Οι πόροι για συντήρηση της Λατινικής Εκκλησίας στην Κύπρο προέρχονταν τόσο από την εκμετάλλευση κτημάτων που της είχαν παραχωρηθεί, όσο κι από ειδική φορολογία (δεκάτη) που πιο πριν λάβαινε η Ορθόδοξη Εκκλησία. Ο Estienne de Lusignan λέγει ότι κατά τον 15ο αιώνα ο συνολικός αριθμός των χωριών της Κύπρου ήταν περίπου 850, που ήταν κατανεμημένα ως βασιλικές περιουσίες, ως ιδιωτικές περιουσίες κι ως περιουσίες του Λατινικού κλήρου. Περισσότερα των μισών από αυτά τα χωριά ανήκαν στον βασιλιά, ενώ τα υπόλοιπα ήταν ιδιωτικά φέουδα των ευγενών και του κλήρου. Ο Λατίνος αρχιεπίσκοπος Λευκωσίας κατείχε 9 χωριά, οι επίσκοποι Πάφου και Λεμεσού από 3 κι ο επίσκοπος Αμμοχώστου 2.
Ο de Mas Latrie αμφισβητεί την ορθότητα της άποψης ότι οι πόροι της Λατινικής Εκκλησίας της Κύπρου προέρχονταν από «χονδρική ληστεία» (φορολογία της δεκάτης κι εκμετάλλευση χωριών κι ανθρώπων), υποστηρίζοντας ότι τα κτήματα με τα οποία η Λατινική Εκκλησία είχε προικοδοτηθεί προέρχονταν από δημόσιες περιουσίες των Βυζαντινών χρόνων κι από περιουσίες που εγκαταλείφθηκαν από τους (αριστοκράτες) ιδιοκτήτες των μετά την απόκτηση της Κύπρου από τους Σταυροφόρους. Όμως η προσπάθειά του να μειώσει την αγριότητα της συμπεριφοράς της Δυτικής Εκκλησίας προς την Ορθόδοξη της Κύπρου, πλήττεται από τη μαρτυρία του χρονογράφου Λεοντίου Μαχαιρά που σαφώς λέγει ότι:
...Τότε ὁ βασιλεύς [=ο αυτοκράτορας της Κωνσταντινουπόλεως] θωρῶντα τήν στενήν ζωήν τούς ἀρχιερεῖς τῆς Κύπρου [=των Ορθοδόξων αρχιερέων] ὅτι δέν εἶχαν δέκατον τῆς ἐκκλησίας... ἔδωκέ τους χωργιά καί ἄλλα εἰσσοδέματα τοῦ πασανοῦ κατά τοῦ ἐφάνην. Καί τοιούτως ἐσηκῶσαν τα οἱ ρηγάδες ἀπέ τούς ἐπισκόπους διά ἀφορμές, καί ὡς τήν σήμμερον ἔχουν τα καί χαρίζουν τα τούς καβαλλάριδες κ' ἐκεῖνοι διδοῦν τα τούς κλερικούς καί ὄπου τούς φανῇ. Τά ἐμεῖναν εἰς τό χέριν τούς ἐπισκόπους τούς Ρωμαίους ἐσηκῶσαν τα καί ἔδωκάν τα τούς Λατίνους (Μαχαιράς, Χρονικόν, παρ. 29).
Συνεπώς ο χρονογράφος λέγει εδώ σαφώς ότι οι περιουσίες τις οποίες η Ορθόδοξη Εκκλησία απέκτησε κατά τα Βυζαντινά χρόνια από δωρεές των αυτοκρατόρων της Κωνσταντινουπόλεως, αφαιρέθηκαν απ' αυτήν και δόθηκαν στη Λατινική Εκκλησία.
Η μεταβίβαση αυτή θα πρέπει να είχε αρχίσει από τα πρώτα χρόνια της ζωής του μεσαιωνικού βασιλείου της Κύπρου και ολοκληρώθηκε σταδιακά, ενώ με τον καιρό η Λατινική Εκκλησία αποκτούσε όλο και περισσότερα δικαιώματα. Με πρωτόκολλο του Οκτώβρη του 1220, η αντιβασίλισσα Αλίκη, μητέρα του ανήλικου βασιλιά Ερρίκου Α' (1218-1253) αποδέχθηκε τους ακόλουθους σημαντικούς όρους: α) να καταβάλλονται στους Λατίνους επισκόπους και στους διαδόχους των τα δέκατα από το εισόδημα κάθε βασιλικού κτήματος και κάθε ιδιωτικού φέουδου, κατά τα ήθη κι έθιμα του βασιλείου των Ιεροσολύμων, και β) να παραιτηθεί το βασίλειο από το δικαίωμα είσπραξης κεφαλικού φόρου από τους δούλους των κτημάτων της Λατινικής Εκκλησίας κι από τους λοιπούς φόρους επί των ιδίων κτημάτων (βέβαια η φοροαπαλλαγή δεν ωφελούσε καθόλου τους δούλους, απλώς τους φόρους που αυτοί συνέχιζαν να καταβάλλουν καρπωνόταν η Λατινική Εκκλησία αντί το κράτος).
Βέβαια για τα θέματα αυτά, που ήταν οικονομικά, δεν υπήρξε τελεσίδικη ρύθμιση. Αντίθετα, οι συνεχείς απαιτήσεις της Λατινικής Εκκλησίας δημιουργούσαν αρκετά συχνά όξυνση των σχέσεων της με το βασίλειο και προκαλούσαν έριδες. Ιδίως αναφέρονται, καθ' όλη σχεδόν την περίοδο της Φραγκοκρατίας , συνεχείς έριδες για το θέμα του φόρου της δεκάτης που λάβαινε η Λατινική Εκκλησία της Κύπρου. Στο θέμα δε αυτό είχαν κατά καιρούς αναμειχθεί και διάφοροι πάπες της Ρώμης.
Χωριστούς οικονομικούς πόρους είχαν κι ο καθεδρικός ναός της Αγίας Σοφίας στη Λευκωσία, όπως και οι άλλες εκκλησίες των Λατίνων στις διάφορες πόλεις. Έτσι, τόσο ο Λατινικός κλήρος όσο και οι ευγενείς φεουδάρχες και, βέβαια, αυτή η ίδια η βασιλική οικογένεια, ήταν σε θέση να ζουν με χλιδή και πολυτέλεια, να διάγουν έκλυτο βίο με λαμπρά παλάτια και να εκμεταλλεύονται στο έπακρο τον μόχθο του ντόπιου πληθυσμού.
Οι ανώτατοι Λατίνοι κληρικοί στην Κύπρο, φορτωμένοι με υπερπρονόμια και με εξασφαλισμένα τα υψηλά εισοδήματα για τη συντήρηση τους, πολλές φορές γίνονταν υπερόπτες, σκληροί, απάνθρωποι, εγωιστές, ασεβείς και κάθε άλλο που ήταν άκρως αντίθετο προς το σχήμα και το αξίωμα τους. Ο Δομινικανός μοναχός Felix Faber, που είχε επισκεφθεί την Κύπρο το 1483, ομιλεί με πολλή περιφρόνηση για τους Λατίνους κληρικούς της Κύπρου τότε, βασικά τους ανώτατους ιεράρχες, που αφήνει να νοηθεί ότι εξασφάλιζαν την αναρρίχησή τους στους θρόνους των όχι επειδή ήταν άξιοι αλλά με κολακείες κι άλλους τρόπους. Προσθέτει δε ότι στην Κύπρο, που περιβαλλόταν από όχι Χριστιανούς και στην οποία κατοικούσαν πολλοί Ορθόδοξοι, Αρμένιοι και άλλοι, οι επίσκοποι της Λατινικής Εκκλησίας θα έπρεπε να φρόντιζαν για τον προσηλυτισμό των «αιρετικών» αυτών αντί ν' ασχολούνται με τη δική τους καλοπέραση. Διερωτάται μάλιστα πως δεν είχε ακόμη εξαφανισθεί από την Κύπρο το όνομα του Χριστού, λόγω της συμπεριφοράς των Λατίνων κληρικών. Ιδιαίτερα αναφέρει αισχρό επεισόδιο με πρωταγωνιστή τον τότε Λατίνο επίσκοπο Πάφου, που ο ίδιος ο Felix Faber είχε δει: επρόκειτο για βάναυση συμπεριφορά του προς (επίσης Λατίνους) ταξιδιώτες κληρικούς, προσκυνητές στους Αγίους Τόπους۠ τέτοια προκλητική και βίαιη ήταν η συμπεριφορά του επισκόπου, ώστε μερικοί παρευρισκόμενοι ιππότες όρμησαν να τον χτυπήσουν, με αποτέλεσμα να τραπεί σε φυγή. Τον τότε επίσκοπο Πάφου (ήταν πιθανώς ο Σίμων ντε Μπαλτσινόλα, Δομινικανός, που ανήκε στο ίδιο τάγμα με τον Felix Faber), o Faber περιγράφει ως νέον, χωρίς γενειάδα, έχοντας όψη και ήθος γυναίκας, με πολυτελές καμηλό ένδυμα με ουρά, όπως των γυναικών, αντί μοναχικού ενδύματος, με τα δάκτυλα του γεμάτα με πολύτιμα δακτυλίδια και χρυσή αλυσίδα στον λαιμό۠ συνεχώς, λέγει ο Faber, διαπληκτιζόταν με τους υπηρέτες του, ενώ καταφρονούσε όλους τους άλλους και σε κανένα δεν επέτρεπε να κάθεται κοντά του (βλέπε Excerpta Cypria, 1908, p. 47).
Αλλά υπάρχουν και μαρτυρίες για ακολασίες σε Λατινικά μοναστήρια. Γενικά δε οι Λατίνοι ιερωμένοι είχαν βρει έναν εντελώς δικό τους γλυκό «Παράδεισο» στην Κύπρο. Ωστόσο προσπάθειες προσηλυτισμού των Ελλήνων Ορθοδόξων και άλλων Χριστιανών που ζούσαν στην Κύπρο, γίνονταν. Αρκετές φορές μάλιστα οι προσπάθειες αυτές έφθαναν μέχρι τον βίαιο εξαναγκασμό. Αποκορύφωμα τέτοιων προσπαθειών ήταν το απεχθές και τρομερό έγκλημα της μαζικής δολοφονίας των 13 Ορθοδόξων μοναχών του μοναστηριού της Κα ντάρας το 1231, επειδή δεν είχαν αποδεχθεί να χρησιμοποιούν κατά τις ιεροτελεστίες άζυμο αντί ένζυμο άρτο (βλέπε λήμμα Καντάρας μοναχοί).