Ένα πλήθος χριστιανικών αποχρώσεων απαντάτο στην Κύπρο κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας . Εκτός από την ίδια την Λατινική Εκκλησία και τα 13 διαφορετικά Λατινικά θρησκευτικά τάγματα, βρίσκονταν στο νησί και Μαρωνίτες, Αρμένιοι, Κόπτες, Νεστοριανοί, Ιακωβίτες, Γεωργιανοί και άλλοι ακόμη, όπως οι Αβησσυνοί, οι Βούλγαροι κλπ. Όλοι αυτοί πλήθυναν ιδίως μετά την κατάληψη της Συροπαλαιστίνης από τους Μωαμεθανούς και τον απ' εκεί εκτοπισμό τους. Και βέβαια υφίστατο και η Ορθόδοξη Εκκλησία της Κύπρου με το πολυπληθέστερο πλήρωμα - τον ντόπιο πληθυσμό - και τις βαθύτερες ρίζες. Ιδρυμένη ήδη από τα μέσα του 1ου μ.Χ. αιώνα, από τους αποστόλους Βαρνάβα και Παύλο, η Εκκλησία της Κύπρου ήταν ο φορέας της μακράς βυζαντινής παράδοσης.
Όταν οι Σταυροφόροι κατέλαβαν την Κύπρο το 1191, το νησί εξακολουθούσε να είναι διαιρεμένο σε 14 συνολικά Ορθόδοξες επισκοπικές περιφέρειες, με ισάριθμους θρόνους. Οι επισκοπές αυτές ήταν:
Όπως αναφέρθηκε και πιο πάνω (παρατιθέμενο απόσπασμα του Λεοντίου Μαχαιρά), κατά τα τέλη των Βυζαντινών χρόνων οι Ορθόδοξες αυτές επισκοπικές έδρες συνέχιζαν να συντηρούνται από εισοδήματα προερχόμενα από φορολογίες κι από εκμετάλλευση κτηματικών περιουσιών που τους είχαν παραχωρηθεί. Κτηματικές περιουσίες είχαν και τα διάφορα Ορθόδοξα μοναστήρια.
Μετά την εγκαθίδρυση της Λατινικής Εκκλησίας στην Κύπρο, και τη δημιουργία των τεσσάρων Λατινικών επισκοπικών εδρών, τα κτήματα και τα δικαιώματα επί της φορολογίας αφαιρέθηκαν από την Ορθόδοξη Εκκλησία και μεταβιβάστηκαν στις Λατινικές επισκοπές. Τούτο ήταν ένα βασικό μέτρο που στόχευε στην υποστήριξη της Λατινικής Εκκλησίας και στην υποσκαφή της Ορθόδοξης. Η πολιτική αυτή έφερε, όπως ήταν φυσικό, τη σύγκρουση/ αντιπαράθεση των δυο Εκκλησιών που συνεχίστηκε καθ' όλη την περίοδο της Φραγκοκρατίας . Άλλο μέτρο που εφαρμόστηκε εις βάρος της Ορθόδοξης Εκκλησίας ήταν η μείωση των επισκοπών από 14 σε 4, όσες και οι Λατινικές. Κι όχι μόνο η μείωση, αλλά και η έξωση από τις πόλεις και διαμονή των επισκόπων σε ορεινές ή και απομονωμένες περιοχές του νησιού, όπως καθόριζε η Βούλλα* Σύπρια του πάπα Αλέξανδρου Δ'* που εξεδόθη στις 3.7.1260. Η διάταξη αυτή, που εξεδόθη ύστερα από προσφυγή στον πάπα του Ορθόδοξου αρχιεπισκόπου Κύπρου Γερμανού * Α' Πησίμανδρου που ζητούσε την προστασία του από τις διώξεις των Λατίνων και ιδίως του τότε Λατίνου αρχιεπισκόπου Ούγου Α '*Φαγιάνου, έθεσε μόνο πολύ προσωρινό τέρμα στη σύγκρουση των δυο Εκκλησιών. Ωστόσο, μεταξύ άλλων, η Βούλλα επικύρωσε την μείωση των Ορθοδόξων επισκοπών από 14 σε 4, πράξη που είχε εφαρμοστεί από το πρώτο μισό του 13ου αιώνα. Η μείωση ήταν σταδιακή κι επιτεύχθηκε με τον ακόλουθο τρόπο: όταν πέθαινε ένας επίσκοπος της Ορθόδοξης Εκκλησίας η έδρα του καταργείτο και δεν εκλεγόταν διάδοχός του, αλλ' η επισκοπική του περιφέρεια προσαρτάτο στην πλησιέστερη περιφέρεια όπου βρισκόταν στη ζωή κάποιος επίσκοπος. Έτσι συνεχίστηκε η μείωση ώσπου πέθαναν 10 Ορθόδοξοι επίσκοποι και παρέμειναν μόνο 4, οπότε συνεχιζόταν πλέον η διαδοχή γι' αυτούς. Βέβαια η Βούλλα Σύπρια περιείχε κι άλλους όρους που στην ουσία υποδούλωναν τους Ορθόδοξους ιεράρχες της Κύπρου στους Λατίνους. Όμως ο περιορισμός των Ορθοδόξων επισκόπων της Κύπρου σε απομονωμένες έδρες περιείχε και δικαίωμά τους για περιοδική κάθοδο στις πόλεις, όπου διατηρούσαν δεύτερη έδρα. Το δικαίωμα αυτό έγινε, σε κάποιο στάδιο, σχεδόν μόνιμο, όχι επίσημα αλλά στην πράξη, κι αυτό απετέλεσε το θεμέλιο για μια σχετική ανάκαμψη της Ορθόδοξης Εκκλησίας, βέβαια και με τη βοήθεια της ελληνικής αστικής τάξης. Σταδιακά, μάλιστα, οικοδομήθηκαν και περικαλλείς Ορθόδοξοι καθεδρικοί ναοί στις πόλεις, δίπλα στους Λατινικούς, ενώ κατά το β' μισό της περιόδου της Φραγκοκρατίας απαντούμε και Ορθόδοξους ιερωμένους να έχουν ακόμη και σημαντική ανάμειξη στα πολιτικά πράγματα του βασιλείου. Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελεί ο αρχιεπίσκοπος Νικόλαος* τον οποίο ο Γεώργιος Βουστρώνιος αποκαλεί 'πίσκοπον τῶν Ρωμαίων [=Ελλήνων] που τον απαντούμε στα 1458 να υποστηρίζει στη Λευκωσία τον Ιάκωβο Β' και τον απαντούμε ξανά στη Λευκωσία τον Ιούλιο του 1473 να συμμετέχει σε σύναξη ευγενών κι αξιωματούχων του βασιλείου για λήψη αποφάσεων μετά την είδηση για τον θάνατο του βασιλιά Ιακώβου Β'.
Στα 1382 απαντούμε τον Σταυρινό Μαχαιρά, πατέρα του χρονογράφου Λεοντίου Μαχαιρά και πιθανώς ιερωμένο (που γνώριζε πολλήν θεολογίαν ἐξ' ἀκοῆς), να καλείται στο παλάτι ὡς γοιόν λόγιος, για να εκφράσει απόψεις εκ μέρους του λαού στο ζήτημα της διαδοχής στον θρόνο της Κύπρου μετά τον θάνατο του βασιλιά Πέτρου Β'. Κι ο Σταυρινός Μαχαιράς, όπως γράφει ο γιος του (Λ. Μαχαιράς, Χρονικόν, παρ. 608), ἔδειξέν τους καί παράστησέν τους ἔμπροσθέν τούς ὅλους τούς καλλήττερους πῶς εἶνε χρῆσι νά ἔχῃ ὁ τόπος ρήγα παρά νά μέν ἔχῃ...
Πάλι στα 1459 ο τότε Λατίνος επίσκοπος Λεμεσού παραπονιόταν ότι δεν είχε ποίμνιο για να ποιμάνει, διότι του το είχε αφαιρέσει ο Ἕλληνας αντίστοιχος επίσκοπος Λεμεσού, ενώ ο μητροπολιτικός Λατινικός ναός της πόλης είχε σχεδόν καταρρεύσει.
Τέτοια παραδείγματα φανερώνουν ότι, μετά τις μεγάλες επιθέσεις που είχε δεχθεί η Ορθόδοξη Εκκλησία της Κύπρου κατά τον 13ο κυρίως αιώνα και τις υποχωρήσεις και τους συμβιβασμούς της εξ ανάγκης, μέχρι και το α' μισό του 14ου αιώνα, κατά τους 14ο και 15ο αιώνα μπόρεσε να ορθοποδήσει ξανά, να επαναδραστηριοποιηθεί και να δρα μάλιστα κατά της Λατινικής Εκκλησίας. Βέβαια σημαντικός υπήρξε ο ρόλος τον οποίο διαδραμάτισε, κατά το α' μισό του 15ου αιώνα, η Ελληνίδα βασίλισσα της Κύπρου Ελένη* Παλαιολογίνα που βοήθησε τα μέγιστα την Ορθοδοξία της Κύπρου και τον Ελληνισμό του νησιού γενικότερα και που απεδείχθη ικανότατη «εχθρά των Λατίνων ιερωμένων και αντίπαλος της Λατινικής Εκκλησίας», όπως έγραψε ο Αινείας Σύλβιος (μετέπειτα πάπας Πίος Β').
Κατά τα μέσα του 14ου αιώνα ο Λατίνος αρχιεπίσκοπος Λευκωσίας Φίλιππος ντε Σιαμπαρλάκ αναγκάστηκε να εισαγάγει αυστηρές ποινές κατά των μεικτών γάμων, πράγμα που μαρτυρεί απεγνωσμένη προσπάθεια άμυνας λόγω της έλξεως της Ορθοδοξίας στους Λατίνους εποίκους, που απετέλεσε ένα ακόμη λόγο για τον σταδιακό εξελληνισμό αρκετών απ' αυτούς.
Σκληροί διωγμοί της Ορθόδοξης Εκκλησίας της Κύπρου αναφέρονται μέχρι και τα μέσα του 14ου αιώνα, ενώ στη συνέχεια η ήδη αρκετά μακρά συμβίωση των δυο Εκκλησιών είχε καταλήξει σε μια πρακτική ανεκτικότητας της μιας έναντι της άλλης, αν και η αντιπαράθεση δεν έπαυσε. Από την αρχή της Φραγκοκρατίας η Λατινική Εκκλησία είχε κάθε μέσο, κάθε δύναμη και κάθε υποστήριξη για να επιβληθεί. Δεν το κατόρθωσε. Αντίθετα, η Ορθόδοξη Εκκλησία δεν είχε κανένα μέσο άμυνας, εκτός από την (κατά καιρούς μόνο) ηθική απλώς υποστήριξη της Κωνσταντινουπόλεως. Είχε όμως και το βασικότατο προσόν ότι δεν ήταν Εκκλησία μεταφυτευμένη σε ένα ξένο τόπο (όπως η Λατινική) αλλά ήταν ριζωμένη βαθιά στο νησί κι είχε πίσω της το τόσο μακρύ βυζαντινό παρελθόν της. Φαίνεται ακόμη ότι κατείχε άριστα την τέχνη του ελιγμού και της επιβίωσης, στοιχεία που αρκετοί εντάσσουν στο πολιτικοκοινωνικό πλαίσιο δράσης που περιφρονητικά ονομάζουν «βυζαντινισμό» ο οποίος όμως απεδείχθη σωτήριος σε όσες περιπτώσεις ο Ελληνισμός του νησιού βρέθηκε σε κατάσταση σκληρής σκλαβιάς. Και δεν είναι τυχαίο το ότι απ' όλα τα ίχνη όσων πέρασαν κατά καιρούς από την Κύπρο και διάβηκαν, εκείνα που έχουν ως σήμερα την ίδια λειτουργικότητα δεν είναι παρά τα μικρά βυζαντινά εκκλησάκια τα κατάσπαρτα σ' ολόκληρη την Κύπρο.
Υπήρξαν, βέβαια, περιπτώσεις Ελλήνων Ορθοδόξων επισκόπων που αποδείχθηκαν λατινίζοντες ή αναγκαστικοί φίλοι των Λατίνων, προκειμένου να επιβιώσουν, όπως στην υπηρεσία των Φράγκων κυριάρχων βρέθηκαν και διάφοροι Κύπριοι λαϊκοί που μάλιστα στρέφονταν και κατά των συμπατριωτών τους προκειμένου να φανούν αρεστοί στους αφέντες και να επιβιώσουν κι αυτοί. Όπως, αντίθετα, υπήρξαν και αρκετές περιπτώσεις εντελώς ασυμβίβαστων Ελλήνων Κυπρίων κληρικών και λαϊκών που υπέστησαν μαρτύρια χωρίς να υποκύψουν. Γενικά, πάντως, η Ορθόδοξη Εκκλησία της Κύπρου όχι μόνο μπόρεσε να επιβιώσει στα τόσο δύσκολα γι’ αυτήν χρόνια της Φραγκοκρατίας , αλλά να φέρει σε πέρας, ως ένα πολύ μεγάλο βαθμό, τη διπλή αποστολή της: την διατήρηση αφενός της Ορθόδοξης βυζαντινής παράδοσης και αφετέρου της ελληνικότητας της Κύπρου. Παρά το ότι κοντά στα τόσα άλλα τεράστια προβλήματα υπήρχε και τεράστιο πρόβλημα ελληνικής εκπαίδευσης, ωστόσο οι συνήθως ελάχιστα μορφωμένοι ιεράρχες της Ορθόδοξης Εκκλησίας και οι καθόλου μορφωμένοι λοιποί κληρικοί και τρόφιμοι των Ορθοδόξων μοναστηριών της Κύπρου κατόρθωσαν να κρατήσουν άσβεστη καθ' όλη την περίοδο της Φραγκοκρατίας τη φλόγα της Ορθόδοξης πίστης και να κρατήσουν συσπειρωμένη τη μεγάλη μάζα του ντόπιου πληθυσμού, ακόμη και να συντηρήσουν και διατηρήσουν κι αυτή την ίδια την ελληνική γλώσσα. Και τούτο απετέλεσε, ασφαλώς, τεράστιο επίτευγμα.
ΣΗΜ: Βλέπε και ειδικά κεφάλαια στο λήμμα Εκκλησία Κύπρου.