Μύθοι και θρύλοι σχετικοί με την πόλη της Αμαθούντος δεν έχουν διασωθεί πολλοί. Εκτός από τις μυθολογικές αναφορές γύρω από το όνομα της πόλης (βλέπε λήμματα Άμαθος και Αμαθούσα), φαίνεται πως κάποια σχέση με το όνομά της είχε και η Αφροδίτη - Αριάδνη, που λατρευόταν εδώ σαν «θεά της γέννησης του Αμάθου».
Ο πιο γνωστός ίσως μύθος είναι αυτός του αρχαίου Αμαθούσιου συγγραφέα Παίωνος, σύμφωνα προς τον οποίο ο μυθικός Αθηναίος ήρωας Θησέας ενώ επέστρεφε από την Κρήτη μαζί με την Αριάδνη που ήταν έγκυος, βρέθηκε μετά από τρικυμία στην Κύπρο, όπου το καράβι του εξώκειλε κοντά στην Αμαθούντα. Ψαράδες που τον συνάντησαν, τον έφεραν στην πόλη όπου βρήκε θερμή υποδοχή. Ενώ ο ήρωας ασχολείτο με την επισκευή του πλοίου του, η κακοκαιρία τον έσπρωξε μακριά από το νησί και δεν του επέτρεψε να επιστρέψει σ' αυτό σύντομα. Στο μεταξύ η Αριάδνη πέθανε στον τοκετό και την έθαψαν σ' ένα άλσος κοντά στην Αμαθούντα, το οποίο κι αφιερώθηκε σ' αυτήν. Άλλη εκδοχή του μύθου αυτού παρουσίασε ο Χιώτης ποιητής Ίων, που λέει ότι η Αριάδνη γέννησε στην Αμαθούντα δυο δίδυμους αδελφούς, τον Στάφυλο και τον Οινοπίωνα, που πρώτοι στην Κύπρο ασχολήθηκαν με την καλλιέργεια του αμπελιού και την κατασκευή κρασιού. Η εκδοχή αυτή θέλει την Αριάδνη να πεθαίνει στην πόλη σε βαθιά γεράματα και να θάβεται σε δάσος κοντά στην Αμαθούντα, που ονομάστηκε άλσος της Αριάδνης.
Άλλος γνωστός μύθος που συνδέεται προς την Αμαθούντα είναι αυτός που υποστηρίζει ότι στο ναό της Αφροδίτης και του Άδωνι βρισκόταν αφιερωμένο το περιδέραιο της Αρμονίας, γαμήλιο δώρο από τη μητέρα της Αφροδίτη. Τούτο ήταν γνωστό και σαν περιδέραιο της Εριφύλης, η οποία το πήρε σαν δώρο για να προδώσει τον άντρα της. Σύμφωνα με την παράδοση, το περιδέραιο αυτό έδινε παντοτινή ομορφιά και λάμψη στις γυναίκες που το φορούσαν, γι' αυτό κι ήταν περιζήτητο και συχνά προξενούσε δεινά. Δεν είναι βέβαιο ότι το κόσμημα της Αρμονίας ήταν το ίδιο με εκείνο της Εριφύλης, επειδή υπάρχουν σημαντικές διαφορές στην περιγραφή τους. Ο Όμηρος λέει ότι ήταν καμωμένο από σφυρήλατο χρυσάφι, ενώ ο Παυσανίας υποστηρίζει ότι ήταν κατασκευασμένο από πράσινες πέτρες (κεχριμπάρι;) ενωμένες με χρυσάφι. Στην Ελλάδα έλεγαν ότι το περιδέραιο της Εριφύλης ήταν αφιερωμένο στους Δελφούς, όπου το έδειχναν μέχρι και τον 4ο π.Χ. αιώνα, οπότε κλάπηκε από κάποιον από τη Φωκίδα κι από τότε χάθηκαν τα ίχνη του.
Πολύ γνωστός, τέλος, είναι ο θρύλος ότι μετά τον θάνατο του Ονήσιλου στη μάχη κατά των Περσών, οι Αμαθούσιοι πήραν το κομμένο του κεφάλι στην πόλη τους και το κρέμασαν στην είσοδό της. Στο κρανίο του Ονήσιλου φώλιασε ένα μελίσσι.