Οι νεότερες ανασκαφές στην αρχαία και χριστιανική Αμαθούντα έχυσαν νέο φως στη ζωή της πόλης και της μητρόπολής της, ιδίως στους πρώτους αιώνες. Οι ανασκαφικές έρευνες συνεχίζονται.
Οι πρώτες χριστιανικές μνήμες περί την Αμαθούντα ανάγονται στα μέσα ή στο β' μισό του πρώτου μ.Χ. αιώνα. Τότε, σύμφωνα προς τις «απόκρυφες» Περιόδους του Βαρνάβα, ο Αριστοκλιανός, όντας λεπρός, καθαρίστηκε στην Αντιόχεια και «σφραγίστηκε» επίσκοπος (;) από τους αποστόλους Παύλο και Βαρνάβα που τον έστειλαν στην κώμη του (που μας είναι άγνωστη, ίσως κάποια χωρεπισκοπή γύρω;) κοντά στην Αμαθούντα, διότι εκεί υπήρχαν πολλοί Έλληνες (=ειδωλολάτρες). Η ομάδα αγίων αποστόλων με επικεφαλής τον Βαρνάβα, έφθασαν στην κώμη αργότερα και βρήκαν τον Αριστοκλιανό. Έμειναν σε σπήλαιο του όρους μια μέρα, κι από εκεί ήλθαν στην Αμαθούντα, όπου πολύ πλήθος άσεμνων γυναικών και αντρών Ελλήνων έκαμναν σπονδές στο ιερό, αλλά ο (Εβραίος μάγος) Βαριησούς (ή Ελύμας) τους εμπόδισε να μπουν στην πόλη, όπως είχε πράξει στο Κίτιον, συνεγείροντας εναντίον τους το έθνος των Ιουδαίων της πόλης.
Πώς καλύπτεται ιστορικά το κενό μεταξύ του 1ου και του τέλους του 4ου και των αρχών του 5ου αιώνα δεν γνωρίζουμε, έχουμε όμως αρχαιολογικές ενδείξεις: μια πρωτοχριστιανική βασιλική, την βασιλική Ι της Αμαθούντος, στους πρόποδες της ακρόπολής της, που η χρονολόγησή της στις αρχές του 5ου αιώνα φαίνεται ορθή. Κατά εντελώς πρόσφατες έρευνες η βασιλική αυτή φαίνεται να λειτουργούσε και μετά την καταστροφή της πόλης κατά τις αραβικές επιδρομές (649 κ.ε.). Δυο άλλες βασιλικές, εκ των οποίων η μια στην ακρόπολη της πόλης όπου ανεκαλύφθη πρόσφατα, επίσης πρωτοχριστιανικές, υπάρχουν στην πόλη (δες κεφάλαιο αρχαιολογικός χώρος της Αμαθούντος, πιο πάνω).
Προφανώς η χριστιανική ζωή της Αμαθούντος, όπως και άλλων κέντρων στην Κύπρο, δεν ήταν τόσο ασκητική και εχθρική προς τις χαρές του ματιού και των αισθήσεων, όπως θα ήθελαν οι «εξτρεμιστές» Χριστιανοί ηγέτες του τύπου του Τύχωνος*, που επομένως δεν πέτυχαν να ενσταλάξουν τα ιδεώδη τους στην ίδια τη μητρόπολή τους. Αφετέρου έχουμε παράλληλα και διάφορα κοσμικά ρωμαϊκά κτίσματα στην Αμαθούντα που βεβαιώνουν την πιο πάνω διαπίστωση, που ίσως έχει κάποια σχέση και προς την διατήρηση «ετεοκυπριακών» υπολειμμάτων στον πληθυσμό της πόλης, με ισχυρή θρησκευτική, καλλιτεχνική και ιδεολογική συντηρητικότητα.
Αν θα συναχθούν κάποια γενικά πορίσματα από τις άφθονες επιγραφές της αυτοκρατορικής εποχής από την Αμαθούντα και τα γύρω, είναι:
α) Τα ίχνη μητρωνυμίας και μητρογραμμικής ονοματοθεσίας (Νεικάριν Δημαρίου χρηστή χαίρε, 2ος μ.Χ. αι., Βακχίς Παύλας χαῖρε, 2ος/3οςμ.Χ. αι., Λούκις Πειθούσης χρηστέ χαῖρε, κλπ.), που ίσως είναι προϊστορικά κοινωνικά κατάλοιπα σ' ένα κόσμο που βαδίζει προς το Χριστιανισμό με αρκετό δισταγμό.
β) Η θρησκευτική ουδετερότητα των επιτύμβιων επιγραφών, που δεν ξεχωρίζει αν πρόκειται για Χριστιανούς ή ειδωλολάτρες παρά σπάνια και μόλις μετά τον 5ο αιώνα.
γ) Η συχνότητα της αφιέρωσης στον Θεόν Ὓψιστον, του 3ου συνήθως αιώνα, που αποτελεί ένδειξη πορείας προς μονοθεϊστική θρησκευτική φιλοσοφία, προβαθμίδα προς τον Χριστιανισμό, ίσως ένδειξη αμφιβολίας για τους παλαιούς θεούς της Αμαθούντος, ίσως υπαινιγμός σε κρυπτοχριστιανισμό.
δ) Η συχνή χρήση του επιθέτου χρηστός σε πολλές επιτύμβιες επιγραφές στην Αμαθούντα, ή ακόμα
+ρηστέ χέρε, αντί Χρηστέ, με τον σταυρό + αντί του Χ.
Κατά τα τέλη του 6ου αι. χτίστηκε στην ανατολική νεκρόπολη της Αμαθούντος η πεντάκλιτη βασιλική II της πόλης, που διάφορα ευρήματα καθιστούν μάλλον βέβαιο ότι ήταν νεκρική βασιλική προς τιμήν κάποιου μάρτυρα που ετάφη εκεί, κι η χρήση της επεξετάθη και για εξέχοντες Αμαθουσίους πολίτες. Αν και μικρή η βασιλική αυτή ως νεκρική, και δη για σπουδαίους πολίτες, μαρτυρεί ωστόσο την οριστική προσχώρηση των ανωτέρων στρωμάτων της πόλης στη νέα θρησκεία και συμφωνεί προς την παρατήρηση του Delvoye ότι κατά τους 5ο και 6ο αιώνες οι περιοχές της Αμαθούντος και του Κουρίου δεν περιέπεσαν σε «επαρχιακή παραμέληση» μετά τη μεταφορά της πρωτεύουσας από την Πάφο στην Κωνσταντία (μέσα του 4ου αι.), κάτι που γι’ αρκετό καιρό δεν φαίνεται να ήταν απόλυτα θεσμικό γεγονός. Συμφωνεί επίσης προς την παρατήρηση του G. Hill, ότι η Αμαθούντα, σπουδαία επί Ρωμαίων, αφού έδωσε το όνομά της σε μια από τις 4 υποδιαιρέσεις του νησιού, αντί του κάποτε γνωστότερου Κιτίου, «εἰς τόν καιρόν τῶν Δουκῶν ἢνθει», όπως γράφει ο αρχιμανδρίτης Κυπριανός, που προσθέτει «ότι ἐτιμᾶτο ὡς μητρόπολις καί καθέδρα τῶν ἰδίων» [των δουκών]. «Εἶχε λιμένα περίκλειστον καί εὐρύχωρον, οὓτινος μέχρι σήμερον φαίνονται λείψανα κτισμάτων...μέχρι ...τῶν Λουζινιανῶν, ἦτον ἡ Καθεδρική Ἐκκλησία τοῦ Ἐπισκόπου ἀκαίρεος [sic]. Ἐκλήθη πόλις βασιλική καί καθέδρα ἐπί τῶν ἐννέα Βασιλέων....»
Η άνθηση αυτή και η θέση πρωτεύουσας, πιθανώς ακόμη ένα τεκμήριο της αμφίβολης και όχι οριστικής ανάδειξης της Κωνσταντίας σε πρωτεύουσα, εξηγεί (αν ο Κυπριανός στηρίχθηκε σε βάσιμες πηγές) την παρουσία και έδρευση, στα τέλη του 5ου αι., του πατέρα του Ιωάννη Ελεήμονος Επιφανίου, Βυζαντινού διοικητή της Κύπρου, στην Αμαθούντα, όπου και γεννήθηκε, πέθανε (620 μ.Χ.) και ετάφη ο διαπρεπής ιεράρχης Ιωάννης.
Γενικά κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας οι ΝΔ. ορθόδοξες επισκοπές, μεταξύ των οποίων και αυτή της Αμαθούντος, φαίνεται ότι ανέπτυξαν σχετικά χωριστή ζωή, με μικρή εξάρτηση από την τυπικά καταργημένη ορθόδοξη αρχιεπισκοπή που έδρευε στη Σολιά και στη Λευκωσία.
Μετά την τουρκική κατάκτηση (1570/71) η επισκοπή Αμαθούντος δεν επανιδρύθηκε ως μόνιμη χωριστή έδρα, αλλά κατά καιρούς εμφανίζεται σε συνδυασμό με τις επισκοπές Νεμεσού/Νεαπόλεως, Κιτίου και Κουρίου, ως συγχωνευμένη με αυτές, σπάνια δε και μόνη της αλλά υπό αμφίβολες συνθήκες. Αυτό εξηγείται από τη ρευστότητα και των τίτλων και των εδρών και του τόπου διαμονής των επισκόπων κατά την εποχή της Τουρκοκρατίας, οπότε η κυπριακή Εκκλησία προχώρησε δοκιμαστικά και πειραματικά στην αναδιοργάνωσή της μετά την καταπίεση που υπέστη επί Φράγκων και Βενετών, και με δυσκολίες προσπαθούσε να αναστήσει την προ του 1192 διάρθρωση του επισκοπικού της συστήματος.