Η μακρά παραμονή των Φοινίκων στην Κύπρο κατέληξε στο να θεωρούνται κι αυτοί Κύπριοι ή, διαφορετικά, πολλοί Κύπριοι να θεωρούνται φοινικικής καταγωγής. Μεταξύ αυτών ήταν κι ο γνωστός αρχαίος φιλόσοφος Ζήνων* ο Κιτιεύς, τον οποίο, αρκετοί σύγχρονοί του αλλά και πολλοί μεταγενέστεροι και σύγχρονοι μελετητές θεωρούσαν Φοίνικα Κύπριο, όπως το ίδιο θεωρούσαν και τον πατέρα του, τον Μνασέα. Ο Ηρόδοτος (7.90), μιλώντας για την εθνική καταγωγή των Κυπρίων, γράφει ότι, όπως οι ίδιοι οι Κύπριοι έλεγαν, άλλοι απ' αυτούς κατάγονταν από το νησί της Σαλαμίνος κι από την Αθήνα, άλλοι από την Αρκαδία, άλλοι από το νησί της Κύθνου, άλλοι από τη Φοινίκη κι άλλοι από την Αιθιοπία:
...Τούτων δέ [Κυπρίων] τοσάδε ἔθνεά ἐστι, οἱ μέν ἀπό Σαλαμῖνος καί Ἀθηναίων, οἱ δέ ἀπό Ἀρκαδίης, οἱ δέ ἀπό Κύθνου, οἱ δέ ἀπό Φοινίκης, οἱ δέ ἀπό Αἰθιοπίης, ὡς αὐτοί Κύπριοι λέγουσιν...
Πολλοί, λοιπόν, από τους αρχαίους Κυπρίους εθεωρούντο Φοίνικες - ή φοινικικής καταγωγής, σωστότερα - και, κατά τον Ηρόδοτο, έτσι υποστήριζαν και οι ίδιοι, άρα κι έτσι αισθάνονταν. Η μεγάλη αυτή εθνική ομάδα της αρχαίας Κύπρου φαίνεται ότι αρχικά εξαρτάτο (όπως λέχθηκε και πιο πάνω) από τη Φοινίκη της οποίας πρωτεύουσα ήταν η Τύρος. Ή, τουλάχιστον, από τη Φοινίκη εξαρτάτο η φοινικική παροικία του Κπίου. Τούτο αφήνει να εννοηθεί σαφώς ο Ιώσηπος (Ἰουδαϊκή Ἀρχαιολογία, 9.283) που γράφει πως, κατ' επιβεβαίωση και του Μενάνδρου, όταν αποστάτησαν οι Κιτιείς, ο Ελουλαίος έπλευσε εναντίον τους (στην Κύπρο) και τους έθεσε και πάλι υπό τη δική του εξουσία. Τούτο υπολογίζεται ότι είχε συμβεί περί το 700 π.Χ., όταν στη Φοινίκη βασίλευε ο Ελουλαίος (Lulî), που είχε αντιμετωπίσει και την εισβολή των Ασσυρίων στη χώρα του.
Αργότερα, και ιδίως στους αιώνες ακμής των Φοινίκων της Κύπρου, δεν υπήρχε τέτοια απόλυτη εξάρτησή τους από τη Φοινίκη που, εξ άλλου, κι αυτή βρισκόταν υπό την κυριαρχία των Περσών πλέον.
Ο Διόδωρος Σικελιώτης (Βιβλιοθήκη Ἱστορική, 1,68.1) αφηγείται ένα επεισόδιο που υπολογίζεται ότι συνέβη περί το 575 π.Χ. Πρόκειται για εκστρατεία του Αιγυπτίου ηγεμόνα Απρίη κατά της Φοινίκης και της Κύπρου (ἐπί Κύπρον καί Φοινίκην), που κατέλαβε τη Σιδώνα κι άλλες πόλεις της Φοινίκης και νίκησε, σε μεγάλη ναυμαχία, τους Φοίνικες και τους Κυπρίους (ἐνίκησε δέ καί ναυμαχίᾳ μεγάλῃ Φοίνικάς τε καί Κυπρίους...). Το επεισόδιο αυτό φανερώνει συνεργασία μεταξύ των Φοινίκων και των Κυπρίων (ή πιθανώς των Φοινίκων και των Φοινίκων της Κύπρου), όταν οι εξελίξεις το επέβαλαν. Τέτοιου είδους συνεργασίες αναφέρονται αρκετές αργότερα, σε διάφορες περιπτώσεις.
Ωστόσο κατά τη μακρά περίοδο της περσικής κυριαρχίας τα πράγματα ήταν αρκετά πολύπλοκα. Κατ' αρχήν η ίδια η Φοινίκη είχε ευμενή μεταχείριση από τους Πέρσες γιατί η ίδια αναγνώρισε, οικειοθελώς, την επικυριαρχία τους. Το ίδιο συνέβη, βέβαια, και με την Κύπρο, αλλά οι εξελίξεις συχνά έφερναν σε αντιπαράθεση τους Κυπρίους προς τους Φοίνικες ή και τους Φοίνικες της Κύπρου. Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελεί η επανάσταση των Κυπρίων, με αρχηγό τον Ονήσιλο της Σαλαμίνος, κατά των Περσών το 499 π.Χ. Η κυπριακή εκείνη επανάσταση έγινε με τη συνεργασία των Ελλήνων της Ιωνίας, που βοήθησαν τον Ονήσιλο, αλλά και κατεστάλη από τους Πέρσες που βοηθήθηκαν από τους Φοίνικες και, κυρίως, από το ναυτικό της Φοινίκης. Και οι μεν Κύπριοι αντιμετώπισαν στη ξηρά τον πεζικό στρατό των Περσών, από τον οποίο και ηττήθηκαν, οι δε Ίωνες αντιμετώπισαν, στη θαλάσσια περιοχή της κυπριακής Σαλαμίνος, το ναυτικό της Φοινίκης, το οποίο και κατανίκησαν.
Στην Κύπρο, ιδίως κατά τον 5ο και τον 4ο π.Χ. αιώνα, εσυναντώντο κι αντιπαρατίθεντο οι μεγάλες δυνάμεις της εποχής εκείνης, δηλαδή οι Έλληνες (βασικά οι Αθηναίοι) και οι Πέρσες. Και οι μεν και οι δε προσπαθούσαν να έχουν φίλους και συμμάχους στην Κύπρο και στις γειτονικές της χώρες, ενώ οι κυπριακές πόλεις, τόσο οι ελληνικές όσο και οι φοινικικές, συχνά ήταν υποχρεωμένες να χαράσσουν την κατάλληλη πολιτική και να κάνουν τις (δύσκολες) επιλογές που νόμιζαν ότι ήταν οι καλύτερες κι ευνοϊκότερες για τις ίδιες.
Όπως προκύπτει, εξάλλου, κι από την ανάλυση των γεγονότων, οι Πέρσες ασκούσαν μια επιτυχημένη πολιτική έναντι της Κύπρου που πάντοτε στόχευε στην εξασφάλιση μιας «ισορροπίας» μεταξύ των Ελλήνων και των Φοινίκων του νησιού. Έτσι, το νησί εκρατείτο διασπασμένο και το «ισοζύγιο» των δυνάμεων δεν επέτρεπε την επιβολή του ενός επί του άλλου. Δεδομένου δε ότι οι Πέρσες δεν είχαν δικό τους ναυτικό, αλλά χρησιμοποιούσαν το ναυτικό των Κυπρίων, των Φοινίκων, των Κιλίκων και άλλων στην Ανατολική Μεσόγειο, αυτό το «ισοζύγιο» τους ήταν απαραίτητο γιατί, σε περιπτώσεις εξεγέρσεων (κι υπήρξαν αρκετές σ' ολόκληρη την Ανατολική Μεσόγειο), οι δυνάμεις των μεν χρησιμοποιούνταν από τους Πέρσες κατά των δε. Στην αρκετά περίπλοκη αυτή κατάσταση προστίθεντο και οι προσπάθειες των Αθηναίων (αλλά και άλλων Ελλήνων) να βρουν συμμάχους στην Κύπρο κι αλλού (όπως λ.χ. στην Αίγυπτο) προκειμένου να πλήξουν τους Πέρσες. Από την άλλη, οι Πέρσες χρησιμοποιούσαν τους Κυπρίους και άλλους κατά των Ελλήνων. Είναι γνωστό ότι στη μεγάλη εκστρατεία του Ξέρξη κατά της Ελλάδος, που κατέληξε στη συντριβή του, μετείχαν και Κύπριοι και Αιγύπτιοι και Φοίνικες (της Φοινίκης) και Σύροι. Οι Κύπριοι μάλιστα με ένα σύνολο από 150 καράβια (Ηρόδοτος, Ἱστορίαι, 7,90.1).
Λίγο αργότερα, γύρω στα 468 π.Χ., ο αθηναϊκός στόλος με αρχηγό τον Κίμωνα έπλευσε προς την Κύπρο (σύνολο 250 καράβια) και διεξήγαγε μια σκληρή αλλά νικηφόρα ναυμαχία κατά του ναυτικού των Περσών (σύνολο 340 καράβια) που το αποτελούσαν ναυτικές δυνάμεις της Κύπρου, της Φοινίκης και της Κιλικίας (Διόδωρος Σικελιώτης, 11,60.1-7). Υπάρχουν κι άλλες πηγές (λ.χ. Πλούταρχος) που ομιλούν για αγώνες του Κίμωνος και γενικά των Αθηναίων κατά Φοινίκων, Κυπρίων και Κιλίκων που όλοι ήταν υπόδουλοι στους Πέρσες. Ο Αίλιος Αριστείδης (Παναθηναϊκός, 151.19), λέγει ότι παρεῖσαν Ἀθηναῖοι δ’ οὐδέν ἀπείρατον τῆς ἑαυτῶν ἀρετῆς, ὁμοῦ μέν Φοίνιξι καί Κίλιξι καί Κυπρίοις ναυμαχοῦντες ἐν μέσῳ τῶν Αἰγυπτίων πελάγει...
Τελικά, όπως είναι γνωστό, ο Αθηναίος Κίμων πέθανε ενώ πολιορκούσε με τις ναυτικές του δυνάμεις το προπύργιο των Φοινίκων στην Κύπρο, δηλαδή την κυπριακή πόλη Κίτιον. Οι Αθηναίοι είχαν, επίσης, δράσει επανειλημμένα όχι μόνο στην Κύπρο αλλά και στις γύρω χώρες κι είχαν βοηθήσει τους Αιγυπτίους να επαναστατήσουν κατά των Περσών.
Μέσα σ' αυτή την πολύπλοκη κατάσταση, που κάλυπτε ολόκληρη την περιοχή της Ανατολικής Μεσογείου, επαναλαμβάνουμε ότι τα κυπριακά βασίλεια ακολουθούσαν άλλα φιλελληνική κι άλλα φιλοπερσική πολιτική, ενώ τα περισσότερα απ' αυτά είχαν Έλληνες βασιλιάδες ενώ άλλα Φοίνικες. Όλα αυτά τα βασίλεια προσπαθούσαν να επιβιώσουν και δρούσαν ανάλογα προς τις εκάστοτε καταστάσεις.
Ο σπουδαιότερος των αρχαίων βασιλιάδων των κυπριακών πόλεων, ο Ευαγόρας Α'* της Σαλαμίνος, ήταν εκείνος που προσπάθησε να συνενώσει (υπό τη δική του εξουσία βέβαια) ολόκληρη την Κύπρο. Προς τούτο είχε και τη βοήθεια των Αθηναίων, ενώ συμμάχησε και με τον βασιλιά Άκοριν της Αιγύπτου. Ήταν επόμενο, όμως, να έλθει σε σύγκρουση και με τους Φοίνικες, τους οποίους πολέμησε και στην ίδια την Κύπρο αλλά και στη Φοινίκη στην οποία εξεστράτευσε. Όπως λέγει ο Διόδωρος Σικελιώτης, ο Ευαγόρας ἐκυρίευσε δέ κατά μέν τήν Κύπρον τῶν πόλεων σχεδόν τι τό πλέον [=έγινε κύριος των περισσοτέρων πόλεων], κατά δέ τήν Φοινίκην Τύρου καί τινῶν ἑτέρων. Αναφέρει ακόμη, ο ίδιος συγγραφέας ότι στο ναυτικό του ο Ευαγόρας είχε και 20 τριήρεις από την Τύρο (που πιθανώς είχε κυριεύσει από τη φοινικική αυτή πόλη). Την κατάκτηση της Τύρου από τον Ευαγόρα αναφέρει κι ο Ισοκράτης (Πανηγυρικός, 161), που προσθέτει ότι ο Κύπριος βασιλιάς επέφερε καταστροφές κι αναστατώσεις και στη Φοινίκη ολόκληρη και στη Συρία. Ο Ισοκράτης (Φίλιππος, 102), λέγει ότι και η Κύπρος και η Φοινίκη και η Κιλικία είχαν επαναστατήσει τότε κατά των Περσών. Αλλού δε (Εὐαγόρας, 62), αναφέρει ότι ο Ευαγόρας είχε λεηλατήσει τη Φοινίκη, είχε καταλάβει την Τύρο κι είχε ξεσηκώσει σ' επανάσταση κατά των Περσών την Κιλικία (Φοινίκην δ' ἐπόρθησε, Τύρον δέ κατά κράτος εἶλε, Κιλικίαν δέ βασιλέως ἀπέστησε... ).Η κατάληψη της Τύρου από τον Ευαγόρα υπολογίζεται ότι συνέβηκε το 386 π.Χ.
Τελικά, όπως είναι γνωστό, ο Ευαγόρας δεν κατόρθωσε να ολοκληρώσει τα σχέδιά του κι αναγκάστηκε να συνθηκολογήσει με τους Πέρσες.
Μια νέα επανάσταση κατά των Περσών έγινε στην Κύπρο το 351 π.Χ., που ακολούθησε επαναστάσεις κατά της περσικής κυριαρχίας στην Αίγυπτο και στη Φοινίκη. Εδώ, συνεπώς, έχουμε έναν κοινό, και πάλι, αγώνα Κυπρίων κι Αιγυπτίων κατά των Περσών, όμως αυτή τη φορά και με συμμετοχή της Φοινίκης που λίγα χρόνια πιο πριν ο Ευαγόρας πολεμούσε. Οι εξεγέρσεις αυτές απέτυχαν και πάλι.
Τελευταία σημαντικά γεγονότα που σχετίζονται άμεσα με την Κύπρο, τους Φοίνικες της Κύπρου και τη Φοινίκη ήταν η εκστρατεία του Μεγάλου Αλεξάνδρου και οι εξελίξεις μετά τον θάνατό του. Όπως είναι γνωστό, μετά τις πρώτες λαμπρές νίκες του Μεγάλου Αλεξάνδρου κατά των Περσών όλοι οι Κύπριοι βασιλιάδες έσπευσαν να συμπαραταχθούν μαζί του, εξασφαλίζοντας έτσι την εύνοια του Μακεδόνα στρατηλάτη και την παραμονή τους στους θρόνους των. Το ναυτικό των Κυπρίων τέθηκε υπό τις διαταγές του Αλεξάνδρου και η συμβολή του ήταν σημαντική στην πολιορκία και άλωση της Τύρου.
Ακόμη κι ο Φοίνικας βασιλιάς του Κιτίου, ο Πουμιάθων, είχε σπεύσει να υποστηρίξει τον Αλέξανδρο, προς τον οποίο προσέφερε κι ακριβά δώρα, έστω κι αν ο Αλέξανδρος είχε βαδίσει κατά της Φοινίκης. Έτσι ο Πουμιάθων διατήρησε τον θρόνο του στο Κίτιον, αλλά του αφαιρέθηκε από τον Αλέξανδρο η Ταμασσός με τα μεταλλεία της, που εδόθη στον βασιλιά της Σαλαμίνος Πνυταγόρα. Η πράξη αυτή του Αλεξάνδρου, που αναφέρεται από τον Αθήναιο (Δειπνοσοφισταί, 4.167, ο οποίος αντλεί από μη σωζόμενο σύγγραμμα του Δούρι), ίσως σκόπευε στην αποδυνάμωση του Φοίνικα βασιλιά του Κιτίου (του μοναδικού Φοίνικα που βασίλευε αυτή την εποχή στην Κύπρο, ενώ όλα τα άλλα βασίλεια του νησιού είχαν Έλληνες βασιλιάδες) και στην περαιτέρω ενίσχυση του πιστότερου στον ίδιο τον Αλέξανδρο Κυπρίου βασιλιά, του Πνυταγόρα της Σαλαμίνος.
Οι Κύπριοι βασιλιάδες διοργάνωσαν, στη Φοινίκη, λαμπρές εκδηλώσεις για να τιμήσουν τον Αλέξανδρο. Το δε ναυτικό των Κυπρίων, όπως και το ναυτικό των υποταγμένων Φοινίκων, καθώς και άλλα καράβια που ναυπηγήθηκαν για λογαριασμό του Αλεξάνδρου στη Φοινίκη, παρέμειναν στην υπηρεσία του. Έχουμε, λοιπόν τώρα μια νέα κατάσταση όπου κυπριακά και φοινικικά καράβια, που λίγο πιο πριν συγκρούονταν στην Τύρο, δρουν συμμαχικά και συνεργάζονται, ενταγμένα στις δυνάμεις του Αλεξάνδρου.
Μετά τον θάνατο του Αλεξάνδρου διεκδίκησαν την Κύπρο δυο των διαδόχων του, ο Πτολεμαίος ο Λάγου και ο Αντίγονος. Οι Κύπριοι βασιλιάδες βρέθηκαν ξανά στη δύσκολη θέση να κάνουν νέες επιλογές και να συνάψουν νέες συμμαχίες. Άλλοι τάχθηκαν με το μέρος του Πτολεμαίου κι άλλοι με το μέρος του Αντιγόνου. Ο δυστυχής Φοίνικας βασιλιάς του Κιτίου, ο Πουμιάθων, επέλεξε τη συμμαχία με τον Αντίγονο οπότε πολιορκήθηκε στο Κίτιον από τους Κυπρίους υποστηρικτές του Πτολεμαίου μ' επικεφαλής τον βασιλιά Νικοκρέοντα της Σαλαμίνος (Διόδωρος Σικελιώτης, 19.62,6). Τελικά (312 π.Χ.) ο ίδιος ο Πτολεμαίος ήλθε στην Κύπρο όπου κυρίευσε τις πόλεις που είχαν συμμαχήσει με τον Αντίγονο, τον δε βασιλιά του Κιτίου Πουμιάθωνα (ο Διόδωρος Σικελιώτης, 19.79,4, ονομάζει Πυγμαλίωνα) τον εκτέλεσε. Τότε τα κυπριακά βασίλεια καταργήθηκαν και, ύστερα από σκληρό πόλεμο του Πτολεμαίου κατά του Δημητρίου του Πολιορκητή, η Κύπρος εντάχθηκε οριστικά στο Πτολεμαϊκό κράτος. Έκτοτε δεν έχουν πλέον ρόλο στις κυπριακές εξελίξεις οι Φοίνικες ως χωριστή εθνική ομάδα. Οι Φοίνικες (ως κάτοικοι της Φοινίκης και όχι και της Κύπρου), απαντώνται και κατά τα Ρωμαϊκά χρόνια να συνεργάζονται, σε μερικές περιπτώσεις, με τους Κυπρίους. Όπως λ.χ. το 323 μ.Χ. οπότε στον αγώνα του Λικινίου κατά του Μεγάλου Κωνσταντίνου ο πρώτος σχημάτισε ναυτικό με καράβια από την Κύπρο, τη Φοινίκη, την Ιωνία, την Καρία κι άλλα μέρη. Όμως, στο πλαίσιο αχανών αυτοκρατοριών, η Φοινίκη χάνεται αφού διαφοροποιείται, ενώ η Κύπρος δεν διακρίνεται πλέον ως κατοικούμενη από διαφορετικές εθνικές ομάδες αλλά από Κυπρίους, κοντά στους οποίους ζουν μειονότητες, όπως οι Εβραίοι.