Η όλη επιχείρηση του κυπριακού σιδηροδρόμου ήταν κυβερνητική και η ευθύνη λειτουργίας του ανήκε στην αποικιακή (αγγλική) κυβέρνηση της Κύπρου. Διέθετε συνολικά 12 ατμομηχανές (1 Hunslet, 7 Nasmyth-Wilson και 4 Kitson), οι οποίες αρχικά λειτουργούσαν με κάρβουνο και σταδιακά μετατράπηκαν σε πετρελαιοκίνητες, που μπορούσαν ν' αναπτύξουν ταχύτητα μέχρι και 20-25 μίλια την ώρα. Είχε επίσης 17 επιβατικά βαγόνια (μήκους 36 ποδών το καθένα) και περί τα 100 άλλα βαγόνια, φορτηγά, για μεταφορά ζώων και εμπορευμάτων, νερού, ακόμη και μεταλλεύματος, εκ των οποίων τα 50 αγοράστηκαν το 1921 από την Αίγυπτο και την Παλαιστίνη. Από το 1933 έθεσε σε λειτουργία και πολυτελέστερα βαγόνια για επιβάτες, τα λεγόμενα τρόλλεϋ (rail cars) που λειτουργούσαν με πετρέλαιο κι ανέπτυσσαν ταχύτητα μέχρι και 35 μίλια την ώρα. Οι συνηθισμένες διαδρομές ήταν τέσσερις κάθε μέρα: δυο πρωινές (Λευκωσία-Αμμόχωστος και Αμμόχωστος-Λευκωσία) και δυο παρόμοιες απογευματινές· ανάλογα ήσαν και τα δρομολόγια Λευκωσίας-Μόρφου. Από τις αρχές του 1935 καθιερώθηκαν και τακτικά δρομολόγια για τα κυριακάτικα μπάνια των Λευκωσιατών στην Αμμόχωστο, όπως και για γιορτές και πανηγύρια, ενώ παρόμοιες διαδρομές διενεργούνταν τα σαββατοκυρίακα μεταξύ Ευρύχου και Μόρφου. Υπήρχαν τρεις κατηγορίες θέσεων για τους επιβάτες και διάφορες κατηγορίες για φορτία.
Από το 1922 ο κυβερνητικός σιδηρόδρομος είχε αναλάβει και τη μεταφορά μεταλλεύματος της C.M.C. (Cyprus Mines Corporation) από την Ευρύχου και τη Σκουριώτισσα στο λιμάνι της Αμμοχώστου. Η δυνατότητα όμως του σιδηροδρόμου ήταν περιορισμένη (αφού είχε περιορισμένο αριθμό ατμομηχανών και βαγονιών), πράγμα που ανάγκασε την C.M.C. να κάμει και άλλες διευθετήσεις. Η εταιρεία αυτή είχε, στο μεταξύ, δημιουργήσει δικό της μικρό σιδηροδρομικό δίκτυο στην περιοχή των εργασιών της (περιοχή Σκουριώτισσας-Καρκώτη-Ξερού-Μαυροβουνίου) απ' όπου τελικά άρχισαν να γίνονται και οι φορτώσεις μεταλλεύματος στα πλοία. Η C.Μ.C. εισήγαγε επίσης δικές της ατμομηχανές και φορτηγά βαγόνια. Με τις διευθετήσεις αυτές της C.M.C., ο Κυβερνητικός Σιδηρόδρομος σύντομα αναγκάστηκε να μειώσει τις δικές του εργασίες στην περιοχή εκείνη, και μάλιστα με αφορμή ένα γεγονός στην Ευρύχου μετά τα Οκτωβριανά γεγονότα του 1931, να κλείσει το Σταθμό της Ευρύχου και, με εισήγηση του Charles Eustace Rooke, να αφαιρέσει και τις σιδηροτροχιές του (Καλό Χωριό-Ευρύχου) το 1932. Ωστόσο η συνεργασία του με την C.M.C., για μεταφορά μεταλλεύματος στο λιμάνι Αμμοχώστου, συνεχίστηκε μέχρι το 1948.
Το 1948, με τα νέα δεδομένα που καθιστούσαν πλέον ασύμφορη για την κυβέρνηση τη λειτουργία του σιδηροδρόμου, καταργήθηκε και το μεγαλύτερο κομμάτι του τμήματος 2 της διαδρομής του (Αεροδρόμιο Λευκωσίας-Μόρφου) ενώ ανακοινώθηκε ότι σύντομα θα καταργείτο ο σιδηρόδρομος πλήρως. Τα νέα δεδομένα ήταν, μεταξύ άλλων, το οδικό δίκτυο που ήδη είχε γίνει αρκετά πυκνό και η εισαγωγή αρκετών αυτοκινήτων, ταυτόχρονα δε η παλαίωση του ίδιου του σιδηροδρόμου που απαιτούσε μεγάλα κονδύλια για να ανακαινισθεί. Εδώ θα πρέπει να αναφέρουμε ότι, εκτός από το οικονομικό πρόβλημα, άλλα συνεχή προβλήματα ήταν η προμήθεια των καυσίμων και η σκληρότητα του νερού. Τελικά καταργήθηκε και η εναπομείνασα γραμμή Αμμοχώστου-Αεροδρομίου Λευκωσίας, με το τελευταίο δρομολόγιο να πραγματοποιείται από τη Λευκωσία προς την Αμμόχωστο στις 14:55 της 31ης Δεκεμβρίου του 1951. Έφθασε στο σταθμό της Αμμοχώστου στις 16:38.
Μια άλλη μικρή σιδηροδρομική γραμμή αξίζει να σημειωθεί ότι είχε επίσης λειτουργήσει στην Κύπρο. Ήταν η γραμμή από το μεταλλείο της Καλαβασού στο λιμάνι του Βασιλικού. Μικρές μηχανές μετέφεραν σειρά από μικρά φορτηγά βαγόνια με μετάλλευμα, που στο Βασιλικό φορτώνονταν σε πλοία μέσω ειδικού εναέριου πυλώνα, κατά την πρόσφατη περίοδο λειτουργίας των μεταλλείων της περιοχής (1937-1978).
Σημαντικά γεγονότα που σχετίζονται με Κυπριακό Σιδηρόδρομο