Την υποστήριξη των ενεργειών του δικτατορικού καθεστώτος των Αθηνών από ευρύτερες δυτικές δυνάμεις φανερώνει και το γεγονός της άμεσης ανάμειξης σε εσωτερικά ζητήματα της Κύπρου, και κατά παράβαση κάθε δεοντολογικού κανόνα, του τότε γενικού γραμματέα του NATO Τζόζεφ Λουνς. Ο Λουνς δήλωσε ότι ο Μακάριος δεν ήταν πλέον σταθερός παράγων στην περιοχή, κι εξέφρασε υποστήριξη προς το εκκλησιαστικό πραξικόπημα των τριών μητροπολιτών.
Ο Μακάριος, μπροστά σ’ αυτές τις κρίσιμες για τον ίδιο, αλλά και για την Κύπρο, καταστάσεις προσπάθησε — όπως το συνήθιζε — να κερδίσει χρόνο και ίσως να επιτύχει κάποιους συμβιβασμούς. Επανειλημμένα συναντήθηκε με τους τρεις μητροπολίτες, όπως συναντήθηκε και με τον Γρίβα μυστικά στη Λευκωσία. Όταν όμως είδε πως τόσο οι μητροπολίτες όσο κι ο Γρίβας ήσαν ακλόνητοι στην αξίωσή τους να παραιτηθεί, πέρασε στην αντεπίθεση: προκήρυξε προεδρικές εκλογές για τις αρχές του 1973, προσέφυγε δηλαδή στη λαϊκή ετυμηγορία, πράξη που πρέπει να δυσαρέστησε το δικτατορικό καθεστώς της Αθήνας όπου δεν λειτουργούσαν οι δημοκρατικές διαδικασίες. Κανένας από τους αντιπάλους του δεν τόλμησε ν’ αναμετρηθεί με τον Μακάριο στις κάλπες, κι έτσι στις 8 Φεβρουαρίου 1973 επανεξελέγη πανηγυρικά πρόεδρος της Κύπρου, με τις ενθουσιώδεις εκδηλώσεις μιας λαοθάλασσας οπαδών του που είχε συγκεντρωθεί στην Αρχιεπισκοπή. Η απάντηση των επιστρατευμένων αντιπάλων του δεν άργησε να έλθει. Αφ’ ενός οι μητροπολίτες συνάχθηκαν και τον «καθαίρεσαν» (αντικανονικά, αφού για καθαίρεση αρχιερέα απαιτείται σύνοδος 12 τουλάχιστον επισκόπων), αφ’ ετέρου δε ο Γρίβας ενέτεινε τη δράση του που περιελάμβανε ανατινάξεις κυβερνητικών στόχων, δολοφονίες, αντάρτικο, απαγωγές, εκρήξεις βομβών.
Ο Γρίβας θα πρέπει να ήταν ο περισσότερο απογοητευμένος: δεν βρέθηκαν πολλοί να ακολουθήσουν τον στρατιωτικό ηγέτη που το 1955-1959 είχε την καθολική υποστήριξη του κυπριακού Ελληνισμού˙ όμως το 1955-1959 διεξήγε απελευθερωτικό αγώνα κατά των Άγγλων κυριάρχων, ενώ τώρα έκανε εμφύλιο πόλεμο. Αντίθετα, βρέθηκαν πολλοί που ήσαν έτοιμοι — και το έπραξαν — να υπερασπιστούν τον Μακάριο με κάθε τρόπο, ακόμη και με τα βίαια μέσα που χρησιμοποιούσε η ΕΟΚΑ Β΄. Ωστόσο ο Μακάριος αρνήθηκε πεισματικά να συγκρουστεί ανοικτά με τον Γρίβα, και αρνήθηκε ακόμη και να τον συλλάβει. Μάλιστα μόνο μετά τον θάνατο του στρατηγού, στις αρχές του 1974, προχώρησε για να κηρύξει την ΕΟΚΑ Β΄ παράνομη οργάνωση.
Στο μεταξύ η εκκλησιαστική κρίση που δημιουργήθηκε συνέβαλε σημαντικά στον διχασμό του λαού. Αντεπιτιθέμενος ο Μακάριος συγκάλεσε μείζονα σύνοδο στη Λευκωσία τον Ιούλιο του 1973, με συμμετοχή δυο πατριαρχών και πολλών επισκόπων. Η σύνοδος καθαίρεσε τους τρεις μητροπολίτες. Στη συνέχεια έγιναν εκλογές κι εξελέγησαν άλλοι ιεράρχες.
Η περίοδος 1972-1973 χαρακτηρίζεται από βία και αντιβία. Ο ίδιος ο Μακάριος σχεδόν καθημερινά βρισκόταν, όπως ο ίδιος είπε, «υπό σκιάν θανάτου». Απόπειρες κατά της ζωής του έγιναν ή και αποκαλύφθηκαν, ενώ αποκαλύφθηκαν και ματαιώθηκαν και ευρύτερα πραξικοπηματικά σχέδια όπως το σχέδιο Απόλλων. Στα ελεγχόμενα από Ελλαδίτες αξιωματικούς στρατόπεδα της Εθνικής Φρουράς οργίαζε η αντιμακαριακή προπαγάνδα. Από τα στρατόπεδα αυτά ετροφοδοτείτο με πολεμικό υλικό η ΕΟΚΑ Β΄ και στα στρατόπεδα εύρισκαν καταφύγιο και προστασία τα μέλη της.
Οι ακριβείς προθέσεις του δικτάτορα Γεωργίου Παπαδοπούλου δεν είναι σαφείς. Είναι γνωστό ότι ένα πραξικόπημα που επέκειτο, ματαιώθηκε ύστερα από κυπριακές παραστάσεις προς τους Αμερικανούς και δική τους σύσταση προς τον δικτάτορα Παπαδόπουλο. Σε κάποιο στάδιο, μέσα στο 1973, ο Παπαδόπουλος ήλθε σε σύγκρουση προς τον Γρίβα στην Κύπρο και του έκοψε την ελληνική χρηματική υποστήριξη προς την ΕΟΚΑ Β΄. Ο Γρίβας κατήγγειλε το καθεστώς των Αθηνών ότι προσπάθησε να τον δολοφονήσει. Οι λόγοι της σύγκρουσης αυτής δεν είναι ακριβώς γνωστοί, θα πρέπει να αφορούσαν σοβαρές διαφορές απόψεων σχετικά με το τι γινόταν στην Κύπρο, όμως ποιες ήσαν οι απόψεις της κάθε πλευράς δεν είναι γνωστό. Υποστηρικτές του Γρίβα υπέθεταν ότι ο στρατηγός αρνείτο να ηγηθεί πραξικοπήματος κατά του αρχιεπισκόπου, όπως αξίωνε ο Παπαδόπουλος. Ίσως πάλι να συνέβαινε το αντίθετο.
Αλλά τότε έπεσε ο δικτάτορας Παπαδόπουλος, με τα γεγονότα της εξέγερσης των φοιτητών του Πολυτεχνείου στην Αθήνα, στις 17 Νοεμβρίου 1973. Το διάδοχο σχήμα βρισκόταν υπό τον απόλυτο έλεγχο του ταξιάρχου Δημητρίου Ιωαννίδη. Κι αυτός θέλησε να ξεκαθαρίσει τα πράγματα όσο το δυνατό πιο σύντομα. Επανέλαβε, κι αύξησε, την οικονομική ενίσχυση της οργάνωσης του Γρίβα, και εξαπέλυσε τους Ελλαδίτες αξιωματικούς που βρίσκονταν στην Κύπρο σε ένα όργιο αντιμακαριακών δραστηριοτήτων.
Αλλά στις 27 Ιανουαρίου του 1974 ο Γρίβας πέθανε στο σπίτι όπου διέμενε, στη Λεμεσό. Ο θάνατός του, που έγινε κι αυτός αντικείμενο πολιτικής εκμετάλλευσης, διαφοροποίησε τα πράγματα. Αφού τέλειωσε το λαϊκό προσκύνημα, εκφωνήθηκαν οι λόγοι κι έγινε η κηδεία, άρχισε στις τάξεις της ΕΟΚΑ Β΄ η διαμάχη για τη διαδοχή. Αυτεπάγγελτα την αρχηγία ανέλαβε ο Ελλαδίτης ταγματάρχης Γεώργιος Καρούσος, που όμως εκρίθη από τον ταξίαρχο Ιωαννίδη ως μετριοπαθής, άρα ακατάλληλος, κι απομακρύνθηκε από την Κύπρο. Τότε ο Μακάριος προχώρησε στην κήρυξη της ΕΟΚΑ Β΄ ως παράνομης οργάνωσης. Το καλά εκπαιδευμένο Εφεδρικό Σώμα που είχε ιδρύσει κατόρθωσε σε σχετικά σύντομο χρόνο να εξαρθρώσει την οργάνωση αυτή. Και τότε επενέβη ο στρατός.