Το 1947 επήλθε ρήξη στους κόλπους της Κυπριακής Ομοσπονδίας Ποδοσφαίρου. Τα σωματεία ΕΠΑ, «Πεζοπορικός» και «Ανόρθωσις» αποχώρησαν για να δημιουργήσουν δική τους Ομοσπονδία. Στην κίνηση αυτή προσχώρησαν και δυο τουρκοκυπριακά σωματεία: η «Τσετίν Καγιά» Λευκωσίας και η «Τουρκ Ουτσιού» Αμμοχώστου. Και τα πέντε αυτά σωματεία κατηγόρησαν τον πρόεδρο, τον γραμματέα και τον ταμία για μεροληπτικές ενέργειες και ζήτησαν μεταφορά της έδρας της ΚΟΠ σε άλλη πόλη. Με επιστολή τους στις 14 Σεπτεμβρίου 1947 τα σωματεία αυτά εξέθεταν τους λόγους που τα ώθησαν να εγκαταλείψουν την Ομοσπονδία. Την ίδια μέρα συζητήθηκε και εγκρίθηκε το καταστατικό της νέας Ομοσπονδίας (που πήρε το όνομα ΠΑΟΚ) και οι κανονισμοί πρωταθλήματος. Το συμβούλιο της νέας αυτής Ομοσπονδίας αποτελούσαν οι: Στέλιος Δημητρίου (πρόεδρος), Αν. Οικονομίδης (αντιπρόεδρος), Ν. Κούτας (γραμματέας), Σ. Ποσκώτης (ταμίας). Η ζωή της νέας Ομοσπονδίας ήταν πολύ σύντομη. Ύστερα από δεύτερες σκέψεις, τα πέντε σωματεία υπέβαλαν αίτηση για επάνοδο στους κόλπους της ΚΟΠ. Σε γενική συνέλευση της ΚΟΠ, στις 15 Οκτωβρίου 1948, αποφασίστηκε ομόφωνα η επανένταξη των σωματείων «Ανόρθωσις», «Πεζοπορικός» και ΕΠΑ στην Α΄ κατηγορία και των δυο τουρκικών σωματείων στη Β΄ κατηγορία.
Το 1948 η ΚΟΠ έγινε μέλος της Διεθνούς Ομοσπονδίας Ποδοσφαίρου (FIFA). Μέλος της αντίστοιχης Ευρωπαϊκής (UEFA), η ΚΟΠ έγινε το 1962. Οι ομάδες-μέλη της μετέχουν η μεν πρωταθλήτρια στο Κύπελλο πρωταθλητριών Ευρώπης (Champions League), η δε δευτεραθλήτρια και η κυπελλούχος στο Κύπελλο UEFA. Ταυτόχρονα η ΚΟΠ μετέχει, με τις εθνικές ομάδες στο Παγκόσμιο Κύπελλο, στα Πανευρωπαϊκά πρωταθλήματα ανδρών, ελπίδων, νέων και παίδων. Το 1949, για πρώτη φορά, η ΚΟΠ δημιούργησε μεικτή ομάδα που αντιμετώπισε ποδοσφαιρικά συγκροτήματα του νεοσύστατου κράτους του Ισραήλ, με τα ακόλουθα αποτελέσματα: Κύπρος-μεικτή Τελ Αβίβ (3-3), Κύπρος-Γιάφφα (2-2) και Κύπρος-Εθνική Ισραήλ (1-3).