Επιφανειακοί υδάτινοι πόροι: Οι επιφανειακοί και οι υπόγειοι υδάτινοι πόροι του Τροόδους, λόγω κυρίως της μεγάλης βροχόπτωσης αλλά και χιονόπτωσης που δέχεται, είναι αξιόλογοι και συνεπώς μεγάλης σημασίας για την όλη οικονομική ανάπτυξη και ευημερία της Κύπρου.
Οι επιφανειακοί υδάτινοι πόροι της οροσειράς περιλαμβάνουν το σύνολο των νερών των ποταμών που ρέουν στην περιοχή της και το σύνολο των νερών των πηγών που έχουν ανορυχθεί σ’ αυτήν. Στην κατηγορία αυτή περιλαμβάνεται επίσης το σύνολο των νερών που αποθηκεύονται στα φράγματα τα οποία κατασκευάστηκαν στην οροσειρά.
α) Ποταμοί: Από την οροσειρά πηγάζουν οι μεγαλύτεροι ποταμοί της Κύπρου. Οι κυριότεροι από αυτούς είναι οι ποταμοί Πηδιάς, Γιαλιάς, Σερράχης, Διαρίζος, Ξερός Ποταμός, Έζουσα, Κούρης, Χαποτάμι, Τρέμιθος, Ελιά, Σταυρός της Ψώκας, Πεντάσχοινος, Καρκώτης, Βασιλικός, Μαρώνι, Γερμασόγεια, Ατσάς, Γαρύλλης, Σέτραχος, Λιμνίτης, Ξερός, Πύργος και Κάμπος.
Οι περισσότεροι ποταμοί που πηγάζουν από το Τρόοδος αρχίζουν τη ροή τους βόρεια ή νότια της κορυφογραμμής, η οποία αρχίζει από τη βουνοκορφή του Μαχαιρά στα ανατολικά και συνεχίζεται δυτικότερα μέχρι τις κορφές Σταυρόπευκος, Παπούτσα, Αδελφοί, Όλυμπος, Κύκκος και Τρίπυλος.
β) Πηγές: Οι πηγές μελετούνται με τους επιφανειακούς υδάτινους πόρους γιατί τροφοδοτούν τη ροή των ποταμών καθ’ όλη τη διάρκεια του χρόνου. Στο Τρόοδος υπάρχουν αρκετές πηγές, οι σημαντικότερες από τις οποίες είναι (i) το συγκρότημα των πηγών Χάρτζιη κοντά στον Πρόδρομο, με ημερήσια απόδοση 1.500 κυβικά μέτρα, (ii) η πηγή Αρκολαχανιά στον Μέσα Ποταμό με 1.500 κυβικά μέτρα και (iii) η πηγή του χωριού Φαρμακάς με 550 κυβικά μέτρα. Άλλες σημαντικές πηγές της οροσειράς είναι η Αγία Τριάς στις Γερακιές, η Χρυσόβρυση, οι Επτάβρυσες και η Μηλιά στο Τρόοδος, ο Άγιος Νικόλαος Στέγης στην Κακοπετριά, οι Ευρετούρες στον Κάμπο, το Κεφαλόβρυσον στις Πάνω Πλάτρες, ο Μόζορας στον Κάτω Αμίαντο, η Βρύση του Μουχτάρη στη Λεμίθου, η Βρύση του Μήλου στον Δελίκηπο, τα Πλατάνια στον Πεδουλά, και η πηγή Παπαγιώρκη στον Άγιο Γεώργιο Σολέας. Οι κυριότερες πηγές του Τροόδους βρίσκονται κατά μήκος ή στη διασταύρωση ρηγμάτων.
γ) Φράγματα: Τα περισσότερα φράγματα της Κύπρου τροφοδοτούνται με νερό από ποταμούς που πηγάζουν από τα βουνά του Τροόδους. Σ’ αυτά περιλαμβάνονται και τα δυο μεγαλύτερα φράγματα της Κύπρου, εκείνα του Κούρη (115 εκ. μ3) και του Ασπρόκρεμμου (51 εκ. μ3), που τροφοδοτούνται με νερό αντιστοίχως από τους ποταμούς Κούρη και Ξερό Ποταμό που πηγάζουν από το Τρόοδος. Στην ίδια την οροσειρά κατασκευάστηκαν (μέχρι το τέλος του 1988) 46 φράγματα συνολικής χωρητικότητας 54.382.000 μ3, η αξιοποίηση των οποίων συνέβαλε σε μεγάλο βαθμό στην ικανοποίηση των αυξανομένων υδατικών αναγκών της Κύπρου για αρδευτικούς, οικιστικούς, βιομηχανικούς και τουριστικούς σκοπούς.
Τα φράγματα που κατασκευάστηκαν στην οροσειρά του Τροόδους μέχρι το 1988 καθώς και η χωρητικότητα και ο χρόνος συμπλήρωσής τους δίνονται πιο κάτω:
ΟΝΟΜΑΣΙΑ ΧΡΟΝΟΣ ΧΩΡΗΤΙ-
ΦΡΑΓΜΑΤΟΣ ΣΥΜΠΛΗ- ΚΟΤΗΤΑ
ΡΩΣΗΣ (1.000 μ³)
Λυθροδόντας 1945 32
Καλό Χωριό (Κλήρου) 1947 82
Ακρούντα 1947 23
Γαληνή 1947 23
Πέτρα 1948 32
Πέτρα 1951 23
Λυθροδόντας 1952 32
Καφίζες 1953 113
Πέρα Πεδί 1956 55
Πύργος 1957 285
Τριμίκλινη 1958 340
Πρόδρομος 1962 122
Λεύκα 1962 368
Αργάκα 1964 1.150
Αγρός 1964 99
Αγία Μαρίνα 1965 311
(Χρυσοχούς)
Καλοπαναγιώτης 1966 391
Πωμός 1966 859
Λεύκαρα 1973 13.850
Παλαιχώρι-Καμπί 1973 620
Αρακαπάς 1975 129
Λύμπια 1977 220
Άγιοι Βαβατσινιάς 1980 53
(τοξωτό)
Άγιοι Βαβατσινιάς 1980 55
Επταγώνια Αρ. 1 1980 92
Χαντριά 1980 70
Μελίνη 1980 59
Πελέντρι 1980 123
Επταγώνια Αρ. 3 1981 65
Ακαπνού-Επταγώνια 1981 132
Κάτω Μύλος 1981 104
Επταγώνια Αρ. 2 1982 127
Αρακαπάς 1982 192
Ξυλιάτος 1982 1.250
Αγρίδια 1983 59
Κυπερούντα 1983 270
Λαγουδερά 1983 71
Ορά 1983 62
Άγιοι Βαβατσινιάς 1984 43
Φαρμακάς Αρ. 1 1984 21
Φαρμακάς Αρ. 2 1984 61
Αρακαπάς Αρ. 2 1984 120
Διερώνα 1984 159
Έσσω Γαλάτα 1985 35
Καλαβασός 1985 17.000
Διπόταμος 1985 15.000
Υπόγειοι υδάτινοι πόροι: Μέχρι το 1968 πιστευόταν ότι τα εκρηξιγενή πετρώματα του Τροόδους δεν είχαν καμιά υδρογεωλογική σημασία και το Ινστιτούτο Γεωλογικών Επιστημών της Μεγάλης Βρετανίας είχε αποφανθεί ότι ήταν αδύνατο να ανορυχθούν γεωτρήσεις με παροχή μεγαλύτερη από 4 κυβικά μέτρα την ώρα. Ωστόσο το Τμήμα Γεωλογικής Επισκοπήσεως της Κύπρου είχε αντίθετη άποψη και από το 1976 άρχισε μια συστηματική υδρογεωλογική έρευνα των εκρηξιγενών πετρωμάτων του Τροόδους. Ανορύχθηκαν πάνω από 150 γεωτρήσεις σε βάθος 150-200 μέτρων με πολύ καλά αποτελέσματα. Οι περισσότερες γεωτρήσεις έγιναν μέσα στους γάββρους και οι μισές από αυτές είχαν απόδοση 20-250 κυβικά μέτρα την ώρα. Γεωτρήσεις έγιναν επίσης στην τεκτονική ζώνη του Αρακαπά που χωρίζει τις λάβες από τον διαβάση, αρκετές από τις οποίες είχαν απόδοση 20-150 κυβικά μέτρα την ώρα. Εξάλλου μερικές επιτυχείς γεωτρήσεις έγιναν και μέσα στον διαβάση και τις λάβες σε διάφορες περιοχές της οροσειράς.