Από τις αρχές της περιόδου της Φραγκοκρατίας και ενώ ακόμη η έδρα του τάγματος των Ναϊτών βρισκόταν στους Αγίους Τόπους, κλιμάκιο του τάγματος εγκαταστάθηκε στην Κύπρο όπου πήρε στην κατοχή του μεγάλες κτηματικές περιουσίες. Στην κατοχή του τάγματος περιήλθαν τα ακόλουθα χωριά (εκ των οποίων τα ονόματα μερικών, όπως παραδίδονται στις πηγές είναι ασαφή, ενώ μερικά δεν υπάρχουν σήμερα):
1. Γαστριά
2. Καμάρες (κοντά στα Γαστριά)
3. Μόρα
4. Αγκαστίνα
5. Τέμπλος
6. Ίνια
7. Ακουρσός
8. Φοίνικας
9. Καλογεννάτα
10. Κολόσσι
11. Τραχώνι
12. Ασώματος
13. Φασούρι
14. Ερήμη
15. Λουβαράς
16. Τζίβα(;)
17. Κυρά
18. Βίκλα
19. Άγιος Κωνσταντίνος
20. Αρακαπάς
21. Διερώνα
22. Λιβί[τ]ζι (;)
23. Άγιος Παύλος
24. Συκόπετρα
25. Αθρακός
26. Κελλάκι
27. Βάβλα
28. Αντρουκλωτή
29. Λειβάδι
30. Παρδί (;)
31. Σανίδα
32. Εφταγώνια
33. Κλωνάρι
34. Αρμενοχώρι
35. Μοναγρούλλι
36. Γερμασόγεια
37. Μαθηκολώνη
38. Γεράσα
39. Αψιού
40. Παραμύθα
41. Μαραμμένο
42. Χοιροκοιτία
43. Λατούρου
44. Αχερά
45. Μιτσερό
46. Μαυροβούνι
47. Κάτω Μονή
48. Αγροκηπιά
49. Παλαιχώρι
50. Μαρούλλενα
51. Καμπίν
52. Άγιος Ρόης (Ρηγίνος;)
53. Ψημολόφου
54. Κάτω Δευτερά
55. Τριπη[τη;]
56. Ανώγυρα.
Τα 56 συνολικά χωριά ήσαν κατάσπαρτα παντού στην Κύπρο. Το τάγμα απέκτησε, δηλαδή, τεράστιες περιουσίες που περιελάμβαναν και τους χωρικούς που κατοικούσαν σ’ αυτές. Σε μερικές περιπτώσεις αναφέρεται ότι οι Ναΐτες κατείχαν και μεγάλες εκτάσεις γης γύρω από μερικά των χωριών, όπως το Κολόσσι, το Τραχώνι, ο Λουβαράς, το Κελλάκι. Ακόμη, οι Ναΐτες κατείχαν περιουσίες σε Λευκωσία, Λεμεσό, Λάρνακα, Πάφο και Αμμόχωστο. Σε κάθε μία από τις πόλεις αυτές είχαν τον δικό τους «οίκο», που ήταν ισχυρό οχυρωμένο οικοδόμημα το οποίο περιελάμβανε ναό, κελλιά, τράπεζα, σταύλους, αποθήκες. Στη Λευκωσία ο «οίκος» τους βρισκόταν κοντά στο βασιλικό ανάκτορο. Στη Λεμεσό είχε τη μορφή φρουρίου. Όταν το 1308 οι δυνάμεις του βασιλείου της Κύπρου έθεσαν υπό τον έλεγχό τους αυτό το ισχυρό οικοδόμημα, βρήκαν σ’ αυτό, κατά μαρτυρία του Φλωρίου Βουστρωνίου, μεγάλο αριθμό όπλων, 970 τόξα, 640 περικεφαλαίες, ασπίδες, κοντάρια, χρηματικά ποσά, μεγάλες ποσότητες τροφίμων και άλλα.
Στην Αμμόχωστο σώζεται σήμερα τμήμα του εκεί «οίκου» του τάγματος, στα βορειοδυτικά του ανακτόρου. Δίπλα υπήρχε και ναός (που δεν σώζεται) στο όνομα του Αγίου Αντωνίου. Για τον «οίκο» των Ναϊτών στην Πάφο, που αναφέρεται στις πηγές, δεν υπάρχουν συγκεκριμένες πληροφορίες.
Οι Ναΐτες οικοδόμησαν στην Κύπρο και αρκετά δικά τους φρούρια και ήσαν οι μόνοι που έπραξαν κάτι τέτοιο, εφόσον όλα τα άλλα φρούρια και οχυρά του νησιού ανήκαν στον θρόνο, αποτελούσαν ιδιοκτησία του βασιλιά και, για περισσότερη ασφάλεια, το κάθε ένα είχε τη δική του ανεξάρτητη διοίκηση, τον κάθε φρούραρχο διόριζε ο βασιλιάς προς τον οποίο εκείνος λογοδοτούσε απευθείας. Ωστόσο το τάγμα των Ναϊτών διέθετε αρκετά δικά του φρούρια, που μετά τη διάλυση του τάγματος περιήλθαν στην κατοχή του τάγματος των Ιωαννιτών. Τα φρούρια ήσαν:
Φρούριο Γαστριών:Βρισκόταν στην κορυφή παράκτιου λόφου και διέθετε και δικό του προστατευόμενο λιμάνι, προφανώς το σημερινό Πογάζι.
Φρούριο Κολοσσίου: Ισχυρό κάστρο στο χωριό Κολόσσι, που ήλεγχε όλη την γύρω εύφορη περιοχή. Ελάχιστα ίχνη του σώζονται, αφού το αρχικό κάστρο αντικαταστάθηκε αργότερα από εκείνο που σώζεται σήμερα, κτίσμα όμως των Ιωαννιτών ιπποτών
Φρούριο Χοιροκοιτίας: Δεν σώζεται. Ο γράφων εντόπισε την τοποθεσία στην οποία βρισκόταν, επί κορυφής λόφου στα νοτιοανατολικά του σημερινού οικισμού, στα δεξιά του δρόμου Λευκωσίας–Λεμεσού. Επί της κορυφής του λόφου αυτού υπάρχουν ευδιάκριτα ίχνη παλαιάς ισχυρής οικοδομής.
Φρούριο Γερμασόγειας: Δεν σώζεται. Πιθανότατα βρισκόταν στην κορυφή λόφου προς τα δυτικά του σημερινού οικισμού.
Φρούριο Λεμεσού: Δεν σώζεται. Όπως μαρτυρεί ο Φλώριος Βουστρώνιος, είχε κτιστεί «με μεγάλη τέχνη και μαστοριά» και ήταν «ένα ακατανίκητο οχυρό». Θα πρέπει να βρισκόταν κάπου κοντά στην ακτή. Μετά τη διάλυση του τάγματος των Ναϊτών, ειδικά αυτό το φρούριο δεν δόθηκε στους Ιωαννίτες αλλά έγινε ιδιοκτησία του βασιλιά. Κατά την ακολουθήσασα περίοδο της Βενετοκρατίας, και συγκεκριμένα το έτος 1538, το οχυρό αυτό δέχθηκε επίθεση από 10 τουρκικές γαλέρες και παρά το ότι σ’ αυτό βρίσκονταν μόνο ο φρούραρχος μαζί με τη σύζυγο και τις κόρες του, κατελήφθη με μεγάλη δυσκολία. Κατόπιν τούτου, ο Βενετός διοικητής της Κύπρου (γενικός προβλεπτής) και οι λοιποί αξιωματούχοι αποφάσισαν την κατεδάφισή του, αφού δεν είχαν ικανό αριθμό στρατιωτών για να το επανδρώνουν. Γενικός προβλεπτής ήταν τότε (1537–1538) ο Φραντζέσκο Βραγαδίνος. Ο Φλώριος Βουστρώνιος, αυτόπτης μάρτυρας κατά την εποχή εκείνη, γράφει ότι η δαπάνη για την καταστροφή μέρους μόνο του φρουρίου ήταν τόσο μεγάλη, ώστε με τα ίδια χρήματα ή και λιγότερα θα μπορούσε να ενισχυόταν και να μετατρεπόταν σε απόρθητο οχυρό. Υπάρχει η άποψη ότι αυτό το φρούριο των Ναϊτών ήταν το σωζόμενο και σήμερα (ανοικοδομημένο αργότερα από τους Οθωμανούς). Ωστόσο ο γράφων θεωρεί ότι επρόκειτο για άλλο οχυρό από το οποίο δεν σώζεται κανένα ίχνος. Τούτο συνάγεται από αναφορά του Φλωρίου που υπονοεί ότι στην πόλη υπήρχαν δύο τουλάχιστον κάστρα. Γράφει συγκεκριμένα ότι τον Ιούνιο του 1308, όταν οι δυνάμεις του βασιλείου περικύκλωσαν τους Ναΐτες στον δικό τους χώρο και τους ανάγκασαν να παραδοθούν, έστειλαν τον οπλισμό και τα πολεμικά τους άλογα στο «βασιλικό παλάτι» της πόλης ( Φλ. Βουστρώνιος, μετάφραση Α. Παυλίδης–Άννα Ερκολάνι, «Φιλόκυπρος», 1998, παρ. 280). Αυτό το «βασιλικό παλάτι» στη Λεμεσό θα πρέπει να ήταν το σημερινό φρούριο της πόλης, άρα το οχυρό των Ναϊτών θα πρέπει να ήταν άλλο.
Το τάγμα των Ναϊτών είχε έλθει σε σύγκρουση το 1279 προς τον βασιλιά της Κύπρου Ούγο Γ΄ (1267–1284). Το 1268 απολέσθηκε για τους Σταυροφόρους και η Γιάφφα, μία των τελευταίων κτήσεων που τους είχαν απομείνει στη Συροπαλαιστίνη. Τον επόμενο χρόνο (1269) ο βασιλιάς Ούγος Γ΄ εστέφθη και βασιλιάς των Ιεροσολύμων στην Τύρο (24 Σεπτεμβρίου). Μέχρι τον θάνατό του (24 Μαρτίου 1284) ο Ούγος προσπαθούσε σκληρά να περισώσει ό,τι ήταν δυνατό από τα απομεινάρια του άλλοτε ισχυρού σταυροφορικού βασιλείου των Ιεροσολύμων, έχοντας και κάποια (όχι αρκετή) βοήθεια από την Ευρώπη. Στην Άκρα ήλθε σε ρήξη με τον ισχυρότατο μάγιστρο των Ναϊτών, οπότε διέταξε την κατάσχεση όλων των φρουρίων και των χωριών που οι Ναΐτες κατείχαν στην Κύπρο. Όμως μετά το θάνατο του βασιλιά οι Ναΐτες πήραν πάλι πίσω όλα όσα κατείχαν στην Κύπρο.
Στους Αγίους Τόπους όμως οι Χριστιανοί είχαν συνεχείς απώλειες. Το 1268 οι Μουσουλμάνοι κατέλαβαν το ισχυρό φρούριο Μαρκάπ (μεταξύ Ταρτούζης και Λαοδίκειας, σημερινής Λατάκειας), ενώ το 1289 απώλεσαν και την Τρίπολη. Ο νέος βασιλιάς της Κύπρου Ερρίκος Β΄ (1285–1324) πήγε στην Άκρα στις 29 Απριλίου 1289 (τρεις ημέρες μετά την απώλεια της Τριπόλεως) προσπαθώντας να αντιμετωπίσει την προέλαση των Αράβων, ενώ ενισχύσεις από 20 γαλέρες και 3.500 άντρες, έστειλε και ο τότε πάπας Νικόλαος Δ΄. Η Άκρα ήταν η τελευταία κτήση των Σταυροφόρων στη Συρία. Η πολιορκία της από τους Μουσουλμάνους το 1291 υπήρξε σκληρότατη. Όταν αλώθηκε στις 18 Μαΐου, δόθηκαν σκληρές μάχες από σπίτι σε σπίτι μέσα στην πόλη. Μεταξύ των υπερασπιστών της, ηρωικότερα αντιστάθηκαν οι Ναΐτες, που έχασαν εκεί και τον τότε μάγιστρο του τάγματός τους. Ενώ όλοι οι άλλοι κατόρθωσαν να διαφύγουν από τη θάλασσα και να πλεύσουν στην Κύπρο, οι Ναΐτες αρνήθηκαν να φύγουν, παρέμειναν και άντεξαν άλλες 10 ημέρες σκληρότατων επιθέσεων. Όσοι σώθηκαν κατέφυγαν τελικά στην Κύπρο.
Όμως δεν θα περνούσαν πολλά χρόνια και το τάγμα των Ναϊτών θα διαλυόταν και σχεδόν όλα του τα μέλη στην Ευρώπη αλλά και στην Κύπρο θα εκτελούνταν. Η τεράστια περιουσία τους δόθηκε στο τάγμα των Ιωαννιτών, που την προσέθεσε στη δική του μεγάλη περιουσία.
Ο χρονικογράφος Λεόντιος Μαχαιράς, που αναφέρεται και στην εκτέλεση των Ναϊτών στην Κύπρο, «δικαιολογεί» την απόφαση του πάπα, περιγράφοντας και «αισχρή» μυστική τελετή μύησης ενός νέου μέλους του τάγματος. Η μαρτυρία του δεν διαφέρει από παρόμοιες περιγραφές τέτοιων μυστικών τελετών που έχουμε από τη Γαλλία και άλλα μέρη. Ωστόσο δεν πρέπει να αγνοείται και ο αρνητικός επηρεασμός της κοινής γνώμης από την προπαγάνδα κατά των Ναϊτών, όταν επάρθη από τον βασιλιά της Γαλλίας και τον πάπα η απόφαση εξόντωσής τους. Τι ήταν στην πραγματικότητα το τάγμα των Ναϊτών, ποιες ήσαν και πού στόχευαν οι μυστικές τους τελετές και γιατί πάρθηκε η απόφαση εκτέλεσης όλων, είναι θέματα πολυσυζητημένα διεθνώς και εν πολλοίς άγνωστα ως σήμερα. Έχουν δε γραφεί πολλά και υπάρχει περί τους Ναΐτες μία μεγάλη διεθνής βιβλιογραφία.