Οι υδροφορείς της Κύπρου διακρίνονται σε δυο κατηγορίες, τους κύριους ή πρώτης τάξεως και τους δευτερεύοντες ή δευτέρας τάξεως. Στην πρώτη κατηγορία περιλαμβάνονται η Δυτική Μεσαορία ή Μόρφου, η Νοτιοανατολική Μεσαορία ή Αμμοχώστου και του Ακρωτηρίου. Στη δεύτερη κατηγορία περιλαμβάνονται οι οροσειρές του Πενταδάκτυλου και Τροόδους, οι υπόλοιπες παράκτιες πεδιάδες και οι κοίτες των μεγάλων ποταμών.
Δυτική Μεσαορία: Ο υδροφορέας της Δυτικής Μεσαορίας ή Μόρφου είναι ο σημαντικότερος της Κύπρου και συνίσταται από χαλίκια, άμμους και ασβεστολιθικούς ψαμμίτες με παρεμβολές εκτεταμένων φακών από ιλύ και αργίλους. Συνολικά καλύπτει μια έκταση 400 τετραγωνικών χιλιομέτρων. Έχει σχήμα ημικυπελοειδές και μέγιστο πάχος 100 και πλέον μέτρα που εντοπίζεται κοντά στον κόλπο της Μόρφου. Η βάση του υδροφορέα αποτελείται από αδιαπέραστα αργιλικής σύστασης στρώματα μεγάλου πάχους, κυρίως μάργες πλειοκαινικής ηλικίας.
Με βάση τη λιθολογία και τη διεύθυνση ροής του υπόγειου νερού, ο υδροφορέας υποδιαιρείται σε δυο τμήματα, το ανατολικό και το δυτικό. Το ανατολικό τμήμα αποτελείται κυρίως από ασβεστολιθικούς ψαμμίτες με διεύθυνση ροής του υπόγειου νερού προς βορρά. Αντίθετα το δυτικό μέρος αποτελείται από προσχώσεις των μεγάλων ποταμών της περιοχής όπως του Ακακίου, της Περιστερώνας, του Σερράχη, του Οβγού και της Ελιάς, οι οποίες συνίστανται από χαλίκια και άμμους με παρεμβολές ζωνών ή φακών από ιλύ και αργίλους. Η διεύθυνση της ροής του υπόγειου νερού είναι προς βορρά, δηλαδή προς τον κόλπο της Μόρφου. Η διαφυγή όμως νερού προς τη θάλασσα σήμερα είναι μηδαμινή, αν όχι ανύπαρκτη, λόγω του ότι η στάθμη του υπόγειου νερού είναι μεταξύ 1 και 25 μέτρα κάτω από την επιφάνεια της θάλασσας. Η σημαντική αυτή πτώση της στάθμης του υπόγειου νερού, που οφείλεται στην υπεράντληση, είχε σαν αποτέλεσμα τη διείσδυση του θαλάσσιου νερού και την καταστροφή του υδροφορέα σε βάθος 2 και πλέον χιλιομέτρων από την ακτή (στοιχεία του 1973). Για να καταδειχθεί ο βαθμός της υπερεκμετάλλευσης του υδροφορέα στις δεκαετίες 1950 και 1960, αναφέρεται ότι τρεις γεωτρήσεις που ανορύχθηκαν το 1940-1941 στο δέλτα του ποταμού Σερράχη παρά την ακτή, είχαν αρτεσιανή ροή 180 μ3 την ώρα.
Στο ανατολικό τμήμα του υδροφορέα η ωριαία απόδοση των γεωτρήσεων κυμαίνεται μεταξύ 10 και 30 μ3, ενώ στο δυτικό μεταξύ 40 και 300 μ3.
Ο ετήσιος εμπλουτισμός του υδροφορέα της Δυτικής Μεσαορίας ανέρχεται στα 60 περίπου εκατομμύρια μ3 και προέρχεται από το νερό των ποταμών της περιοχής, της βροχόπτωσης και των τριών εμπλουτιστικών φραγμάτων που κατασκεύασε προς τον σκοπό αυτό η κυβέρνηση πριν από την τουρκική εισβολή του 1974, δηλαδή της Μόρφου (χωρητικότητας 1.879.000 μ3), του Οβγού (845.000 μ3) και των Μασάρων (2.273.000 μ3). Αντίθετα η ολική ετήσια ποσότητα νερού που αντλείται ανέρχεται στα 80 και πλέον εκατομμύρια κυβικά μέτρα. Με την πάροδο του χρόνου το ετήσιο έλλειμμα στο υδατικό ισοζύγιο είχε τα δυσμενή αποτελέσματα που αναφέρθηκαν πιο πάνω, δηλαδή τη διείσδυση του θαλάσσιου νερού και τη μόλυνση του υδροφορέα σε βάθος 2 και πλέον χιλιομέτρων από την ακτή.
Νοτιοανατολική Μεσαορία: Ο υδροφορέας της Νοτιοανατολικής Μεσαορίας ή Αμμοχώστου καλύπτει μια έκταση 500 περίπου τετραγωνικών χιλιομέτρων και αποτελείται κυρίως από ασβεστολιθικούς ψαμμίτες, χαλίκια και άμμους πλειο-πλειστοκαινικής ηλικίας. Ο υδροφορέας υποδιαιρείται σε τέσσερις Υδρογεωλογικές Ζώνες:
Οι Ζώνες 1 και 4 καλύπτουν την ανατολική και νότια παράκτια περιοχή, αντιστοίχως. Αποτελούνται από ασβεστολιθικούς ψαμμίτες και άμμους πάχους 5-25 μέτρων. Στη νότια όμως παράκτια περιοχή οι διαπερατοί αυτοί σχηματισμοί βρίσκονται σε επαφή και υδραυλική συγκοινωνία με τον υφαλογενή ασβεστόλιθο, το πάχος του οποίου υπερβαίνει τα 200 μέτρα (ακρωτήριο Πύλα). Η υπερεκμετάλλευση του υδροφορέα είχε σαν επακόλουθο τη πτώση της στάθμης του υπόγειου νερού και τη διείσδυση του θαλάσσιου νερού καθ' όλο το μήκος της ανατολικής και νότιας ακτής, με αποτέλεσμα την αλμύρινση του υπόγειου γλυκού νερού. Η ωριαία απόδοση των γεωτρήσεων κυμαίνεται μεταξύ 2 και 20 μ3 στην ανατολική περιοχή (Ζώνη 1), και 5 μ3 στη νότια περιοχή (Ζώνη 4). Η Υδρογεωλογική Ζώνη 2 του υδροφορέα που καλύπτει την περιοχή μεταξύ Φρενάρους-Λιοπετρίου και Ορμίδειας, αποτελείται από σειρά διαπερατών σχηματισμών όπως ασβεστολιθικών ψαμμιτών, άμμων και χαλικιών πάχους 30 περίπου μέτρων. Το υποκείμενο αδιαπέραστο στρώμα έχει μορφή λεκάνης, το κέντρο της οποίας έχει βάθος 80 περίπου μέτρων κάτω από την επιφάνεια της θάλασσας. Λόγω δε του ανάγλυφου του στρώματος αυτού και ειδικότερα της ύπαρξης υπόγειων υψωμάτων από αδιαπέραστο υλικό μεταξύ της θάλασσας και του υδροφορέα, υπάρχει πολύ μικρής έκτασης σύνδεση του υδροφορέα με τη θάλασσα. Ως εκ τούτου δεν παρατηρήθηκε αλμύρινση του υπόγειου νερού της Ζώνης αυτής παρ' όλη την πτώση της στάθμης του από υπεράντληση σε επίπεδα πολύ χαμηλότερα από την επιφάνεια της θάλασσας. Η απόδοση των γεωτρήσεων στην περιοχή ποικίλλει μεταξύ 2 και 9 μ3 την ώρα.
Τέλος η Ζώνη 3 περιλαμβάνει την περιοχή που περικλείεται από τα χωριά Αχερίτου-Καλοψίδα-Κούκλια-Κοντέα-Μακράσυκα-Άχνα-Αυγόρου. Οι υδροφόροι σχηματισμοί συνίστανται από άμμους και μαργαϊκούς άμμους, το πάχος των οποίων κυμαίνεται μεταξύ 20 και 60 μέτρων. Η μέση ωριαία απόδοση των υδρογεωτρήσεων είναι μόνο 5 μ3.
Ο ετήσιος εμπλουτισμός του υδροφορέα της ΝΑ Μεσαορίας, λόγω απουσίας μεγάλων ποταμών, προέρχεται από τη βροχόπτωση της περιοχής και ανέρχεται στα 25 εκατομμύρια μ3 ενώ η άντληση ανέρχεται σε 50 εκατομμύρια μ3.
Η έναρξη λειτουργίας του Σχεδίου του Νότιου* Αγωγού και της μεταφοράς μεγάλων ποσοτήτων νερού από τον υδατοφράκτη του Κούρη στην περιοχή Κοκκινοχωριών για άρδευση, αναμφίβολα άλλαξε ριζικά την εικόνα που παρουσιάζει το υδατικό ισοζύγιο της ελεύθερης ΝΑ Μεσαορίας. Η μείωση της άντλησης και ο επιπρόσθετος εμπλουτισμός του υδροφορέα από το νερό άρδευσης του νοτίου αγωγού θα βελτιώσει σταδιακά την κατάστασή του.