Η εκκλησία του Αγίου Νικολάου της Στέγης, κοντά στην Κακοπετριά, είναι το μόνο απομεινάρι παλαιού μοναστηριού. Όπως φαίνεται από την εκκλησία, το μοναστήρι ιδρύθηκε τον 11ο αιώνα. Καμιά όμως πληροφορία δεν έχουμε γι’ αυτό. Ο κεραμοπλαστικός διάκοσμος της εκκλησίας την συνδέει με την Κωνσταντινούπολη και τον ελληνικό χώρο γενικά. Το μοναστήρι φαίνεται ότι βρισκόταν σε κάποια ακμή τόσο κατά τη Μέση Βυζαντινή περίοδο όσο και κατά τη Φραγκοκρατία, αν κρίνουμε από τις επανειλημμένες διακοσμήσεις της εκκλησίας με τοιχογραφίες και την αφιέρωση σ’ αυτό από Φράγκο ιππότη της μεγάλης εικόνας του αγίου Νικολάου στα τέλη του 13ου αιώνα. Το μοναστήρι φαίνεται ότι παρήκμασε ήδη τον 17ο αιώνα και στα τέλη του αιώνα αυτού διαλύθηκε. Όταν το 1735 το επισκέφθηκε ο Ρώσος μοναχός Βασίλι Μπάρσκυ δεν είχε μοναχούς. Αργότερα τα κτήματα του μοναστηριού ενοικιάζονταν σε κληρικούς και στα τέλη του 19ου αιώνα και σε λαϊκούς. Σχετικές αναφορές για την περιουσία του μοναστηριού υπάρχουν στον κτηματικό κώδικα της Αρχιεπισκοπής.
Η εκκλησία του Αγίου Νικολάου της Στέγης ανήκει στον τύπο του εγγεγραμμένου σταυροειδούς με τρούλλο. Στ’ ανατολικά καταλήγει σε αψίδα ημικυκλική εσωτερικά και τρίπλευρη εξωτερικά. Αρχικά κτίσθηκε χωρίς νάρθηκα. Έχει μια μόνο είσοδο στο μέσο του δυτικού τοίχου». Το ημικυκλικό τυφλό τόξο πάνω από την είσοδο διακοσμείται με φιαλοστόμια. Φιαλοστόμια διακοσμούν και τα τυφλά τόξα που ανοίγονται ανάμεσα στα τέσσερα παράθυρα του τρούλλου και το γείσο στην κορυφή του τυμπάνου που επιστέφεται από οπτόπλινθους τοποθετημένους διαγώνια ώστε να σχηματίζεται οδοντωτή ταινία. Η εκκλησία εφωτίζετο με δυο παράθυρα, από ένα στο νοτιοδυτικό και στο βορειοδυτικό διαμέρισμα της εκκλησίας, ένα δίλοβο παράθυρο στον δυτικό τοίχο, ένα δίλοβο αρχικά ψηλά στον βόρειο τοίχο και ένα τοξωτό παράθυρο στον ημικυκλικό τοίχο της αψίδας. Επανειλημμένες επισκευές είχαν σαν αποτέλεσμα την καταστροφή των αρχικών όψεων της εκκλησίας. Αρχικά, στον δυτικό τοίχο υπήρχαν, στα βόρεια και νότια της εισόδου, δυο βαθμιδωτά τυφλά τόξα. Στον βόρειο τοίχο, δίπλα στο παράθυρο του βορειοδυτικού διαμερίσματος, υπάρχει τυφλό τόξο κατασκευασμένο με εναλλαγή λίθων και οπτόπλινθων, όπως και το παρακείμενο παράθυρο. Αν το παράθυρο του νοτιοδυτικού διαμερίσματος ήταν κατασκευασμένο με τον ίδιο τρόπο και αν παραπλεύρως υπήρχε το τυφλό τόξο δεν είναι γνωστό, λόγω επεμβάσεως στην τοιχοδομία.
Στις αρχές του 12ου αιώνα προστέθηκε στον δυτικό τοίχο ο νάρθηκας με τρία βαθιά τυφλά τόξα στην ανατολική και τη δυτική πλευρά που στηρίζονται σε ισχυρές παραστάδες. Ο σημερινός βόρειος τοίχος του νάρθηκα είναι μεταγενέστερος γιατί καλύπτει τοιχογραφίες. Αν είχε τη μορφή αψίδας ή αν ήταν κτισμένος βορειότερα δεν είναι γνωστό. Ο νότιος τοίχος πάντως ήταν ευθύγραμμος εξ αρχής. Ο νάρθηκας είχε μια είσοδο στο μέσο του δυτικού τοίχου και μια στο μέσο του νότιου τοίχου. Αν υπήρχε και θύρα στο μέσο του βόρειου τοίχου, όπως σήμερα, δεν είναι γνωστό. Όταν τον 15ο αιώνα ανοίχθηκε η σημερινή βόρεια θύρα της εκκλησίας και το δίλοβο παράθυρο πάνω απ’ αυτή έγινε μονόλοβο, τότε κλείστηκε η δυτική θύρα του νάρθηκα και στο σημείο αυτό κατασκευάσθηκε η τοιχογραφία του έφιππου αγίου Γεωργίου με δωρεά κάποιου Ιωάννη του Τριφύλλη.
Στα τέλη του 12ου ή τις αρχές του 13ου αιώνα η εκκλησία του Αγίου Νικολάου καλύφθηκε με δεύτερη δίρριχτη στέγη που κρύβει την αρχική σταυρική διάταξη των θόλων και του τρούλλου. Αυτή η δεύτερη στέγη με τα αγκιστρωτά κεραμίδια έδωσε την προσωνυμία στον Άγιο Νικόλαο ὁ τῆς Στέγης, ήδη από τον 13ο αιώνα, όπως φανερώνει η επιγραφή στην εικόνα του αγίου Νικολάου.
Η εκκλησία διακοσμήθηκε με τοιχογραφίες ήδη από τον 11ο αιώνα. Από τις τοιχογραφίες όμως του 11ου αιώνα, λίγες μόνο σώζονται σήμερα. Οι τοιχογραφίες αυτές που ξεχωρίζουν για τα αδρά χαρακτηριστικά, την έντονη σχηματική γραμμή, την περιορισμένη χρωματική κλίμακα, αλλά και τον έντονο ψυχισμό, ιδιαίτερα των πορτραίτων των αγίων, είναι οι εξής:
Στο τεταρτοσφαίριο της αψίδας εικονίζεται η Θεοτόκος όρθια σε στάση δέησης ανάμεσα στους αρχαγγέλους Μιχαήλ και Γαβριήλ ντυμένους με αυτοκρατορική στολή και σε μετωπική στάση. Στην ανατολική καμάρα πάνω από το βήμα εικονίζονται η Ανάληψη (βόρειο μισό) και η Πεντηκοστή (νότιο μισό). Στη δυτική καμάρα εικονίζονται η Μεταμόρφωση και η Έγερση του Λαζάρου (νότιο μισό) και η Βαϊοφόρος (βόρειο μισό). Στον δυτικό τοίχο, πάνω από την είσοδο, πολύ κατεστραμμένη η Κοίμηση της Θεοτόκου. Στον βόρειο τοίχο, κάτω από τη σκηνή με τις Μυροφόρες μπροστά στο Κενό Μνημείο και καλυμμένες εν μέρει από αυτή, εικονίζονται η Αποκαθήλωση και ο Ενταφιασμός του Χριστού. Στη βόρεια καμάρα υπήρχαν κάτω από τις σκηνές της Σταύρωσης και της εις Άδου Καθόδου τοιχογραφίες με τα ίδια θέματα.
Στον 11ο αιώνα ανήκουν ακόμη οι τοιχογραφίες στα εσωρράχια των τόξων που ενώνουν τους πεσσούς με τον δυτικό και τον ανατολικό τοίχο και μερικές άλλες στους πεσσούς. Έτσι στο εσωρράχιο του τόξου που ενώνει τον βορειοανατολικό πεσσό με τον ανατολικό τοίχο εικονίζονται ο άγιος Ιγνάτιος ο Αντιοχείας (ανατολικό μισό) και ο άγιος Ιγνάτιος (ο Κωνσταντινουπόλεως) (δυτικό μισό). Στο εσωρράχιο του τόξου που ενώνει τον νοτιοανατολικό πεσσό με τον νότιο τοίχο εικονίζονται ο άγιος Πολύκαρπος (Σμύρνης) και ο άγιος Γερμανός (ο Κωνσταντινουπόλεως). Στο εσωρράχιο του τόξου που ενώνει τον νοτιοδυτικό πεσσό με τον δυτικό τοίχο εικονίζονται οι άγιοι Φλώρος και Λαύρος και στο εσωρράχιο του τόξου που ενώνει τον βορειοδυτικό πεσσό με τον δυτικό τοίχο οι άγιοι Σέργιος και Βάκχος. Στην ανατολική πλευρά του βορειοδυτικού πεσσού πάνω, εικονίζεται στηθαίος ο άγιος Θαλλέλαιος. Στη νότια πλευρά του βορειοανατολικού πεσσού εικονίζονται πάνω ο άγιος Φίλων και κάτω όρθιος ιεράρχης. Απέναντι στη βόρεια πλευρά του νοτιοανατολικού πεσσού εικονίζονται πάνω ο άγιος Φίλων και κάτω στυλίτης. Ενώ σε μικρή αχιβάδα στον ανατολικό τοίχο νοτίως της αψίδας εικονίζεται ο άγιος Ζαχαρίας. Στο αβαθές τυφλό τόξο πάνω από τη δυτική είσοδο εικονίζεται ο άγιος Νικόλαος πολύ κατεστραμμένος.
Όταν προστέθηκε ο νάρθηκας τότε διακοσμήθηκε με τη σκηνή της Δευτέρας Παρουσίας που εκτεινόταν στους θόλους και στα πιο ψηλά μέρη των τοίχων, όπως και στον νάρθηκα της εκκλησίας της Ασίνου. Σήμερα το μεγαλύτερο μέρος της σύνθεσης αυτής έχει καταστραφεί. Σώζονται μόνο η Δέηση στον ανατολικό τοίχο πάνω από την είσοδο και πέντε από τους έξι αποστόλους που κάθονταν σε θρόνους δεξιά του Χριστού, στο ανατολικό μισό της βόρειας καμάρας. Των άλλων έξι αποστόλων στ’ αριστερά του Χριστού σώζονται μόνο τα κάτω τμήματα. Στο εσωρράχιο του κεντρικού τόξου του ανατολικού τοίχου, πάνω από τη Δέηση εικονίζονται οι άγγελοι να ξετυλίγουν τον ουρανό. Στο δυτικό μισό της βόρειας καμάρας σώζονται σκηνές από τον Άδη: ο πύρινος άγγελος σπρώχνει τους αμαρτωλούς στην κόλαση. Στο εσωρράχιο του βόρειου τυφλού τόξου σώζεται ο ζυγός της Δικαιοσύνης ενώ ψηλότερα η προσωποποίηση της θάλασσας. Απέναντι στη βόρεια παραστάδα του ανατολικού τοίχου σώζεται ο πλούσιος της παραβολής του Πλουσίου και του Πτωχού Λαζάρου να καίεται στη φωτιά.
Στα κάτω μέρη του νάρθηκα σώζονται οι ακόλουθες τοιχογραφίες του 12ου αιώνα: Κάτω από την παράσταση του καιομένου πλουσίου εικονίζεται όρθιος ο άγιος Ιωάννης ο Δαμασκηνός. Στη νότια πλευρά του βόρειου τυφλού τόξου του ανατολικού τοίχου σώζεται ο άγιος Ιωάσαφ. Η τοιχογραφία αυτή αποκαλύφθηκε μετά την αφαίρεση μεταγενέστερης τοιχογραφίας του ιδίου αγίου. Στο τύμπανο του νότιου τυφλού τόξου του δυτικού τοίχου, κάτω από τη νεώτερη τοιχογραφία βρέθηκε κομμάτι από την τοιχογραφία των τριών Παίδων εν τη Καμίνῳ που μετακινήθηκε στο τύμπανο του βόρειου τυφλού τόξου. Ψηλά στη δυτική πλευρά των δυο κεντρικών παραστάδων σώθηκαν τοιχογραφίες των αγίων Τρύφωνος και Κηρύκου. Στον νότιο τοίχο ζωγραφίστηκαν ο άγιος Αρτέμιος και ο στυλίτης Αλύπιος.
Την ίδια εποχή τοιχογραφήθηκε το νοτιοδυτικό διαμέρισμα της εκκλησίας. Στη μικρή καμάρα του διαμερίσματος εικονίζονται τα Εισόδια της Θεοτόκου. Στον δυτικό τοίχο οι Άγιοι Τεσσαράκοντα μάρτυρες της Σεβαστείας. Στον νότιο τοίχο κάτω από το παράθυρο σώζεται στηθάριο με υπολείμματα αγίου, και ανατολικότερα όρθιοι οι άγιοι Αλέξιος και Ιωάννης ο Καλυβίτης. Απέναντι στη νότια πλευρά του νοτιοδυτικού πεσσού εικονίζονται όρθιοι οι άγιοι Ιγνάτιος ο Θεοφόρος και Γρηγόριος Ακραγαντίνος. Λίγο νωρίτερα το τμήμα του τέμπλου, που έκλειε την είσοδο στο νοτιοανατολικό διαμέρισμα, αντικαταστάθηκε από τοίχο που κτίσθηκε λίγο πιο μέσα από το μέτωπο της καμάρας και έτσι σχηματίσθηκε τυφλό τόξο. Στο τύμπανο του τόξου αυτού ζωγραφίστηκε από εξαίρετο ζωγράφο την πρώτη δεκαετία του 12ου αιώνα όρθιος ο άγιος Νικόλαος και ο δωρητής μοναχός.
Τον 13ο αιώνα έγινε ξανά επαναζωγράφιση τμημάτων του ναού και του νάρθηκα. Τότε ζωγραφίστηκε η βόρεια καμάρα του ναού με τις τοιχογραφίες της Σταύρωσης και της Ανάστασης του Χριστού, και ο βόρειος τοίχος δεξιά και αριστερά του παραθύρου με τις Μυροφόρες μπροστά στο Κενό Μνημείο. Τότε ζωγραφίστηκαν και τα δυο τυφλά τόξα του ανατολικού τοίχου. Στο τύμπανο του βόρειου τόξου ο αρχάγγελος Μιχαήλ. Στο τόξο ο άγιος Αμβρόσιος και στο εσωρράχιο οι άγιοι Επείγων και Ποιμήν, και πιο κάτω αριστερά ο άγιος Βαρλαάμ και δεξιά ο άγιος Ιωάσαφ. Στο νότιο τυφλό τόξο στο τύμπανο ο αρχάγγελος Γαβριήλ, στο εσωρράχιο του τόξου οι άγιοι Κυριακός και Ιωάννης της Κλίμακος και πιο κάτω ο άγιος Τερέντιος και ο απόστολος Βαρνάβας. Κάτω από τον αρχάγγελο Γαβριήλ σώζονται πορτραίτα δωρητών και επιγραφή στην οποία αναφέρεται η δωρεά του εικονιζομένου ζεύγους των δωρητών.
Τον 14ο αιώνα ζωγραφίστηκαν από κάποιο ζωγράφο οι ευαγγελιστές στα σφαιρικά τρίγωνα, ο Παντοκράτορας στον τρούλλο περιβαλλόμενος από δώδεκα αγγέλους και στο τύμπανο του τρούλλου οι προφήτες Σολομών, Ησαΐας, Μωυσής, Ζαχαρίας, Γεδεών, Ιωνάς, Αββακούμ, Δανιήλ, Ελισσαίος, Ηλίας, Ιερεμίας και Δαβίδ.
Άλλος ζωγράφος, γύρω στην 3η δεκαετία του 14ου αιώνα, ζωγράφισε τους αγίους Ιωάννη τον Πρόδρομο και Ιωάννη τον Ελεήμονα στη βόρεια όψη του νοτιοδυτικού πεσσού και τους αγίους Γεώργιο και Θεόδωρο στη νότια όψη του βορειοδυτικού πεσσού. Τότε ζωγραφίστηκαν στον νάρθηκα ο Χριστός και η Θεοτόκος Οδηγήτρια, οι απόστολοι Πέτρος και Παύλος, ο άγιος Επιφάνιος και ο άγιος Βασίλειος. Λίγο αργότερα ζωγραφίστηκαν στο βόρειο τοίχο τέσσερις άγιοι που καταστράφηκαν κατά το μεγαλύτερο μέρος όταν άνοιξε η βόρεια είσοδος (Επείγων, Θεοδόσιος ο Κοινοβιάρχης, Ευθύμιος και αδιάγνωστος), ο άγιος Ιωάννης ο Λαμπαδιστής, ο άγιος Στέφανος ο Πρωτομάρτυρας, ο άγιος Διονύσιος και ο άγιος Θεόδωρος ο Στουδίτης, ο άγιος Ιλαρίων, ο άγιος Ονούφριος και Εφραίμ ο Σύρος.
Αργότερα τον 14ο αιώνα ξαναδιακοσμήθηκε η αψίδα η ανατολική και η νότια καμάρα. Στο τεταρτοσφαίριο της αψίδας εικονίζετο η Θεοτόκος όρθια δεομένη μεταξύ των αρχαγγέλων (αφαιρέθηκε και μετακινήθηκε στο Βυζαντινό Μουσείο του Ιδρύματος Αρχιεπισκόπου Μακαρίου Γ΄), πιο κάτω μια σειρά από στηθάρια με τους Κυπρίους αγίους Τύχωνα, Ζήνωνα, Νικόλαο, Σπυρίδωνα, Ηρακλείδιο, Λάζαρο, Αυξίβιο, Υπάτιο, και πιο κάτω εικονίζονται όρθιοι οι ιεράρχες Τριφύλλιος, Γρηγόριος ο Θεολόγος, Επιφάνιος, Χρυσόστομος, Σίλβεστρος, Βασίλειος, Ιωάννης ο Ελεήμων και Ιάκωβος ο Αδελφόθεος.
Στη μικρή αχιβάδα της Πρόθεσης υπάρχει ο Αμνός Μελισμός. Στην ανατολική καμάρα ζωγραφίστηκαν η Ανάληψη και η Πεντηκοστή που αφαιρέθηκαν και μετακινήθηκαν στο Ίδρυμα Αρχιεπισκόπου Μακαρίου. Στη νότια καμάρα ζωγραφίστηκαν η Γέννηση του Χριστού και η Υπαπαντή, και στον νότιο τοίχο ψηλά ο Ευαγγελισμός. Πιο κάτω στη δυτική πλευρά του νοτιοανατολικού πεσσού εικονίζεται ο άγιος Ιωακείμ και απέναντι η αγία Άννα. Κάτω από τον Ευαγγελισμό ζωγραφίστηκαν οι άγιοι Ιωάννης ο Πρόδρομος, Αντώνιος, Σάββας και Σωζόμενος. Μέσα στο βήμα ζωγραφίστηκαν στους δυο ανατολικούς πεσσούς οι άγιοι Γρηγόριος ο Νύσσης, Συμεών ο Στυλίτης, Λαυρέντιος και άγιος Αλύπιος, και πιο ψηλά ο άγιος Δημητριανός που μετακινήθηκε στον νότιο τοίχο του νοτιοανατολικού διαμερίσματος. Στην ανατολική όψη του νοτιοδυτικού πεσσού ζωγραφίστηκε όρθιος ο άγιος Δημήτριος.
Αργότερα ο δυτικός τοίχος του νάρθηκα ξαναζωγραφίστηκε με διάφορες δωρεές. Τέλος το 1633 ζωγραφίστηκαν στη δυτική όψη του βορειοανατολικού και του νοτιοανατολικού πεσσού οι απόστολοι Πέτρος και Παύλος. Στον 17ο αιώνα χρονολογείται και το εικονοστάσιο της εκκλησίας. Τα βημόθυρα και η εικόνα του αγίου Νικολάου, όπως και οι εικόνες του Χριστού και της Παναγίας στο τέμπλο, είναι έργα του Παύλου ιερογράφου. Ίσως έργα του ίδιου ζωγράφου να είναι ο Σταυρός και τα λυπηρά.