Με τη διάδοση του Χριστιανισμού στην Κύπρο από τους αποστόλους Παύλο και Βαρνάβα αρχικά και Βαρνάβα και Μάρκο στη συνέχεια, ιδρύθηκαν στο νησί οι πρώτες επισκοπές. Κατά τον πρώτο μ.Χ. αιώνα οι έδρες των επισκοπών αυτών ήσαν στις πόλεις ή στις κώμες από τις οποίες κατάγονταν ή στις οποίες ζούσαν οι χειροτονηθέντες επίσκοποι. Έτσι, κατά τη διάρκεια της περιοδείας των αποστόλων Παύλου και Βαρνάβα στην Κύπρο, χειροτονήθηκε απ' αυτούς ως επίσκοπος (αρχιεπίσκοπος) ο Ηρακλείδης (άγιος Ηρακλείδιος) στην Ταμασσό. Στη συνέχεια, η Ταμασσός απετέλεσε επισκοπική έδρα. Στην Αντιόχεια, οι Παύλος και Βαρνάβας χειροτόνησαν ως επίσκοπο τον Κύπριο Αριστοκλειανό, που τον έστειλαν για να υπηρετήσει στο νησί του. Τον συνάντησαν αργότερα στην Κύπρο, στο χωριό του, κοντά στην Αμαθούντα. Στη συνέχεια, και η Αμαθούς απετέλεσε επισκοπική περιφέρεια.
Από τους πρώτους Κυπρίους επισκόπους αναφέρεται και ο Φιλάγριος, ο οποίος χαρακτηρίζεται στον Κώδικα 231 της Πετρουπόλεως ως ἐπίσκοπος Κύπρου εἰς Κούριν (=Κούριον). Αλλά, σύμφωνα και προς την παράδοση, κι ο άγιος Λάζαρος που διέφυγε στην Κύπρο, χειροτονήθηκε από τους αποστόλους Παύλο και Βαρνάβα ως ἀρχιερεύς τῆς Κιτιαίων... πόλεως.
Μετά τον μαρτυρικό θάνατο του Βαρνάβα στη Σαλαμίνα της Κύπρου, αναφέρεται στον βίο του αγίου Αυξιβίου ότι ο Παύλος έστειλε στον άγιο Ηρακλείδιο στην Κύπρο τους Επαφράν (ένα από τους 70 αποστόλους) και Τυχικόν με την εντολή να χειροτονηθούν ως επίσκοποι Πάφου και Νεαπόλεως (=Λεμεσού) αντιστοίχως. Επιπρόσθετα, ο Παύλος ζήτησε από τον Ηρακλείδιο να χειροτονήσει και άλλο επίσκοπο στους Σόλους, τον Αυξίβιο.
Έτσι, κατά τον 1ο μ.Χ. αιώνα αναφέρεται η ίδρυση και ύπαρξη στην Κύπρο των ακολούθων 7 επισκοπών: Ταμασσού, Αμαθούντος, Κουρίου, Κιτίου, Πάφου, Νεαπόλεως και Σόλων. Επιπρόσθετα, ο άγιος Νεόφυτος ο Έγκλειστος στο Ἐγκώμιον εἰς ...Θεοσέβιον, αναφέρει και τον Κόνωνα τον μεγάλο, ο οποίος πίστεψε στον Χριστιανισμό, βαπτίστηκε και κατέλαβε επισκοπική έδρα ἐν ταῖς ἡμέραις τῶν ἁγίων ἀποστόλων. Άγνωστο ποια επισκοπική έδρα κατέλαβε, πιθανότατα όμως κάποια όγδοη, αφού τα ονόματα των επισκόπων των πρώτων επτά είναι γνωστά από τις πηγές, ως εξής:
1. Ηρακλείδιος, Ταμασσού
2. Αριστοκλειανός, Αμαθούντος
3. Φιλάγριος, Κουρίου
4. Λάζαρος, Κιτίου
5. Επαφράς, Πάφου
6. Τυχικός, Νεαπόλεως
7. Αυξίβιος, Σόλων
8. Κόνων, άγνωστης.
Είναι φανερό ότι εξαρχής οι απόστολοι Παύλος και Βαρνάβας κατέβαλαν ιδιαίτερη φροντίδα για την καλύτερη οργάνωση της Κυπριακής Εκκλησίας και την πλήρη επάνδρωσή της με ιεράρχες.
Το 343 μ.Χ. τα πρακτικά της συνόδου της Σαρδικής (Σόφιας) υπεγράφησαν και από 12 Κυπρίους επισκόπους, που τα ονόματά τους ήσαν (κατά τη σειρά των πρακτικών): Αυξίβιος, Φώτιος, Γηράσιος (Γελάσιος), Αφροδίσιος, Ειρηνικός, Νουνέχιος, Αθανάσιος, Μακεδόνιος, Τριφύλλιος, Σπυρίδων, Νορβανός και Σωσικράτης.
Οι ιεράρχες αυτοί υπέγραψαν τα πρακτικά κάτω από την ένδειξη οἱ Κύπρου, χωρίς να αναφέρουν ο καθένας τη δική του επισκοπή. Δεν γνωρίζουμε ποια επισκοπική έδρα κατείχε ο κάθε ένας απ' αυτούς, εκτός από μερικούς, από διάφορες πηγές: Ο Γηράσιος (Γελάσιος) ήταν επίσκοπος Σαλαμίνος, ο Μακεδόνιος επίσκοπος Ταμασσού, ο Τριφύλλιος επίσκοπος Καλλινικησέων (Λευκωσίας) και ο άγιος Σπυρίδων επίσκοπος Τρεμιθούντος.
Ωστόσο, από τις πηγές γνωρίζουμε ποιες ήσαν κατά τα μέσα του 4ου αιώνα οι 12 επισκοπές του νησιού:
1. Σαλαμίνος (Γελάσιος)
2. Κιτίου
3. Αμαθούντος
4. Νεαπόλεως
5. Κουρίου
6. Πάφου
7. Σόλων
8. Κυρηνείας
9. Καλλινικησέων (Τριφύλλιος)
10. Τρεμιθούντος (Σπυρίδων)
11. Κυθρίας
12. Ταμασσού (Μακεδόνιος).
Ο άγιος Σπυρίδων παρέστη, μαζί με άλλους Κυπρίους ιεράρχες, και στην Α' Οικουμενική Σύνοδο της Νικαίας (325 μ.Χ.).
Βλέπε λήμμα: Η Κύπρος στις Οικουμενικές Συνόδους
Μετά τη σύνοδο της Σαρδικής, και πριν από το 382 μ.Χ., ιδρύθηκε από τον άγιο Επιφάνιο, επίσκοπο Σαλαμίνος (Κωνσταντίας) και 13η επισκοπή, η επισκοπή Καρπασίας, με πρώτο επίσκοπο τον άγιο Φίλωνα. Σε δυο κώδικες αναφέρεται και επισκοπή Αδριακής ή Αδράκης στην Κύπρο, αλλά πρόκειται, όπως θεωρείται βέβαιο, περί λάθους.
Κατά τη Βυζαντινή περίοδο, παράλληλα προς την ίδρυση πολλών μοναστηριών στο νησί, η Κυπριακή Εκκλησία οργανώθηκε στα πρότυπα άλλων βυζαντινών περιοχών, με βάση την κατανομή του νησιού σε επισκοπικές περιφέρειες, η κάθε μια από τις οποίες είχε έδρα της μια πόλη. Στον Βίο του αγίου Βιλλιβάλδου η Κύπρος χαρακτηρίζεται ως ἐπαρχία μέ δώδεκα ἐπισκόπους, που όμως δεν κατονομάζονται. Στις 12 αυτές επισκοπές, εάν δεν περιλαμβάνεται η Κωνσταντία (που έγινε αρχιεπισκοπή), τότε ο αριθμός συμφωνεί με αυτόν που δίνουν ο Γεώργιος ο Κύπριος και άλλες πηγές. Αλλού, ωστόσο, αναφέρεται ότι οι επισκοπές στην Κύπρο ήσαν 13, πέρα από την Κωνσταντία, δηλαδή σύνολο 14. Οι επισκοπές αυτές, όπως φαίνεται ότι ανακατανεμήθηκαν, ήσαν:
1. Κωνσταντίας
2. Κιτίου
3. Αμαθούντος
4. Νεαπόλεως
5. Κουρίου
6. Πάφου
7. Αρσινόης
8. Σόλων
9. Λαπήθου
10. Κυρηνείας
11. Καρπασίας
12. Τρεμιθούντος
13. Χύτρων
14. Λευκωσίας.
Κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας, εν πάση περιπτώσει (1192 κ.ε.), οι επισκοπές ήσαν συνολικά 14, που διατηρήθηκαν στον αριθμό αυτό μέχρι το 1222. Στη συνέχεια, οι διώξεις και τα σκληρά μέτρα της Λατινικής Εκκλησίας κατά της Ορθόδοξης, οδήγησαν στη μείωση των επισκοπών σε 4: Η μείωση δεν έγινε απότομα αλλά σταδιακά, από το 1222 μέχρι το 1260 περίπου οπότε εξεδόθη η περιβόητη Βούλλα Σύπρια.
Βλέπε λήμμα: Λατίνοι
Στο διάστημα αυτό, η μείωση των επισκοπικών εδρών έγινε ως εξής: απαγορευόταν η πλήρωση οποιουδήποτε επισκοπικού θρόνου που περιερχόταν σε κατάσταση χηρείας μετά τον θάνατο του επισκόπου που τον κατείχε· κάθε φορά, λοιπόν, που ένας επίσκοπος πέθαινε, η έδρα του εκαταργείτο και η περιφέρειά του συγχωνευόταν με την παραπλήσια επισκοπική περιφέρεια. Αλλά ταυτόχρονα οι διώξεις ανάγκασαν τους επισκόπους της Ορθόδοξης Εκκλησίας να μετακινηθούν από τις πόλεις στην ύπαιθρο, μεταφέροντας σε χωριά και τις επισκοπικές τους έδρες. Έτσι τα πράγματα δεν είναι ξεκαθαρισμένα γιατί ήσαν πολύ ρευστά. Επικρατεί έτσι μεγάλη σύγχυση ως προς τις ονομασίες και τα κατά καιρούς όρια της κάθε επισκοπικής περιφέρειας (για παράδειγμα, στη Σολιά είχε μεταφέρει την έδρα του ο αρχιεπίσκοπος, συνεπώς ο εκάστοτε επίσκοπος Σολέας ήταν, πιθανότατα, ο αρχιεπίσκοπος της Κύπρου. Ή πάλι, επίσκοποι Αμαθούντος φέρουν και τον τίτλο του επισκόπου Λευκάρων, ενώ αναφέρονται και επίσκοποι Λάμπουσας και Λήδρας, κλπ.).
Βλέπε λήμμα: Οθωμανοκρατία
Μετά την κατάκτηση της Κύπρου από τους Οθωμανούς (1570/71) και τη φυγή των Λατίνων κληρικών από την Κύπρο, οι εναπομείνασες 3 επισκοπές μετέφεραν ξανά τις έδρες τους στις πόλεις Πάφο, Λάρνακα (επισκοπή Κιτίου - Λεμεσού) και Κερύνεια. Η έδρα της αρχιεπισκοπής μεταφέρθηκε στη Λευκωσία. Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας κατεβλήθησαν διάφορες προσπάθειες ανασύστασης κι επαναλειτουργίας των 14 επισκοπών, χωρίς όμως τούτο να γίνει κατορθωτό. Αργότερα μόνο ιδρύθηκαν χωρεπισκοπές (Κωνσταντίας - Σαλαμίνος, Αμαθούντος, Τρεμιθούντος).
Ο εκκλησιαστικός διαχωρισμός της Κύπρου σε μια αρχιεπισκοπική και τρεις επισκοπικές περιφέρειες συνεχίστηκε μέχρι το 1973. Τότε, εξαιτίας της κατά του αρχιεπισκόπου Μακαρίου Γ' συνωμοσίας και αποστασίας των τριών επισκόπων Πάφου, Κιτίου και Κυρηνείας, έγινε από τον Μακάριο αναδιοργάνωση και δημιουργία νέων επισκοπών. Έτσι, από το 1973 υφίσταντο οι ακόλουθες επισκοπές, με δική της η κάθε μια επισκοπική περιφέρεια:
1. Αρχιεπισκοπή (έδρα Λευκωσία)
2. Πάφου (έδρα Πάφος)
3. Κιτίου (έδρα Λάρνακα)
4. Κυρηνείας (έδρα Κερύνεια)
5. Λεμεσού (έδρα Λεμεσός)
6. Μόρφου (έδρα Μόρφου).
Κατά καιρούς και αναλόγως των εκάστοτε αναγκών και ύστερα από σχετικές εισηγήσεις είτε του αρχιεπισκόπου είτε των επισκόπων, διορίζοντο από την Ιερά Σύνοδο και χωρεπίσκοποι, των οποίων όμως οι έδρες δεν ήσαν μόνιμες. Χωρεπίσκοποι διορίζοντο όταν και όποτε ένας ιεράρχης έκρινε ότι χρειαζόταν βοηθό ή βοηθούς στην εκτέλεση των αρχιερατικών του καθηκόντων ή και για καλύτερη ποίμανση. Ο ιεράρχης σε τέτοια περίπτωση υποβάλλει σχετική εισήγηση στην Ιερά Σύνοδο για έγκριση και χειροτονία του προτεινόμενου ατόμου. Συνήθως οι εκάστοτε χωρεπίσκοποι έπαιρναν τον τίτλο μιας των παλαιών και ιστορικών επισκοπών. Έτσι, υπήρχαν χωρεπίσκοποι Σαλαμίνος, Κωνσταντίας, Τρεμιθούντος κλπ.
Επί αρχιεπισκόπου Χρυσοστόμου Α΄ απενεμήθη και ο τίτλος του επισκόπου σε μία περίπτωση και συγκεκριμένα στον ηγούμενο της Μονής Κύκκου Νικηφόρο. Επρόκειτο για απονομή τίτλου, χωρίς απόδοση εκκλησιαστικής περιφέρειας και ποιμνίου, εις ένδειξη εκτίμησης για το πολύπλευρο εκκλησιαστικό και κοινωνικό έργο του συγκεκριμένου ιεράρχη.
Μετά τις αρχιεπισκοπικές εκλογές του 2006 και την εκλογή και ενθρόνιση του νέου αρχιεπισκόπου Χρυσοστόμου Β΄, η Ιερά Σύνοδος προχώρησε όχι μόνο στην πλήρωση του θρόνου Πάφου (που κενώθηκε με την εκλογή του νέου αρχιεπισκόπου) αλλά και στη σύσταση και άλλων επισκοπικών περιφερειών και στην εκλογή νέων ιεραρχών. Η ενέργεια αυτή αποσκοπούσε στην επίλυση ενός πολύ σημαντικού ζητήματος, δηλαδή στο να αποκτούσε η αυτοκέφαλη Εκκλησία της Κύπρου δική της πλήρη Ιερά Σύνοδο, πράγμα που θα της επέτρεπε να λάμβανε μόνη της και όλες εκείνες τις αποφάσεις για τις οποίες εχρειάζετο πλήρης Σύνοδος. Οι νέες εκκλησιαστικές περιφέρειες που δημιουργήθηκαν, πήραν εκτάσεις και ποίμνιο που αφαιρέθηκαν από τις υφιστάμενες έως τότε περιφέρειες. Η Ιερά Σύνοδος, στη συνεδρία της στις 12 Φεβρουαρίου 2007, αποφάσισε τη δημιουργία τεσσάρων νέων μητροπόλεων και την αναβάθμιση δύο χωρεπισκοπών σε μητροπόλεις.
Έτσι, από τα μέσα του 2007 υπάρχουν και λειτουργούν στην Κύπρο οι ακόλουθες επισκοπές και χωρεπισκοπές με τους ακόλουθους ιεράρχες:
1. Αρχιεπισκοπή Χρυσόστομος Β΄
2. Πάφου Γεώργιος (πρώην χωρεπίσκοπος Αρσινόης)
3. Κιτίου Χρυσόστομος
4. Κυρηνείας Παύλος
5. Λεμεσού Αθανάσιος
6. Μόρφου Νεόφυτος
7. Αμμοχώστου -Κωνσταντίας Βασίλειος
8. Κύκκου - Τηλλυρίας Νικηφόρος (πρώην επίσκοπος Κύκκου)
9. Καρπασίας Χριστόφορος
10. Ταμασσού - Ορεινής Ησαΐας
11. Λήδρας Επιφάνιος
12. Χύτρων Λεόντιος
13. Τρεμιθούντος- Λευκάρων Βαρνάβας (Σταυροβουνιώτης)
14. Αμαθούντος Νικόλαος
Επίσης, εξακολουθεί να υπάρχει και ο θεσμός του χωρεπισκόπου.
Θα πρέπει να σημειωθεί, τέλος, ότι σήμερα χρησιμοποιείται ευρύτερα ο τίτλος μητροπολίτης αντί επίσκοπος για εκείνους των ιεραρχών που έχουν δική τους εκκλησιαστική περιφέρεια, ενώ ο τίτλος επίσκοπος είναι τιμητικός. Ωστόσο, για τον πρώτο ιεράρχη εξακολουθεί να υπάρχει ο τίτλος αρχιεπίσκοπος (πρώτος των επισκόπων). Κατ’ ακολουθίαν, χρησιμοποιείται και ο όρος μητρόπολη αντί του όρου επισκοπή, παρά το ότι ο όρος αυτός, στη στενή του έννοια, εκφράζει την επί κεφαλής ή την πρώτη αρχή.
Βλέπε λήμμα: Επίσκοποι Κύπρου