Όπως και στην Αμμόχωστο έτσι και στην Πάφο το μοναστήρι των Φραγκισκανών έχει εξαφανισθεί και μόνο τα ερείπια της εκκλησίας του Αγίου Φραγκίσκου διασώζονται. Η εκκλησία του Αγίου Φραγκίσκου στην Πάφο είναι περισσότερο κατεστραμμένη από εκείνη της Αμμοχώστου. Βρίσκεται στ' ανατολικά της «Στήλης του αποστόλου Παύλου», και ο νότιος τοίχος της, το σκευοφυλάκιο και τρία άλλα ορθογώνια παραρτήματα, προσαρτημένα στον νότιο τοίχο της, είναι κτισμένα στα ερείπια της μεγάλης παλαιοχριστιανικής βασιλικής που βρίσκεται ολόγυρα από την εκκλησία της Αγίας Κυριακής. Ξένοι περιηγητές του 15ου και του 16ου αιώνα αναφέρουν ότι η φραγκισκανική εκκλησία κτίσθηκε πάνω από τα ερείπια της φυλακής στην οποία φυλακίσθηκαν ο απόστολος Παύλος και ο απόστολος Βαρνάβας όταν πήγαν στην Πάφο για να κηρύξουν τον Χριστιανισμό.
Η εκκλησία του Αγίου Φραγκίσκου είναι τρίκλιτη γοτθική βασιλική, τα κλίτη της οποίας καταλήγουν στ' ανατολικά σε ημικυκλικές αψίδες. Τα κλίτη χωρίζονται με δυο σειρές πεσσούς. Οι πεσσοί, πέντε σε κάθε πεσσοστοιχία, αποτελούνται από δυο ημικίονες προσαρμοσμένους σε κεντρικό ορθογώνιο τμήμα που διακοσμείται από δυο κατακόρυφες σπείρες που πλαισιώνονται από σκοτίες. Στα δυτικά οι πεσσοστοιχίες κατέληγαν σε ημικίονες στερεωμένους στον δυτικό τοίχο. Η εκκλησία έχει εσωτερικές διαστάσεις 30x15 μ., περιλαμβανομένης της κεντρικής αψίδας. Οι πεσσοί στήριζαν τόξα και σταυροθόλια που έβαιναν σε βεργία, των οποίων η διατομή είναι η ίδια μ' εκείνη των βεργίων της εκκλησίας του Αγίου Φραγκίσκου στην Αμμόχωστο. Στο μέσο περίπου του βόρειου τοίχου, κάπως δυτικότερα του κέντρου, υπάρχει ορθογώνιο παρεκκλήσι διαιρεμένο στα δυο από τόξα οξυκόρυφα που χρησίμευαν σαν κάλυμμα τάφων. Στο δάπεδο του παρεκκλησίου ανοίγονται δυο τετράγωνα υπόγεια θολωτά κατασκευάσματα διαστάσεων 1,20Χ 1,20 μ. Άλλα δυο τέτοια υπόγεια βρίσκονται στο ανατολικό τμήμα του βόρειου και του νότιου κλίτους. Τα τόξα που κάλυπταν τους τάφους ήσαν περίτεχνα. Τοξόλιθοι που ανήκαν στα τόξα αυτά βρέθηκαν κατά την ανασκαφή της εκκλησίας. Δεξιά και αριστερά του βόρειου παρεκκλησίου υπήρχαν παράθυρα. Στον βόρειο τοίχο, απέναντι από τον δεύτερο, από τ' ανατολικά, πεσσό υπάρχει τυφλό τόξο στο οποίο διασώζονται υπολείμματα τοιχογραφιών. Στα δυτικά της εκκλησίας υπήρχε πρόπυλο από το οποίο σώζεται ο βόρειος τοίχος και δυο κίονες μαρμάρινοι κατεστραμμένοι. Η είσοδος της εκκλησίας βρίσκεται στο μέσο του δυτικού τοίχου και φαίνεται ότι περιβαλλόταν από λεπτούς μαρμάρινους κιονίσκους. Σώζεται τμήμα του βόρειου περιθύρου.
Η εκκλησία του Αγίου Φραγκίσκου κτίσθηκε γύρω στο 1300. Η επιτάφια μαρμάρινη πλάκα, που χρονολογείται στα 1314 και βρίσκεται μαζί με άλλες μαρμάρινες επιτάφιες πλάκες στο πρόπυλο της εκκλησίας, είναι ο terminus ante querm για την ανέγερση της εκκλησίας. Η εκκλησία φαίνεται ότι βρισκόταν σε άθλια κατάσταση στα τέλη του 15ου αιώνα. Φαίνεται ότι κατέρρευσε λίγο μετά την κατάκτηση της Κύπρου από τους Τούρκους το 1570.