιτέχνες, από τον 4ο π.Χ. αιώνα κ.ε., κλασικός δε θεωρείται ο τύπος που απέδωσε ο Αθηναίος γλύπτης Πολυκλής (2ος π.Χ. αι.). Την οντότητα αυτή αποδίδουν και αρκετά ρωμαϊκά έργα τέχνης.
Η αρχική αρσενική και θηλυκή υπόσταση της Αφροδίτης συμβόλιζε τη δύναμη της ίδιας της φύσης που αναγεννάται και γονιμοποιείται από μόνη της. Πιθανώς όμως στη θρησκεία ο Ερμαφρόδιτος συμβόλιζε και τον αρχιερέα - βασιλιά που αντικαθιστούσε την αρχιέρεια - βασίλισσα της μητριαρχίας.
Στην Κύπρο ο Ερμαφρόδιτος λατρευόταν πιθανώς στην αρχαία Αμαθούντα κατά τη Ρωμαϊκή περίοδο, και η λατρεία του ήταν στενά συνδεδεμένη με τη λατρεία της Αμαθουσίας Αφροδίτης. Σύμφωνα προς τις αρχαίες φιλολογικές πηγές, στην Αμαθούντα η Αφροδίτη λατρευόταν ως θεότητα αρσενική από τη μέση και πάνω, ταυτόχρονα δε και ως θεότητα θηλυκή από τη μέση και κάτω.
Ιδίως στην αρχαία Αμαθούντα, η λατρεία της Αφροδίτης ως Ερμαφρόδιτου, δηλαδή αρσενικής μαζί και θηλυκής θεότητος, φαίνεται ότι ήταν κατά πολύ αρχαιότερη των Ρωμαϊκών Χρόνων. Για την λατρεία της Αφροδίτης στην Αμαθούντα ως αρσενικής μαζί και θηλυκής θεότητος, ο Ησύχιος, που μας δίνει σχετικές πληροφορίες, λέγει ότι είχε ως πηγή του τον Θεόφραστο, ο οποίος έζησε κατά τον 4ο/ 3ο π.Χ. αιώνα, άρα η λατρεία της θεάς υφίστατο και κατά τα Ελληνιστικά Χρόνια, τα προγενέστερα των Ρωμαϊκών. Αλλά και ο Θεόφραστος αναφέρεται ότι είχε αντλήσει από σύγγραμμα ενός Κυπρίου συγγραφέα, του Παίωνος του Αμαθουσίου, που θα πρέπει να ήταν ακόμη αρχαιότερός του.
Κατά τον Παίωνα (όπως παραδίδει ο Ησύχιος, διότι κανένα από τα συγγράμματα του Αμαθουσίου συγγραφέα δεν σώθηκε), «εις άνδρα την θεόν εσχηματίσθαι εν Κύπρω». Δηλαδή στην Κύπρο η θεά πήρε ανδρική μορφή. Ο Ιωάννης ο Λυδός πάλι, στο σύγγραμμα του «Περί Μηνών», αναφέρει ότι η Αφροδίτη «έχει φύση αρσενική μαζί και θηλυκή». Ο δε Σουίδας προσθέτει ότι η θεά είχε και αρσενικά και θηλυκά γεννητικά όργανα, και εξηγεί γιατί: «ταύτην γαρ λέγουσιν έφορον γενέσεως πάσης, και από της οσφύος και άνω λέγουσιν αυτήν άρρενα, τα δε κάτω θήλειαν...» Δηλαδή η Αφροδίτη εθεωρείτο ως επιτηρήτρια του κάθε είδους ζωής, και έτσι συμβολιζόταν η μισή (από την μέση και πάνω) με μορφή αρσενική και η άλλη μισή (από την μέση και κάτω) με μορφή θηλυκή.
Η αναφορά του Σουίδα είναι συνεπώς σαφής, ότι η λατρεία της Αφροδίτης ως αρσενικής μαζί και θηλυκής ξεκινούσε από την υπόσταση της θεάς ως προστάτιδας της διαιώνισης όλων των ειδών, και άρα συμβόλιζε την ίδια την παντοδύναμη φύση που είναι ταυτόχρονα δύναμη γονιμοποιός και δύναμη γονιμοποιούμενη.
Δεν είναι, ωστόσο, ξεκάθαρο εάν η λατρεία της θεάς στην Κύπρο (ή τουλάχιστον σε μερικά μέρη της Κύπρου) ως αρσενικής μαζί και θηλυκής, δεν είχε διαμορφωθεί και λόγω αρχαιοτέρων έξωθεν (ανατολικών) επιδράσεων. Στην Ανατολή απαντώνται παραδείγματα λατρείας θεοτήτων ακριβώς με αρσενική μαζί και θηλυκή υπόσταση. Ο θεός Σίβα για παράδειγμα, από τους κυριότερους του Ινδουισμού και από τους πιο σύνθετους των Ινδιών, απαντάται στις απεικονίσεις του σε ποικίλες μορφές, όπως με τρία μάτια (το τρίτο είναι εκείνο που «βλέπει προς τα μέσα»), αλλά και ως αρσενική και θηλυκή μαζί θεότητα που συμβολίζει την ενότητα των αντιθέσεων, ένα από τα σημαντικότερα μυστήρια της ανατολικής φιλοσοφίας.
Στην Κύπρο η Αφροδίτη είχε πολλές ιδιότητες και υποστάσεις (θεότητα της βλάστησης, θεότητα ουράνια, θεότητα θαλασσινή, θεότητα της διατήρησης της ζωής κάθε είδους - γι' αυτό και ερωτική θεά, εφόσον η διαιώνιση των ειδών προϋποθέτει την σεξουαλική πράξη - και άλλες ακόμη). Έτσι, η λατρεία της ως αρσενικής και θηλυκής ταυτόχρονα θεότητος, ίσως δεν ήταν καθόλου άσχετη και προς τις ποικίλες και διαφορετικές της υποστάσεις. Από την άλλη πάλι, αποδεχόμενοι ότι η θεά Αφροδίτη αποτελούσε πιο εξελιγμένη μορφή μιας αρχέγονης Θεάς- Μητέρας (ή θεάς της Γονιμότητος), θα έπρεπε ίσως να αποδεχθούμε ότι αρχικά υφίστατο και ένας αρσενικός Θεός- Πατέρας (του οποίου η λατρεία πιθανότατα σχετιζόταν με διάφορα προϊστορικά φαλλικά σύμβολα που βρέθηκαν κατά τις ανασκαφές). Στην εξέλιξη των πραγμάτων, αυτές οι δύο θεότητες (η Θεά-Μητέρα και ο Θεός-Πατέρας) ίσως να έδωσαν την αρσενική και θηλυκή ταυτόχρονα Αφροδίτη. Όπως ακριβώς και ο ινδικός Σίβα παρουσιάζεται συχνά ως αρσενικοθήλυκος, ύστερα από ένωσή του σε ένα σώμα με την σύζυγό του, την θεά Κάλι.
Το χριστιανικό «και έσονται οι δύο εις σάρκα μίαν», που ακούγεται κατά την τελετή κάθε γάμου, ίσως ως συμβολισμός να μη διαφέρει πολύ από τον συμβολισμό της λατρείας της Αφροδίτης με αρσενική και θηλυκή μαζί υπόσταση στην αρχαία Κύπρο.