Η Κύπρος υποτάχθηκε στους Πέρσες αναίμακτα το 546 π.Χ. Πιο πριν, και για σύντομο διάστημα (από το 565 π.Χ. μέχρι το 546 π.Χ.) η Κύπρος βρισκόταν υπό την κυριαρχία των Αιγυπτίων. Όταν η Αίγυπτος (όπως εξ άλλου κι η Φοινίκη και γενικότερα η Συροπαλαιστίνη και ολόκληρη η Μικρά Ασία, δηλαδή όλες οι γειτονικές της Κύπρου χώρες) υποτάχθηκε στους Πέρσες, η Κύπρος αναγκάστηκε να αναγνωρίσει την κυριαρχία των Περσών και επ' αυτής. Οι πολλοί κι ανεξάρτητοι βασιλιάδες της Κύπρου τότε, σπεύδοντας ν' αναγνωρίσουν την περσική κυριαρχία, αφενός απέφυγαν τον πόλεμο που προφανώς θα ήταν καταστροφικός για τις πόλεις τους, κι αφετέρου διατήρησαν τους θρόνους και τις εξουσίες τους.
Σε καμιά σοβαρή διοικητική ή άλλη μεταβολή δεν προχώρησαν οι Πέρσες στην Κύπρο, ούτε προσπάθησαν να αλλοιώσουν τους υφιστάμενους θεσμούς (πολιτικούς, κοινωνικούς, στρατιωτικούς, θρησκευτικούς). Όλοι οι βασιλιάδες διατήρησαν τους θρόνους και τα βασίλεια τους και οι εξουσίες τους παρέμειναν οι αυτές. Οι θρησκείες συνέχισαν να είναι οι ίδιες ۬ μάλιστα δεν μαρτυρείται καμιά (τουλάχιστον σοβαρή) προσπάθεια προωθήσεως της περσικής θρησκείας στην Κύπρο, αν και η θρησκεία τους που είχε ως επίκεντρο τον Αχούρα Μάζντα (Ζωροαστρισμό) διαδραμάτιζε σημαντικότατο ρόλο στη ζωή των ιδίων. Η οικονομία του νησιού βασιζόταν στις ίδιες αρχές. Γενικά, φαίνεται ότι εκείνο που ενδιέφερε τους Πέρσες ήταν η ανελλιπής καταβολή των φόρων και η στρατιωτική συνεισφορά των Κυπρίων όποτε αυτή χρειαζόταν.
Οι θεσμοί δεν άλλαξαν, αλλά σε μερικές περιπτώσεις οι Πέρσες επενέβαιναν για να αντικαταστήσουν Κυπρίους βασιλιάδες που κρίνονταν ως επικίνδυνοι όταν δημιουργούσαν ιδιαίτερα στενούς δεσμούς με την Ελλάδα. Σε μερικές, επίσης, περιπτώσεις, οι Πέρσες ενίσχυαν τους Φοίνικες της Κύπρου. Η ενίσχυση των Φοινίκων που ζούσαν στο νησί (με επίκεντρο κυρίως το Κίτιον) ήταν έξυπνη πολιτική πράξη εκ μέρους των Περσών. Γιατί οι Φοίνικες μπορούσαν να κυριαρχούν σε μερικές πόλεις της Κύπρου, ενώ σε άλλες η κυριαρχία αφηνόταν στο ελληνικό στοιχείο• έτσι το νησί εκρατείτο συνεχώς διασπασμένο και με τον τρόπο αυτό αποφευγόταν ο κίνδυνος κοινής δραστηριότητας όλων των Κυπρίων κατά των Περσών. Ένα παράδειγμα ενίσχυσης των Φοινίκων του Κιτίου από τους Πέρσες αναφέρεται στην γνωστή πινακίδα του Ιδαλίου (α' τέταρτο του 5ου π.Χ. αιώνα), της οποίας το κείμενο αρχίζει ως εξής:
Όταν οι Μήδοι [=Πέρσες] και οι Κιτιείς πολιορκούσαν την πόλη του Ιδαλίου.
Συνεπώς στην πινακίδα του Ιδαλίου έχουμε μια αυθεντική μαρτυρία για άμεση ανάμειξη των Περσών σε εσωτερικό ζήτημα της Κύπρου και, συγκεκριμένα, σε στρατιωτική υποστήριξη των Κιτιέων (Φοινίκων) κατά της πόλης του Ιδαλίου που τελικά υποτάχθηκε.
Σε περιπτώσεις εξεγέρσεων κατά της περσικής κυριαρχίας οι πρωταίτιοι βασιλιάδες και οι πόλεις τους τιμωρούνταν. Όμως οι θεσμοί και πάλι συνήθως δεν άλλαζαν. Άλλαζαν οι βασιλιάδες, με προώθηση φιλοπερσών στους θρόνους των πόλεων, αλλά η βασιλεία παρέμενε. Ωστόσο σε μερικές περιπτώσεις πολύ σοβαρών αντιπερσικών δραστηριοτήτων πιθανώς υπήρχε και κάποια διαφοροποίηση θεσμών. Όπως, για παράδειγμα, συνέβη στην πόλη των Σόλων μετά την υπό τον Ονήσιλο επανάσταση του 499 π.Χ., οπότε οι Σόλοι ετέθησαν υπό επιτήρηση. Δεν γνωρίζουμε τις λεπτομέρειες σχετικά προς το καθεστώς που επεβλήθη, αλλά η επιτήρηση της πόλης ήταν βέβαιη όπως αποδεικνύεται από την οικοδόμηση του ανακτόρου στο Βουνί (απ' όπου ελεγχόταν η πόλη). Κάτι παρόμοιο πρέπει να συνέβη και με την Πάφο (Παλαίπαφο) όπου είχε οικοδομηθεί μεγάλο κτίριο στο οποίο μάλλον στάθμευε φρουρά ή και κάποια αρχή επιτηρήσεως της πόλης αυτής.
Δεν γνωρίζουμε, εξ αιτίας ελλείψεως επαρκών στοιχείων, πολλές λεπτομέρειες σχετικά με τις σχέσεις των κυπριακών βασιλείων προς τους Πέρσες. Δεν γνωρίζουμε, για παράδειγμα, το ύψος του υποτελικού φόρου που καταβαλλόταν στους Πέρσες• όμως προφανώς το κάθε ένα από τα κυπριακά βασίλεια κατέβαλλε διαφορετικά ποσά ανάλογα προς την οικονομική του κατάσταση. Δεν γνωρίζουμε, επίσης, το είδος των καταβαλλομένων φόρων (χρήματα ή είδη ή και τα δυο;). Δεν γνωρίζουμε, ακόμη, τους τρόπους ελέγχου που ασκείτο επί των κυπριακών βασιλείων, δεδομένου του γεγονότος ότι δεν διοριζόταν ειδικός σατράπης (κυβερνήτης) για το νησί και του γεγονότος ότι το κάθε ένα από τα κυπριακά βασίλεια διατηρούσε την αυτονομία και την ανεξαρτησία του. Ωστόσο στην Κύπρο, και μάλιστα στην κάθε μια από τις πόλεις-βασίλεια (ή τουλάχιστον στις περισσότερες απ' αυτές) θα πρέπει να δεχθούμε ότι στάθμευε περσική φρουρά, τουλάχιστον για μερικές περιόδους. Επίσης κάποιοι Πέρσες αξιωματούχοι θα πρέπει να βρίσκονταν στο νησί ως εκπρόσωποι της κεντρικής εξουσίας (του μεγάλου βασιλέα), όμως μας είναι άγνωστο ποιες ήσαν οι αρμοδιότητές τους.
Ενδιαφέρουσα, πάντως, είναι μια πληροφορία που δίνει ο Ηρόδοτος (3,91.1), ότι η Κύπρος όταν κατέστη φόρου υποτελής στους Πέρσες, απετέλεσε μαζί με τη Συρία και τη Φοινίκη τον «πέμπτο νομό» ο οποίος συνολικά κατέβαλλε φόρο τριακόσια πενήντα τάλαντα:
... Ἀπό δέ Ποσιδηίου πόλιος...μέχρις Αἰγύπτου, πλήν μοίρης τῆς Ἀραβίων (ταῦτα γάρ ἦν ἀτελέα), πεντήκοντα καί τριηκόσια τάλαντα φόρος ἦν ἔστι δέ ἐν τῷ νόμῳ τούτῳ Φοινίκη τε πᾶσα καί Συρίη ἡ Παλαιστίνη καλεομένη καί Κύπρος ۬ νομός πέμπτος οὖτος...
Σε μετάφραση:
...Από την πόλη Ποαείδιον... μέχρι την Αίγυπτο, εκτός από τα μέρη των Αράβων (γιατί αυτά δεν κατέβαλλαν φόρους), ο φόρος ήταν 350 τάλαντα∙ στον νομό δε αυτόν περιλαμβάνονται όλη η Φοινίκη και η Συρία, η λεγόμενη Παλαιστίνη, κι η Κύπρος∙ αυτός είναι ο πέμπτος νομός...
Την υποταγή της Κύπρου, το 546 π.Χ., δηλαδή επί ημερών του Κύρου του Μεγάλου, μνημονεύει ο Ξενοφών στο έργο του Κύρου Παιδεία (1.1,4) που γράφει ότι ο Κύρος ξεκίνησε με λίγο στρατό και κατόρθωσε να γίνει ηγεμόνας των Μήδων με τη θέλησή τους, όπως και των Υρκανίων. Στη συνέχεια ο Κύρος υπέταξε τους Σύρους, τους Ασσυρίους, τους Άραβες, τους Καππαδόκες, τους Φρύγες των δυο Φρυγιών, τους Λυδούς, τους Κάρες, τους Φοίνικες, τους Βαβυλώνιους. Έθεσε δε υπό την εξουσία του τους Βακτρίους, τους Ινδούς, τους Κίλικες κι άλλα πολλά έθνη, κι αφού έφθασε μέχρι τη θάλασσα, και τους Κυπρίους.
Ο Ξενοφών πάλι (Κύρου Παιδεία, 8.6,8) δίνει μια εξήγηση για το γεγονός ότι ο Κύρος δεν έστειλε σατράπες στην Κύπρο, στην Κιλικία και στην Παφλαγονία:
...οὐκ ἔπεμψε Πέρσας σατράπας, ὅτι ἑκόντες ἐδόκουν συστρατεύεσθαι ἐπί Βαβυλώνα∙ δασμούς μέντοι συνέταξεν ἀποφέρειν καί τούτους...
Δηλαδή: ο Κύρος δεν έστειλε [στους Κυπρίους, στους Κίλικες και στους Παφλαγόνες] Πέρσες σατράπες, γιατί αυτοί εθεωρείτο ότι θεληματικά είχαν εκστρατεύαει μαζί του κατά της Βαβυλώνας ۬ διέταξε όμως να καταβάλλουν κι αυτοί φόρους...
Τα ίδια λέγει κι ο Ζωναράς, ενώ ο Ξενοφών (Κύρου Παιδεία, 7. 4, 1-2) γράφει παρόμοια επίσης αλλά με την προσθήκη ότι για την Κύπρο του ήσαν αρκετοί οι ντόπιοι βασιλιάδες (ἥρκουν αὐτῷ ἀεί οἱ ἐπιχώριοι βασιλεύοντες...)
Προκύπτει από τις αναφορές αυτές ότι οι Πέρσες δεν θεωρούσαν την Κύπρο ως εχθρική χώρα που είχε κατακτηθεί αλλά περισσότερο μια σύμμαχο κι αρκετά πιστή χώρα που πρόθυμα είχε εκστρατεύσει βοηθώντας τον Κύρο τον Μέγα. Έτσι εξηγείται το γεγονός ότι οι Κύπριοι βασιλιάδες είχαν διατηρηθεί στην εξουσία και το νησί είχε απαλλαγεί από την παρουσία Πέρση σατράπη.