Οροσειρά του Πενταδάκτυλου: Από τους δευτερεύοντες ή δευτέρας τάξεως υδροφορείς, ο υδροφορέας της οροσειράς του Πενταδάκτυλου είναι ο πιο σημαντικός. Οι διάφοροι σχηματισμοί των μεσοζωϊκών ασβεστόλιθων και δολομιτικών ασβεστόλιθων καλύπτουν μια έκταση 69 τετραγωνικών χιλιομέτρων. Είναι έντονα τεκτονισμένοι μέχρι καταθρυμματισμένοι και καρστικοποιημένοι, και ως εκ τούτου αποτελούν ένα θαυμάσιο υδροφορέα. Οι ασβεστόλιθοι όμως, λόγω της πολύπλοκης τεκτονικής ιστορίας της οροσειράς, απαντώνται ως τεράστια τεμάχια βυθισμένα ή επικαθήμενα σε νεότερους αδιαπέραστους σχηματισμούς όπως της Λαπήθου (μάργες και κιμωλίες) και Κυθρέας (φλύσχης) (βλέπε λήμμα οροσειρές), οι οποίοι αποτελούν και τα όρια του υδροφορέα. Λόγω αυτής της ιδιάζουσας δομής, ο υδροφορέας των ασβεστόλιθων διασπάται σε επί μέρους περιοχές ή διαμερίσματα, στο κάθε ένα από τα οποία αναπτύσσεται καρστική πηγή (ή πηγές) στην επαφή μεταξύ ασβεστόλιθων και των υποκείμενων αδιαπέραστων στρωμάτων (πηγές επαφής ή υπερπλήρωσης). Η έκταση που καλύπτει κάθε «διαμέρισμα» μπορεί να εξαχθεί από την απόδοση και τη σταθερότητα της πηγής.
Το υψόμετρο στο οποίο εντοπίζεται το υπόγειο νερό κυμαίνεται μεταξύ 100 και 250 μέτρων και δεν υπάρχει οποιαδήποτε ένδειξη ότι μέρος του νερού αυτού διαφεύγει μέσω των υποκείμενων στρωμάτων προς τη θάλασσα.
Ο ετήσιος εμπλουτισμός του ασβεστολιθικού υδροφορέα που προέρχεται εξ ολοκλήρου από τη βροχόπτωση υπολογίζεται σε 11 εκατομμύρια κυβικά μέτρα, η δε ετήσια απόδοση των πέντε κυριοτέρων πηγών ανέρχεται σε 8 εκατομμύρια μ3 και των διαφόρων υδρογεωτρήσεων σε 1,3 εκατ. μ3 (στοιχεία 1973).
Οροσειρά του Τροόδους: Μέχρι τις αρχές της δεκαετίας του 1970 τα εκρηξιγενή πετρώματα του Οφιολιθικού Συμπλέγματος του Τροόδους εθεωρούντο πρακτικά σαν μη υδροπερατά και κατά συνέπεια χωρίς υδρογεωλογικό ενδιαφέρον. Ύστερα όμως από συστηματική μελέτη των γεωλογικών, τεκτονικών και υδρογεωλογικών στοιχείων, το Τμήμα Γεωλογικής Επισκοπήσεως κατέληξε στο συμπέρασμα ότι ένα ποσοστό 20-40% από την ετήσια βροχόπτωση, τουλάχιστον για το κεντρικό τμήμα του Τροόδους (Πλουτώνιο Σύμπλεγμα), διεισδύει κατά μήκος ρωγμών και θρυμματισμένων ζωνών και εμπλουτίζει υπόγειους υδροφορείς που περιορίζονται κατά μήκος των τεκτονικών αυτών ζωνών ή άλλων υπογείων συστημάτων ρηξιγενών ζωνών που συνδέονται μεταξύ τους. Μέρος του νερού αυτού εξέρχεται υπό μορφή πηγών που αναπτύχθηκαν στην περιφέρεια του Τροόδους, το δε υπόλοιπο παραμένει εντός των γραμμικών υδροφορέων και το οποίο θα μπορούσε να αξιοποιηθεί με γεωτρήσεις. Πράγματι, τα αποτελέσματα του γεωτρητικού προγράμματος που ακολούθησε ήταν όχι μόνο θετικά αλλά σε ορισμένες περιπτώσεις θεαματικά. Σημαντικός αριθμός υδρογεωτρήσεων που ανορύχθηκαν με βάση γεωλογικά και γεωφυσικά δεδομένα, έχουν μέση ωριαία απόδοση πέραν των 100 μ3. Από τα εκρηξιγενή πετρώματα του Τροόδους το πέτρωμα με τις καλύτερες πιθανότητες για εντοπισμό υπόγειου νερού είναι ο γάββρος και ακολουθούν ο διαβάσης και οι λάβες. Ο εντοπισμός υπόγειου νερού στο Τρόοδος και η αξιοποίησή του με γεωτρήσεις είχε θετικό αντίκτυπο στην ανάπτυξη των κοινοτήτων της περιοχής.
Εκτός από τις οροσειρές του Πενταδάκτυλου και του Τροόδους, άλλοι δευτέρας τάξεως υδροφορείς, αλλά σημαντικοί στην ανάπτυξη ορισμένων περιοχών του νησιού, είναι οι υδροφορείς των κοιτών των μεγάλων ποταμών όπως του Πεντάσχοινου, της Γερμασόγειας, του Κούρη, του Ξεροπόταμου, της Έζουσας και των παραλιακών πεδιάδων της Κερύνειας, της Λάρνακας, της Πάφου και της Πόλης. Οι υδροφορείς των κοιτών των ποταμών, όπως είναι φυσικό, αποτελούνται από αμμοχάλικα, προϊόντα διάβρωσης κυρίως των εκρηξιγενών πετρωμάτων του Τροόδους, από το οποίο πηγάζουν οι ποταμοί, οι δε υδροφορείς των παραλιακών πεδιάδων συνίστανται κυρίως από ασβεστολιθικούς ψαμμίτες και σε μικρότερη αναλογία από άμμους και χαλίκια.