Πάπας της Ρώμης, ο οποίος κατά τον 13ο αι. αναμείχθηκε στις υποθέσεις της Κύπρου.
Στα 1232 ο Γρηγόριος Θ' ενέκρινε την αντιμετώπιση των αλύγιστων και ανυπότακτων στην Καθολική Εκκλησία μοναχών της Καντάρας* ως αιρετικών, εάν εξακολουθούσαν να εμμένουν στις απόψεις τους. Κατόπιν αυτού επακολούθησε το φρικτό μαρτύριό τους, που ο πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως Γερμανός γράφοντας στον Γρηγόριο αναφέρει ως το τελευταίο πράγμα που χρειαζόταν για να ολοκληρώσει την κατάρα του πολέμου ανάμεσα στην Ορθόδοξη και την Καθολική Εκκλησία, και ερωτά: Καλά 'γε ταῦτα,ἁγιώτατε καί τοῦ ἀποστόλου Πέτρου διάδοχε; Ταῦτα παραγγέλλει ὁ τοῦ πράου καί ταπεινοῦ τῇ καρδίᾳ Χριστοῦ μαθητής; Στις δυο απαντήσεις του ο Γρηγόριος δεν μνημονεύει τους 13 μοναχούς της Καντάρας, αν και διορίζει τετραμελή επιτροπή μελέτης τρόπων συμφωνίας των δυο Εκκλησιών, χωρίς αποτέλεσμα.
Τον Γρηγόριο απασχόλησε πολύ η συλλογή της δεκάτης* από τους Λατίνους ευγενείς γαιοκτήμονες της Κύπρου στην περίοδο 1231-1237, που όφειλαν να σέβονται τα δικαιώματα του λατινικού κλήρου στις περιουσίες του ελληνικού κλήρου τις οποίες είχαν οικειοποιηθεί στα 1221. Αν και στα 1233 ο Γρηγόριος εξαιρεί την Κύπρο από κάθε δυνατότητα επεμβάσεως στα εσωτερικά της Λατινικής Εκκλησίας από ιεράρχες άλλων Εκκλησιών, δεν υποχωρούσε καθόλου στο θέμα της δεκάτης. Σε γράμμα προς τον βασιλιά ή την βασίλισσα της Κύπρου στις 17.11.1237 επαναλαμβάνει τα παλαιά παράπονα για μη καταβολή της δεκάτης και υπογραμμίζει τη μη συμμόρφωση των παραβατών στο θέμα αυτό και σ' άλλα, όπως οι γάμοι εντός απαγορευμένων βαθμών. Ιδιαίτερα μέμφεται την προϊούσα αντικατάσταση των Λατίνων με Έλληνες και Σύρους βαΐλους εχθρικούς προς τα συμφέροντα της Λατινικής Εκκλησίας στις περιουσίες τους. Αυτό ήταν το προοίμιο διαταγής του Γρηγορίου Θ' προς τον Λατίνο αρχιεπίσκοπο Κύπρου Ευστόργιο στα 1240 να απαγορεύσει στους αμετανόητους Έλληνες κληρικούς να λειτουργούν, και να καλέσει τον Έλληνα αρχιεπίσκοπο (Νεόφυτο) και τους επισκόπους να λάβουν γνώση της διαταγής. Οι τελευταίοι ζήτησαν καιρό να συσκεφθούν, αλλά την ημέρα που θ' απαντούσαν αποκαλύφθηκε ότι είχαν διαφύγει στην Αρμενία με τους κυριότερους κληρικούς, παίρνοντας μαζί τους θησαυρούς των εκκλησιών και μοναστηριών του νησιού και απειλώντας όσους έμειναν να μη υποταχθούν. Ο Γρηγόριος μόλις το έμαθε διέταξε τον Ευστόργιο να πληρώσει τις θέσεις των φυγάδων με Λατίνους ˙ ταυτόχρονα διέταξε τους κοσμικούς άρχοντες να συμβάλουν σ' αυτό. Αλλά η ακραία αυτή λύση αποφεύχθηκε με την άνοδο στον θρόνο της Ρώμης του Ιννοκέντιου Δ' (Ιούνιος 1243).