Ο Πενταδάκτυλος διαθέτει μια ποικίλη φυσική βλάστηση, που είναι πυκνότερη στις βόρειες πλαγιές του οι οποίες δέχονται μεγαλύτερη βροχόπτωση από τις νότιες και χαρακτηρίζονται από μεγαλύτερη υγρασία και λιγότερη εξάτμιση. Η βόρεια πλευρά της οροσειράς είναι μαγευτική, τόσο λόγω της πυκνής φυσικής της βλάστησης όσο και λόγω των εναλλασσομένων μορφών του τοπίου με τις απότομες κορφές, τις χαράδρες, τα περβόλια, τα δάση και τα γραφικά χωριά.
Τα κυριότερα αυτοφυή δέντρα που φυτρώνουν στον Πενταδάκτυλο είναι το κυπαρίσσι και ο αγριόπευκος και σε χαμηλότερα υψόμετρα οι αγριοελιές και οι αγριοτερατσιές. Μεγάλη είναι επίσης η ποικιλία των θάμνων και αρωματικών φυτών, όπως η τριμιθιά, η σπαλαθκιά, η αντρουκλιά, ο σχίνος, η μυρτιά, το θυμάρι, η μαζιά, το αγριολασμαρίν και άλλα. Ιδιαίτερα πλούσια είναι και η ποικιλία των αγριολούλουδων που φυτρώνουν στην οροσειρά, όπως ματσικόριδα, ορχεοειδή, κυκλάμινα κ.α, ενώ στην περιοχή των Πανάγρων αυτοφύεται η περίφημη αγριοτουλίπα.
Στον Πενταδάκτυλο βρίσκονται αρκετά κρατικά δάση, τα κυριότερα από τα οποία είναι τα ακόλουθα: Κόρνου-Βουνού, Κορφής, Λαπήθου-Καραβά, Καρμιού, Δικώμου-Πέλλα Παΐς, Δρόμου Κερύνειας, Βουφαβέντο, Κυθρέας ή Λακκοβούναρον, Πενταδάκτυλου, Δυτικής Πλατανιώτισσας, Ανατολικής Πλατανιώτισσας, Καρτάλ Ντάγ, Μελανδρύνας, Μελούντας, Μαύρον Όρος και Καντάρας.