Βενετός βαΐλος στην Κωνσταντινούπολη (1568 - 1573) κατά τις παραμονές της τουρκικής εκστρατείας για κατάκτηση της Κύπρου. Στα 1568 ο μέγας βεζίρης Μεχμέτ Σόκολλη πασάς (βοσνιακής καταγωγής εξισλαμισμένος) του έκαμε παραστάσεις για τον «αδικαιολόγητο πανικό» των Βενετών εμπόρων της Κωνσταντινούπολης, που ο Μαρκαντώνιος Βάρβαρος τους ωθούσε να την εγκαταλείψουν λόγω των φημών για την επικείμενη εκστρατεία. Οι φήμες αυτές δεν επιβεβαιώνονταν από τις έρευνες στην Κύπρο του Βενετού λοκοτενέντε (αντιπροσώπου, διοικητή), αλλά ούτε και η εκστρατεία αποτελούσε επιθυμία του ίδιου του μεγάλου βεζίρη, παρά μόνο των θανάσιμων αντιπάλων του Πιαλή πασά και Λαλά Μουσταφά πασά, στους οποίους δεν ήθελε να δώσει ευκαιρία ανόδου με μια στρατιωτική επιτυχία στην Κύπρο. Κατά μερικές ανεπιβεβαίωτες φήμες η στάση αυτή του Μεχμέτ Σόκολλη οφειλόταν στην εξαγορά του από τον βαΐλο Μαρκαντώνιο Βάρβαρο και μετεβλήθη όταν οι παροχές από τον τελευταίο σταμάτησαν.
Καθ’ όλο το διάστημα ως την έναρξη της εκστρατείας, με κατασκόπους και άμεσες επαφές ο Μαρκαντώνιος Βάρβαρος ετηρείτο ενήμερος για τα συμβαίνοντα στο Παλάτι και τις εκεί παρασκηνιακές εξελίξεις, διαβουλεύσεις και διαφωνίες για το θέμα. Γνώριζε την αντίθεση του Μεχμετ Σόκολλη στην εκστρατεία και την επιμονή του Εβραίου δούκα της Νάξου Ιωσήφ Νάζη στον φίλο του σουλτάνο Σελίμ Β' να αναληφθεί η εκστρατεία ήδη στα 1568. Γνώριζε επίσης την μεταστροφή του ναυάρχου Αλή πασά (προστατευομένου του Σόκολλη) προς το μέρος των φιλοπόλεμων Πιαλή, Λαλά Μουσταφά και Νάζη ύστερα από αναγνωριστική επιχείρηση στην Αμμόχωστο και άλλα λιμάνια της Κύπρου όπου διαπίστωσε την ανυπαρξία σοβαρής άμυνας και την ευκολία κατάληψης του νησιού. Ο Βάρβαρος γνώριζε ακόμη ότι ο μουφτής Αμπού Σα'ούντ ελ Αμάντι είχε πείσει τον σουλτάνο ότι οι δαπάνες της αρχινημένης οικοδόμησης ενός τζαμιού στην Αδριανούπολη με τα βοηθητικά κτίρια για προσκυνητές έπρεπε να καταβληθούν από τους άπιστους μιας νεοκατακτημένης χώρας ˙ με φετβά διακήρυξε ότι μια χώρα που κάποτε ήταν υπό ισλαμική κατοχή και όπου τα τζαμιά είχαν μετατραπεί σε εκκλησίες από τους άπιστους, μπορούσε να κατακτηθεί από τον σουλτάνο παρά την ύπαρξη συνθήκης ειρήνης με αυτήν, όπως υπήρχε ήδη με την Βενετία από τις 24 Ιουνίου 1567 κατά την άνοδο του Σελίμ Β' στον θρόνο. Ο Σελίμ ισχυρίστηκε τώρα (1569) ότι η Κύπρος ως τέως κατεχόμενη από τους Άραβες και τους Μαμελούκους της Αιγύπτου, που είχαν αφιερώσει τα εισοδήματά της στη Μέκκα και στη Μεδίνα, δικαιωματικά έπρεπε να ανακτηθεί από αυτόν για χάρη των ιερών αυτών πόλεων. Άλλο επιχείρημα του σουλτάνου ήταν ότι οι Βενετοί αντίθετα με ειδικό άρθρο της συνθήκης του 1567, που τους στοίχισε 150.000 δουκάτα — όλα μέσω του Μαρκαντώνιου Βάρβαρου — δεν είχαν παραδώσει σ' αυτόν όλους τους πρόσφυγες και επαναστάτες υπηκόους του από τη Συρία και τη Μικρά Ασία που είχαν βάση τους την Κύπρο για πειρατείες κατά του Οθωμανικού κράτους, του εμπορίου και των προσκυνητών προς την Μέκκα, τους λεγόμενους Uskok (σερβοκροατικό = αποστάτες). Επιπλέον ο σουλτάνος διεμήνυσε στον Βάρβαρο μέσω του Σόκολλη ότι δεν μπορούσε να ανεχθεί τις επεμβάσεις αποστατών στα σύνορα της Δαλματίας, ούτε την εκτέλεση Μουσουλμάνων κουρσάρων που τους συλλάμβαναν βενετικά πλοία αντί να παραδίδονται, κατά την συνθήκη, στους Τούρκους, ούτε τις επιθέσεις κυπριακών πειρατικών πλοίων κατά τουρκικών (ή άλλων) πλοίων που έπλεαν προς την Αίγυπτο. Για όλους αυτούς τους λόγους ο σουλτάνος θεωρούσε τον εαυτό του απαλλαγμένο από τον όρκο της συνθήκης της 24 Ιουνίου 1567, κι αυτό εξηγήθηκε λεπτομερώς στον Μαρκαντώνιο Βάρβαρο και από Τούρκους νομικούς τον Ιανουάριο του 1570. Ήδη ο μεγάλος βεζίρης τον είχε ενημερώσει για την τροπή της πλάστιγγας προς την οριστική απόφαση πολέμου, κι ο Βάρβαρος διαμαρτυρήθηκε, με αποτέλεσμα ο Μεχμέτ Σόκολλη να συμφωνήσει να αποστείλει αντιπρόσωπο για διαπραγματεύσεις στη Βενετία, τον Κουμπάντ.
Παρά τις συχνές προειδοποιήσεις του βαΐλου στη βενετική Γερουσία, η τελευταία ήταν διαιρεμένη στην αντιμετώπιση του θέματος. Η έκρηξη και πυρκαγιά στον ναύσταθμο της Βενετίας κατά την νύχτα της 13-14 Σεπτεμβρίου 1569, πιθανώς από πράκτορες του Νάζη και των Τούρκων, μόλις άρχισαν να πείθουν κάπως τους δύσπιστους Βενετούς ηγέτες ότι πράγματι υπήρχε τουρκική απειλή. Όταν κατά τις συζητήσεις του Μαρκαντώνιου Βάρβαρου με του Μεχμέτ Σόκολλη ο βαΐλος αντέτεινε στις αιτιάσεις του ότι η Βενετία ήταν πολύ μακριά από την Κύπρο, ο Μεχμέτ του είπε: Τι ζητείτε [λοιπόν] σ' ένα νησί τόσο μακρινό, που είναι άχρηστο για σας και είναι αιτία τόσων ανωμαλιών; Αφήστε το σε μας, που έχουμε τόσο πολλές επαρχίες γειτονικές προς αυτό. Και, εν πάση περιπτώσει, ο σουλτάνος είναι αποφασισμένος να το καταλάβει. Το νησί ανήκε, συνέχισε, στους σουλτάνους της Αιγύπτου, και η Βενετία το κατείχε για περίπου 100 χρόνια. Ο Βάρβαρος απάντησε ότι οι Μουσουλμάνοι ουδέποτε υπήρξαν κύριοι της Κύπρου, ότι ήταν πάντοτε χριστιανικό νησί, και ως τέτοιο είχε κληροδοτηθεί στη Βενετική Δημοκρατία. Αλλά τα επιχειρήματά του ήταν μάταια, γιατί η οριστική απόφαση της κατάκτησης της Κύπρου είχε πια ληφθεί.
Όταν ο Κουμπάντ εστάλη στη Βενετία στις 11 Φεβρουαρίου 1570 από τον σουλτάνο, μαζί του ο Βάρβαρος έστειλε και τον γιο του Λουδοβίκο, για να τον οδηγήσει από ακίνδυνους δρόμους και να τον προστατεύσει από επιθέσεις. Έστειλε επίσης μαζί τον γραμματέα του Λουδοβίκου Μπουονρίτζο για τον ίδιο λόγο και για να προσδώσει μεγαλύτερη σπουδαιότητα στην αποστολή, και να διαβιβάσει μέσω τους στην Γερουσία και στον δόγη τις τελευταίες πληροφορίες για την απόφαση. Ωστόσο ήταν γνωστό, προτού ξεκινήσει, ακόμη, ότι ο Κουμπάντ μετέφερε τελεσίγραφο και όχι προτάσεις διαπραγματεύσεων. Ήδη στις 9 Φεβρουαρίου 1570 ήταν γνωστό και στους άλλους Ευρωπαίους διπλωμάτες στην Κωνσταντινούπολη ότι ο «Μεγάλος Τούρκος» έστελνε τον Κουμπάντ για να ζητήσει την Κύπρο είτε ειρηνικά είτε με τη βία. Οι νέες προειδοποιήσεις του Μαρκαντώνιου Βάρβαρου έπεισαν πια τις βενετικές αρχές για το τι επέκειτο και η απάντηση στον Κουμπάντ είχε αποφασιστεί προτού αυτός φθάσει. Στη διάρκεια της αποστολής του Κουμπάντ, που έληξε σε αποτυχία γιατί η Βενετία απέρριψε την απαίτηση για παράδοση της Κύπρου, ο Μαρκαντώνιος Βάρβαρος, όπως γράφει σ' έκθεσή του, με πρωτοβουλία δική του συνάντησε τον μουφτή για να τον πείσει να κρατήσει ανοιχτή τη θύρα για περαιτέρω διαπραγματεύσεις. Ο μουφτής γνωρίζοντας τις όμοιες διαθέσεις του Μεχμέτ Σόκολλη —που τις είχε διαβιβάσει στη Βενετία ο Κουμπάντ — συνάντησε τον σουλτάνο, στον οποίο υπενθύμισε τις στρατιωτικές υποχρεώσεις της αυτοκρατορίας στην Ισπανία, να βοηθήσει τους εκεί Moriscos (Άραβες της Ισπανίας) που πιέζονταν από τον Φίλιππο Β' και είχαν στείλει κατά την άνοιξη του 1569 αποστολή στην Κωνσταντινούπολη, που έγινε θερμά δεκτή από την κοινή γνώμη των Μουσουλμάνων. Η συνηγορία τους για βοήθεια προς τους «Moriscos» υποστηρίχθηκε θερμά από τους Ουλεμάδες. Ο σουλτάνος αρνήθηκε και να συζητήσει αλλαγή της απόφασής του για εκστρατεία στην Κύπρο. Ωστόσο δόθηκε διαβεβαίωση στον Βάρβαρο ότι μετά την επιστροφή του Κουμπάντ θα επιτυγχανόταν κάποια συμφωνία για αποφυγή του πολέμου, κι αυτό γιατί οι Τούρκοι περίμεναν απάντηση όχι απορριπτική στο τελεσίγραφό τους, τέτοια που θα ενίσχυε τις φιλειρηνικές προσπάθειες του Μεχμέτ Σόκολλη και θα επηρέαζε τον σουλτάνο προς διευθέτηση. Η ασυμβίβαστη όμως απάντηση των βενετικών αρχών ανέτρεψε κάθε ειρηνευτικό σχέδιο και ο Βάρβαρος δεν έκρυβε τη δυσαρέσκεια και τη διαφωνία του γι' αυτήν, θεωρώντας την βεβιασμένη και στερημένη από κάθε διπλωματικότητα. Ο Βάρβαρος δηλαδή ευνοούσε απάντηση που θα άφηνε περιθώρια διαπραγματεύσεων με τις οποίες ήλπιζε να ματαιώσει τελικά την εκστρατεία κατά της Κύπρου.
Όταν ο Κουμπάντ επέστρεψε στις 5 Μαϊου 1570, η οργή του σουλτάνου ήταν μεγάλη για την όχι τελετουργική, «απρεπή» συμπεριφορά των βενετικών αρχών προς αυτόν, αν και ο Βάρβαρος ισχυρίζεται ότι ο ίδιος ο Κουμπάντ δεν είπε κάτι τέτοιο, αλλά ότι του φέρθηκαν «μέτρια». Και αυτή η διαβίβαση της απάντησης των Βενετών προς τον Κουμπάντ με πρόσωπο χαμηλότερου αξιώματος από το δικό του θεωρήθηκε προσβλητική, καθώς και η μη επιστροφή του Μπουονρίτζο. Γι' αυτό οι τουρκικές αρχές τοποθέτησαν φρουρούς στο σπίτι του βαΐλου και στα σπίτια των Βενετών προξένων στο Χαλέπι και στο Κάιρο, αν και όλοι αργότερα ελευθερώθηκαν με λόγο τιμής. Ήδη όμως η εκστρατεία ήταν έτοιμη να ξεκινήσει.
Στη διάρκεια της εκστρατείας η Βενετική Δημοκρατία μέσω του βαΐλου Μαρκαντώνιου Βάρβαρου διεξήγε διαπραγματεύσεις με την Υψηλή Πύλη που ολοένα εντείνονταν. Σε γράμμα της 8 Σεπτεμβρίου 1570, προς τον βασιλιά Φίλιππο της Ισπανίας και σε γράμμα του παπικού νούντσιου στην Κωνσταντινούπολη της 20 Σεπτεμβρίου 1570 βεβαιώνεται ότι ο Βάρβαρος κατέβαλε μεγάλες προσπάθειες να επιτύχει ειρήνευση με τους Τούρκους αν και η κεντρική κυβέρνηση στη Βενετία δυσπιστούσε σ' αυτές, χωρίς όμως να τις αποθαρρύνει· Λόγω του τεραστίου κόστους του πολέμου θα επωφελείτο κάθε ευκαιρίας να συνάψει συμφωνία ειρήνης, με την οποία θα προστάτευε το ανατολικό της εμπόριο.