Η ιστορία της πόλης Αμμοχώστου αρχίζει να γίνεται σαφέστερη κυρίως μετά τη φραγκική κατοχή.
Η διαμονή του πατριάρχη Ιεροσολύμων Συμεών, μαζί με όλο τον ανώτερο κλήρο του, στην Κύπρο στα 1091 κ.ε. ύστερα από διωγμούς στην Παλαιστίνη κατά των Χριστιανών, κράτησε ως τον θάνατό του (Ιούλιος του 1099), αλλά δεν είναι γνωστό πού ακριβώς διέμεναν. Στα 1097 ο Συμεών έστειλε στους Σταυροφόρους από την Κύπρο τρόφιμα και άλλα χρειώδη, που τα δέχθηκαν με ευγνωμοσύνη, λίγο μετά την άλωση της Αντιόχειας. Επειδή όμως, παρόλα αυτά, οι Σταυροφόροι μετά τον θάνατο του φιλορθόδοξου Adhemar, επισκόπου Le Puy, εγκαθίδρυσαν δική τους ιεραρχία στην Ιερουσαλήμ αντίθετα προς ό,τι είχαν κάμει στην Αντιόχεια, οι ιεράρχες του ιεροσολυμίτικου θρόνου στην Κύπρο εξέλεξαν διάδοχο του Συμεών και παρέμειναν στο νησί για πολύ, χωρίς επικοινωνία προς το ποίμνιό τους. Ο πιθανότερος τόπος διαμονής θα ήταν μονές και ναοί στην αρχιεπισκοπική καθέδρα στην Αμμόχωστο, όπου θεωρούμε δυνατό και εύλογο ότι η ονομασία του ενός τουλάχιστον κλίτους του καθεδρικού ναού του Αγίου Συμεών, όπως έγινε γνωστός κατά σχεδόν πάγια συνήθεια στην Ανατολική Εκκλησία, οφείλεται στην εκεί παρουσία του ομώνυμου πατριάρχη και στον εκεί θάνατό του. Τα ονόματα των αρχιεπισκόπων που πρέπει να έδρευαν στην Αμμόχωστο στα χρόνια αυτά, δεν είναι επακριβώς γνωστά. Χωρίς όνομα παραδίδεται ο αρχιεπίσκοπος Κωνσταντίας που μετέσχε στη σύνοδο Κωνσταντινουπόλεως του 1054 επί Μιχαήλ Κηρουλαρίου, όπως και ο αρχιεπίσκοπος που μετέσχε στην σύνοδο Κωνσταντινουπόλεως για τις εικόνες επί πατριάρχη Νικολάου Γ' Γραμματικού (1084-1111). Ίσως αυτός ήταν ο προκάτοχος του πολύκροτου αρχιεπισκόπου Νικολάου Μουζάλωνος, Βασίλειος Β', του οποίου σφραγίδα με επίκληση στον άγιο Επιφάνιο δημοσιεύει ο V. Laurent (Le Corpus des Sceaux de l' Empire Byzantin, V. 2, Paris, 1965, σσ. 311-312 αρ. 1484). Η επίκληση στον Επιφάνιo πιθανώς δείχνει τη στενή σχέση του Βασιλείου προς τον μεγάλο επίσκοπο, του οποίου ο τάφος και ίσως και τα οστά βρίσκονταν ως το 1344 τουλάχιστον, στον τρίτρουλλο ναό που προσαρτήθηκε ως «παρεκκλήσι» στη βασιλική του στην Κωνσταντία.
Πάντως στα 1564 μέρος (ή το σύνολο) των οστών του Επιφανίου λατρεύονταν στον Άγιο Συμεών Αμμοχώστου, όπου φαίνεται ότι (μερικά ή ολικά) είχαν μεταφερθεί μεταξύ 1544 και 1564. Αν ο Βασίλειος έδρευε στην Κωνσταντία ή στην Αμμόχωστο δεν μπορούμε με βεβαιότητα να αποφανθούμε, αλλά δεν αποκλείεται η διπλή έδρευση σε περίοδο σταδιακής μεταφοράς του εκκλησιαστικού κέντρου από τη μια στην άλλη, που εξ άλλου εξηγεί και την μνεία οστών ή τάφου του Επιφανίου και στις δυο πόλεις (στη δεύτερη ίσως κενοταφίου). Πάντως γύρω στα 965 στην Κωνσταντία εξακολουθούσε να είναι η αρχιεπισκοπή, αν κρίνουμε από την διατύπωση του Βίου του αγίου Δημητριανού που γράφτηκε λίγο πιο πριν (Byzantinische Zeitschrift, 16, 1907, σσ. 228-229. G. Hill, Hist. of Cyprus, I, 1949, σ. 295). Τον Βασίλειο Β', που ήταν σύγχρονος του από το 1116 μητροπολίτη Τραπεζούντος Στεφάνου Σκυλίτζη, διαδέχθηκε (χωρίς ή μετά άλλον ενδιάμεσο) ο Νικόλαος Μουζάλων, 1107 -1110/1111, από γνωστή βυζαντινή οικογένεια. Προχειρίσθηκε από τον Αλέξιο Α' Κομνηνό, χωρίς αυτό να σημαίνει μείωση του «εσωτερικού αυτοκεφάλου». Ο Ν. Μουζάλων παραιτήθηκε λόγω των φορολογικών καταπιεστικών αυθαιρεσιών του δούκα της Κύπρου Ευμάθιου Φιλοκάλη, τον οποίο σκληρά κατηγορεί στο γνωστό ποίημά του (Ελληνικά, VII, 1934, σσ. 109-150), έμμεσα επιτιθέμενος και κατά του Αλεξίου Κομνηνού και των επεμβάσεών του στα εκκλησιαστικά ζητήματα σε ολόκληρη την αυτοκρατορία, με απομυζήσεις του λαού, ιδρύσεις μονών κλπ. Μια από αυτές ήταν και το καθολικό της Αγίας Τριάδος στη μονή Χρυσοστόμου στα βόρεια της Αμμοχώστου, σε εξαιρετικά στρατηγική θέση, κατά πάγια συνήθεια, όχι τυχαία αλλά τμήμα συνειδητής πολιτικής. Ίσως δεν είναι χωρίς σημασία η πληροφορία του Ν. Μουζάλωνος ότι ομάδα Εβραίων επικρατούσε τότε στην Κύπρο, προφανώς και στην Αμμόχωστο, πράγμα που δεν ήταν μοναδικό στην αυτοκρατορία, ούτε ήταν δυνατό να μην επηρεάσει την πολιτική και την όλη εξέλιξη της πόλης προς εμπορική ανάπτυξη, διαμετακόμιση και χρηματιστηριακές δραστηριότητες.
Μετά τον Ν. Μουζάλωνα έχουμε κενό ως το 1152, οπότε πεθαίνει ο αρχιεπίσκοπος Θεοδώρητος και τον διαδέχεται ο Ιωάννης Κρητικός, που προβλήθηκε από τον Μανουήλ Α' Κομνηνό (Μάιος 1152). Ο Ιωάννης Κρητικός ήταν φιλόμουσος και υποστήριζε μεταξύ άλλων και τον (συμπατριώτη του) βιβλιογράφο Μανουήλ Αγιοστεφανίτη (από την μονή Αγίου Στεφάνου, από την οποία και ο Ιωάννης). Στην Κύπρο ο Ιωάννης Κρητικός έφθασε στις 19 Ιουνίου 1152. Στα 1157 και 1170 μετέσχε σε δυο συνόδους στην Κωνσταντινούπολη, κατά τις οποίες φρόντισε για θέση στην ορθόδοξη ιεραρχία τέτοια που να διασφαλίζει τα προνόμια και το αυτοκέφαλο της Εκκλησίας της Κύπρου, που τώρα εστία του ήταν η Αμμόχωστος, στα πλαίσια των ευρύτερων ροπών στις σχέσεις Εκκλησίας -Πολιτείας, καθώς η τελευταία επεμβαίνει στα εκκλησιαστικά επί Κομνηνών.
Ιδιαίτερα ο Ιωάννης Κρητικός φρόντισε να εξασφαλίσει τη θέση της Εκκλησίας του έναντι της βουλγαρικής. Η μνεία του αγίου Στεφάνου στη μια σφραγίδα του Ιωάννη Κρητικού εκφράζει τον σεβασμό στον άγιο της μονής απ' όπου προερχόταν (Laurent, Le Corpus des Sceaux, V. 2, σσ. 312-313 αρ. 1486), αλλά η παραγνώριση των Βαρνάβα, Παύλου και Επιφανίου, μολονότι όχι σκόπιμη και υποκειμενικά μειωτική, εξ αντικειμένου απομακρύνει την αρχιεπισκοπή από τα στενά τοπικά πλαίσια. Στην υπ’ αριθμό 1485 όμως σφραγίδα (αυτ.) που αποδίδεται στον Ιωάννη Κρητικό, ο ανώνυμος ποιμενάρχης Κυπρίων μνημονεύει τον Επιφάνιο, που ο Μανουήλ Αγιοστεφανίτης αναφέρει σε ποίημά του αφιερωτικό στον Ιωάννη Κρητικό. Στην Αμμόχωστο πρέπει να συνήλθε η επί του Ιωάννη Κρητικού σύνοδος των 11 Κυπρίων αρχιερέων, που καθαίρεσε τον Αμαθούντος Ιωάννη, πιθανώς μεταξύ 1157 και 1170. Άλλη ερμηνεία είναι ότι η σφραγίδα 1485 ανήκει σε άγνωστο αρχιεπίσκοπο Κωνστάντιας - Αμμοχώστου Επιφάνιο Δ ', που πρέπει να τεθεί μετά τον διάδοχο του Ιωάννη Κρητικού, Βαρνάβα, 1174 -(;) Ο Βαρνάβας προβλήθηκε από τον Μανουήλ Κομνηνό μετά από άρνηση του Λεοντίου, της μονής Πάτμου, κατόπιν πατριάρχη Ιεροσολύμων, που επεσκέφθη την Κύπρο για να διεκδικήσει κτήματα του θρόνου του που λυμαίνονταν οι δημόσιοι φορολόγοι και ο Αμαθούντος Θεόδουλος* και έγινε τιμητικά δεκτός από τον αρχιεπίσκοπο Βαρνάβα και δυο άλλους επισκόπους, τον Λαπήθου και τον Τριμιθούντος, προφανώς στην Αμμόχωστο, και ο λαός του ζητούσε την ευλογία του.
Μετά τον υποθετικό Επιφάνιο Δ', αρχιεπίσκοπος υπήρξε ο Σωφρόνιος Β', επί του οποίου η Κύπρος κατελήφθη από τους Λατίνους (βλ. σφραγίδα του στον Laurent, Corpus, V. 2, σ. 314 αρ. 1487).
Κατά τα δυτικά Χρονικά, ο Ριχάρδος ο Λεοντόκαρδος μετά το γάμο του στη Λεμεσό με τη Βερεγγάρια, στις 12 Μαΐου 1191 και τη συνάντηση και συμφιλίωσή του με τον Ισαάκιο τον «αυτοκράτορα» της Κύπρου, και την απροσδόκητη διαφυγή του τελευταίου προς την Αμμόχωστο στις 15 Μαΐου, κατευθύνθηκε κι αυτός με πλοία στην Αμμόχωστο και έστειλε και τον Γουΐδο Λουζινιανό διά ξηράς με τον στρατό προς την ίδια πόλη. Ο Γουΐδος έφθασε εκεί τρεις μέρες μετά τον Ριχάρδο, βρήκε την πόλη «έρημη» και την κατέλαβε, διότι ο «αυτοκράτορας» φοβούμενος την πολιορκία έφυγε στα δάση, πιθανώς της βόρειας οροσειράς. Προφανώς τότε τα τείχη της πόλης ήσαν ανίσχυρα ακόμη. Η ερήμωση της Αμμοχώστου πρέπει να δήλωνε φόβο των κατοίκων και του αρχιεπισκόπου μπροστά στο Ριχάρδο, επομένως συνεργασία με τον Ισαάκιο αντίθετα προς την αντίληψη ότι ο λαός τον μισούσε, που αναφέρουν τα δυτικά Χρονικά. Να έφυγαν από τρόμο μπροστά στην ισχύ του Ισαακίου ακολουθώντας τον, φαίνεται απίθανο. Στη διάρκεια της παραμονής του στην Αμμόχωστο ο Ριχάρδος δέχθηκε δυο απεσταλμένους του βασιλιά της Γαλλίας, που του ζήτησαν να σπεύσει στην Άκρα της Συρίας και να εγκαταλείψει την δίωξη των αθώων Χριστιανών.
Ο Ριχάρδος απάντησε ότι ούτε με αμοιβή τον μισό πλούτο της Ρωσίας δεν θα εγκατέλειπε την Κύπρο, τόσο αναγκαία για τη χώρα της Ιερουσαλήμ, ώσπου να την κατακτήσει και βεβαιωθεί ότι οι προμήθειές της σε τρόφιμα, των οποίων ήταν η αποθήκη, θα εξασφαλίζονταν για τους Σταυροφόρους. Η σπουδαία αυτή γεωπολιτική στρατηγική ανάλυση έγινε από τον Άγγλο βασιλιά στην Αμμόχωστο, της οποίας την ερήμωση προφανώς αντιμετώπισε ως προσωρινό γεγονός, συλλαμβάνοντας από εκεί την πραγματική σημασία της όλης Κύπρου για την κυριαρχία στη Μέση Ανατολή.
Μετά από αυτό προχώρησε στη Λευκωσία, στις 18 του Μαΐου, βρίσκοντας τον δρόμο έρημο, κάτι που πρέπει ίσως να σημαίνει ότι οι χωρικοί της Μεσαορίας στάθηκαν στο πλευρό του Ισαακίου. Ο τελευταίος κάπου κοντά στη Λευκωσία επετέθη κατά του Ριχάρδου ανεπιτυχώς, αλλά τελικά διέφυγε προς το ήδη δυνατό φρούριο της Καντάρας — πρώτη ίσως μνεία του αραβικού αυτού τοπωνυμίου —ενώ ο στρατός του σκορπίστηκε.
Οι Λευκωσιάτες εν σώματι υποδέχθηκαν τον Ριχάρδο ως κύριό τους, αντίθετα προς τη φυγή των Αμμοχωστιανών από την πόλη τους. Δεν είναι εύκολο να ερμηνεύσουμε τη στάση αυτή. Ίσως η μεγίστη και περικαλλής των λοιπών Κύπρου πόλεων Λευκωσία (Acta Sanctorum Junii, II, 685, 10ος αι.) δεν είχε στα 1191 αρκετά ισχυρά τείχη όπως η Καντάρα, ίσως οι κάτοικοί της είχαν αισθανθεί βαρειά την καταπίεση του Ισαακίου, πιο βαρειά παρά οι Αμμοχωστιανοί.
Μετά την παράδοση των φρουρίων Κερύνειας και Αγίου Ιλρρίωνος με μέσα όχι πολεμικά, ο Ριχάρδος στράφηκε εναντίον του «απόρθητου» ως τότε κάστρου του Βουφαβέντο, οπότε ο Ισαάκιος έσπευσε να παραδοθεί (31 Μαΐου 1191) συντριμμένος από τη σύλληψη της κόρης του στην Κερύνεια. Μόνο απ' αυτό, που αυτόματα όπως είναι φυσικό συνεπαγόταν και την παράδοση του Βουφαβέντου, ο Ριχάρδος ξεκίνησε για τους Αγίους Τόπους (5 Ιουνίου 1191), όπου ανέμενε εφόδια και προμήθειες από την πλούσια Κύπρο, βέβαια κυρίως μέσω Αμμοχώστου (C. Hill, Hist. of Cyprus, I, σσ. 319-320. Angel Nicolaou, Richard the Lionheart and Cyprus, Memoir de maîtrise..., Univ. P. Valéry - Montpellier III, 1984). Υπενθυμίζουμε ότι τα ορεινά κι οι ακτές της βόρειας και βορειοανατολικής Κύπρου, όπως και άλλα επίκαιρα σημεία (Αρμενοχώρι, Τηλλυρία κλπ.) είχαν επανδρωθεί κατά την ύστερη Βυζαντινή περίοδο (963/4 -1191) με ειδικές στρατιωτικές φρουρές, συχνά με τις οικογένειές τους, που απετέλεσαν συνοικισμούς ή χωριά στρατιωτικά όπως το Πλατάνι, ο Κορνόκηπος, το Αρναδί, τα Άρδανα, το Πατρίκι κλπ., και στα πλαίσια αυτής της αναδιοργάνωσης ενισχύθηκαν και τα φρούρια των περιοχών αυτών, που κατέστησαν το Βουφαβέντο και την Καντάρα απόρθητα (C.P. Kyrris, 'Military Colonies in Cyprus in the Byzantine Period'..., Byzantinoslavica, XXXI, 2,1970, σσ. 157-181 . Του ίδιου, Οι Τήλλυροι και η Τηλλυρία, Ανατ. από τον Κυπρ. Λόγο. Γ' - Ε', 15-26,1971 -1973, Λευκ. 1974).