Η εκκλησία της Αγίας Μαρίνας στο Φρέναρος είναι μονόκλιτη, καμαροσκέπαστη. Η οξυκόρυφη καμάρα στηρίζεται σε δυο σφενδόνια που ξεκινούν από προβόλους, ψηλά στον βόρειο και τον νότιο τοίχο, με τη μορφή δυο επάλληλων τεταρτοσφαιρικών εξοχών. Έχει εσωτερικές διαστάσεις 11X5 μ. περίπου και καταλήγει σε αψίδα ημικυκλική, τόσο εσωτερικά όσο και εξωτερικά. Η αψίδα έχει χορδή 3,62 μ. και βέλος 1,70 μ. Στα βόρεια και στα νότια της αψίδας, ανοίγονται στον ανατολικό τοίχο, σε ύψος 1 μ. από το δάπεδο, δυο ημικυκλικές αχιβάδες. Η αχιβάδα στη βόρεια πλευρά της αψίδας, που έχει άνοιγμα 0,50 μ. και βάθος 0,35 μ., χρησιμεύει σαν «Πρόθεση».
Οι τοίχοι της εκκλησίας είναι κτισμένοι με καλά τετραγωνισμένους πωρόλιθους και έχουν πάχος 1,05 μ. Στο πάχος του βόρειου τοίχου, εσωτερικά, υπάρχει τυφλό τόξο σ’ απόσταση 2,50 μ. από τον ανατολικό τοίχο. Δυο παρόμοια τυφλά τόξα υπάρχουν και στον νότιο τοίχο από τη μια και την άλλη πλευρά της νότιας εισόδου. Δεδομένου του ανοίγματος (2 μ. περίπου) και του βάθους (0,45 μ.) πιθανότατα αυτά τα τρία τυφλά τόξα χρησίμευαν για την υποδοχή των τάφων των κτητόρων της εκκλησίας. Αυτό δεν είναι ασύνηθες. Παρόμοιοι τάφοι υπάρχουν π.χ. στις εκκλησίες του Αγίου Φίλωνος Αγριδιών στ’ ανατολικά του Ριζοκαρπάσου, και της Παναγίας Ποταμίτισσας στο Καζάφανι.
Η εκκλησία έχει δυο εισόδους, μια στο μέσο του νότιου τοίχου πλάτους 1,15 μ. και μια στο μέσο του δυτικού τοίχου πλάτους 1,06 μ. Πάνω από τη δυτική είσοδο, εξωτερικά, υπάρχει ανάγλυφος θυρεός με σταυρό. Παράθυρα υπάρχουν μόνο δυο: ένα στον ημικυκλικό τοίχο της αψίδας διαστάσεων 0,46X0,32 μ. κι ένα πάνω από την αψίδα, ψηλά στον ανατολικό τοίχο διαστάσεων 0,45X0,25 μ. Το πλάτος του τελευταίου παραθύρου μειώνεται εξωτερικά σε 0,20 μ.
Η εκκλησία έχει διακοσμηθεί με τοιχογραφίες, από περισσότερους του ενός ζωγράφους. Στον δυτικό τοίχο, πάνω από την είσοδο, σώζονται μεγάλα κομμάτια μιας μεγάλων διαστάσεων Σταύρωσης, έντονα επηρεασμένης από την ιταλική τέχνη της εποχής. Μεγάλα τμήματα τοιχογραφιών του αγίου Μάμα και ενός κολοσσιαίου αρχαγγέλου σώζονται στον βόρειο τοίχο. Στο τυφλό τόξο του βόρειου τοίχου σώζονται τμήματα τοιχογραφίας του αγίου Γεωργίου. Στα άλλα μέρη της εκκλησίας μόνο ασήμαντα ίχνη τοιχογραφιών σώζονται.