Η αγία Μαρίνα Κυπερούντας είναι μεγάλη τρίκλιτη ξυλόστεγη εκκλησία, στην κεντρική πλατεία του χωριού. Έχει εσωτερικές διαστάσεις22,30X10,85 μ. Τα τρία κλίτη της εκκλησίας χωρίζονται με δυο πασσαλοστοιχίες, κάθε μια από τις οποίες έχει έξι ισχυρούς πασσάλους. Οι πάσσαλοι είναι κορμοί δένδρων αποφλοιωμένοι και ελάχιστα τετραγωνισμένοι. Οι πάσσαλοι στηρίζουν ξύλινο επιστύλιο. Τα διάστυλα είναι ακανόνιστα και κυμαίνονται από 2,50 μ. μέχρι 3,80 μ.
Το κεντρικό κλίτος έχει πλάτος 4,40 μ. και καταλήγει στ’ ανατολικά σε αψίδα ελαφρά πεταλόμορφη εγγεγραμμένη στο πάχος του ανατολικού τοίχου. Η αψίδα έχει χορδή 3,65 μ. και βέλος 1,90 μ. Το βόρειο κλίτος έχει πλάτος 3,15 μ. και το νότιο 2,85 μ. Η εκκλησία έχει δυο εισόδους, μια στο μέσο περίπου του νότιου τοίχου πλάτους 1,40 μ. και μια στο μέσο του δυτικού τοίχου, με περίτεχνο περίθυρο, πλάτους 1,60 μ. Στενή θύρα υπάρχει και στον βόρειο τοίχο κοντά στη σκάλα που οδηγεί στον γυναικωνίτη.
Όπως και οι άλλες τρίκλιτες ξυλόστεγες εκκλησίες των χρόνων της Φραγκοκρατίας-Βενετοκρατίας και Τουρκοκρατίας, των οποίων τα κλίτη χωρίζονται είτε με πασσάλους (Παναγία Χρυσοκουρδαλιώτισσα στο Κούρδαλι, Παναγία Καθολική στο Πελένδρι) είτε με τοξοστοιχίες που στηρίζονται σε κολόνες ή πεσσούς (Ιαματική Αρακαπά, Παναγία Παλαιχωρίου, Πρόδρομος Ασκά, Παναγία της Τρικουκκιάς, Τροοδίτισσα κ.α.), δεν έχει υπερυψωμένο το μέσο κλίτος και γι’ αυτό το εσωτερικό της ήταν πολύ σκοτεινό. Γι’ αυτό σε νεότερα χρόνια άνοιξαν ορθογώνια παράθυρα (τρία στον νότιο και δύο στον βόρειο τοίχο) για να φωτίζεται το εσωτερικό.
Δεν είναι γνωστό πότε κτίσθηκε η εκκλησία. Η χρονολογία πάνω από τη δυτική είσοδο και η σχετική επιγραφή αναφέρονται στην κατασκευή του περιθύρου. Η εκκλησία πρέπει μάλλον να χρονολογηθεί στα πρώτα χρόνια της Τουρκοκρατίας. Το τμήμα πάντως του νότιου τοίχου, που βρίσκεται στ’ ανατολικά της νότιας εισόδου της εκκλησίας, ανήκει σε παλαιότερη εκκλησία, πιθανότατα τρίκλιτη. Το τμήμα αυτό του νότιου τοίχου είναι τμήμα μιας τοξοστοιχίας με ημικυκλικά τόξα, τα μετακιόνια διαστήματα της οποίας έχουν εντοιχισθεί.