Η Ομοσπονδία διοργανώνει κάθε χρόνο τα Παγκύπρια πρωταθλήματα Α΄, Β΄, Γ΄ και Δ΄ κατηγορίας, όπως και τα αντίστοιχα Κύπελλα. Η αριθμητική δύναμη κάθε κατηγορίας είναι: Α΄ κατηγορία 14 ομάδες, Β΄ κατηγορία 14, Γ΄ κατηγορία 14 και Δ΄ κατηγορία επίσης 14.
Πέρα από τα πρωταθλήματα της ΚΟΠ υπάρχει καλά οργανωμένο και το αγροτικό ποδόσφαιρο, με 361 ποδοσφαιρικές ομάδες ενταγμένες σε 12 Ομοσπονδίες, που όλες μαζί έχουν δημιουργήσει τη Συνομοσπονδία Τοπικών Ομοσπονδιών Κύπρου (ΣΤΟΚ). Επίσης καλά οργανωμένο είναι και το ερασιτεχνικό ποδόσφαιρο που τελεί υπό την Κυπριακή Ομοσπονδία Ερασιτεχνικού Ποδοσφαίρου (ΚΟΕΠ).
Κατά τα πρόσφατα χρόνια, το κυπριακό ποδόσφαιρο έχει σημειώσει σημαντική πρόοδο τόσο σε σωματειακό επίπεδο, όσο και σε επίπεδο Εθνικής ομάδας. Επισημαίνεται ότι δύο κυπριακές ομάδες, η «Ανόρθωσις» το 2008 και ο ΑΠΟΕΛ το 2009 προχώρησαν μέχρι τους ομίλους του Τσάμπιονς Λιγκ, για πρώτη φορά στην ιστορία του κυπριακού ποδοσφαίρου, και μάλιστα πραγματοποίησαν εντυπωσιακές εμφανίσεις. Ακολούθησαν με εντυπωσιακές εμφανίσεις στους ομίλους του Ουέφα ο Απόλλωνας (τέσσερις συμμετοχές) και η ΑΕΚ. Το 2020 στους ομίλους του Ουέφα αγωνίστηκε και η Ομόνοια.
Σε επίπεδο Εθνικής Ανδρών, η σπουδαιότερη επιτυχία σημειώθηκε το 1998, όταν η Εθνική Κύπρου νίκησε με 3-2 την Iσπανία στο «Aντώνης Παπαδόπουλος» στο πλαίσιο της προκριματικής φάσης του πρωταθλήματος Eυρώπης 2000. Το 1983, για τα προκριματικά του Ευρωπαϊκού πρωταθλήματος 1984, η Κύπρος απέσπασε ισοπαλία από την (παγκόσμια πρωταθλήτρια του Μουντιάλ 1982) Ιταλία με 1-1 στη Λευκωσία. Το 1989, για τα προκριματικά του Μουντιάλ, η Κύπρος ήρθε ισόπαλη με τη Γαλλία 1-1. Για τα προκριματικά του Ευρωπαϊκού πρωταθλήματος του 1996 η Εθνική Κύπρου σημείωσε ισοπαλία με την κάτοχο του τροπαίου Δανία με 1-1.
Άλλες σημαντικές επιτυχίες της Εθνικής Κύπρου ήταν οι ακόλουθες: Για τα προκριματικά του Ευρωπαϊκού πρωταθλήματος 2008, στις 7 Οκτωβρίου 2006 νίκησε τη Δημοκρατία της Ιρλανδίας (Βλέπε Βίντεο) με 5-2, ενώ στις 15 Νοεμβρίου 2006 απέσπασε ισοπαλία 1-1 από την εθνική Γερμανίας. Στις 13 Οκτωβρίου 2007 νίκησε την Ουαλία με 3-1. Η Εθνική Ομάδα της χώρας μας λαμβάνει μέρος σε όλες τις παγκόσμιες και περιφερειακές διοργανώσεις, όπως το Παγκόσμιο Κύπελλο, το Ευρωπαϊκό Κύπελλο και το πρωτάθλημα Εθνών. (Βλέπε Βίντεο Κύπρος-Βοσνία Ερζεγοβίνη)
Επεισόδια στα γήπεδα: Τα τελευταία χρόνια παρατηρούνται πολλά επεισόδια κατά τη διάρκεια ποδοσφαιρικών αγώνων. Ένα από τα πιο σοβαρά συνέβηκε στις 26 Νοεμβρίου 2005 όταν
ο αστυνομικός Μάριος Μαλέκος πέθανε από ανακοπή καρδιάς, όταν δέχεται χτύπημα από πέτρα, κατά τη διάρκεια επεισοδίων που σημειώθηκαν πριν και μετά τον αγώνα της ΑΕΛ Λεμεσού με τον ΑΠΟΕΛ (1-1) στο Τσίρειο Στάδιο για το Παγκύπριο Πρωτάθλημα. Τραυματίστηκαν άλλοι 16 αστυνομικοί και 11 πολίτες. Συγκεκριμένα, μετά το τέλος του αγώνα, μέλη της αστυνομίας προσπάθησαν να συγκρατήσουν τους οπαδούς της ΑΕΛ στην κερκίδα τους μέχρις, ότου αποχωρήσουν οι οπαδοί του ΑΠΟΕΛ για αποφυγή επεισοδίων όπως είχε συμφωνηθεί στις συσκέψεις της αστυνομίας με τα εν λόγω Σωματεία.
Μετά την παρέλευση 18 λεπτών περίπου, μετά τη λήξη του αγώνα, οπαδοί της ΑΕΛ, απρόκλητα και χωρίς κανένα λόγο επιτέθηκαν εναντίον των αστυνομικών που βρίσκονταν στις εξόδους του Σταδίου και κατάφεραν με την βία να εξέλθουν από το Στάδιο.
Τα επεισόδια περιορίστηκαν σημαντικά μετά την υιοθέτηση της κάρτας φιλάθλου. Απόφαση την οποία μια μερίδα οπαδών δεν αποδέκτηκε αρνούμενη να παρακολουθεί τους αγώνες ποδοσφαίρου.