Κατά την περίοδο των τριών περίπου αιώνων της τουρκικής κατοχής (1570-1878), τόσο η πόλη της Πάφου όσο και ολόκληρη η επαρχία περιήλθαν σε κατάσταση απομόνωσης και πλήρους παρακμής. Οι νέοι κατακτητές εγκατέστησαν φρουρά στην Πάφο για τις ανάγκες της οποίας επιδιόρθωσαν το κάστρο της πόλης, δίνοντάς του τη μορφή που έχει ως σήμερα. Η ίδια η πόλη αφέθηκε να σωριαστεί ολόκληρη σε ερείπια, ανάμεσα στα οποία κτίστηκαν άθλια σπιτάκια και καλύβες λίγων ανθρώπων, και πήρε την όψη περισσότερο παρηκμασμένου χωριού παρά πόλης, και μάλιστα πρωτεύουσας επαρχίας.
Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας η Κύπρος διοικητικά ήταν διαιρεμένη σε επαρχίες και διαμερίσματα, των οποίων ο αριθμός δεν ήταν πάντοτε ο ίδιος. Η Πάφος (δηλαδή η νέα πόλη που δημιουργήθηκε προς τα ενδότερα, επί του επιβλητικού υψώματος βορειοανατολικά του λιμανιού και που ήταν γνωστή με την ονομασία Κτήμα) αναφέρεται ως πρωτεύουσα της ομώνυμης επαρχίας. Η επαρχία Πάφου ήταν μια από τις τέσσερις του νησιού (οι άλλες τρεις ήσαν οι επαρχίες Λευκωσίας, Λάρνακας και Κερύνειας). Η επαρχία Πάφου ήταν, κατά τον 18ο αιώνα, χωρισμένη σε τέσσερα διαμερίσματα (κατηλλίκια), που ήσαν εκείνα της Πάφου, των Κουκλιών, της Χρυσοχούς και της Αυδήμου. Στις αρχές του 19ου αιώνα η Κύπρος παρουσιάζεται διαιρεμένη σε 12 επαρχίες, εκ των οποίων μια ήταν εκείνη της Πάφου και των Κουκλιών με πρωτεύουσα το Κτήμα. Η περιοχή Χρυσοχούς με έδρα την Χρυσοχού αποτελούσε άλλη επαρχία. Κατά την τελευταία περίοδο της Τουρκοκρατίας η επαρχία Πάφου παρουσιάζεται χωρισμένη σε τέσσερα διαμερίσματα (καζάδες ή και κατηλλίκια), ως εξής:
Η Αυδήμου και η περιοχή της, που καθ' όλη την περίοδο της Τουρκοκρατίας σχετίζεται με την επαρχία Πάφου, αργότερα, με τη νέα διοικητική διαίρεση της Κύπρου από τους Βρετανούς, περιήλθε στην επαρχία Λεμεσού. Από τα χωριά της επαρχίας είχαν επιλεγεί 24, που ανήκαν στα κατηλλίκια της Πάφου και της Αυδήμου, και των οποίων τα εισοδήματα (δεκάτη, κηπευτικός φόρος κλπ.) ανήκαν στη διοίκηση της Πάφου και στον πασά της Λευκωσίας. Το κατηλλίκι της Πάφου ήταν το μεγαλύτερο. Περιελάμβανε 45 χωριά στα οποία, σύμφωνα προς στοιχεία του 1777, κατοικούσαν συνολικά 691 οικογένειες Χριστιανών φορολογουμένων.
(Για τη διοικητική διαίρεση της Κύπρου κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας βλέπε λήμμα κατηλλίκι).
Μετά την κατάκτηση της Κύπρου από τους Τούρκους και την εκδίωξη των Λατίνων, η Ορθόδοξη Εκκλησία κατόρθωσε να αναδιοργανωθεί. Μια από τις επισκοπές που ανασυγκροτήθηκαν ήταν η επισκοπή Πάφου, της οποίας η δικαιοδοσία απλώθηκε και πέραν των διοικητικών ορίων της επαρχίας Πάφου, καλύπτοντας και χωριά που διοικητικά υπάγονταν στην επαρχία Λεμεσού.
Διάφορα χωριά της επαρχίας Πάφου, ιδίως εκείνα που αποτελούσαν βασιλικά κτήματα ή κτήματα λατινικών θρησκευτικών ταγμάτων, που ήσαν βέβαια και τα πιο εύφορα ή και πλουσιότερα, δέχθηκαν την εγκατάσταση πολλών Τούρκων. Έτσι πολλά έγιναν μεικτά, με πληθυσμό Έλληνες και Τούρκους, εκ των οποίων αρκετά έγιναν τελικά αμιγή τουρκικά με την υπερίσχυση του τουρκικού στοιχείου και τη φυγή του ελληνικού πληθυσμού τους. Έχουμε έτσι το φαινόμενο (που παρατηρείται και στην Καρπασία) τουρκικά χωριά να φέρουν όχι μόνο ελληνικά αλλά και χριστιανικά ονόματα. Όπως για παράδειγμα το χωριό Άγιος Ιωάννης στην επαρχία Πάφου, αμιγώς τουρκοκυπριακό, ή το επίσης αμιγώς τουρκοκυπριακό χωριό Άγιος Γεώργιος, ή η Αγία Βαρβάρα, χωριό μεικτό με υπερίσχυση του τουρκικού στοιχείου.
Οι Τούρκοι εγκαταστάθηκαν σε ολόκληρη την επαρχία, κυρίως όμως στα χωριά της περιοχής Χρυσοχούς και στις βόρειες και ανατολικές περιοχές της επαρχίας. Τούρκοι εγκαταστάθηκαν βέβαια και στο Κτήμα, στην Πόλη, στην Αυδήμου, στην Χρυσοχού και στα Κούκλια, οικισμούς που αποτελούσαν τις πρωτεύουσες καζάδων ή κατηλλικιών.
Όπως η πόλη της Πάφου, έτσι και η επαρχία γνώρισε την παρακμή και την εξαθλίωση. Οι κάτοικοι της παφιακής υπαίθρου ήσαν, στη μεγάλη πλειοψηφία τους, βοσκοί και γεωργοί-μικροκαλλιεργητές. Σ' ένα πολύ μεγάλο βαθμό η διαβίωσή τους εξαρτάτο από τις καιρικές συνθήκες. Η κακοδιοίκηση και η αυθαιρεσία άφησε κι εδώ βαθιά ίχνη που ήσαν οδυνηρά. Οι ασθένειες μάστιζαν τον πληθυσμό και τον αποδεκάτιζαν. Σχολεία δεν υπήρχαν και κανένας δεν μορφωνόταν. Αρκετοί κάτοικοι, προκειμένου ν' αποφύγουν τις διώξεις και τις βαριές φορολογίες, έγιναν κρυπτοχριστιανοί. Έτσι, έχουμε και στην επαρχία της Πάφου πολλούς Λινοβάμβακους* κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας, όπως και λινοβαμβακικά χωριά. Οι κρυπτοχριστιανοί αυτοί αναπόφευκτα κατέληξαν να εκτουρκιστούν.
Τα διάφορα επαναστατικά κινήματα που σημειώθηκαν στην Κύπρο κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας είχαν απηχήσεις και στην επαρχία Πάφου, την οποία και επηρέασαν άλλα σε μεγαλύτερο και άλλα σε μικρότερο βαθμό. Το κίνημα του Βίκτωρος Ζεμπετού* στις αρχές του 17ου αιώνα κατά των Τούρκων είχε ξεσηκώσει την επαρχία της Πάφου. Οι συνέπειες για την επαρχία, μετά την αποτυχία του κινήματος, ήσαν σκληρές. Σε επιστολή του αρχιεπισκόπου Χριστοδούλου, σταλμένη τον Νοέμβριο του 1608 στον δούκα της Σαβοΐας Κάρολο, την οποία προσυπογράφει και ο τότε επίσκοπος Πάφου Λεόντιος, αναφέρονται μεταξύ άλλων:
... Ἀφ' ἦς ἐσηκώθηκε ὁ καπετάνιος Βετόριος [= Βίκτωρ Ζεμπετός] καί ἐχάλασεν κάμποσους Τούρκους, ἀγριώθησαν ἐπάνω μας σάν τούς ἀγρίους λύκους... Καί στεκόμεθα ἀπό τήν Πάφον καί νά πάγη ὡς τό Καρπάσι χιλιάδες Χριστιανοί δέκα, καί θέλομεν ἄρματα...
Το 1821, μετά την έναρξη της επανάστασης κατά των Τούρκων στην Ελλάδα, η μόνη επαναστατική κίνηση που φαίνεται να είχε γίνει και στην Κύπρο ήταν στην Πάφο, όπου δρούσε τότε ο επίσκοπος Χρύσανθος που εκτελέστηκε στις 9 Ιουλίου του 1821. Στο σχετικό σουλτανικό έγγραφο για την εκτέλεση του Χρύσανθου αναφέρεται ότι ο ιεράρχης αυτός είχε οδηγήσει τον λαό σε επανάσταση, ότι απειργάζετο την πικρία των ραγιάδων και ότι είχε προβεί σε «καταχθονίους πράξεις». Μια μαρτυρία, πάλι, αναφέρει ότι στην Πάφο είχαν συγκεντρωθεί 300 περίπου νέοι, υπό την ηγεσία κάποιου Πέτρου, που οπλίστηκαν και βάδισαν κατά της πρωτεύουσας Λευκωσίας۬ όμως αντιμετωπίστηκαν από δύναμη γενιτσάρων κι εξουδετερώθηκαν.
Το 1833 σημειώθηκαν τα τρία τελευταία επαναστατικά κινήματα στην Κύπρο κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας. Το ένα με επίκεντρο τη Λάρνακα και το Σταυροβούνι υπό τον Νικόλαο Θησέα, το δεύτερο στην Καρπασία υπό τον καλόγερο Ιωαννίκιο και το τρίτο στην επαρχία Πάφου, με επίκεντρο την περιοχή Χρυσοχούς υπό τον Γκιαούρ* Ιμάμη. Ο Ιμάμης αυτός (μας είναι άγνωστο το όνομά του), φαίνεται να ήταν Χριστιανός από την πλευρά του ενός των γονέων του, ή Λινοβάμβακος. Το κίνημά του, που ήταν κυρίως λινοβαμβακικό, είχε κοινωνική υφή αλλά και πολιτική. Φαίνεται ότι ο Γκιαούρ Ιμάμης είχε υποκινηθεί και υποστηριχθεί (ή και ενισχυθεί;) από τον ηγεμόνα της Αιγύπτου Μωχάμετ Άλι* που είχε βλέψεις επί της Κύπρου. Ο Ιμάμης δεν είχε αποφύγει και ληστρικές ενέργειες. Αντιμετωπίστηκε όμως από δύναμη τουρκικού στρατού και εξουδετερώθηκε. Ο ίδιος διέφυγε στην Αίγυπτο, κοντά στον Μωχάμετ Άλι, απ' όπου αργότερα επέστρεψε στο νησί κρυφά, όμως τελικά συνελήφθη κι εκτελέστηκε. Η επαρχία υπέστη για άλλη μια φορά τις συνέπειες, και μάλιστα όχι πολύ μετά τις τραγικές σφαγές του Ιουλίου του 1821.
Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας η επαρχία Πάφου ήταν τόσο παραμελημένη, τόσο απομονωμένη και τόσο καθυστερημένη, ώστε κι αυτοί οι Βρετανοί, όταν κατέλαβαν την Κύπρο το καλοκαίρι του 1878, μόνο εκεί υπολόγιζαν και φοβούνταν ότι θα αντιμετώπιζαν προβλήματα. Είναι χαρακτηριστική η γνώμη του Ντίξον, ενός Άγγλου αξιωματικού που είχε πάρει μέρος στην όλη επιχείρηση κατάληψης της Κύπρου, ο οποίος είχε γράψει αργότερα ότι μόνο στην επαρχία Πάφου δυνατό ν' αντιμετώπιζαν δυσκολίες οι Βρετανοί, γιατί εκεί οι ιθαγενείς είναι φανατικοί και η πόλη και επαρχία βρίσκονταν σε αναρχία και δεν υπήρχε ασφάλεια.
Ο Ντίξον πρόσθεσε ακόμη ότι:
... Η Λεμεσός και η Αμμόχωστος μπορούν να διοικηθούν με δυο μαστίγια, η Λευκωσία δεν χρειάζεται παρά μόνο 50-60 άνδρες, η Λάρνακα εξασφαλίζεται με μια κανονιοφόρο και με φρουρά ενός δεκανέα, αλλά υποτίθεται ότι η Πάφος χρειάζεται ένα σύνταγμα...
Η άποψη αυτή του Άγγλου αξιωματικού είναι χαρακτηριστική της επικρατούσης τότε κακής φήμης για την πόλη και την επαρχία της Πάφου. Πράγματι, οι Άγγλοι έστειλαν στην Πάφο ισχυρή στρατιωτική δύναμη για να παραλάβει την πόλη, της οποίας η τουρκική φρουρά αριθμούσε μόνο πενήντα περίπου άνδρες. Και τούτο, επειδή στους Βρετανούς είχαν δοθεί εσφαλμένες ή διογκωμένες πληροφορίες για την επαρχία και τους κατοίκους της. Ο Ντίξον γράφει ότι κάποιοι έμποροι είχαν πληροφορήσει τους Βρετανούς ότι οι Πάφιοι ήσαν βίαιοι και φανατικοί. Οι κακές αυτές συστάσεις αφορούσαν μάλλον τους Τούρκους κατοίκους της πόλης και της επαρχίας, διότι κυρίως γι' αυτούς ζητούσαν να μάθουν πληροφορίες οι Βρετανοί. Και τούτο, επειδή αντιδράσεις στη βρετανική κατοχή της Κύπρου αναμένονταν μόνο από τους Τούρκους κατοίκους του νησιού μια και η τουρκική κατοχή ήταν που τερματιζόταν, γεγονός που είχε γίνει δεκτό με χαρά, ακόμη και ενθουσιασμό, από τους Έλληνες. Πρέπει επίσης να σημειωθεί ότι στην επαρχία Πάφου, κατά τον χρόνο της αγγλικής κατοχής (1878), πλειοψηφούσε σημαντικά το τουρκικό στοιχείο (περιλαμβανομένων των Λινοβαμβάκων). Η αναλογία πληθυσμού υπολογιζόταν περίπου σε 3 Τούρκους προς 1 Έλληνα.
Ωστόσο η Πάφος, παρά τους φόβους των νέων κατακτητών, κατελήφθη από τους Βρετανούς χωρίς σοβαρά προβλήματα (βλέπε σχετικά στο κεφάλαιο για την ιστορία της πόλης της Πάφου). Εστάλη εκεί στρατιωτική δύναμη από Ινδούς, που αργότερα, τον Οκτώβριο του 1878, αντικαταστάθηκαν από 300 Σκώτους.
Η φοβία, εν τούτοις, που διακατείχε τους Βρετανούς εξ αιτίας των πληροφοριών που είχαν συγκεντρώσει για τους Παφίους, οδήγησε και σε ιλαροτραγικά επεισόδια, όπως στην «εκστρατεία» του πρώτου Άγγλου διοικητή της Πάφου Βόκοπ εναντίον της... Τσάδας. Το επεισόδιο περιγράφει πολύ παραστατικά ο Κ.Α. Κωνσταντινίδης (βλέπε: Ἡ Ἀγγλική Κατοχή τῆς Κύπρου τοῦ 1878, Λευκωσία, 1930, σσ. 110-111). Ηρωας του όλου επεισοδίου ήταν κάποιος Αθανάσιος Περδίκης, καταγόμενος από την Επτάνησο, που το 1878 εργαζόταν ως φοροεισπράκτωρ. Ο Περδίκης αυτός, όταν είδε στην Τσάδα μερικούς ζαπτιέδες (=αστυνομικούς) Τούρκους να βασανίζουν τους χωρικούς (όπως συνηθιζόταν κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας) που δεν είχαν για να πληρώσουν τους φόρους τους, επενέβη και τους επέπληξε. Φαίνεται ότι και οι χωρικοί της Τσάδας, παίρνοντας θάρρος από τη στάση του Περδίκη κι έχοντας ερμηνεύσει την αλλαγή με τον τερματισμό της Τουρκοκρατίας ως δικαιότερη, αρνήθηκαν να πληρώσουν τους φόρους. Οι Τούρκοι ζαπτιέδες, φοβούμενοι ίσως και ξυλοκόπημά τους, ίππευσαν κι έφυγαν για την Πάφο. Μέχρι να φθάσουν εκεί μεγαλοποίησαν τόσο τα πράγματα, ώστε τελικά η είδηση που έφθασε στον Άγγλο διοικητή έλεγε ότι η Τσάδα είχε... επαναστατήσει με αρχηγό τον Περδίκη! Ο Βόκοπ, χωρίς να διερευνήσει καλύτερα την πληροφορία, ηγήθηκε προσωπικά μιας... εκστρατευτικής δύναμης 100 ανδρών και... βάδισε κατά της Τσάδας με όλες τις προφυλάξεις κι όλους τους κανόνες της πολεμικής τέχνης. Όταν τελικά πλησίασε αρκετά στην ...«επαναστατημένη» περιοχή, είδε ότι επικρατούσε ησυχία κι ότι όλοι ασχολούντο στις γεωργικές τους εργασίες. Τελικά οι εξηγήσεις εδόθησαν και το όλο επεισόδιο έληξε.
Ο γραφικός Βόκοπ διακρινόταν και για τις εκκεντρικότητές του. Αναφέρεται ότι σε μια περίπτωση, για να διασκεδάσει με τους Τούρκους ζαπτιέδες-φρουρούς του διοικητηρίου του στην Πάφο, ντύθηκε στα τούρκικα (φορώντας ακόμη και φέσι) και τράβηξε βιαστικός για το κτίριο. Οι Τούρκοι αστυνομικοί, που δεν τον αναγνώρισαν βέβαια, όχι μόνο τον εμπόδισαν να εισέλθει στο διοικητήριο αλλά τον εξεδίωξαν με τον βίαιο και υβριστικό τρόπο με τον οποίο ήσαν συνηθισμένοι. Τελικά ο Άγγλος διοικητής ξεμασκαρεύτηκε, διασκεδάζοντας με το σάστισμα των ζαπτιέδων όταν αυτοί ανακάλυψαν ποιον είχαν εκδιώξει. Ο πρώτος αυτός Άγγλος διοικητής της πόλης και επαρχίας Πάφου μετετέθη αργότερα στην Αίγυπτο και βρισκόταν εκεί κατά τη διάρκεια της στάσης του Αραβί πασά. Πιο ύστερα μετετέθη στο Τράνσβααλ, όπου και σκοτώθηκε σε μάχη.
Σοβαρότατο, κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας, ήταν και το πρόβλημα της εκπαίδευσης στην πόλη και την επαρχία της Πάφου. Η επαρχία, που εκτός από απομακρυσμένη ήταν και η περισσότερο πτωχή από τις λοιπές επαρχίες της Κύπρου, κατέστη και η πιο καθυστερημένη. Οι προσπάθειες της Εκκλησίας να προωθήσει τα γράμματα στην πόλη και στην επαρχία, κατά τον 19ο αιώνα, δεν είχαν σημαντικά αποτελέσματα. Εκτός από την ίδια την πόλη της Πάφου (Κτήμα), πολύ λίγα χωριά της επαρχίας κατόρθωσαν να έχουν κοινοτικό σχολείο πριν από την αγγλική κατοχή της Κύπρου: Αμαργέτη, Αρμίνου, Γιόλου, Έμπα, Κάθικας, Κελοκέδαρα, Κισσόνεργα, Λετύμπου, Πέγεια, Πολέμι, Στρουμπί και ίσως κι άλλα 2-3 χωριά ακόμη. Επίσης σχολείο λειτούργησε και στο μοναστήρι της Χρυσορροϊάτισσας και, ίσως, σ' εκείνο του Αγίου Νεοφύτου. Βέβαια όπου λειτουργούσαν «σχολεία» ήσαν και αυτά εντελώς υποτυπώδη. Δίδασκαν ιερείς ή άλλοι που γνώριζαν λίγα βασικά πράγματα — όπως ανάγνωση και σπανιότερα και γραφή — σε παιδιά που δεν είχαν καμιά ευκαιρία ανέλιξης.
Σύμφωνα προς τον κατάλογο του αιδ. F. D. Newham, που συντάχθηκε τον Νοέμβριο του 1879 με βάση εκθέσεις των Άγγλων διοικητών των επαρχιών της Κύπρου, σ' ολόκληρο το νησί λειτουργούσαν τον χρόνο της αγγλικής κατοχής 83 ελληνικά σχολεία και 75 τουρκικά. Στην πόλη και επαρχία της Πάφου λειτουργούσαν 12 ελληνικά και 12 τουρκικά σχολεία (βλέπε F. D. Newham, The System of Education in Cyprus, 1879, p. 403). Τον ίδιο αριθμό (12 και 12) για την πόλη και επαρχία της Πάφου δίνει και ο πίνακας στο Hand Book of Cyprus του 1920.
Η σχετική έκθεση του Άγγλου διοικητή της Πάφου κατά το 1879 Άρθουρ Γιανγκ, δίνει άλλους αριθμούς και την ακόλουθη εικόνα για την πόλη και επαρχία της Πάφου:
... Η εκπαίδευση είναι παραμελημένη κατά τρόπο λυπηρό στην Πάφο. Επί του παρόντος υπάρχουν 8 χριστιανικά και 11 τουρκικά σχολεία ۬ στα χριστιανικά φοιτούν 230 παιδιά, αγόρια και κορίτσια, εκ των οποίων 120 διαβάζουν και γράφουν. Μόνο δύο από τα σχολεία αυτά έχουν καλή εποπτεία και κατάλληλους δασκάλους, το ένα στο Κτήμα και το άλλο στον Κάθικα. Στα υπόλοιπα διδάσκουν ιερείς. Τα σχολεία συντηρούνται από εισφορές των μαθητών και από χορηγίες της Εκκλησίας. Η μητρόπολη Πάφου πρόσφερε γενναία συνδρομή υπέρ των σχολείων του Κτήματος και συντηρεί εξ ολοκλήρου το σχολείο στον Κάθικα...