Η πιο σημαντική σχέση Γερμανών προς την Κύπρο απαντάται κατά τα μεσαιωνικά χρόνια, και συγκεκριμένα κατά την εποχή της έκτης Σταυροφορίας. Τότε, ο Γερμανός αυτοκράτορας Φρειδερίκος Β' όχι μόνο πέρασε από την Κύπρο, αλλά προσπάθησε κιόλας να θέσει υπό τη (έμμεση) κυριαρχία του το νησί που ήταν οργανωμένο σε βασίλειο υπό την δυναστεία των Λουζινιανών.
Ο Γερμανός αυτοκράτορας, που ενεργούσε ως κηδεμόνας του ανήλικου βασιλιά της Κύπρου Ερρίκου Α' (1218 - 1253), έφθασε στη Λεμεσό από την Ανατολή, στις 28.7.1228 και αναμείχθηκε στις έριδες και τις αντιζηλίες αλλά και τις συγκρούσεις μεταξύ της βασίλισσας Αλίκης και της οικογένειας των ντ' Ιμπελέν (Ιβελίνων). Πιο συγκεκριμένα, μετά το θάνατο του βασιλιά της Κύπρου Ούγου Α', στα 1218, και επειδή ο διάδοχος του θρόνου βασιλιάς Ερρίκος ήταν ακόμη ανήλικος, η εξουσία ανετέθη από τους Κυπρίους βαρόνους στην Αλίκη της Καμπανίας, σύζυγο του Ούγου και μητέρα του Ερρίκου. Αυταρχική και απολυταρχική η βασίλισσα Αλίκη, σύντομα ήλθε σε ρήξη με ευγενείς και αξιωματούχους του βασιλείου, και ιδιαίτερα με την οικογένεια των Ιβελίνων. Διάφορες αιτίες προκάλεσαν τη σύγκρουση, και μεταξύ αυτών η αντίθεση των Ιβελίνων στην απόφαση για εκχώρηση των εισοδημάτων του Ορθοδόξου κλήρου στον Λατινικό. Η Αλίκη αναγκάστηκε τελικά να φύγει από την Κύπρο και να καταφύγει στη Συρία, την δε εξουσία στο νησί αλλά και την προστασία του ανήλικου Ερρίκου ανέλαβε ως αντιβασιλιάς ο Φίλιππος ντ' Ιμπελέν, θείος της Αλίκης. Ο Γερμανός αυτοκράτορας Φρειδερίκος έφθασε τότε με στρατό στη Λεμεσό την ίδια εποχή που πέθανε ο Φίλιππος ντ' Ιμπελέν τον οποίο διαδέχθηκε ο νεότερος και ικανότερος αδελφός του Ιωάννης. Ο τελευταίος, αφού είχε συνάντηση με τον Γερμανό αυτοκράτορα στη Λεμεσό κι αφού απειλήθηκε απ' αυτόν, αρνήθηκε να ενδώσει στις αξιώσεις του Φρειδερίκου και κατέφυγε στο φρούριο του Αγίου Ιλαρίωνος. Ο Γερμανός αυτοκράτορας προσπάθησε τότε να καταλάβει την Κύπρο, ενεργώντας ως νόμιμος κηδεμόνας του ανήλικου Ερρίκου και εργαζόμενος δήθεν για την προάσπιση των συμφερόντων του ανήλικου βασιλιά. Κατέλαβε τη Λεμεσό, το Κίτιον, την Αμμόχωστο και τη Λευκωσία, κι ανάγκασε τον Ιωάννη ντ' Ιμπελέν να φύγει από την Κύπρο. Ο αυτοκράτορας διόρισε στην Κύπρο πέντε διοικητές (βαΐλους) για ν' ασκούν την εξουσία για τα υπολειπόμενα τρία χρόνια μέχρι την ενηλικίωση του Ερρίκου, κι αναχώρησε.
Ο Ιωάννης ντ' Ιμπελέν επέστρεψε τότε, ύστερα από κρυφή συνεννόηση με τους δικούς του φίλους στην Κύπρο, μάζεψε στρατιωτική δύναμη και συγκρούστηκε με τις αυτοκρατορικές (γερμανικές) δυνάμεις σε μεγάλη μάχη κοντά στο χωριό Αγρίδι (σημερινό χωριό Αγίρτα, μεταξύ Λευκωσίας και Κερύνειας). Στην αποφασιστική εκείνη μάχη οι δυνάμεις του Γερμανού αυτοκράτορα ηττήθηκαν (βλέπε λήμμα Αγριδίου μάχη). Η νίκη των στρατευμάτων των Ιβελίνων στο Αγρίδι ήταν η απαρχή της πλήρους εκδιώξεως των Γερμανών από την Κύπρο (η Κερύνεια παρεδόθη στους Κυπρίους ύστερα από πολιορκία 10 μηνών), της ανεξαρτητοποίησης του βασιλείου της Κύπρου και του τερματισμού της αυτοκρατορικής επιρροής. Εξάλλου σύντομα ο πάπας Ιωάννης Δ' απάλλαξε τον βασιλιά της Κύπρου από τον όρκο του προς τον αυτοκράτορα της Γερμανίας, κι έτσι το βασίλειο της Κύπρου κατέστη και νομικά και πρακτικά ανεξάρτητο. Ο Ιωάννης ντ' Ιμπελέν παρέδωσε κανονικά την εξουσία στον βασιλιά Ερρίκο, όταν ο τελευταίος ενηλικιώθηκε, στα 1232.
Στη σύγχρονη εποχή, οι σχέσεις Γερμανίας και Κύπρου είναι περισσότερο έμμεσες παρά άμεσες, κι αφορούν τη συμμετοχή Κυπρίων εθελοντών στους δυο Παγκοσμίους πολέμους, στις τάξεις των Συμμάχων και κατά των Γερμανών.
Από το 1960 κ.ε., όταν η Κύπρος έγινε ανεξάρτητο κράτος, διατηρεί διπλωματικές, εμπορικές, πολιτιστικές κ.ά. σχέσεις με τη Γερμανία.