Η εκκλησία του Αγίου Νικολάου στη Τσακκίστρα είναι ξυλόστεγη. Πρόσφατες επεμβάσεις έχουν αλλάξει την εμφάνιση της εκκλησίας. Στους μακρούς τοίχους ανοίχθηκαν παράθυρα, η αρχική θύρα με το μικρό τυφλό τόξο πάνω από το ανώφλι μεταβλήθηκε σε παράθυρο κι ανοίχθηκε άλλη δυτικότερα, και η εκκλησία επεκτάθηκε στα δυτικά. Επειδή οι τοίχοι σοβαντίσθηκανκαι εσωτερικά και εξωτερικά, δεν είναι εύκολο να διακριθεί η αρχική εκκλησία. Το χειρότερο όμως είναι το ξέπλυμα των τοιχογραφιών που είχε σαν αποτέλεσμα την καταστροφή του χρωματικού φλοιού και πολλών λεπτομερειών.
Σήμερα η εκκλησία έχει εσωτερικές διαστάσεις 15,20X3,55 μ. χωρίς την αψίδα. Η αψίδα, που είναι εσωτερικά ημικυκλική, είναι εγγεγραμμένη σε ευθύ ανατολικό τοίχο. Έχει χορδή 2,45 μ. και βέλος 1,27 μ. Στο μέσο του ημικυλινδρικού τοίχου της αψίδας υπάρχει μικρό φωτιστικό άνοιγμα.
Η εκκλησία δεν φαίνεται να διακοσμήθηκε ολόκληρη. Σήμερα διασώζει τοιχογραφίες στο ανατολικό αέτωμα και τον ανατολικό τοίχο και το τεταρτοσφαίριο της αψίδας. Η παράσταση στο ανατολικό αέτωμα είναι μοναδική απ’ όσο γνωρίζουμε. Στην κορυφή, μέσα σε μάντορλα που στηρίζουν δυο άγγελοι, εικονίζεται ο Χριστός - Άκρα Ταπείνωση. Κάτω από τους αγγέλους εικονίζεται τμήμα των ουρανών και χαμηλότερα σε βάθρο τράπεζα ή θρόνος Ετοιμασίας με τα σύμβολα του πάθους και ποτήριο, και δεξιά τον Αδάμ και αριστερά την Εύα γονυπετείς με το δεξί υψωμένο σε δέηση ενώ πάνω από τους πρωτοπλάστους πετούν δυο άγγελοι με τα χέρια απλωμένα σαν να τους προστατεύουν. Η παράσταση αυτή είναι μοναδική και η ερμηνεία της δύσκολη. Χαμηλότερα, δεξιά και αριστερά της αψίδας είναι ζωγραφισμένος ο Ευαγγελισμός της Θεοτόκου. Στο τεταρτοσφαίριο της αψίδας εικονίζεται η Θεοτόκος όρθια με τα χέρια υψωμένα σε δέηση ανάμεσα στους αρχαγγέλους που στραμμένοι προς αυτήν θυμιούν.
Η αξιολόγηση των τοιχογραφιών και η ορθή χρονολόγησή τους δεν είναι εύκολη εξαιτίας της κατάστασής τους, ιδιαίτερα μετά το ξέπλυμα που έγινε το 1975 και είχε σαν συνέπεια την καταστροφή του χρωματικού φλοιού και των επιγραφών. Με το ξέπλυμα χάθηκαν η λέξη Εὔα και η λέξη Οὐριήλ που συνόδευαν την Εύα και τον άγγελο πάνω απ’ αυτήν. Στον Ευαγγελισμό όμως είναι φανερή η δυτική επίδραση. Οι τοιχογραφίες μπορεί να χρονολογηθούν γύρω στο 1500.