Η εκκλησία της Αγίας Άννας στα Καλλιάνα είναι σήμερα δίκλιτη και ξυλόστεγη με εσωτερικές διαστάσεις 15,60X7,90 μ. Το βόρειο κλίτος έχει πλάτος 4,50 μ. και καταλήγει σε αψίδα, στα ανατολικά, τρίπλευρη εξωτερικά και ακανόνιστου ημικυκλικού σχήματος εσωτερικά. Το νότιο κλίτος έχει πλάτος 3 μ. και καταλήγει σε ευθύ τοίχο στ’ ανατολικά. Τα κλίτη χωρίζονται με τρία τόξα που στηρίζονται σε δυο πεσσούς και στον δυτικό τοίχο και σε τοίχο που συνεχίζει την αψίδα. Το ανατολικό τμήμα του νότιου κλίτους χωρίζεται με τοίχο από το υπόλοιπο τμήμα του ναού και αποτελεί ιδιαίτερο χώρο που επικοινωνεί με το υπόλοιπο κλίτος με μια μικρή χαμηλή θύρα. Στο βόρειο τοίχο υπάρχουν προσαρτημένες εσωτερικά τρεις παραστάδες, από τις οποίες οι δυο ανατολικές έχουν διαστάσεις 75X75 εκ. ενώ η δυτική έχει διαστάσεις 50X40 εκ. Ο βόρειος τοίχος του ναού έχει ύψος 4 μ. ενώ ο νότιος 2 μ. Ο ναός έχει μια κύρια είσοδο στο μέσο περίπου του δυτικού τοίχου του βόρειου κλίτους, πλάτους 1,50 μ. και μια μικρή θύρα στο δυτικό άκρο του νότιου κλίτους, πλάτους 95 εκ. Στο βόρειο τοίχο του ναού υπάρχουν δυο μεγάλα ορθογώνια παράθυρα που ανοίχθηκαν στα νεότερα χρόνια. Άλλο ορθογώνιο παράθυρο ανοίχθηκε στο κέντρο της αψίδας. Δυο μικρά ανοίγματα υπάρχουν στο ανατολικό και το δυτικό αέτωμα.
Η σημερινή μορφή της εκκλησίας της Αγίας Άννας στα Καλλιάνα είναι αποτέλεσμα πολλών επεμβάσεων που έγιναν σε διάφορες εποχές. Αυτό είναι φανερό τόσο από την τοιχοδομία και το πάχος του βόρειου τοίχου του ναού όσο και από το δοκάρι του κατά μήκους άξονα της στέγης του ναού. Πραγματικά το δοκάρι αυτό (καρίνα) της στέγης διαμορφώνεται σε φατνώματα μέσα στα οποία είναι ζωγραφισμένοι θυρεοί, πιθανότατα του 15ου αιώνα, έχει μήκος 11 μ. περίπου και φθάνει μέχρι τη δυτική παραστάδα του βόρειου τοίχου. Από το σημείο αυτό ο βόρειος τοίχος είναι πιο στενός ενώ το δοκάρι (καρίνα) της στέγης στο δυτικό τμήμα του ναού είναι απλό.
Οι παραστάδες του βόρειου τοίχου του ναού ενώνονται με οξυκόρυφα τόξα που καλύπτουν τμήμα του αρχικού διακόσμου του βόρειου τοίχου του ναού. Στον βόρειο τοίχο του ναού, στις δυο ανατολικές παραστάδες και στα εσωρράχια των τόξων σώζονται δυο στρώματα τοιχογραφιών. Το παλαιότερο στρώμα καλύπτεται εν μέρει από τόξα, ενώ το νεότερο στρώμα ακολουθεί τα τόξα. Είναι λοιπόν φανερό ότι και στο ανατολικό τμήμα του βόρειου τοίχου είχαμε δυο φάσεις. Η πρώτη φάση περιλαμβάνει τμήμα του βόρειου τοίχου μήκους 9 μ. περίπου και τις ανατολικές παραστάδες. Ανάμεσα στις δυο παραστάδες υπήρχε θύρα ορθογώνια πάνω από την οποία υπήρχε τόξο φτιαγμένο από τούβλα. Όταν ανοίχθηκε το ανατολικό παράθυρο του βόρειου τοίχου, η θύρα καταστράφηκε και το κάτω τμήμα της εντοιχίσθηκε. Το τόξο της θύρας διακρίνεται κατεστραμμένο στην εξωτερική πλευρά του βόρειου τοίχου. Εσωτερικά αφαιρέθηκε η τοιχοδομία και αποκαλύφθηκαν οι παρειές της θύρας διακοσμημένες με ανθεμωτούς σταυρούς. Εξ άλλου οι δυο αρχικές παραστάδες προχωρούν πιο ψηλά από τη γέννηση των τόξων που στηρίζουν σήμερα, όπως φαίνεται από τα λείψανα τοιχογραφίας που βρέθηκαν στη δυτική όψη της μέσης παραστάδας ύστερα από έρευνα που έγινε το 1970. Είναι λοιπόν φανερό πως το κομμάτι αυτό του βόρειου τοίχου ανήκει σε παλαιότερο ναό του οποίου όμως τον τύπο δεν μπορούμε να καθορίσουμε με βεβαιότητα, αν και μπορούμε να τον χρονολογήσουμε με βάση την τοιχοδομία και τις αρχικές τοιχογραφίες στις αρχές του 12ου αιώνα.
Αργότερα ο ναός επεκτάθηκε στ' ανατολικά και στα δυτικά και πήρε τη μορφή μονόκλιτου ξυλόστεγου ναού. Αυτό έγινε τον 15ο αιώνα όπως φαίνεται από την αρχική καρίνα της στέγης και από το δεύτερο στρώμα των τοιχογραφιών του βόρειου τοίχου. Αργότερα άλλαξε η αψίδα. Πολύ αργότερα ο ναός επεκτάθηκε στα δυτικά και στα νότια. Για να γίνει αυτό κατεδαφίστηκε ο δυτικός τοίχος, και ο νότιος τοίχος αντικαταστάθηκε από τα τρία τόξα. Το καμπαναριό είναι πολύ νεότερο. Κτίστηκε το 1926.
Οι αρχικές τοιχογραφίες που σώθηκαν στην εκκλησία της Αγίας Άννας είναι οι ακόλουθες: Ανατολικά από το δυτικό παράθυρο του βόρειου τοίχου οι άγιοι τεσσαράκοντα μάρτυρες Σεβαστείας. Στην ανατολική όψη της δυτικής παραστάδας του αρχικού ναού διακρίνεται κάτω από νεότερη τοιχογραφία το κάτω τμήμα όρθιου αγίου. Στις παρειές της βόρειας θύρας ανθεμωτοί σταυροί. Στη νότια όψη της ανατολικής παραστάδας διακρίνονται κομμάτια τοιχογραφίας ενός Στυλίτη αγίου. Στην ανατολική όψη της ίδιας παραστάδας εικονίζεται κάτω όρθιος ιεράρχης και πάνω ιεράρχης σε προτομή σε στάση μετωπική. Στο τύμπανο του ανατολικού τόξου του βόρειου τοίχου εικονίζεται η Γέννηση της Θεοτόκου, πάνω, και κάτω ιεράρχης όρθιος σε μετωπική στάση. Άλλος ιεράρχης εικονίζετο στη μικρή αχιβάδα που υπάρχει στο ανατολικό τμήμα του βόρειου τοίχου. Οι τοιχογραφίες αυτές μπορούν να χρονολογηθούν στις αρχές του 12ου αιώνα.
Στο δεύτερο στρώμα, το νεότερο, ανήκουν οι ακόλουθες τοιχογραφίες: Στη δυτική όψη της ανατολικής παραστάδας η Θεοτόκος Παράκληση και πάνω άγιος αγένειος μισοκατεστραμμένος. Στο βόρειο τοίχο ανατολικά του παραθύρου εικονίζεται η Υπαπαντή και δυτικά οι άγιοι Κωνσταντίνος και Ελένη. Πάνω από την τοιχογραφία των αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης εικονίζεται πολυπρόσωπη σκηνή, μισοκατεστραμμένη από το νεότερο παράθυρο. Στο εσωρράχιο του τόξου εικονίζεται η Μετάληψη της Μαρίας της Αιγυπτίας. Τεχνοτροπικά και εικονογραφικά οι τοιχογραφίες αυτές ανήκουν στον 15ο αιώνα.
Το εικονοστάσιο του ναού είναι νεότερο και χωρίς κανένα ενδιαφέρον. Όμως στο ναό σώζονται, ανάμεσα σ' άλλες, τρεις αξιόλογες εικόνες. Μια αμφιπρόσωπη εικόνα με τη Σταύρωση (ίσως του 13ου αιώνα) και την Παναγία Οδηγήτρια που φέρει την επωνυμία «η Καλληονίτισσα» με σκηνές από τη ζωή της στο πλατύ πλαίσιο που την περιβάλλει (16ος ή 17ος αιώνας), η Παναγία Ελεούσα κι η αγία Μαρίνα.